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JoVE Journal
Cancer Research
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JoVE Journal Cancer Research
ATAC-Seq Optimierung für die Krebsepigenetikforschung
Characterizing DNA Repair Processes at Transient and Long-lasting Double-strand DNA Breaks by Immunofluorescence Microscopy
Journal (Cancer Research)
Characterizing DNA Repair Processes at Transient and Long-lasting Double-strand DNA Breaks by Immunofluorescence Microscopy
Differentiation of Mouse Breast Epithelial HC11 and EpH4 Cells
Journal (Cancer Research)
Differentiation of Mouse Breast Epithelial HC11 and EpH4 Cells
 
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ATAC-Seq Optimierung für die Krebsepigenetikforschung

Article DOI: 10.3791/64242-v • 07:13 min • June 30th, 2022
June 30th, 2022 •
*1, *1, 2, 1, 1
1University of North Dakota School of Medicine and Health Sciences, 2Dana-Farber Cancer Institute
* These authors contributed equally

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ATAC-seq ist eine DNA-Sequenzierungsmethode, die die hyperaktive mutierte Transposase Tn5 verwendet, um Veränderungen in der Chromatinzugänglichkeit abzubilden, die durch Transkriptionsfaktoren vermittelt werden. ATAC-seq ermöglicht die Entdeckung der molekularen Mechanismen, die phänotypischen Veränderungen in Krebszellen zugrunde liegen. Dieses Protokoll beschreibt Optimierungsverfahren für ATAC-seq in Epithelzelltypen, einschließlich Krebszellen.

Tags

Krebsforschung Ausgabe 184 Chromatin-Zugänglichkeit Transposase regulatorische Elemente Genexpression Krebsepigenetik
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