Buradaki protokol, arbusküler mikorizal kolonizasyon paternlerinin değerlendirilmesi için yöntemleri ve iki türün köklerindeki stratejiyi açıklamaktadır: Zea mays ve Festuca rubra. MycoPatt yönteminin kullanılması, parametrelerin hesaplanmasına, mikorizal yapıların dijital verilere dönüştürülmesine ve köklerdeki gerçek konumlarının haritalandırılmasına izin verir.