Évaluation du risque et de la prévalence du cancer colorectal par détection de l’intégrité de l’ADN des selles
Summary
Le kit de DIAGNOSTIC PRÉSENTÉ FL-ADN est une méthode de gain de temps et conviviale pour déterminer la probabilité fiable de la présence de lésions de cancer colorectal.
Abstract
De nos jours, l’ADN des selles peut être isolé et analysé par plusieurs méthodes. Les longs fragments d’ADN dans les selles peuvent être détectés par un essai qPCR, qui fournit une probabilité fiable de la présence de lésions côlorectiques pré-néoplastiques ou néoplastiques. Cette méthode, appelée fluorescence long DNA (FL-ADN), est une procédure rapide et non invasive qui est une amélioration par rapport au système de prévention primaire. Cette méthode est basée sur l’évaluation de l’intégrité de l’ADN fécal par amplification quantitative de cibles spécifiques de l’ADN génomique. En particulier, l’évaluation des fragments d’ADN de plus de 200 bp permet de détecter les patients atteints de lésions côlorectaux avec une spécificité très élevée. Cependant, ce système et tous les tests d’ADN des selles actuellement disponibles présentent des problèmes généraux qui doivent être abordés (p. ex., la fréquence à laquelle les tests devraient être effectués et le nombre optimal d’échantillons de selles prélevés à chaque point de vue pour chaque individu). Cependant, le principal avantage de l’ADN FL est la possibilité de l’utiliser en association avec un test actuellement utilisé dans le programme de dépistage du CRC, connu sous le nom de test sanguin occulte fécical à base d’immunochimie (iFOBT). En effet, les deux tests peuvent être effectués sur le même échantillon, réduisant les coûts et réalisant une meilleure prévision de la présence éventuelle de lésions côlorectaux.
Introduction
Le cancer colorectal (CRC) provient d’un processus en plusieurs étapes dans lequel l’épithélium sain se développe lentement en adéomes ou polypes, qui progressent dans les carcinomes malins au fil du temps1,2. Malgré le taux d’incidence élevé du CRC, on a observé une tendance à la baisse du pourcentage de décès au cours de la dernière décennie3. En effet, les premiers outils de diagnostic adoptés dans les programmes de dépistage ont conduit à la détection et à l’élimination précoces des adéomes pré-néoplastiques ou des polypes4. Cependant, en raison des différentes limites techniques, aucune de ces méthodes n’est optimale. En effet, afin d’améliorer la sensibilité et la spécificité, de nombreux tests d’ADN des selles ont été proposés seuls ou en combinaison avec les tests diagnostiques de routineactuels 5,6.
Typiquement, la muqueuse saine se jette dans les colonocytes apoptotiques de cours d’eau fécal, tandis que la muqueuse malade exfolie les colonocytes non apoptotiques. Des fragments de 200 bp ou plus de longueur caractérisent l’ADN non apoptotique. Cet ADN est appelé l’ADN long (L-ADN) et est devenu un biomarqueur utilisant pour le diagnostic tôt de CRC. L’ADN L peut être isolé du spécimen de selles et quantifié par qPCR à l’aide d’un diagnostic in vitro FL-ADN kit7,8,9,10,11,12.
Le test se compose de deux essais pour la détection de fragments d’ADN FL allant de 138 bp à 339 bp. Chaque essai permet l’amplification de FL-ADN (FAM) ainsi que l’ADN de pointe (HEX). Pour assurer une amplification optimale de tous les fragments, le test a été divisé en deux essais (nommés « A » et « B »). L’essai A détecte deux régions d’exon 14 du gène APC (NM_001127511) et un fragment d’exon 7 du gène TP53 (NM_001276760). L’essai B détecte un fragment d’exon 14 du gène APC (NM_001127511) et deux régions d’exons 5 et 8 du gène TP53 (NM_001276760). Les essais ne font pas de distinction entre les régions détectées. L’ADN de pointe correspond à l’ADN du saumon Oncorhynchus keta et permet de vérifier que la procédure a été effectuée correctement et vérifie la présence possible d’inhibiteurs, ce qui peut donner de faux résultats négatifs. La concentration FL-ADN est évaluée par quantification absolue en utilisant la méthode de courbe standard et est exprimée comme ng/réaction.
La méthode FL-ADN est un test d’ADN de selles non invasif et peu coûteux qui, combiné avec le test sanguin occulte féctique immunochimique (iFOBT), est actuellement utilisé dans les programmes de dépistage du CRC et permet de meilleures prédictions des lésions d’adénonomique de CRC et/ou à haut risque12.
Protocol
Representative Results
Discussion
Des études antérieures ont démontré que l’analyse de l’intégrité de l’ADN des selles extraites par des approches manuelles et semi-automatiques peut représenter un outil alternatif pour la détection précoce des lésions colorectales7,8,9,10,11,12. Des tests de dépistage moléculaires et non invasifs ont été …
Divulgazioni
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Les auteurs n’ont aucune reconnaissance.
Materials
| 1.5 mL and 2 mL polypropylene twist-lock tubes (DNase-, RNase-, DNA-, PCR inhibitor-free) | Consumables required for DNA extraction and Real Time PCR | ||
| Absolute Ethanol (quality of analytical degree) | Reagent required for DNA extraction | ||
| Benchtop centrifuge | Maximum speed of 20000 x g. Instrument required for DNA extraction | ||
| EasyPGX analysis software version 2.0.0 | Diatech Pharmacogenetics | RT800-SW | Analysis software |
| EasyPGX centrifuge/vortex 8-well strips | Diatech Pharmacogenetics | RT803 | Instrument recommended for the Real Time PCR assay |
| EasyPGX qPCR instrument 96 | Diatech Pharmacogenetics | RT800-96 | Instrument recommended for the Real Time PCR assay |
| EasyPGX ready FL-DNA | Diatech Pharmacogenetics | RT029 | Kit required for the Real Time PCR assay |
| Micropipettes (volumes from 1 to 1.000 µL) | Consumables required for DNA extraction and Real Time PCR | ||
| Powder-free disposable gloves | Consumables required for DNA extraction and Real Time PCR | ||
| QIAamp Fast DNA Stool | Qiagen | 51604 | Kit recommended for the DNA extraction and purification from stool |
| Sterile filter tips DNase-, RNase-free (volumes from 1 to 1.000 µL) | Consumables required for DNA extraction and Real Time PCR | ||
| Thermal block e.g. EasyPGX dry block | Diatech Pharmacogenetics | RT801 | Instrument required for DNA extraction |
| Vortex e.g. EasyPGX centrifuge/vortex 1.5 ml | Diatech Pharmacogenetics | RT802 | Instrument required for DNA extraction |
Riferimenti
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