Characterization of a Pathogenic <em>Escherichia coli</em> Strain Derived from <em>Oreochromis</em> spp. Farms Using Whole-Genome Sequencing

Jos&#233; Antonio Maga&#241;a-Liz&#225;rraga; Bruno G&#243;mez-Gil; Julissa Enciso-Ibarra; Mar&#237;a Elena B&#225;ez-Flores

doi:10.3791/64404

/

Karakterisering av en patogen Escherichia coli-stam härledd från Oreochromis spp. Gårdar som använder helgenomsekvensering

JoVE Journal
Genetics
Author Produced

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

JoVE Journal Genetics

Characterization of a Pathogenic Escherichia coli Strain Derived from Oreochromis spp. Farms Using Whole-Genome Sequencing

Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Karakterisering av en patogen Escherichia coli-stam härledd från Oreochromis spp. Gårdar som använder helgenomsekvensering

DOI:

10.3791/64404-v

•

09:44 min

•

December 23, 2022

•

José Antonio Magaña-Lizárraga, Bruno Gómez-Gil, Julissa Enciso-Ibarra, María Elena Báez-Flores

¹Unidad de Investigaciones en Salud Pública “Dra. Kaethe Willms”, Facultad de Ciencias Químico Biológicas,Universidad Autónoma de Sinaloa, ²Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo, A. C. (CIAD),Unidad Mazatlán en Acuicultura y Manejo Ambiental

Chapters

00:04Introduction
01:32DNA Library Preparation
04:15Library Pooling, Denaturalizing, Sequencer Initiating
07:05Sequence Data Analysis
08:07Results: Circular Map and Subsystem Distribution of Draft Genome of E. coli ACM5
09:15Conclusion

Summary

Automatic Translation

Genomförbarheten av strategier för helgenomsekvensering (WGS) med hjälp av bänkinstrument har förenklat genomförhöret av varje mikrob av folkhälsorelevans i en laboratoriemiljö. En metodologisk anpassning av arbetsflödet för bakteriell WGS beskrivs och en bioinformatisk pipeline för analys presenteras också.

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Detektion av Copy Number Ändringar Använda Single Cell Sequencing

Bestämning av optimala kromosomala belägenheten för ett DNA-Element i Escherichia coli använder en ny metod för Transposon-medierad

Generation av en gen-stört Streptococcus mutans stam utan genen kloning

Detektion av sällsynta händelser med fel-korrigerade DNA och RNA-sekvensering

Ultralåga ingående Genome Sequencing bibliotek förberedelse från enda Tardigrade prov

Förstärkning av nära fullängds HIV-1 Proviruses för nästa generations sekvensering

Hög genomströmning identifiering av reglerande gensekvenser som använder nästa generations sekvensering av cirkulär kromosom konformation fånga (4C-seq)