Microscopio multifotone di fluorescenza intrinseca generazione e seconda armonica (SHG) di organi topo intero è reso possibile dal otticamente deselezionando l'organo prima di imaging. 1,2 Tuttavia, per gli organi che contengono proteine fluorescenti come la GFP e YFP, protocolli di compensazione ottica che utilizzano metanolo disidratazione e chiaro con alcool benzilico: benzil benzoato (BABB), mentre non protetto dalla luce 3 non preservare il segnale fluorescente. Il protocollo qui presentato è un nuovo modo in cui effettuare la compensazione intero organo ottico sul cervello di topo preservando il segnale di fluorescenza di YFP espresso nei neuroni. La modifica del protocollo ottico di compensazione in modo tale che l'organo è disidratato utilizzando una serie graduata di etanolo è stato trovato per ridurre i danni alle proteine fluorescenti e preservare il loro segnale fluorescente per l'imaging multifotone. 4 Utilizzo di un metodo ottimizzato dei sistemi di compensazione ottica con etanolo a base di disidratazione e compensazione da BABBmentre al riparo dalla luce, si mostrano immagini ad alta risoluzione multiphoton di giallo proteina fluorescente (YFP) espressione nei neuroni di un cervello di topo superiore a 2 mm sotto la superficie del tessuto.