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Unterstrukturanalysator: Ein benutzerfreundlicher Workflow für die schnelle Erforschung und genaue Analyse von Zellkörpern in Fluoreszenzmikroskopiebildern
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JoVE 신문 생체공학
Substructure Analyzer: A User-Friendly Workflow for Rapid Exploration and Accurate Analysis of Cellular Bodies in Fluorescence Microscopy Images
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Unterstrukturanalysator: Ein benutzerfreundlicher Workflow für die schnelle Erforschung und genaue Analyse von Zellkörpern in Fluoreszenzmikroskopiebildern

DOI:
10.3791/60990-v

•

14:28 min

•

July 15, 2020

•

, , , , , ,
1Université de Lorraine, CNRS, IMoPA F54000 Nancy France, 2Institut Pasteur, BioImage Analysis Unit, CNRS UMR 3691, Paris, France.

Chapters

  • 00:00Introduction
  • 01:06Download Icy and the “Substructure Analyzer” Protocol on Icy Website
  • 01:30Opening the Protocol
  • 02:03Interacting with the Workflow on Icy
  • 02:49Merging of the Channels of an Image
  • 04:57Segmentation of the Regions of Interest
  • 07:42Fluorescent Signal Detection and Analysis
  • 09:25Run the Protocol
  • 10:35Representative Results
  • 13:48Conclusion

Summary

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Wir präsentieren einen frei verfügbaren Workflow für die schnelle Erforschung und genaue Analyse von Zellkörpern in bestimmten Zellkompartimenten in Fluoreszenzmikroskopiebildern. Dieser benutzerfreundliche Workflow wurde auf der Open-Source-Software Icy entwickelt und verwendet auch ImageJ-Funktionalitäten. Die Pipeline ist ohne Kenntnisse in der Bildanalyse erschwinglich.

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Keywords: Substructure AnalyzerUser-friendly WorkflowRapid ExplorationAccurate AnalysisCellular BodiesFluorescence MicroscopyImage SegmentationROI AnalysisIcy SoftwareMulti-channel Image ProcessingImage PreprocessingFeature ExtractionAutomated Data Export

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