Структурно-ориентированное моделирование и отбор проб движения белка транскрипционного фактора вдоль ДНК от ступенчатого шага атомного масштаба до крупнозернистой диффузии

Целью данного протокола является выявление структурной динамики одномерной диффузии белка по ДНК с использованием в качестве образцовой системы растительного транскрипционного фактора WRKY доменного белка. Для этого было реализовано как атомистическое, так и крупнозернистое моделирование молекулярной динамики, а также обширные вычислительные выборки.