يصف البروتوكول هنا طرق تقييم أنماط الاستعمار الفطري المفصلي والاستراتيجية في الجذور لنوعين: Zea mays و Festuca rubra. يسمح استخدام طريقة MycoPatt بحساب المعلمات ، وتحويل الهياكل الفطرية إلى بيانات رقمية ، ورسم خرائط لموقعها الحقيقي في الجذور.