Protokollet som beskrivs här ger detaljerade instruktioner om hur man analyserar genomiska regioner av intresse för mikroproteinkodningspotential med hjälp av PhyloCSF i den användarvänliga UCSC Genome Browser. Dessutom rekommenderas flera verktyg och resurser för att ytterligare undersöka sekvensegenskaper hos identifierade mikroproteiner för att få insikt i deras förmodade funktioner.