Summary

En ny tilgang til en sammenlignende analyse af multiprotein komplekser Baseret på<sup> 15</sup> N metabolisk mærkning og kvantitativ massespektrometri

Published: March 13, 2014
doi:

Summary

Den beskrevne sammenlignende kvantitativ proteom tilgang sigter på at opnå indsigt i sammensætningen af ​​multiprotein komplekser under forskellige betingelser og demonstreres ved at sammenligne genetisk forskellige stammer. Til kvantitativ analyse lige store volumener af forskellige fraktioner fra en sucrosemassefyldegradient blandes og analyseres ved massespektrometri.

Abstract

Det indførte protokol giver et værktøj til analyse af multiprotein komplekser i thylakoid membran, ved at afsløre indsigt i komplekse sammensætning under forskellige forhold. I denne protokol er påvist ved at sammenligne proteinsammensætning komplekse ansvarlig for cyklisk elektron flow (CEF) i Chlamydomonas reinhardtii, isoleret fra genetisk forskellige stammer tilgang. Proceduren består af isolering af thylakoid membraner, efterfulgt af deres adskillelse i multiprotein komplekser af saccharosedensitetsgradientcentrifugering, SDS-PAGE, immunpåvisning og sammenlignende kvantitativ massespektrometri (MS) baseret på forskellen metabolisk mærkning (14 N / 15 N) analyserede stammer. Vaskemiddel opløste thylakoid membraner er indlæst på saccharosedensitetsgradienter på klorofylkoncentrationen lige. Efter ultracentrifugering, er gradienterne adskilles i fraktioner, som analyseres ved masse-spectrometRy baseret på lige volumen. Denne fremgangsmåde giver undersøgelsen af ​​sammensætningen inden for de gradientfraktioner og desuden til at analysere opførslen af ​​forskellige proteiner migration, især med fokus på ANR1, CAS, og PGRL1. Desuden er denne metode demonstreret ved at bekræfte resultaterne med immunoblotting og derudover ved at støtte resultaterne fra tidligere undersøgelser (identifikation og PSI-afhængige migrering af proteiner, der tidligere blev beskrevet at være en del af CEF-supercomplex såsom PGRL1, FNR, og cyt f). Især denne tilgang er anvendelig til at løse en bred vifte af spørgsmål, som kan vedtages denne protokol og fx bruges til sammenlignende analyser af multiprotein komplekse sammensætning isoleret fra forskellige miljøforhold.

Introduction

Fotosyntetiske processer i thylakoid membraner af planter og alger kan fungere i en lineær og cyklisk tilstand. Under lineær elektron flow (LEF) fotosystem I (PSI), fotosystem II (PSII) og cytochrom b 6 / f sidste ende overføre elektroner fra vand til NADP + 1, der fører til dannelse af NADPH og ATP 2. I modsætning hertil, cyklisk elektronstrøm (CEF), der vides at blive induceret under forskellige miljøforhold som eksempelvis state 2 3 og anaerobe betingelser 4, resulterer i re-reduktion af oxideret PSI ved at injicere elektroner tilbage i elektron transportkæden. Denne proces kan finde sted enten på det stromale side af cytochrom b 6 / f komplekse 1 eller på plastoquinon pool 5 og genererer ATP, men ingen NADPH 2.

Formålet med det præsenterede protokol er at demonstrere en massespektrometri (MS) baseret metode til sammenlignende, kvantitativ analyse af multiprotein komplekser i thylakoid membraner af Chlamydomonas reinhardtii at få indsigt i sammensætningen af disse komplekser under forskellige betingelser (eksemplificeret ved at sammenligne genetisk forskellige stammer). Denne fremgangsmåde blev anvendt i en publikation fra Terashima et al. I 2012 viser en Ca 2 +-afhængig regulering af CEF i C. reinhardtii formidlet af en multiprotein kompleks, herunder de proteiner, CAS, ANR1 og PGRL1 6. Proceduren vil blive forklaret ved forholdsvis analysere sammensætningen af CEF-supercomplex i to genetisk forskellige stammer, således udnytter mærkning af en af de to stammer med tung nitrogen (15 N). Kort fortalt protokollen omfatter udarbejdelse af thylakoid membraner efterfulgt af detergentsolubilisering og fraktionering af fotosyntetiske komplekser i en sucrosemassefyldegradient. Efter fraktionering af gradienten, valgte fractioner af to stammer blandes baseret på lige volumen, adskilt ved SDS-PAGE efterfulgt af i-gel-fordøjelse og efterfølgende kvantitativ MS analyse.

Som nævnt ovenfor er CEF induceret under forskellige miljøforhold og en publikation fra 2010 viser isolering af en funktionel CEF-supercomplex fra stat 2 låste celler af C. reinhardtii 7, som blev udført ved at adskille opløste thylakoid membraner på en sucrosemassefyldegradient under ultracentrifugering. Forskellig fra Iwai et al. 7, den præsenterede protokol beskriver isolering af CEF-supercomplex fra anaerob dyrket C. reinhardtii kulturer ved at følge en alternativ procedure. Dette omfatter ændringer i thylakoid isolation protokollen samt forskelle vedrørende solubiliseringstrin og adskillelse af protein komplekser ved ultracentrifugering. I den nuværende protokol, thylakoid membranerisoleres ved at anvende proceduren publiceret af Chua og Bennoun 8, medens de buffere, der anvendes til thylakoid fremstilling af Iwai et al. indeholdt 25 mM MES, 0,33 M saccharose, 5 mM MgCl2, 1,5 mM NaCl (pH 6,5) som beskrevet 9. Solubiliseringen blev udført med 0,7-0,8% detergent (n-tridecyl-β-D-maltoside) i 30 minutter på is i tilfælde af Iwai og medarbejdere, mens den her beskrevne solubilisering metode bygger på anvendelsen af ​​0,9% detergent (n -dodecyl-β-D-maltoside (β-DM)) og udføres for kun 20 min på is. Begge grupper anvendes 0,8 mg klorofyl pr ml solubilisering med det respektive rengøringsmiddel. Til adskillelse af fotosyntetiske komplekser fra opløste thylakoid membraner anvendt Iwai et al. Saccharose koncentrationer på mellem 0,1 til 1,3 M, mens forfatterne af denne protokol, der anvendes koncentrationer fra 0,4 til 1,3 M. Den sidste forskel er centrifugeringshastigheden, hvilket er lavere end til earlier publikation.

Solubilization af thylakoid membraner med nonioniske detergenter efterfulgt af sucrosemassefyldegradient fraktionering er allerede blevet anvendt i adskillige undersøgelser, der spænder fra 1980'erne til i dag 7, 9-14 og også anvendelse af metabolisk mærkning af proteiner er en udbredt metode inden for området proteomics. Den beskrevne fremgangsmåde anvender 15 N metabolisk mærkning af en af de to sammenlignede stammer ved dyrkning den i nærværelse af tungt nitrogen som eneste nitrogenkilde i form af 15 N NH4CI, som er indarbejdet i alle aminosyrer, der fører til en masse skifte afhængig aminosyresekvensen af ​​peptidet. Ved analyse af en blanding af 14 N og 15 N inden for en MS løber, kan denne masse skift anvendes til at bestemme prøvens oprindelse for hvert peptid og relativ peptid mængderne kan beregnes repræsenterer relative mængder til de tilsvarendening protein 15.

Talrige kvantitative proteomics undersøgelser af C. reinhardtii er til rådighed, der sammenligner en defineret mængde protein til at analysere ændringer i proteom mellem eksperimentelle betingelser (eksempelvis ændringer i proteomet grund næringsstof 16-19 eller lys stress 20,21). I forhold til disse studier i den aktuelt præsenterede tilgang lige volumener af prøver kombineres og analyseres. Denne opsætning tillader at studere opførslen af ​​proteiner migration inden for gradient og desuden til at analysere sammensætningen af ​​forskellige komplekser med hensyn til de undersøgte stammer.

Denne metode vil blive forklaret ved primært koncentreret om tre proteiner: Den første kandidat er kloroplast lokaliseret calcium sensor protein CAS, som viste sig at være involveret i foto-akklimatisering i C. reinhardtii 22.. Calcium anses for at være et vigtigt signalning ion for veje, som aktiveres på grund af forskellige biotisk og abiotisk stress endelig fører til ændringer i genekspression og celle fysiologi 23, og det blev foreslået, at kloroplaster kan bidrage til cellulær Ca2 + signalering via CAS protein 22,24,25. Det andet protein er ANR1 (anaerob reaktion 1 6), et protein, der blev vist at blive induceret under anoxiske vækstbetingelser i C. reinhardtii 26.. Især blev CAS samt ANR1 identificeret som underenheder af CEF-supercomplex og i øvrigt, ved hjælp af reverse genetiske metoder, blev det påvist, at begge proteiner bidrager funktionelt til CEF in vivo 6, støtte deres rolle som funktionelle underenheder af dette protein kompleks. Den tredje protein er den thylakoid protein PGR5-Like 1 (PGRL1), som viste sig at være involveret i CEF i Chlamydomonas 4,27 samt i Arabidopsis 5,28 og var også identified i arbejdet i Iwai et al. 7.

Denne tilgang vil blive præsenteret ved at vise resultaterne af to forskellige eksperimenter: vildtype (WT) versus (vs.) en ΔPSI 29 stamme, der udviser en sletning af psab gen, der koder for en væsentlig fotosystem I Subunit, som også er en del af den CEF-supercomplex og WT kontra en pgrl1 knock-out stamme 4. For hvert af disse eksperimenter den kvantitative sammensætning af CEF-supercomplex mellem en 15 N-og en 14 N-mærket stamme er blevet sammenlignet.

Protocol

1.. Dyrkning af Chlamydomonas Følgende C. reinhardtii stammer blev anvendt i nærværende undersøgelse: WT cc124, WT cw15-arg7 (celle-væg mangelfuld og arginin auxotrofen), en ΔPSI mutant stamme 29 og en pgrl1 knock-out stamme 4. Alle stammer blev dyrket i Tris-acetat-fosfat (TAP)-medium 30 ved 25 ° C med en konstant lysintensitet på 20-50 uE / m 2 sek og rystning ved 120 rpm. Den kultur af ΔPSI bør pakkes med no…

Representative Results

Det indførte kvantitative proteomics tilgang har til formål at karakterisere sammensætningen af multiprotein komplekser i thylakoid membraner demonstreret af den sammenlignende analyse af CEF-supercomplex komponenter i genetisk forskellige C. reinhardtii stammer. Den beskrevne metode er med held blevet anvendt af Terashima et al. 6 og omfatter isolering af thylakoid membraner fra anaerobe dyrket kulturer, efterfulgt af detergentsolubilisering. Efterfølgende prøver fyldt på en sucrosema…

Discussion

Forskellige kvantitative proteom undersøgelser ved hjælp af stabile isotoper mærkning er blevet offentliggjort i de seneste år. I disse forsøg normalt to forskellige prøver sammenlignes, hvoraf en prøve er mærket med en stabil isotop. Derefter proteiner eller peptider fra de to prøver er kombineret i et ligeværdigt forhold og viderebehandles sammen 48. Sådanne undersøgelser ofte til hensigt at sammenligne definerede isolerede cellulære rum (f.eks kloroplaster, mitokondrier eller thylakoi…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

MH anerkender støtte fra "Deutsche Forschungsgemeinschaft" (DFG). Forfatter bidrag: MH designet forskning KT, JS og MT udføres forskning og analyserede data KT og MH skrev papiret.

Materials

Chemicals
Acetic acid AppliChem
webiste: http://www.applichem.com/home/
A0662
Acetone AppliChem
webiste: http://www.applichem.com/home/
A2300
Acetonitrile Optigrade für LC-MS Diagonal
website: https://www.diagonal.de/
9340 harmful, work with gloves
see protocol text for further precautions
Ammonium chloride 15N Cambridge Isotope Laboratories
website: http://www.isotope.com/cil/index.cfm
39466-62-1
Ammonium chloride 14N AppliChem
webiste: http://www.applichem.com/home/
A0988
Ammonium hydrogenphosphate  AppliChem
webiste: http://www.applichem.com/home/
A3583
Ammonium sulfate  AppliChem
webiste: http://www.applichem.com/home/
A3598
Coomassie brilliant blue R-250 Fisher Scientific
website: http://www.de.fishersci.com/index.php/deindex
10041653
n-Dodecyl-β-D-maltoside AppliChem
webiste: http://www.applichem.com/home/
A0819
EDTA AppliChem
webiste: http://www.applichem.com/home/
A2937
Formic acid   AppliChem
webiste: http://www.applichem.com/home/
A3858
Hepes AppliChem
webiste: http://www.applichem.com/home/
A3724
Magnesium chloride AppliChem
webiste: http://www.applichem.com/home/
A4425
Methanol AppliChem
webiste: http://www.applichem.com/home/
A2954
Phosphorous acid AppliChem
webiste: http://www.applichem.com/home/
A0989
Di-Potassium hydrogenphosphate  AppliChem
webiste: http://www.applichem.com/home/
A1042
Potassium di-hydrogenphosphate  AppliChem
webiste: http://www.applichem.com/home/
A1043
Sodium hydroxide AppliChem
webiste: http://www.applichem.com/home/
A1551
Sucrose AppliChem
webiste: http://www.applichem.com/home/
A1125
Tricine AppliChem
webiste: http://www.applichem.com/home/
A3954
Tris AppliChem
webiste: http://www.applichem.com/home/
A2264
Trypsin (sequencing grade modified) and Trypsin buffer Promega
website: http://www.promega.de/
V5111
Equipment 
Neboulizer (BioNeb cell disruptor) Glas-Col
website: http://www.glascol.com/product/subproduct/id/75
Centrifuge tubes (14 x 89 mm) 
for preparation of takahashi style gradients
Beckman Coulter
website: http://www.beckmancoulter.de/
331372
Centrifuge tubes 25 x 89 mm
for preparation of thylakoid isolation gradients 
Beckman Coulter
website: http://www.beckmancoulter.de/
344058
Coulter Avanti Centrifuge J-20 XP Beckman Coulter
website: http://www.beckmancoulter.de/
Fuchs-Rosenthal cell couting chamber Diagonal
website: https://www.diagonal.de/
449/72
Homogenizer (Potter) 50 ml  Fisherbrand
website: http://www.de.fishersci.com/index.php/defisherbrand
10618242
Pistil for homogenizer Fisherbrand
website: http://www.de.fishersci.com/index.php/defisherbrand
105252220
Ultracentrifuge (Optima XPN-80 Ultracentrifuge) Beckman Coulter
website: http://www.beckmancoulter.de/
기타
Antibodies  Agrisera
website: http://www.agrisera.com/en/index.html

References

  1. Joliot, P., Joliot, A. Cyclic electron flow in C3 plants. Biochim. Biophys. Acta. 1757 (5-6), 362-368 (2006).
  2. Shikanai, T. Cyclic electron transport around photosystem I: genetic approaches. Annu. Rev. Plant Biol. 58, 199-217 (2007).
  3. Finazzi, G., Furia, A., Barbagallo, R. P., Forti, G. State transitions, cyclic and linear electron transport and photophosphorylation in Chlamydomonas reinhardtii. Biochim. Biophys. Acta. 1413 (3), 117-129 (1999).
  4. Tolleter, D., et al. Control of hydrogen photoproduction by the proton gradient generated by cyclic electron flow in Chlamydomonas reinhardtii. Plant Cell. 23 (7), 2619-2630 (2011).
  5. Hertle, A. P., et al. PGRL1 Is the Elusive Ferredoxin-Plastoquinone Reductase in Photosynthetic Cyclic Electron Flow. Mol. Cell. 49 (3), 511-523 (2013).
  6. Terashima, M., et al. Calcium-dependent regulation of cyclic photosynthetic electron transfer by a CAS, ANR1, and PGRL1 complex. PNAS. 109 (43), 17717-17722 (2012).
  7. Iwai, M., Takizawa, K., Tokutsu, R., Okamuro, A., Takahashi, Y., Minagawa, J. Isolation of the elusive supercomplex that drives cyclic electron flow in photosynthesis. Nature. 464 (7292), 1210-1213 (2010).
  8. Chua, N. H., Bennoun, P. Thylakoid Membrane Polypeptides of Chlamydomonas reinhardtii: Wild-Type and Mutant Strains Deficient in Photosystem II Reaction Center. PNAS. 72 (6), 2175-2179 (1975).
  9. Takahashi, H., Iwai, M., Takahashi, Y., Minagawa, J. Identification of the mobile light-harvesting complex II polypeptides for state transitions in Chlamydomonas reinhardtii. PNAS. 103 (2), 477-482 (2006).
  10. Ikeuchi, M., Plumley, F. G., Inoue, Y., Schmidt, G. W. Phosphorylation of Photosystem II Components, CP43 Apoprotein, D1, D2, and 10 to 11 Kilodalton Protein in Chloroplast Thylakoids of Higher Plants. Plant Physiol. 85 (3), 638-642 (1987).
  11. Ruban, A. V., Lee, P. J., Wentworth, M., Young, A. J., Horton, P. Determination of the Stoichiometry and Strength of Binding of Xanthophylls to the Photosystem II Light Harvesting Complexes. J. Biol. Chem. 274 (15), 10458-10465 (1999).
  12. Barera, S., Pagliano, C., Pape, T., Saracco, G., Barber, J. Characterization of PSII-LHCII supercomplexes isolated from pea thylakoid membrane by one-step treatment with α- and β-dodecyl-D-maltoside. Phil. Trans. R. Soc. B. 367 (1608), 3389-3399 (2012).
  13. Kantzilakis, K., et al. A comparative approach towards thylakoid membrane proteome analysis of unicellular green alga Scenedesmus obliquus. Biochim. Biophys. Acta. 1768 (9), 2271-2279 (2007).
  14. Takahashi, Y., Yasui, T., Stauber, E. J., Hippler, M. Comparison of the subunit compositions of the PSI-LHCI supercomplex and the LHCI in the green alga Chlamydomonas reinhardtii. 생화학. 43 (24), 7816-7823 (2004).
  15. Thelen, J. J., Peck, S. C. Quantitative proteomics in plants: choices in abundance. Plant Cell. 19 (11), 3339-3346 (2007).
  16. Hsieh, S., et al. The Proteome of Copper, Iron, Zinc, and Manganese Micronutrient Deficiency in Chlamydomonas reinhardtii. Mol. Cell. Proteom. 12 (1), 65-86 (2013).
  17. Longworth, J., Noirel, J., Pandhal, J., Wright, P. C., Vaidyanathan, S. HILIC- and SCX-based quantitative proteomics of Chlamydomonas reinhardtii during nitrogen starvation induced lipid and carbohydrate accumulation. J. Proteome Res. 11 (12), 5959-5971 (2012).
  18. Malasarn, D., et al. Zinc deficiency impacts CO2 assimilation and disrupts copper homeostasis in Chlamydomonas reinhardtii. J. Biol. Chem. 288 (15), 10672-10683 (2013).
  19. Höhner, R., et al. The metabolic status drives acclimation of iron deficieny responses in Chlamydomonas reinhardtii as revealed by proteomics based hierarchical clustering and reverse genetics. Mol. Cell. , (2013).
  20. Mahong, B., Roytrakul, S., Phaonaklop, N., Wongratana, J., Yokthongwattana, K. Proteomic analysis of a model unicellular green alga, Chlamydomonas reinhardtii, during short-term exposure to irradiance stress reveals significant down regulation of several heat-shock proteins. Planta. 235 (3), 499-511 (2012).
  21. Förster, B., Mathesius, U., Pogson, B. J. Comparative proteomics of high light stress in the model alga Chlamydomonas reinhardtii. Proteomics. 6 (15), 4309-4320 (2006).
  22. Petroutsos, D., et al. The chloroplast calcium sensor CAS is required for photoacclimation in Chlamydomonas reinhardtii. Plant Cell. 23 (8), 2950-2963 (2011).
  23. Dodd, A. N., Kudla, J., Sanders, D. The language of calcium signaling. Annu. Rev. Plant Biol. 61, 593-620 (2010).
  24. Nomura, H., Komori, T., Kobori, M., Nakahira, Y., Shiina, T. Evidence for chloroplast control of external Ca2+-induced cytosolic Ca2+ transients and stomatal closure. Plant J. 53 (6), 988-998 (2008).
  25. Weinl, S., et al. A plastid protein crucial for Ca2+-regulated stomatal responses. New Phytol. 179 (3), 675-686 (2008).
  26. Terashima, M., Specht, M., Naumann, B., Hippler, M. Characterizing the anaerobic response of Chlamydomonas reinhardtii by quantitative proteomics. Mol. Cell. Proteomics. 9 (7), 1514-1532 (2010).
  27. Petroutsos, D., et al. PGRL1 participates in iron-induced remodeling of the photosynthetic apparatus and in energy metabolism in Chlamydomonas reinhardtii. J. Biol. Chem. 284 (47), 32770-32781 (2009).
  28. DalCorso, G., et al. A complex containing PGRL1 and PGR5 is involved in the switch between linear and cyclic electron flow in Arabidopsis. Cell. 132 (2), 273-285 (2008).
  29. Redding, K., et al. A systematic survey of conserved histidines in the core subunits of Photosystem I by site-directed mutagenesis reveals the likely axial ligands of P700. EMBO J. 17 (1), 50-60 (1998).
  30. Harris, E. H. . The Chlamydomonas Sourcebook. Introduction to Chlamydomonas and its laboratory use. , (2008).
  31. Porra, R. J., Thompson, W. A., Kriedemann, P. E. Determination of accurate extinction coefficients and simultaneous equations for assaying chlorophylls a and b extracted with four different solvents: verification of the concentration of chlorophyll standards by atomic absorption spectroscopy. Biochim. Biophys. Acta. 975 (3), 384-394 (1989).
  32. Naumann, B., Stauber, E. J., Busch, A., Sommer, F., Hippler, M. N-terminal processing of Lhca3 Is a key step in remodeling of the photosystem I-light-harvesting complex under iron deficiency in Chlamydomonas reinhardtii. J. Biol. Chem. 280 (21), 20431-20441 (2005).
  33. Hippler, M., Klein, J., Fink, a., Allinger, T., Hoerth, P. Towards functional proteomics of membrane protein complexes: analysis of thylakoid membranes from Chlamydomonas reinhardtii. Plant J. 28 (5), 595-606 (2001).
  34. Naumann, B., et al. Comparative quantitative proteomics to investigate the remodeling of bioenergetic pathways under iron deficiency in Chlamydomonas reinhardtii. Proteomics. 7 (21), 3964-3979 (2007).
  35. Shevchenko, A., Tomas, H., Havlis, J., Olsen, J. V., Mann, M. In-gel digestion for mass spectrometric characterization of proteins and proteomes. Nat. Prot. 1 (6), 2856-2860 (2006).
  36. Specht, M., Kuhlgert, S., Fufezan, C., Hippler, M. Proteomics to go: Proteomatic enables the user-friendly creation of versatile MS/MS data evaluation workflows. Bioinformatics. 27 (8), 1183-1184 (2011).
  37. Geer, L. Y., et al. Open mass spectrometry search algorithm. J. Proteome Res. 3 (5), 958-964 (2004).
  38. Craig, R., Beavis, R. C. TANDEM: matching proteins with tandem mass spectra. Bioinformatics. 20 (9), 1466-1467 (2004).
  39. Elias, J. E., Gygi, S. P. Target-decoy search strategy for increased confidence in large-scale protein identifications by mass spectrometry. Nat. Methods. 4 (3), 207-214 (2007).
  40. Käll, L., Storey, J. D., Noble, W. S. QVALITY: non-parametric estimation of q-values and posterior error probabilities. Bioinformatics. 25 (7), 964-966 (2009).
  41. Wollman, F. A., Bennoun, P. A new chlorophyll-protein complex related to photosystem I in Chlamydomonas reinhardtii. Biochim. Biophys. Acta. 680, 352-360 (1982).
  42. Bailey, S., et al. A critical role for the Var2 FtsH homologue of Arabidopsis thaliana in the photosystem II repair cycle in vivo. J. Biol. Chem. 277 (3), 2006-2011 (2002).
  43. Kato, Y., Sakamoto, W. Protein quality control in chloroplasts: a current model of D1 protein degradation in the photosystem II repair cycle. J. Biochem. 146 (4), 463-469 (2009).
  44. Meurer, J., Plücken, H., Kowallik, K. V., Westhoff, P. A nuclear-encoded protein of prokaryotic origin is essential for the stability of photosystem II in Arabidopsis thaliana. EMBO J. 17 (18), 5286-5297 (1998).
  45. Kuras, R., Wollman, F. A. The assembly of cytochrome b6/f complexes: an approach using genetic transformation of the green alga Chlamydomonas reinhardtii. EMBO J. 13 (5), 1019-1027 (1994).
  46. de Vitry, C., Finazzi, G., Baymann, F., Kallas, T. Analysis of the nucleus-encoded and chloroplast-targeted rieske protein by classic and site-directed mutagenesis of Chlamydomonas. Plant Cell. 11 (10), 2031-2044 (1999).
  47. Hamel, P., Olive, J., Pierre, Y., Wollman, F. A., de Vitry, C. A new subunit of cytochrome b6f complex undergoes reversible phosphorylation upon state transition. J. Biol. Chem. 275 (22), 17072-17079 (2000).
  48. Stanislas, T., et al. Quantitative proteomics reveals a dynamic association of proteins to detergent-resistant membranes upon elicitor signaling in tobacco. Mol. Cell. Proteomics. 8 (9), 2186-2198 (2009).
  49. Atteia, A., et al. A proteomic survey of Chlamydomonas reinhardtii mitochondria sheds new light on the metabolic plasticity of the organelle and on the nature of the alpha-proteobacterial mitochondrial ancestor. Mol. Biol. Evol. 26 (7), 1533-1548 (2009).
  50. Pagliano, C., Barera, S., Chimirri, F., Saracco, G., Barber, J. Comparison of the α and β isomeric forms of the detergent n-dodecyl-D-maltoside for solubilizing photosynthetic complexes from pea thylakoid membranes. Biochim. Biophys. Acta. 1817 (8), 1506-1515 (2012).
  51. Wisniewski, J. R., Zougman, A., Nagaraj, N., Mann, M. Universal sample preparation method for proteome analysis. Nat. Methods. 6 (5), 3-7 (2009).

Play Video

Cite This Article
Trompelt, K., Steinbeck, J., Terashima, M., Hippler, M. A New Approach for the Comparative Analysis of Multiprotein Complexes Based on 15N Metabolic Labeling and Quantitative Mass Spectrometry. J. Vis. Exp. (85), e51103, doi:10.3791/51103 (2014).

View Video