يستخدم البروتوكول الحالي حزمة محاكاة جزيئية حيوية ويصف نهج الديناميات الجزيئية (MD) لنمذجة الكاسباز من النوع البري وأشكاله الطافرة. تسمح طريقة MD بتقييم التطور الديناميكي لهيكل الكاسباز والتأثير المحتمل للطفرات أو تعديلات ما بعد الترجمة.