Strukturbaserad simulering och provtagning av transkriptionsfaktorproteinrörelser längs DNA från atomskala som går till grovkornig diffusion

Målet med detta protokoll är att avslöja strukturell dynamik av endimensionell diffusion av protein längs DNA, med hjälp av en växttranskriptionsfaktor WRKY-domänprotein som ett exemplifierande system. För att göra detta har både atomistiska och grovkorniga molekylära dynamiksimuleringar tillsammans med omfattande beräkningsprovtagningar implementerats.