Summary
Burada, beyaz sinek Bemisia tabaci'den endosimiviyonları diseksiyon ve filtrasyon yoluyla izole etmek için bir protokol sunuyoruz. Büyütmeden sonra DNA örnekleri, endosimbiyonlar ile beyaz sinek arasındaki karşılıklı etkileşimin izlenmesi ve izlenmesi için uygundur.
Abstract
Bakteriyel sembiyonlar ev sahipleri ile samimi bir ilişki kurarlar ve çoğu durumda ev sahiplerine avantaj sağlarlar. Genomik bilgi, konukçularındaki bakteri sembiyonlarının işlevlerini ve evrimini incelemek için kritik önem taşır. Çoğu simbiyon, in vitro ortamda kültürlenemediğinden, genom dizilimi için yeterli sayıda bakteri izole etme yöntemleri çok önemlidir. Beyaz sinek Bemisia tabaci'de, çeşitli endozimbiyonlar tespit edilmiş ve zararlıların gelişimi ve çoğaltılmasında çoklu yaklaşımlarla önemi olması öngörülmüştür. Bununla birlikte, derneklerin altında yatan mekanizma halen bilinmiyor. Engel, kısmen bakteriositlerle sınırlandırılmış beyaz sinir hücrelerindeki endozimbiyonların konukçu hücrelerden ayrılması zor olmasından kaynaklanmaktadır. Burada beyaz sinek B. tabaci'den başta dissekte olmak üzere endozimbiyonların tanımlanması, ekstraksiyonu ve saflaştırılması için bir adım adım protokol bildirilmektedirVe filtrasyon. Bu yöntemle hazırlanan endosymbiont örnekleri, yine de farklı endosimbit türünün bir karışımı olmasına rağmen, B. tabaci'de endozimbiyonların olası rollerinin analizi ve izlenmesi için uygundur. Bu yöntem aynı zamanda endozimiviyonları diğer böceklerden ayırmak için de kullanılabilir.
Introduction
Nispeten konaklarla yakın bir simbiyotik ilişki oluşturan bakteriler eklembacaklılarda yaygın 1 . Beslenme metabolizması, reprodüksiyon, çevresel streslere verilen cevaplar 2 , 3 , 4 vb. Gibi neredeyse her gelişme evresindeki endosymbionların konukçuların özelliklerini etkilediği gösterilmiştir 5 . Bununla birlikte, derneklerin altında yatan mekanizma halen bilinmiyor. Bakterilerin potansiyel işlevleri ve rolleri incelendiğinde genomik öncelik ve önem taşır. Bazı temel bilgiler, yani taksonomik durum, fonksiyonel genler, metabolizma yolları, salgı sistemleri, simbiyozlarda sembiyonların potansiyel rollerini aydınlatan genom dizilerinden çıkarılabilir. Yüksek verimli sekanslama geliştirildiğinde, çok sayıda bakteri genomu dizilenmiştir.Çeşitli işlevler gösterdi 6 .
Endosymbionts, hemipteranlarda yaprak bitleri 7 , bedbugs 8 , psyllids 9 , kahverengi planthoppers 10 ve cicadas 11 gibi hayati öneme sahiptir. Örneğin, zorunlu sembiyot olan yaprak bitleri içindeki Buchnera'nın , yaprak biti genomundan genler ile birlikte gerekli amino asitler biyosentezine karıştığı gösterilmiştir. Dahası, 13 Buchnera'nın transkripsiyonel düzenlenmesi de ortaya çıkarılmıştır 13 . Psyllids'de, Carsonella sıralanır ve şimdiye kadar bulunan en küçük bakteri genomasına 14 puan yerleşmiştir. Endozimbiyonların tüm bu belirteçleri genom dizilerinden kaynaklanır ve çıkarılır. Bu endozimbiyonlar in vitro ortamda kültürlenemediğinden, sıra için yeterli bakteri izole etmek için çeşitli yaklaşımlar uygulanmıştıruencing. Yaprak bitlerinde, endozimbiyonlar santrifüjleme ve filtrasyon yoluyla ekstrakte edilir ve daha ileri genomik ve transkriptomik analizlere tabi tutulur 5 . Kahverengi plantopperlerde endozimbiyonlar bütün böcek genomu 10 ile birlikte dizilir.
Whitefly B. tabaci , 35'den fazla morfolojik olarak ayırt edilemez türü (kriptik türler) içeren bir tür kompleksidir ve bunların arasında iki istilacı tür tüm dünyayı işgal etti ve tarımsal üretime büyük zarar verdi 15 . Dikkat edin, B. tabaci türleri içerisindeki endosimiviyonlar zararlıların gelişiminde önem taşırlar 16 . Bugüne kadar, zorunlu sembiyot , Candidatus Portiera aleyrodidarum ve yedi sekonder sembiyot dahil olmak üzere , beyaz sinekte sekiz endonimviyon belirlendi Hamiltonella , Rickettsia , Arsenophonus , Cardinium ,Em> Wolbachia, Fritschea ve Hemipteriphilus 17 , 18'i tanımladı .
Daha önce tarif edilen hemipteranlardan farklı olarak, beyaz sinek B. tabaci sadece 1 mm uzunluğunda çok küçük bir böcektir. Çoğu endozimbiyon, bakteriositler 19 (B. tabaci'de bakteri oluşturan simbiyon içeren özel hücreler) ile sınırlandırılmıştır. Buna ek olarak, bu endozimbiyonlar in vitro kültürlenemezler. B. tabaci'den endozimbiyon elde etmenin tek yolu bakteriyi ayırmaktır. Bununla birlikte, diseksiyonda zorluk vardır. Öncelikle, kırılgan bakteriom her zaman whitefly'un diğer dokuları ile birbirine bağlanır ve bu da ayrılması zor olur. İkincisi, beyaz sinekin küçük boyutu, yeterli bakteri oluşumunu sınırlar. Üçüncü olarak, endozimbiyonlar bakteride birleşir, tek bir bakteri türü edinmek son derece karmaşık hale gelir.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
1. Beyaz sinek yetiştiriciliği ve şifreli türlerin teşhisi
- 27 ± 1 ° C,% 70 ± 10 nem ve 14 saatlik ışık koşullarında kafeslerde pamuk Gossypium hirsutum (Malvaceae) (cv. Zhe-Mian 1973) üzerindeki beyaz sinek türlerini 10 saat karanlık rejimde muhafaza edin.
- Tek bir erişkin beyaz sinek toplayın ve 30 uL liziz tamponunda (10 mM Tris, pH 8.4, 50 mM KCI,% 0.45 [ağ / hacim] Tween-20,% 0.2 [ağ / hacim] jelatin,% 0.45 [hac / hac] Hacim] Nonidet P 40, 60 g / mL Proteinaz K).
- Homojenatı 65 ° C'de 1 saat inkübe edin ve daha sonra 100 ° C'de 10 dakika inkübe edin.
NOT: Gerekirse, 65 ° C'de inkübasyon süresi arttırılabilir. 100 ° C'de inkübasyon süresi, Proteinaz K'yi yeterince inaktive etmek ve DNA hasarını önlemek için kritik bir şekilde kontrol edilmelidir. - Mitokondrial sitokrom oksidaz primerlerine dayanan beyaz sinek DNA'sını (bölüm 1.3'te edinilen) kullanarak polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) gerçekleştirin.
COI-F: 5'-TTGATTTTTTGGTCATCCAGAAGT-3 '
COI-R: 5'-TAATATGGCAGATTAGTGCATTGGA-3 '- PCR reaksiyonlarını, 1 U Taq DNA polimeraz, 2.5 uL 10x Tampon, 0.2 mM dNTP, her primerin 0.2 mM'si ve beyaz sinek DNA'sının 2 uL'si içeren 25 uL'lik bir son hacimde gerçekleştirin.
- Aşağıdaki PCR prosedür koşullarını kullanın: 95 ° C'de 3 dakika ilk denatürasyon ardından 45 saniye için 95 ° C'de (denatürasyon), 45 saniye boyunca 50 ° C'de (tavlama) ve 1 dakika süreyle 72 ° C'de (uzatma) 35 devir döngüsü ve Daha uzatmak için 72 ° C'de 10 dakika.
- PCR ile güçlendirilmiş ürünü bir DNA jel özütleme kiti ile önerilen protokolle temizleyin.
- Saflaştırılmış DNA örneklerini üreticinin talimatlarını izleyerek bir DNA numune sıralama sistemi ile sıralayın.
- Beyazilin kriptik türlerini tanımlamak ve diğer spesifikasyonların bulaşmasını önlemek için, Temel Yerel Hizalama Arama Aracını (BLAST) kullanarak dizileri analiz edines.
2. Endosymbiont Tanımlama ve Yerelleştirme
- Beyaz sineğin içindeki her endozimbiyonun spesifik genlerini yükseltmek için beyaz sinek DNA'sında (Adım 1.3'te edinilen) PCR yapın (PCR tarifi Bölüm 1.4'te anlatılmıştır ve PCR prosedürleri ve primerler Tablo 1'de listelenmiştir).
- Güçlendirilmiş numuneyi, her bir bakterinin spesifik genini tanımlamak için önceden yayınlanmış protokol 20'ye (1% agaroz jel, çalışma tamponu olarak Tris-asetat-EDTA, voltaj 5 V / cm) göre agaroz jel elektroforezine tabi tutun.
- Beyaz sinek içindeki bakteri türünü belirlemek için her bandı kurtarın ve sekanslayın (bkz. Bölüm 1.5-1.7).
- Daha önce yayınlanmış olan protokole göre endozimbiyonların yerlerini tanımlamak için beyaz sinekler üzerinde yerinde melezleşmeleri (FISH) gerçekleştirin 19 .
NOT: Gerekirse floresan problarının konsantrasyonunu artırın. 3. İletim Elektron Mikroskopisi (TEM) - Beyaz sinekler,% 2.5 [hac / hacim] glutaraldehit içeren fosfat tamponunda (0.1 M, pH 7.0) 4 saat boyunca daldırıp sabitleyin.
- Numuneleri fosfat tamponu (0.1 M, pH 7.0) içinde üç kez yıkayın, her seferinde 15 dakika yıkayın.
- Numuneleri, 2 saat boyunca% 1 [ağırlık / hacim] OsO 4 içeren fosfat tamponunda (0.1 M, pH 7.0) tekrar batırın ve sabitleyin.
- Numuneleri her seferinde 15 dk dereceli bir etanol serisi (% 30,% 50,% 70,% 80,% 90,% 95 ve% 100) ile kurutun.
- Numuneleri 20 dk için% 100 aseton içine aktarın ve daldırın.
- Numuneleri, oda sıcaklığında 1 saat boyunca% 100 aseton ve% 100 Spurr reçinesi (1: 1) karışımı içine yerleştirin.
- Numuneleri oda sıcaklığında 3 saat boyunca% 100 aseton ve% 100 Spurr reçinesi (1: 3) karışımına aktarın.
- Numuneleri, 9 saatten fazla süreyle% 100 Spurr reçinesine (70 ° C'de inkübe edin) aktarın ve daldırın.
- Beyaz sinek numunelerini bir mikrobana göre.
- 5-10 dakika boyunca mutlak uranyil asetata daldırarak ultra ince filmleri (bölüm 3.9'da edinilen), ardından 5-10 dakika süreyle% 50 alkalin kurşun sitrat içine daldırın.
NOT: Bölüm 3.1-3.10'da kullanılan reaktiflerin hacimleri numunelere bağlıdır. Numunelerin reaktiflere batırıldığından emin olun. - Bakteri lokalizasyonunu, şeklini ve büyüklüğünü belirlemek için transmisyon elektron mikroskopisi (15,000X) altında örnekleri inceleyin (bkz. Bölüm 4.6).
- Bir mikroskop lamı üzerine 100 uL 1x PBS solüsyonu ekleyin. Pamuk yapraklarından 3. veya 4. talaş nimflerini seçin ve onları PBS solüsyonuna daldırın.
- Bir stereomikroskop altında ince entomolojik iğneler kullanın ve bakteriomları beyaz sinek cisiminden çekin.
- Nimfin bir tarafındaki bir deliği yavaşça kesip diğerine hafifçe bastırınBakterilerin dışarı çıkmasına izin verin.
- 0.5-10 μL'lik bir pipette 20 μL'lik bir mikro yükleyici (bakteriomun boyutunu karşılamak için ön uç kesilmiş olarak) monte edin. Tekli bakteriyi PBS solüsyonundan mikro yükleyiciye çıkarın.
- Bakteriyi PBS solüsyonuna pipetle atarak ve bakteri özütleyerek diğer beyaz sinir dokularının kontaminasyonunu gidermek için bakteri yıkayın. Üç kez tekrarlayın.
- Hemen yıkanmış bakteri 60 μL 1x PBS çözeltisi içeren bir santrifüj tüpüne pipetleyin.
- Şırınga-monte edilen bakteri 5 μm filtre membranı ile filtrelenir (beyaz sinekte bakteriositlerinin bakteri ve çekirdek boyutlarına göre belirlenir). Karışık sıvıyı filtre zarından iyice geçirmek için defalarca tekrarlayın.
NOT: Daha iyi bir amplifikasyon ve sıralama sonucu elde etmek için, 100'den fazla bakteriomu bir araya getirin. Bakteri kaybını azaltmak için önce 1x PBS çözeltisi kullanarak filtre zarını ıslatın.Membrana bağlanma. - Süzüntüyü (esas olarak beyaz sinek endozimiviyonlarını içeren) bir DNA amplifikasyon kiti kullanarak, önerilen protokol ile bir miktar değişikliğe uğratarak büyütün.
- Kan veya hücrelerden genomik DNA amplifikasyonunun önerilen protokolünü seçin ve sonraki deneyler için D2 tamponu hazırlayın.
- Direkt olarak 1.5 μL süzüntü (bkz. Bölüm 4.6) santrifüj tüpüne, ardından 1.5 μL Tampon D2 ilave edin ve iyice karıştırın.
- 10 dakika boyunca buz üzerinde inkübe edin ve 1.5 mcL durdurma solüsyonu ekleyin.
- Reaksiyon tamponu ve 1 μL DNA polimeraz'dan 15 uL ekleyin ve hafifçe karıştırın.
- Karışımı 30 ° C'de 16 saat inkübe edin, bunu takiben 65 ° C'de 3 dakika inkübe edin.
- Doğrudan amplifiye süzüntü üzerinde PCR gerçekleştirin (gerekirse amplifiye edilmiş numuneleri seyreltin), bac için tasarlanmış spesifik primerler kullanarakTeria'nın bakteri türlerini teyit etmesi için (bkz. Bölüm 2.1).
- Daha önce yayınlanmış yöntem 21'e göre beyaz sinek gen beta-Aktin ve EF1 primerler kullanılarak konukçu genomunun kontaminasyon olup olmadığı teyit etmek için PCR uygulayın (PCR tarifi, bölüm 1.4'te tanımlanmıştır).
- Numunelerin kalitesini test etmek için sekanslandınlmadan önce amplifiye filtrat bir spektrofotometreye ve bir florometreye (imalatçının talimatlarına göre) tabi tutulur ve numunelerin sıralama için kriterleri karşılayıp karşılamayacağına karar verilir.
- Üretici üreticinin talimatlarına göre amplifikatı bir genom dizisine tabi tutun.
4. Whitefly Bakteriomunun Diseksiyonu ve Saflaştırılması
5. Endozymbiont Genomlarının Amplifikasyonu
6. Endosymbiont Metagenom Dizilemesi
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
B. tabaci kompleksinin Ortadoğu Küçük Asya 1 (MEAM1) türü, açıklama için bir örnek olarak alınmıştır. Beyaz sinekler ve beyazlatıcıların birkaç gelişme evresi için pamuk, bir pamuk bitkisi, yetişkin beyaz sinek ve beyaz sinekin 1., 2. ve 4. talaş nimfleri dahil olmak üzere Şekil 1'de gösterilmektedir ( 3. yaş çiçekleri, 4. talaş perdesine benzer şekilde görünür ). 4. instar nimfin 1. ve 2. instar nimflerden daha büyük olduğu açıktı ( Şekil 1 ). MEAM1 içindeki Portiera ve Hamiltonella'nın FISH analizi Şekil 2'de gösterilmektedir. Bu iki endosimiviyon beyaz sinek bakteriyositleriyle sınırlıdır ve iki bakterinin örtüşmesi de gözlemlenir. Şekil 3 , iletim elektronunu Whiteron'un Portiera endosymbiont'unun tron mikroskobu görüntüleri, Portiera'nın hücre duvarını kaybedebileceğini gösterir.
Sıralamada sırasıyla 200 bp ve 2,000 bp ekleme boyutlarına sahip iki kütüphane yapılmıştır. Sıralamadan sonra, iki kütüphane sırasıyla 1.626 Mb ve 1.302 Mb ham veri üretti. Bağdaştırıcılar ve çoğaltılmalar için bulaşma verilerini temizledikten sonra 1,484 Mb ve 1,219 Mb temiz veri elde edildi. Montaj, zorunlu sembiont Portiera için başarıyla tamamlanmış bir genom dizisine neden oldu. Ek olarak, Hamiltonella'nın bir taslak genomu da elde edildi. Hem 200 bp hem de 2.000 bp kütüphanelerine dayanan montaj 138 kontig ile sonuçlandı. Eşleştirilmiş uçlu ilişkilere göre, 138 kontig daha da 89 iskele halinde toplandı ( Tablo 2 ).
Figimg "src =" / dosyalar / ftp_upload / 55809 / 55809fig1.jpg "/>
Şekil 1: Bu Kağıdın Kullanıldığı Bitki-Böcek Sistemine Genel Bakış. ( A ) Beyaz sinekler pamuk bitkileri üzerinde yetiştirilmektedir ( Gossypium hirsutum cv. Zhe-Mian 1793). ( B ) Yetişkin bir beyaz sinek görüntüsü. ( C ) Beyaz sinir yaşam döngüsünde instar nymph'in birkaç gelişim aşaması. Kırmızı ok, whitefly'un yumurtasını belirtir; Siyah ok, whitefly'un 1. instar nimfine işaret eder; Beyaz ok, beyaz sinekin ikinci nimfine işaret eder; Mavi ok, whitefly'un 4. instar nimfine işaret eder. Bu rakamın daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen tıklayınız.
Şekil 2: Portiera , Ham Hammaddelerinin AnaliziMEAM1'in 4. Instar Nymph'ında iltonella. Cy3 ile konjuge edilmiş Portiera'ya özgü prob (kırmızı), Cy5 ile işaretlenmiş Hamiltonella spesifik probu (yeşil) kullanıldı. Ölçek çubukları = 100 μm. ( A ) Kırmızı hibridizasyon sinyalleri, karanlık alanın altında Portiera'yı temsil eder. ( B ) Yeşil hibridizasyon sinyalleri , karanlık alanda Hamiltonella'yı temsil eder. ( C ) Portiera ve Hamiltonella , karanlık alanlar altında sinyalleri birleştirdiler . ( D ) Portiera ve Hamiltonella , parlak alanın altında sinyalleri birleştirdiler . Bu rakamın daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen tıklayınız.
Şekil 3: İletim Elektron MikroskobuScopy Portiera in Whitefly resmi. Ok Portiera'nın yerini gösterir. Ölçek çubuğu = 1 μm. Bu rakamın daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen tıklayınız.
| Sembol hedefle | Hedef gen | Primer sekanslar (5'-3 ') | PCR prosedürleri | Referanslar | ||
| Portiera | 16S rRNA | Por-F: TGCAAGTCGAGCGGCATCAT | 95 ° C 1 dak., 60 ° C 1 dak., 72 ° C 1 dak., 5 çevrim; | 27 | ||
| Por-R: AAAGTTCCCGCCTTATGCGT | 9576 ° C, dakikada 58 ° C, 72 ° C'de 1 dakika, 30 çevrim; | |||||
| 72 ° C 20 dak. | ||||||
| Hamiltonella | 16S rRNA | Ham-F: TGAGTAAAGTCTGGGAATCTGG | 95 ° C 1 dak., 60 ° C 1 dak., 72 ° C 1 dak., 5 çevrim; | 27 | ||
| Ham-R: CCCGGGAACGTATTCACCGTAG | 95 ° C 1 dak., 58 ° C 1 dak., 72 ° C 1 dak., 30 çevrim; | |||||
| 72 ° C 20 dak. | ||||||
| Rickettsia | 16S rRNA | Ric-F: GCTCAGAACGAACGCTATC | 95 ° C 2 dak; | 24 | ||
| Ric-R: GAAGGAAAGCATCTCTGC | 92 ° C 1 dak, 58 °C 1 dk, 72 ° C 90 s, 30 devir; | |||||
| 72 ° C 5 dak. | ||||||
| Arsenophonus | 23S rRNA | Ars-F: CGTTTGATGAATTCATAGTCAAA | 95 ° C 5 dak; | 28 | ||
| Ars-R: GGTCCTCCAGTTAGTGTTACCCAAC | 95 ° C 30 saniye, 60.5 ° C 30 saniye, 72 ° C 45 saniye, 30 devir; | |||||
| 72 ° C 10 dak. | ||||||
| Cardinium | 16S rRNA | Araba-F: TACTGTAAGAATAAGCACCGGC | 95 ° C 2 dak. | 29 | ||
| Car-R: GTGGATCACTTAACGCTTTCG | 92 ° C 1 dak, 57 ° C 1 dak, 72 ° C 90 s, 30 çevrim; | |||||
| 72 ° C 5 dak. | ||||||
| Wolbachia | 16S rRNA | Wol-F: TTGTAGCCTGCTATGGTATAACT | 94 ° C 5 dak; | 30, 31 | ||
| Wol-R: GAATAGGTATGATTTTCATGT | 94 ° C 1 dak, 55 ° C 1 dak, 72 ° C 1 dak, 35 çevrim | |||||
| Fritschea | 23S rRNA | Fri-F: GATGCCTTGGCATTGATAGGCGATGAAGGA | 95 ° C 5 dak; | 32 | ||
| Fri-R: TGGCTCATCATGCAAAAGGCA | 94 ° C 1 dak, 64 ° C 1 dak, 72 ° C 90 s, 35 çevrim; | |||||
| 72 ° C 5 dak. | ||||||
| Hemipteriphilus | groEL | OR-groEL-F: CACCWAAAATTACTAAAGATGG | 94 ° C 3 dak; | 18 | ||
| OR-groEL-R: TAGAARTCCATWCCKCCCATWC | 94 ° C 30 saniye, 52 ° C 30 saniye, 72 ° C 2 dakika, 34 devir; | |||||
| 72 ° C 10 dak. | ||||||
Tablo 1: Whitefly'taki Endosimbonların PCR Primerleri ve Prosedürleri.
| Portiera | Hamiltonella | |
| Kontig sayısı | 1 | 138 |
| Iskele numarası a | 1 | 89 |
| Toplam uzunluk, bp | 358232 | 1711449 |
| N50, bp | / | 118802 |
| N90, bp | / | 16753 |
| Maksimum uzunluk, bp | / | 390511 |
| Minimum uzunluk, bp | / | 503 |
| GC içeriği,% | 26.18 | 39.89 |
| Aşağıda sunulan bilgiler, tümünde iskele dayanmaktadır. | ||
Tablo 2: Portiera ve Hamiltonella Taslak Genomunun Genel Özellikleri .
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
Yazarların açıklayacak bir şeyi yok.
Acknowledgments
Bu araştırma için maddi destek Ulusal Anahtar Araştırma ve Geliştirme Programı (2016YFC1200601) ve Çin Ulusal Doğa Bilimleri Vakfı (31390421) tarafından sağlanmıştır.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Taq DNA polymerase | Takara | R001A | including rTaq, 10×Buffer and dNTP |
| Gel DNA extraction kit | Qiagen | 28704 | |
| DNA sample sequencing system | ABI | ABI-3730XL | |
| Microtome | Leica | EM UC7 | |
| Transmission electron microscopy | Hitachi | H-7650 TEM | |
| Stereo microscope | Zeiss | Stemi 2000-C | |
| 20 μL microloader | Eppendorf | F2771951 | |
| Filter holder | Millipore | SX0001300 | |
| Filter membrane filter | Millipore | SMWP001300 | 5.0 μm SMWP |
| REPLI-g UltraFast Mini Kit | Qiagen | 150033 | DNA amlification kit |
| NanoDrop | Thermo Scientific | NanoDrop 2000 | |
| Qubit Fluorometer | Thermo Fisher Scientific | Q33216 | |
| Genome Sequencer | Illumina | Hiseq 2000 |
References
- Buchner, P. Endosymbiosis of animals with plant microorganisms. J. Basic Microbiol. 7 (2), Interscience. New York. (1967).
- Sloan, D. B., Moran, N. A. Endosymbiotic bacteria as a source of carotenoids in whiteflies. Biol. Letters. 8 (6), 986-989 (2012).
- Stouthamer, R., Breeuwer, J. A., Hurst, G. D. Wolbachia pipientis: microbial manipulator of arthropod reproduction. Annu. Rev. Microbiol. 53, 71-102 (1999).
- Brumin, M., Kontsedalov, S., Ghanim, M. Rickettsia influences thermotolerance in the whitefly Bemisia tabaci B biotype. Insect Sci. 18 (1), 57-66 (2011).
- Hansen, A. K., Degnan, P. H. Widespread expression of conserved small RNAs in small symbiont genomes. ISME J. 8, 2490-2502 (2014).
- Moran, N. A., McCutcheon, J. P., Nakabachi, A. Genomics and evolution of heritable bacterial symbionts. Annu. Rev. Genet. 42, 165-190 (2008).
- Shigenobu, S., Watanabe, H., Hattori, M., Sakaki, Y., Ishikawa, H. Genome sequence of the endocellular bacterial symbiont of aphids Buchnera sp. APS. Nature. 407, 81-86 (2000).
- Nikoh, N., et al.
- Sloan, D. B., et al. Parallel histories of horizontal gene transfer facilitated extreme reduction of endosymbiont genomes in sap-feeding insects. Mol. Biol. Evol. 31 (4), 857-871 (2014).
- Xue, J., et al. Genomes of the rice pest brown planthopper and its endosymbionts reveal complex complementary contributions for host adaptation. Genome Biol. 15 (12), 521 (2014).
- Campbell, M. A., et al. Genome expansion via lineage splitting and genomereduction in the cicada endosymbiont Hodgkinia. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 112 (33), 10192-10199 (2015).
- Wilson, A. C., et al. Genomic insight into the amino acid relations of the pea aphid, Acyrthosiphon pisum, with its symbiotic bacterium Buchnera aphidicola. Insect Mol. Biol. 19, 249-258 (2010).
- Degnan, P. H., Ochman, H., Moran, N. A. Sequence conservation and functional constraint on intergenic spacers in reduced genomes of the obligate symbiont Buchnera. PLoS Genet. 7 (9), e1002252 (2011).
- Nakabachi, A., et al. The 160-kilobase genome of the bacterial endosymbiont Carsonella. Science. 314 (5797), 267 (2006).
- De Barro, P. J., Liu, S. S., Boykin, L. M., Dinsdale, A. B. Bemisia tabaci: a statement of species status. Annu. Rev. Entomol. 56, 1-19 (2011).
- Himler, A. G., et al. Rapid spread of a bacterial symbiont in an invasive whitefly is driven by fitness benefits and female bias. Science. 332 (6026), 254-256 (2011).
- Bing, X. L., Ruan, Y. M., Rao, Q., Wang, X. W., Liu, S. S. Diversity of secondary endosymbionts among different putative species of the whitefly Bemisia tabaci. Insect Sci. 20 (2), 194-206 (2013).
- Bing, X. L., Yang, J., Zchori-Fein, E., Wang, X. W., Liu, S. S. Characterization of a newly discovered symbiont of the whitefly Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae). Appl. Environ. Microbiol. 79 (2), 569-575 (2013).
- Kliot, A., et al. Fluorescence in situ hybridizations (FISH) for the localization of viruses and endosymbiotic bacteria in plant and insect tissues. J. Vis. Exp. (84), e51030 (2014).
- Lee, P. Y., Costumbrado, J., Hsu, C., Kim, Y. H. Agarose gel electrophoresis for the separation of DNA fragments. J. Vis. Exp. (62), e3923 (2012).
- Rao, Q., et al. Genome reduction and potential metabolic complementation of the dual endosymbionts in the whitefly Bemisia tabaci. BMC Genomics. 16 (1), 226 (2015).
- Thao, L. L., Baumann, P. Evolutionary relationships of primary prokaryotic endosymbionts of whiteflies and their hosts. Appl. Environ. Microbiol. 70 (6), 3401-3406 (2004).
- Zhu, D. T., et al. Sequencing and comparison of the Rickettsia genomes from the whitefly Bemisia tabaci Middle East Asia Minor I. Insect Sci. 23 (4), 531-542 (2016).
- Gottlieb, Y., et al. Identification and localization of a Rickettsia sp. in Bemisia tabaci (HomopteraAleyrodidae). Appl. Environ. Microbiol. 72 (5), 3646-3652 (2006).
- Zhang, C. R., et al. Differential temporal changes of primary and secondary bacterial symbionts and whitefly host fitness following antibiotic treatments. Sci. Rep. 5, 15898 (2015).
- Shan, H. W., et al. Temporal changes of symbiont density and host fitness after rifampicin treatment in a whitefly of the Bemisia tabaci species complex. Insect Sci. 23 (2), 200-214 (2016).
- Zchori-Fein, E., Brown, J. K. Diversity of prokaryotes asscociated with Bemisia tabaci (Gennadius) (Hemiptera: Aleyrodidae). Ann. Entomol. Soc. Am. 95 (6), 711-718 (2002).
- Thao, M. L., Baumann, P. Evolutionary relationships of primary prokaryotic endosymbionts of whiteflies and their hosts. Appl. Environ. Microbiol. 70 (6), 3401-3406 (2004).
- Zchori-Fein, E., Perlman, S. J. Distribution of the bacterial symbiont Cardinium in arthropods. Mol. Ecol. 13 (7), 2009-2016 (2004).
- O'Neill, S. L., Giordano, R., Colbert, A. M., Karr, T. L., Robertson, H. M. 116S rRNA phylogenetic analysis of the bacterial endosymbionts associated with cytoplasmic incompatibility in insects. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 89 (7), 2699-2702 (1992).
- Nirgianaki, A. Wolbachia infections of the whitefly Bemisia tabaci. Curr. Microbiol. 47 (2), 93-101 (2003).
- Everett, K. D., Thao, M. L., Horn, M., Dyszynski, G. E., Baumann, P. Novel chlamydiae in whiteflies and scale insects: endosymbionts 'Candidatus Fritschea bemisiae' strain Falk and 'Candidatus Fritschea eriococci' strain Elm. Int. J. Syst. Evol. Micr. 55, 1581-1587 (2005).
