Summary

共焦点顕微鏡イメージング解析による細胞外小胞取り込みアッセイ

Published: February 14, 2022
doi:

Summary

細胞外小胞(EV)は細胞生物学と細胞間コミュニケーションに貢献します。細胞の取り込みEVを可視化・定量化するための実用的なアッセイが必要です。現在のプロトコルは、ナノ濾過ベースのマイクロ流体デバイスによるEV単離に続く共焦点顕微鏡 による 3次元蛍光イメージングを利用してEV取り込みアッセイを提案している。

Abstract

細胞の細胞外小胞(EV)の取り込み量を可視化し、定量化するための実用的なアッセイが必要です。EV取り込みは、様々な研究分野における細胞間コミュニケーションの役割を果たしています。がん生物学、神経科学、および薬物送達。多くのEV取り込みアッセイが文献で報告されている。しかし、実用的で詳細な実験方法論が欠けている。EVの取り込み値は、蛍光標識EVにより、細胞内での位置を検出することで評価できます。細胞内の内在化したEVと細胞の表面的なEVを区別することは困難でありながら、EVの取り込み値を正確に決定することは極めて重要です。そこで、3次元(3D)蛍光共焦点顕微鏡を通じてEV取り込みを効率よく定量化するアッセイが提案されている。蛍光標識されたEVは、ナノ濾過ベースの微小流体装置を用いて作製し、3D共焦点顕微鏡で可視化し、高度な画像処理ソフトウェアを用いて解析した。このプロトコルは、細胞レベルでEVを分析するための堅牢な方法論と、効率的な分析のための実用的なアプローチを提供します。

Introduction

細胞外小胞(EV)は、ナノサイズの脂質膜結合粒子で、そのサイズによって分類されます: エクトソーム (100-500 nm) およびエキソソーム (50-150 nm)1.EVには、タンパク質、核酸、脂質など、さまざまな生体分子が含まれています。これらの生体分子は、貨物としてカプセル化される前に細胞から発生し、EV1,2,3を介して細胞外空間に放出されます。

その貨物の多様性により、EVは細胞間通信において積極的な役割を果たすと考えられています。細胞によるEVの放出および取り込みにより、細胞間の生体分子の移動が可能となる4,5.EV貨物をセルに導入すると、受信者細胞の機能やホメオスタティック状態が変われ得る4,5,6.EV は複数の経路を通じて内部化されます。しかし、正確なメカニズムは正確には実証されていません。

遺伝子タグ付けなどのEV取り込みアッセイの大部分は、個々のEV7に蛍光標識を付ける。得られた信号は、マイクロプレート光度計、フローサイトメトリー、または顕微鏡検査によって測定することができ、各技術は大きな制限を有する。マイクロプレートフォトメーター、フローサイトメトリー、または標準的な2次元(2D)顕微鏡では、内部化されたEVsと表面的に取り付けられたEVs区別できません。さらに、これらの各技術に必要なサンプル調製は、EV取り込み評価に追加の問題を導入する可能性があります。例えば、EV取り込み分析の前にトリプシンで付着した細胞を持ち上げると、表面的に取り付けられたEVが細胞表面10,11に切断されることがあります。トリプシンはまた、細胞表面と相互作用し、細胞およびEV表現型に影響を与える。さらに、トリプシンは表面的なEVを完全に切り離すものではなく、孤立した集団を歪める可能性があります。

蛍光色素でEVに正確にラベルを付けるには、残留色素7を除去するために追加の洗浄工程が必要です。受け入れられた分離技術は、EVの分離中に起こる凝固による偽陽性シグナルにも寄与する可能性がある。例えば、シリアル超遠心分離(UC)は、EVを分離し、固定染め染料を除去するために広く使用されています。しかし、UCはEVを共沈殿させ、残存色素は偽陽性シグナル12,13を引き起こす可能性がある。カラムベースのろ過などの他のナノ濾過方法も、非固定化色素除去にも広く使用されています。カラムマトリックス内で相互作用するEVと色素の複雑な性質により、複雑な入力14,15,16によってカラムの分子カットオフが変化するため残存染料が不完全に除去される可能性があります。

現在のプロトコルは、蛍光標識された単離されたEVを単離して洗浄するためのナノ濾過ベースのマイクロ流体装置を提案している。ナノ濾過ベースのマイクロ流体デバイスは、流体支援分離技術(FAST)17,18を介して効率的なろ過を提供することができます。FAST はフィルター全体の圧力降下を低減し、EV と色素の間の潜在的な凝集を減らします。残留色素を効率よく除去することで、蛍光標識されたEVの品質とアッセイの特異性を高めることができる。

共焦点顕微鏡は、細胞表面に内部化されたEVと表面的に結合したEVを区別し、時空間的な解像度におけるEV取り込みの細胞機構を包括的に調べることができます19,21,22,23,24,25。例えば、Sungらは、開発された生細胞レポーターを用いてエキソソームライフサイクルの可視化を説明した。3次元(3D)およびポスト画像処理ツール20の共焦点顕微鏡を用いて、内部化されたEVの位置を検出し、解析した。小さなEV(40〜200nm)のサイズは光学顕微鏡の解像度限界を下回っていますが、光検出器は蛍光放射の増強を検出できるため、蛍光標識されたEVは共焦点顕微鏡で検出できます。したがって、細胞内の蛍光標識されたEVの細胞内局在化は、EVおよび周囲の細胞小器官の複数のZ積層画像を取得することによって正確に決定することができる。

さらに、3D再構成とポストデータ処理により、内部化、表面化、自由浮遊型のEVの位置に関するさらなる洞察を得ることができます。これらのプロセスを共焦点顕微鏡で提供するタイムラプスライブセルイメージングと組み合わせることで、EV取り込みのレベルを正確に評価でき、リアルタイムでのEV取り込みの追跡も可能です。また、EVの入稿解析は、細胞内機能に対するインターナライズされたEVの共同局在化を評価することによって、共焦点顕微鏡を用いて行うことができる。本プロトコルは、ナノ濾過ベースのマイクロ流体デバイス17,26、共焦点顕微鏡法、およびポスト画像解析を用いてEV取込アッセイを行う方法論を記述する。

Protocol

1. EV単離およびオンチップ免疫蛍光EV標識 EV分離のための細胞培養培地(CCM)の収集とCCM前処理 75 cm2 の細胞培養フラスコで30%の合流度でPC3細胞をシードする。標準培地および細胞系特異的サプリメントで、コントロール細胞が90%の合流度(〜48時間)まで増殖することを可能にする。注:EV含有成分が細胞の取り込み(すなわち、牛血清)に影響を与えないようにするために、?…

Representative Results

ナノ濾過ベースのマイクロ流体デバイスを使用して、EVをPC3 CCMから単離し、フルオロフォア共役EV特異的(CD63)抗体で標識した(図1)。ラベル付きのEVは、3D共焦点顕微鏡で正常に視覚化されました(図2)。標識されたEVは、エキソソーム枯渇培地において数時間細胞をインキュベートした。インキュベーション後、細胞をエキソソーム枯渇培地で洗浄し?…

Discussion

共焦点顕微鏡による3D蛍光イメージングに基づくEV取込みアッセイは、効率的な方法論と高感度分析を提供します。この蛍光EV標識は、EVの可視化を促進し、正確なEV取り込みアッセイを成功に導きます。EVの標識と残留色素除去のための以前の方法は、超遠心(UC)を使用して沈殿を除去することによって報告されています。しかし、UCはEVを共沈殿させ、固定化された色素は偽陽性シグナ?…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

この作業はNCI認可のnosによって支えられた。U54CA143803、CA163124、CA093900、およびCA143055からK.J.P.本研究は、韓国保健福祉省(助成番号:HI19C1122)が出資する韓国保健産業開発研究所(KHIDI)を通じた韓国保健技術研究開発プロジェクトの助成金によって支援されました。J.キムとY.-Kによる仕事。韓国政府が出資する基礎科学研究所(IBS-R020-D1)の支援を受けた。著者らは、ブレイディ泌尿器科学研究所の現在および過去のメンバー、特にピエンタ・アメンド研究所のメンバーが原稿の批判的な読書に感謝する。

Materials

Alexa Fluor 488 anti-human CD63 Antibody Biolegend 353038 Fluorescent dye conjugated EV-specific antibody
CellTracker Orange CMTMR Dye Thermo Fisher Scientific C2927 Live cell (cytoplasm) fluoresent labeling reagent
CFI Apo Lambda S 40XC WI Nikon MRD77400 Objective for confocal imaging, NA=1.25
CFI Plan Apo VC 20X Nikon MRD70200 Objective for confocal imaging, NA=0.75
Exodisc Labspinner Inc. EX-D1001 A nano-filtration based microfluidic device for EV isolation
ExoDiscovery Labspinner Inc. EX-R1001 Operation device for Exodisc
Exosome-depleted FBS Thermo Fisher Scientific A2720801 Nutrient of cell culture media for PC3 cell line derived EV collection
Fetal bovine serum (FBS) VWR 1500-500 Nutrient for cell cultivation
Goat Anti-Mouse IgG H&L preadsorbed abcam  ab7063 Mouse IgG antibody for negatvie control of EV labeling
Ibidi USA U DISH μ-Dish 35 mm Ibidi 81156 Culture dish for confocal imaging
Imaris 9.7.1 Oxford Instruments 9.7.1 Post-image processing software
Incubator System+ CO2/O2/N2 gas mixer Live Cell Instrument TU-O-20 Incubator system for live cell imaging
Nikon A1 HD25 / A1R HD25 camera Nikon NA Camera for confocal imaging
Nikon Eclipse Ti microscope Nikon NA Inverted microscope for confocal imaging
NIS-Elements AR 4.50.00 Nikon 4.50.00 Image processing software for Nikon microscope
NTA, NanoSight NS500 Malvern Panalytical NS500 Measurement device for EV concentration
OriginPro 2020 OriginLab 9.7.0.185 Graphing software
Penicillin-Streptomycin Thermo Fisher Scientific 15140122 Antibiotics for cell cultivation
RPMI 1640 Thermo Fisher Scientific 21875034 Cell culture media for PC3 cell line cultivation
SYTO RNASelect Green Fluorescent cell Stain – 5 mM Solution in DMSO Thermo Fisher Scientific S32703 RNA staining fluorescent dye for the EV labeling

References

  1. Meldolesi, J. Exosomes and Ectosomes in Intercellular Communication. Current Biology. 28 (8), 435-444 (2018).
  2. Sunkara, V., Woo, H. -. K., Cho, Y. -. K. Emerging techniques in the isolation and characterization of extracellular vesicles and their roles in cancer diagnostics and prognostics. The Analyst. 141 (2), 371-381 (2016).
  3. Kalluri, R., Lebleu, V. S. The biology, function, and biomedical applications of exosomes. Science. 367 (6478), (2020).
  4. Mathieu, M., Martin-Jaular, L., Lavieu, G., Théry, C. Specificities of secretion and uptake of exosomes and other extracellular vesicles for cell-to-cell communication. Nature Cell Biology. 21 (1), 9-17 (2019).
  5. Bonsergent, E., et al. Quantitative characterization of extracellular vesicle uptake and content delivery within mammalian cells. Nature Communications. 12, 1864 (2021).
  6. Mulcahy, L. A., Pink, R. C., Carter, D. R. F. Routes and mechanisms of extracellular vesicle uptake. Journal of Extracellular Vesicles. 3 (1), 24641 (2014).
  7. Dehghani, M., Gaborski, T. R. Fluorescent labeling of extracellular vesicles. Methods Enzymology. 645, 15-42 (2020).
  8. Ragni, E., et al. Innovative Visualization and Quantification of Extracellular Vesicles Interaction with and Incorporation in Target Cells in 3D Microenvironments. Cells. 9 (5), 1180 (2020).
  9. Saari, H., et al. FLIM reveals alternative EV-mediated cellular up-take pathways of paclitaxel. Journal of Controlled Release. 284, 133-143 (2018).
  10. Franzen, C. A., et al. Characterization of Uptake and Internalization of Exosomes by Bladder Cancer Cells. BioMed Research International. 2014, 619829 (2014).
  11. Feng, D., et al. Cellular Internalization of Exosomes Occurs Through Phagocytosis. Traffic. 11 (5), 675-687 (2010).
  12. Hoen, E. N. M. N. -. T., et al. Quantitative and qualitative flow cytometric analysis of nanosized cell-derived membrane vesicles. Nanomedicine: Nanotechnology, Biology and Medicine. 8 (5), 712-720 (2012).
  13. Van Der Vlist, E. J., Nolte-‘T Hoen, E. N. M., Stoorvogel, W., Arkesteijn, G. J. A., Wauben, M. H. M. Fluorescent labeling of nano-sized vesicles released by cells and subsequent quantitative and qualitative analysis by high-resolution flow cytometry. Nature Protocols. 7 (7), 1311-1326 (2012).
  14. Li, P., Kaslan, M., Lee, S. H., Yao, J., Gao, Z. Progress in Exosome Isolation Techniques. Theranostics. 7 (3), 789-804 (2017).
  15. Yang, D., et al. and perspective on exosome isolation – efforts for efficient exosome-based theranostics. Theranostics. 10 (8), 3684-3707 (2020).
  16. Singh, K., et al. Separation of distinct exosome subpopulations: isolation and characterization approaches and their associated challenges. The Analyst. 146 (12), 3731-3749 (2021).
  17. Woo, H. -. K., et al. Exodisc for Rapid, Size-Selective, and Efficient Isolation and Analysis of Nanoscale Extracellular Vesicles from Biological Samples. ACS Nano. 11 (2), 1360-1370 (2017).
  18. Kim, T. -. H., et al. FAST: Size-Selective, Clog-Free Isolation of Rare Cancer Cells from Whole Blood at a Liquid-Liquid Interface. Analytical Chemistry. 89 (2), 1155-1162 (2017).
  19. Joshi, B. S., De Beer, M. A., Giepmans, B. N. G., Zuhorn, I. S. Endocytosis of Extracellular Vesicles and Release of Their Cargo from Endosomes. ACS Nano. 14 (4), 4444-4455 (2020).
  20. Sung, B. H., et al. A live cell reporter of exosome secretion and uptake reveals pathfinding behavior of migrating cells. Nature Communications. 11, 2092 (2020).
  21. Heusermann, W., et al. Exosomes surf on filopodia to enter cells at endocytic hot spots, traffic within endosomes, and are targeted to the ER. Journal of Cell Biology. 213 (2), 173-184 (2016).
  22. Reclusa, P., et al. Improving extracellular vesicles visualization: From static to motion. Scientific Reports. 10, 6494 (2020).
  23. Verweij, F. J., et al. Live Tracking of Inter-organ Communication by Endogenous Exosomes In Vivo. Developmental Cell. 48 (4), 573-589 (2019).
  24. Lai, C. P., et al. Visualization and tracking of tumour extracellular vesicle delivery and RNA translation using multiplexed reporters. Nature Communications. 6, 7029 (2015).
  25. Durak-Kozica, M., Baster, Z., Kubat, K., Stępień, E. 3D visualization of extracellular vesicle uptake by endothelial cells. Cellular & Molecular Biology Letters. 23, 57 (2018).
  26. Sunkara, V., et al. Fully Automated, Label-Free Isolation of Extracellular Vesicles from Whole Blood for Cancer Diagnosis and Monitoring. Theranostics. 9 (7), 1851-1863 (2019).
  27. Li, H., et al. Internalization of trophoblastic small extracellular vesicles and detection of their miRNA cargo in P-bodies. Journal of Extracellular Vesicles. 9 (1), 1812261 (2020).
  28. Dong, L., et al. Comprehensive evaluation of methods for small extracellular vesicles separation from human plasma, urine and cell culture medium. Journal of Extracellular Vesicles. 10, 12044 (2020).
check_url/62836?article_type=t

Play Video

Cite This Article
Kim, C., Kuczler, M. D., Dong, L., Kim, J., Amend, S. R., Cho, Y., Pienta, K. J. Extracellular Vesicle Uptake Assay via Confocal Microscope Imaging Analysis. J. Vis. Exp. (180), e62836, doi:10.3791/62836 (2022).

View Video