Multiprotein kompleksleri Karşılaştırmalı Analizi için Yeni Bir Yaklaşım dayanarak<sup> 15</sup> N Metabolik Etiketleme ve Kantitatif Kütle Spektrometre
Summary
Tarif edilen karşılaştırmalı nicel proteomik yaklaşım, farklı koşullar altında multiprotein komplekslerinin bileşimi içine bir bakış açısı elde etmeyi amaçlamaktadır ve genetik olarak farklı suşların karşılaştırılması ile gösterilmiştir. Kantitatif analiz için bir sükroz yoğunluk gradyanı farklı fraksiyonların eşit hacimleri kütle spektrometresi ile analiz edilir ve karıştırılır.
Abstract
Katılan protokolü, farklı koşullar altında kompleks bileşim içine bir bakış açısı ortaya çıkararak, thylakoid zarında multiprotein kompleksleri analizi için bir araç sağlar. Bu protokolde yaklaşım, genetik olarak farklı cinslerinden izole edilmiş Chlamydomonas reinhardtii içinde siklik elektron akışı (CEF), karmaşık sorumlu proteinin bileşimin karşılaştırılması ile gösterilmiştir. Prosedür, ayırıcı metabolik etiketleme (14 N / N 15) göre sükroz yoğunluk gradyanı ile santrifüjleme, SDS-PAGE, İmmuno ve karşılaştırma, kantitatif kütle spektrometrisi (MS) ile multiprotein kompleksler onların ayrılması takip thylakoid membran izolasyonunu içerir, analiz suşları. Deterjan çözünmüş thylakoid zarlar eşit klorofil konsantrasyonunda sakaroz yoğunluk dereceleri üzerine yüklenir. Ultrasantrifüje edildikten sonra, kütle-gradyanlar spectromet ile analiz edilir fraksiyonlar, ayrılırry eşit hacmine göre. Bu yaklaşım ayrıca degrade kesirleri içinde kompozisyonun soruşturma ve özellikle ANR1, CAS ve PGRL1 odaklanarak, farklı proteinlerin göç davranışlarını analiz etmeyi sağlar. Ayrıca, bu yöntem, (daha önceki çalışmalardan elde edilen daha önceden PGRL1, FNR'nin olarak CEF-supercomplex parçası olmak için tarif edilmiş proteinlerin tanımlanması ve PSI-bağımlı geçiş bulguları destekleyen ve immüno-lekeleme ile birlikte ve ayrıca sonuçları teyit ile gösterilmiştir cyt f). Özellikle, bu yaklaşım bu protokol kabul edilebilir ve örneğin, farklı çevre koşullarına izole multiprotein karmaşık bileşim karşılaştırmalı analiz için kullandığı için soru geniş bir adres için geçerlidir.
Introduction
Bitki ve alglerin thylakoid zarlarında fotosentez süreçleri doğrusal ve döngüsel modda çalışabilir. Doğrusal elektron akışı (LEF) fotosistem I (PSI), fotosistem II (PSII) ve sitokrom b 6 / f sırasında sonuç olarak NADPH ve ATP 2'nin üretimi yol açan, su, NADP + 1 için elektron transfer. Buna karşılık, durum 2 3 ve anaerobik koşullar 4, geri elektron nakil zincirine elektron enjekte yükseltgenmiştir PSI yeniden azalma sonuçları gibi çeşitli çevresel koşullar altında neden olduğu bilinen bir siklik elektron akışı (CEF). Bu süreç sitokrom b 6 / f kompleks 1 stromal tarafında veya plastokinon havuzda 5 de ya gerçekleşecek ve ATP üretir, ama hiçbir NADPH 2 olabilir.
Sunulan protokol amacı, kütle spektrometrisi (MS) bazlı m göstermektir(genetik olarak farklı suşlar karşılaştırılması ile örneklenen) farklı koşullar altında, bu komplekslerin bileşimine anlamak için Chlamydomonas reinhardtii thylakoid zarlarında multiprotein komplekslerinin karşılaştırmalı, kantitatif analiz için ethod. Bu yaklaşım Terashima ve arkadaşlarının yaptığı bir yayında uygulanmıştır. 2012'de C. CEF bir Ca 2 +-bağımlı düzenlenmesini gösteren Proteinlerin CAS, ANR1 ve PGRL1 6 da dahil olmak üzere bir multiprotein kompleksi tarafından aracılık reinhardtii. Bu prosedür, nispeten böylece etiketleme ağır azot (15 N) ile iki suşlarının bir yararlanarak, iki genetik olarak farklı suşlarda CEF-supercomplex bileşimini analiz ederek açıklanacaktır. Kısaca, protokol deterjan çözünmesi ve bir sükroz yoğunluk gradyanı içinde fotosentetik komplekslerin parçalanması, ardından thylakoid membran hazırlanmasını içerir. Gradyan ayrışımdan sonra frac seçileniki suş tions karıştırılmış, eşit hacimde göre in-jel sindirim ve daha sonra kantitatif MS analizi ile ve ardından SDS-PAGE ile ayrılmıştır.
Yukarıda belirtildiği gibi, CEF farklı çevresel koşullar altında ve 2010 bağlı bir yayın durumundan C. 2 kilitli hücreleri fonksiyonel CEF-supercomplex izolasyonunu olduğunu göstermektedir ultrasantrifüj sırasında bir sükroz yoğunluk gradyanı üzerinde çözündürülmüş thylakoid membranlar ayrılması ile gerçekleştirilmiştir ki, 7, reinhardtii. Iwai et al. 7'den farklı olarak, sunulan protokol anaerobik yetiştirilen C ila CEF-supercomplex izolasyonunu anlatmaktadır alternatif bir prosedür izleyerek reinhardtii kültürler. Bu thylakoid izolasyon protokolde değişiklikler gibi çözündürme adım ilişkin farklılıklar ve ultra-santrifüj ile protein kompleksleri ayrılmasını içerir. Mevcut protokolde, thylakoid membranlartamponlar Iwai ve arkadaşları tarafından thylakoid hazırlanması için kullanılan süre, Chua ve Bennoun 8 tarafından yayınlanan prosedürü uygulanarak izole edildi ark. 9, tarif edildiği gibi 25 mM Mes, 0.33 M sükroz, 5 mM MgCl2, 1.5 mM NaCI (pH 6.5) ihtiva etmiştir. Burada tarif edilen çözündürme yöntemi,% 0.9 deterjan kullanımına dayanır ise çözündürme, Iwai ve arkadaşları durumunda, buz üzerinde 30 dakika boyunca% 0,7-0,8 deterjan (n-tridesil-β-D-maltozit) ile gerçekleştirildi (n -Dodesil-β-D-maltozit (β-DM)) ve buz üzerinde sadece 20 dakika boyunca gerçekleştirilir. Her iki grup da, ilgili bir deterjan ile çözündürme için ml başına 0.8 mg klorofil kullanılır. Bu protokolün yazarlar arasında değişen konsantrasyonlarda kullanılır ise çözünmüş thylakoid zarlarından fotosentez komplekslerin ayrılması için Iwai vd., 0,1-1,3 M arasında sukroz konsantrasyonları uygulanan 0.4-1.3 M. son farkı kıyasla düşük santrifüj hız, ea içinrlier yayın.
Sukroz yoğunluk gradyan ayırma işlemiyle, ardından iyonik olmayan deterjan ile thylakoid membran Çözündürülmesi zaten 1980'lerden ve proteinlerin metabolik etiketleme uygulama proteomik alanında yaygın bir yöntemdir bugün 7, 9-14 kadar değişen çeşitli çalışmalarda uygulanmıştır. Tarif edilen yaklaşım, kütleye gelen tüm amino asitlerin dahil edilen 15 N NH4CI, şeklinde tek azot kaynağı olarak ağır azot varlığında içinde kültürlenmesi ile karşılaştırıldığında, iki soylarının biri için 15 N metabolik etiketleme geçerlidir Peptidin amino asit sekansına bağlı olarak kaydırır. Bir MS çalıştırmak içinde 14 N ve 15 N bir karışımı analiz edildiğinde, bu kitle kayma her bir peptidin ve bolluğu karşılık gelir göreceli zengindi temsil hesaplanabilir göreli peptit için örnek kaynağını belirlemek için kullanılabilirprotein 15 ing.
C üzerinde çok sayıda nicel proteomiks çalışmalar reinhardtii deneysel koşullar (nedeniyle, 16-19 besin ya da hafif stres 20,21 için proteomun örneğin değişiklikler) arasındaki proteomun değişiklikleri analiz etmek için protein tanımlanmış bir miktarını karşılaştırmak ki, kullanılabilir. Bu çalışmalara göre, şu anda sunulan bir yaklaşımla numune eşit hacimleri birleştirilir ve analiz edilir. Bu kurulum, gradyanın içinde proteinlerin göç davranışını incelemek için ve ayrıca incelenmiştir suşları ile ilgili olarak farklı komplekslerin bileşimini analiz etmeyi sağlar.
Bu yöntem esas olarak üç proteinler üzerinde yoğunlaşarak izah edilecektir: ilk aday C. fotoğraf iklimlendirme dahil olmak üzere gösterilmiştir kloroplast-lokalize kalsiyum sensör protein CAS, bir reinhardtii 22. Kalsiyum önemli bir sinyal olarak kabul edilirSonunda gen ifadesi ve hücre fizyolojisi 23 değişikliklere yol açan, farklı biyotik ve abiyotik streslere aktive edilir ve kloroplastlar CAS proteinin 22,24,25 aracılığıyla sinyal + hücresel Ca 2 katkıda olabileceği ileri sürülmüştür yollar için iyon ing. İkinci protein ANR1 (anaerobik yanıt 1 6), C de oksijensiz büyüme koşulları altında tetiklendiği gösterilmiştir bir proteindir reinhardtii 26. Özellikle, CAS hem de ANR1 CEF-supercomplex ve dahası, ters genetik yaklaşımlar kullanılarak, bu her iki proteinin de, bu protein kompleksinin alt birimlerinin işlevsel olarak destekleyici bir rol, in vivo 6'da CEF fonksiyonel katkıda bulunduğu gösterilmiştir alt-birimleri olarak tanımlanmıştır. Üçüncü protein Chlamydomonas 4,27 hem de Arabidopsis 5,28 CEF dahil olduğu gösterilmiştir ve aynı zamanda id oldu thylakoid protein PGR5-1 gibi (PGRL1) 'dirIwai ve arkadaşları çalışmalarında yazısından. 7
, Vahşi tip (WT) (genel), bir ΔPSI 29 soyu karşı PSAB geninin bir silinmesini arzeden, aynı zamanda bir parçası olan bir alt biriminden bir temel fotosistem kodlayan Bu yaklaşım iki farklı deney sonuçlarını gösteren tarafından sunulacak CEF-supercomplex ve WT vs pgrl1 knock-out gerginlik 4. Bu deneylerin her biri için bir 15 N-ve 14 N-etiketli suşu karşılaştırılmıştır arasındaki CEF-supercomplex kantitatif bileşimi.
Protocol
Representative Results
Discussion
Kararlı izotop etiketleme kullanarak farklı kantitatif proteomik çalışmalar son yıllarda yayınlanmıştır. Bu deneylerde, genellikle iki farklı numune bir numune istikrarlı bir izotop ile etiketli olan, karşılaştırılmıştır. Bundan sonra her iki numune ikinci proteinler veya peptitler eşit oranda bir araya getirilmekte ve daha birlikte 48 işlenir. Bu tür çalışmalar genellikle araştırmak için farklı stres koşullarına 26,34,49 maruz tanımlanan izole edilmiş hücre bölm…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
MH "Deutsche Forschungsgemeinschaft" (DFG) destek kabul eder. Yazar katkıları: MH tasarlanmış araştırma; KT, JS ve MT araştırma yapıldı ve verileri analiz KT ve MH kağıt yazdı.
Materials
| Chemicals | |||
| Acetic acid | AppliChem webiste: http://www.applichem.com/home/ |
A0662 | |
| Acetone | AppliChem webiste: http://www.applichem.com/home/ |
A2300 | |
| Acetonitrile Optigrade für LC-MS | Diagonal website: https://www.diagonal.de/ |
9340 | harmful, work with gloves see protocol text for further precautions |
| Ammonium chloride 15N | Cambridge Isotope Laboratories website: http://www.isotope.com/cil/index.cfm |
39466-62-1 | |
| Ammonium chloride 14N | AppliChem webiste: http://www.applichem.com/home/ |
A0988 | |
| Ammonium hydrogenphosphate | AppliChem webiste: http://www.applichem.com/home/ |
A3583 | |
| Ammonium sulfate | AppliChem webiste: http://www.applichem.com/home/ |
A3598 | |
| Coomassie brilliant blue R-250 | Fisher Scientific website: http://www.de.fishersci.com/index.php/deindex |
10041653 | |
| n-Dodecyl-β-D-maltoside | AppliChem webiste: http://www.applichem.com/home/ |
A0819 | |
| EDTA | AppliChem webiste: http://www.applichem.com/home/ |
A2937 | |
| Formic acid | AppliChem webiste: http://www.applichem.com/home/ |
A3858 | |
| Hepes | AppliChem webiste: http://www.applichem.com/home/ |
A3724 | |
| Magnesium chloride | AppliChem webiste: http://www.applichem.com/home/ |
A4425 | |
| Methanol | AppliChem webiste: http://www.applichem.com/home/ |
A2954 | |
| Phosphorous acid | AppliChem webiste: http://www.applichem.com/home/ |
A0989 | |
| Di-Potassium hydrogenphosphate | AppliChem webiste: http://www.applichem.com/home/ |
A1042 | |
| Potassium di-hydrogenphosphate | AppliChem webiste: http://www.applichem.com/home/ |
A1043 | |
| Sodium hydroxide | AppliChem webiste: http://www.applichem.com/home/ |
A1551 | |
| Sucrose | AppliChem webiste: http://www.applichem.com/home/ |
A1125 | |
| Tricine | AppliChem webiste: http://www.applichem.com/home/ |
A3954 | |
| Tris | AppliChem webiste: http://www.applichem.com/home/ |
A2264 | |
| Trypsin (sequencing grade modified) and Trypsin buffer | Promega website: http://www.promega.de/ |
V5111 | |
| Equipment | |||
| Neboulizer (BioNeb cell disruptor) | Glas-Col website: http://www.glascol.com/product/subproduct/id/75 |
||
| Centrifuge tubes (14 x 89 mm) for preparation of takahashi style gradients |
Beckman Coulter website: http://www.beckmancoulter.de/ |
331372 | |
| Centrifuge tubes 25 x 89 mm for preparation of thylakoid isolation gradients |
Beckman Coulter website: http://www.beckmancoulter.de/ |
344058 | |
| Coulter Avanti Centrifuge J-20 XP | Beckman Coulter website: http://www.beckmancoulter.de/ |
||
| Fuchs-Rosenthal cell couting chamber | Diagonal website: https://www.diagonal.de/ |
449/72 | |
| Homogenizer (Potter) 50 ml | Fisherbrand website: http://www.de.fishersci.com/index.php/defisherbrand |
10618242 | |
| Pistil for homogenizer | Fisherbrand website: http://www.de.fishersci.com/index.php/defisherbrand |
105252220 | |
| Ultracentrifuge (Optima XPN-80 Ultracentrifuge) | Beckman Coulter website: http://www.beckmancoulter.de/ |
||
| 기타 | |||
| Antibodies | Agrisera website: http://www.agrisera.com/en/index.html |
References
- Joliot, P., Joliot, A. Cyclic electron flow in C3 plants. Biochim. Biophys. Acta. 1757 (5-6), 362-368 (2006).
- Shikanai, T. Cyclic electron transport around photosystem I: genetic approaches. Annu. Rev. Plant Biol. 58, 199-217 (2007).
- Finazzi, G., Furia, A., Barbagallo, R. P., Forti, G. State transitions, cyclic and linear electron transport and photophosphorylation in Chlamydomonas reinhardtii. Biochim. Biophys. Acta. 1413 (3), 117-129 (1999).
- Tolleter, D., et al. Control of hydrogen photoproduction by the proton gradient generated by cyclic electron flow in Chlamydomonas reinhardtii. Plant Cell. 23 (7), 2619-2630 (2011).
- Hertle, A. P., et al. PGRL1 Is the Elusive Ferredoxin-Plastoquinone Reductase in Photosynthetic Cyclic Electron Flow. Mol. Cell. 49 (3), 511-523 (2013).
- Terashima, M., et al. Calcium-dependent regulation of cyclic photosynthetic electron transfer by a CAS, ANR1, and PGRL1 complex. PNAS. 109 (43), 17717-17722 (2012).
- Iwai, M., Takizawa, K., Tokutsu, R., Okamuro, A., Takahashi, Y., Minagawa, J. Isolation of the elusive supercomplex that drives cyclic electron flow in photosynthesis. Nature. 464 (7292), 1210-1213 (2010).
- Chua, N. H., Bennoun, P. Thylakoid Membrane Polypeptides of Chlamydomonas reinhardtii: Wild-Type and Mutant Strains Deficient in Photosystem II Reaction Center. PNAS. 72 (6), 2175-2179 (1975).
- Takahashi, H., Iwai, M., Takahashi, Y., Minagawa, J. Identification of the mobile light-harvesting complex II polypeptides for state transitions in Chlamydomonas reinhardtii. PNAS. 103 (2), 477-482 (2006).
- Ikeuchi, M., Plumley, F. G., Inoue, Y., Schmidt, G. W. Phosphorylation of Photosystem II Components, CP43 Apoprotein, D1, D2, and 10 to 11 Kilodalton Protein in Chloroplast Thylakoids of Higher Plants. Plant Physiol. 85 (3), 638-642 (1987).
- Ruban, A. V., Lee, P. J., Wentworth, M., Young, A. J., Horton, P. Determination of the Stoichiometry and Strength of Binding of Xanthophylls to the Photosystem II Light Harvesting Complexes. J. Biol. Chem. 274 (15), 10458-10465 (1999).
- Barera, S., Pagliano, C., Pape, T., Saracco, G., Barber, J. Characterization of PSII-LHCII supercomplexes isolated from pea thylakoid membrane by one-step treatment with α- and β-dodecyl-D-maltoside. Phil. Trans. R. Soc. B. 367 (1608), 3389-3399 (2012).
- Kantzilakis, K., et al. A comparative approach towards thylakoid membrane proteome analysis of unicellular green alga Scenedesmus obliquus. Biochim. Biophys. Acta. 1768 (9), 2271-2279 (2007).
- Takahashi, Y., Yasui, T., Stauber, E. J., Hippler, M. Comparison of the subunit compositions of the PSI-LHCI supercomplex and the LHCI in the green alga Chlamydomonas reinhardtii. 생화학. 43 (24), 7816-7823 (2004).
- Thelen, J. J., Peck, S. C. Quantitative proteomics in plants: choices in abundance. Plant Cell. 19 (11), 3339-3346 (2007).
- Hsieh, S., et al. The Proteome of Copper, Iron, Zinc, and Manganese Micronutrient Deficiency in Chlamydomonas reinhardtii. Mol. Cell. Proteom. 12 (1), 65-86 (2013).
- Longworth, J., Noirel, J., Pandhal, J., Wright, P. C., Vaidyanathan, S. HILIC- and SCX-based quantitative proteomics of Chlamydomonas reinhardtii during nitrogen starvation induced lipid and carbohydrate accumulation. J. Proteome Res. 11 (12), 5959-5971 (2012).
- Malasarn, D., et al. Zinc deficiency impacts CO2 assimilation and disrupts copper homeostasis in Chlamydomonas reinhardtii. J. Biol. Chem. 288 (15), 10672-10683 (2013).
- Höhner, R., et al. The metabolic status drives acclimation of iron deficieny responses in Chlamydomonas reinhardtii as revealed by proteomics based hierarchical clustering and reverse genetics. Mol. Cell. , (2013).
- Mahong, B., Roytrakul, S., Phaonaklop, N., Wongratana, J., Yokthongwattana, K. Proteomic analysis of a model unicellular green alga, Chlamydomonas reinhardtii, during short-term exposure to irradiance stress reveals significant down regulation of several heat-shock proteins. Planta. 235 (3), 499-511 (2012).
- Förster, B., Mathesius, U., Pogson, B. J. Comparative proteomics of high light stress in the model alga Chlamydomonas reinhardtii. Proteomics. 6 (15), 4309-4320 (2006).
- Petroutsos, D., et al. The chloroplast calcium sensor CAS is required for photoacclimation in Chlamydomonas reinhardtii. Plant Cell. 23 (8), 2950-2963 (2011).
- Dodd, A. N., Kudla, J., Sanders, D. The language of calcium signaling. Annu. Rev. Plant Biol. 61, 593-620 (2010).
- Nomura, H., Komori, T., Kobori, M., Nakahira, Y., Shiina, T. Evidence for chloroplast control of external Ca2+-induced cytosolic Ca2+ transients and stomatal closure. Plant J. 53 (6), 988-998 (2008).
- Weinl, S., et al. A plastid protein crucial for Ca2+-regulated stomatal responses. New Phytol. 179 (3), 675-686 (2008).
- Terashima, M., Specht, M., Naumann, B., Hippler, M. Characterizing the anaerobic response of Chlamydomonas reinhardtii by quantitative proteomics. Mol. Cell. Proteomics. 9 (7), 1514-1532 (2010).
- Petroutsos, D., et al. PGRL1 participates in iron-induced remodeling of the photosynthetic apparatus and in energy metabolism in Chlamydomonas reinhardtii. J. Biol. Chem. 284 (47), 32770-32781 (2009).
- DalCorso, G., et al. A complex containing PGRL1 and PGR5 is involved in the switch between linear and cyclic electron flow in Arabidopsis. Cell. 132 (2), 273-285 (2008).
- Redding, K., et al. A systematic survey of conserved histidines in the core subunits of Photosystem I by site-directed mutagenesis reveals the likely axial ligands of P700. EMBO J. 17 (1), 50-60 (1998).
- Harris, E. H. . The Chlamydomonas Sourcebook. Introduction to Chlamydomonas and its laboratory use. , (2008).
- Porra, R. J., Thompson, W. A., Kriedemann, P. E. Determination of accurate extinction coefficients and simultaneous equations for assaying chlorophylls a and b extracted with four different solvents: verification of the concentration of chlorophyll standards by atomic absorption spectroscopy. Biochim. Biophys. Acta. 975 (3), 384-394 (1989).
- Naumann, B., Stauber, E. J., Busch, A., Sommer, F., Hippler, M. N-terminal processing of Lhca3 Is a key step in remodeling of the photosystem I-light-harvesting complex under iron deficiency in Chlamydomonas reinhardtii. J. Biol. Chem. 280 (21), 20431-20441 (2005).
- Hippler, M., Klein, J., Fink, a., Allinger, T., Hoerth, P. Towards functional proteomics of membrane protein complexes: analysis of thylakoid membranes from Chlamydomonas reinhardtii. Plant J. 28 (5), 595-606 (2001).
- Naumann, B., et al. Comparative quantitative proteomics to investigate the remodeling of bioenergetic pathways under iron deficiency in Chlamydomonas reinhardtii. Proteomics. 7 (21), 3964-3979 (2007).
- Shevchenko, A., Tomas, H., Havlis, J., Olsen, J. V., Mann, M. In-gel digestion for mass spectrometric characterization of proteins and proteomes. Nat. Prot. 1 (6), 2856-2860 (2006).
- Specht, M., Kuhlgert, S., Fufezan, C., Hippler, M. Proteomics to go: Proteomatic enables the user-friendly creation of versatile MS/MS data evaluation workflows. Bioinformatics. 27 (8), 1183-1184 (2011).
- Geer, L. Y., et al. Open mass spectrometry search algorithm. J. Proteome Res. 3 (5), 958-964 (2004).
- Craig, R., Beavis, R. C. TANDEM: matching proteins with tandem mass spectra. Bioinformatics. 20 (9), 1466-1467 (2004).
- Elias, J. E., Gygi, S. P. Target-decoy search strategy for increased confidence in large-scale protein identifications by mass spectrometry. Nat. Methods. 4 (3), 207-214 (2007).
- Käll, L., Storey, J. D., Noble, W. S. QVALITY: non-parametric estimation of q-values and posterior error probabilities. Bioinformatics. 25 (7), 964-966 (2009).
- Wollman, F. A., Bennoun, P. A new chlorophyll-protein complex related to photosystem I in Chlamydomonas reinhardtii. Biochim. Biophys. Acta. 680, 352-360 (1982).
- Bailey, S., et al. A critical role for the Var2 FtsH homologue of Arabidopsis thaliana in the photosystem II repair cycle in vivo. J. Biol. Chem. 277 (3), 2006-2011 (2002).
- Kato, Y., Sakamoto, W. Protein quality control in chloroplasts: a current model of D1 protein degradation in the photosystem II repair cycle. J. Biochem. 146 (4), 463-469 (2009).
- Meurer, J., Plücken, H., Kowallik, K. V., Westhoff, P. A nuclear-encoded protein of prokaryotic origin is essential for the stability of photosystem II in Arabidopsis thaliana. EMBO J. 17 (18), 5286-5297 (1998).
- Kuras, R., Wollman, F. A. The assembly of cytochrome b6/f complexes: an approach using genetic transformation of the green alga Chlamydomonas reinhardtii. EMBO J. 13 (5), 1019-1027 (1994).
- de Vitry, C., Finazzi, G., Baymann, F., Kallas, T. Analysis of the nucleus-encoded and chloroplast-targeted rieske protein by classic and site-directed mutagenesis of Chlamydomonas. Plant Cell. 11 (10), 2031-2044 (1999).
- Hamel, P., Olive, J., Pierre, Y., Wollman, F. A., de Vitry, C. A new subunit of cytochrome b6f complex undergoes reversible phosphorylation upon state transition. J. Biol. Chem. 275 (22), 17072-17079 (2000).
- Stanislas, T., et al. Quantitative proteomics reveals a dynamic association of proteins to detergent-resistant membranes upon elicitor signaling in tobacco. Mol. Cell. Proteomics. 8 (9), 2186-2198 (2009).
- Atteia, A., et al. A proteomic survey of Chlamydomonas reinhardtii mitochondria sheds new light on the metabolic plasticity of the organelle and on the nature of the alpha-proteobacterial mitochondrial ancestor. Mol. Biol. Evol. 26 (7), 1533-1548 (2009).
- Pagliano, C., Barera, S., Chimirri, F., Saracco, G., Barber, J. Comparison of the α and β isomeric forms of the detergent n-dodecyl-D-maltoside for solubilizing photosynthetic complexes from pea thylakoid membranes. Biochim. Biophys. Acta. 1817 (8), 1506-1515 (2012).
- Wisniewski, J. R., Zougman, A., Nagaraj, N., Mann, M. Universal sample preparation method for proteome analysis. Nat. Methods. 6 (5), 3-7 (2009).
