据报道,使用光降解水凝胶通过高分辨率光拍工具分离细菌细胞。回顾了该过程的基本实验程序,结果和优点。该方法可以快速、廉价地分离出来自异质群落或种群的具有罕见或独特功能的靶向细菌。
生物学家长期以来一直试图了解表型和基因型之间的关系。为了更好地理解这种联系,开发实用技术至关重要,该技术将微观细胞筛选与高纯度的细胞分离相结合,以进行下游遗传分析。在这里,描述了使用可光降解的聚(乙二醇)水凝胶来筛选和分离来自异质细胞群的具有独特生长表型的细菌。该方法依赖于用水凝胶封装或包埋细胞,然后进行培养,显微镜筛选,然后使用高分辨率光图案化工具进行时空控制水凝胶降解并将所选细胞释放到溶液中进行检索。应用不同的光模式可以控制提取细胞的形态,并且环或交叉等模式可用于以最小的直接紫外线照射检索细胞,以减轻DNA对分离株的损伤。此外,光图案化工具提供可调节的光剂量,以实现各种降解和细胞释放速率。它允许以高分辨率降解,从而能够以微米级的空间精度进行细胞检索。在这里,演示了使用这种材料来筛选和检索来自散装水凝胶和微加工芯片实验室设备的细菌。该方法价格低廉,简单,可用于微生物学中的常见和新兴应用,包括从突变文库中分离具有罕见生长谱的细菌菌株,以及分离具有新兴表型的细菌联盟以进行基因组表征。
从复杂和异质的环境中分离具有独特行为的细胞是获得生物学遗传信息的基础1。在微生物学中,观察后稀有或独特微生物的选择和分离在许多需要基因组信息和可观察表型信息之间连接的应用中变得非常重要。这些应用包括从突变文库2中选择表型罕见的菌株,从复杂的微生物群落3,4中选择关键微生物,以及从等基因群体中选择表型罕见但重要的细菌。从细菌群体中分离出可存活但不可培养的细胞(VBNC)是后者的一个重要例子,其中具有VBNC表型的细胞通常以1:102至1:105的比例隐藏在细菌群体中5,6。由于细菌分离的广泛困难,许多表型罕见的微生物仍然未知。这些局限性强调了细胞分离技术的必要性,即首先从混合物中鉴定出一个或多个目标细胞,然后检索并分离它们以进行下游分子分析7。
一些最常用的细胞分离方法包括流式细胞术和荧光活化细胞分选(FACS)8,免疫磁性分离9,10和微流体11。虽然这些隔离方法具有很高的价值,但它们也有限制其使用的缺点。例如,FACS可以在单细胞水平上为后续基因组分析提供常规微生物分离3,但通常受到其可用性和费用以及下游污染问题的限制11。基于微流体的方法,如微流体流式细胞术已经引起了很多关注,与传统的流式细胞术相比,它允许显着减少所需的样品体积12。然而,从微流体装置中分离和检索单个或少量细胞集合通常是一个具有挑战性的问题,通常需要更复杂的设置和装置设计13。许多基于微流体的方法在细胞被输入和观察之前在装置14中对细胞进行遗传表征,限制了在进行功能筛选时观察到的独特物种的数量。鉴于这些局限性,许多实验室需要进一步创新对细胞筛选和分离具有实用性的方法和材料。
本文提出了一种新的、基于材料的细菌筛选和分离方法。该方法使用可光降解的水凝胶进行细胞封装,培养,显微镜观察以及按需释放和回收具有独特表型的目标细菌。水凝胶被设计为包含10nm的目尺寸,其中每个交联含有15个o-硝基苄基。该材料封装或捕获细胞以进行观察,同时使营养物质和废物能够扩散到细胞中或从细胞中扩散以进行培养。通过正置显微镜将材料暴露于图案化的365nm紫外光源下,可以通过邻硝基苄基团16,17的光清除使水凝胶的局部降解。降解触发细胞的选择性释放,用于下游分析的回收,包括基因组学,以及潜在的蛋白质组学和转录组学分析。实验设置和方案相对简单,便宜,并且可以转化为微生物学实验室。它只需要通过水凝胶形成进行细胞封装,用直立的明场和荧光显微镜观察捕获的细胞,以及用图案化的UV光源照射感兴趣的细胞以进行检索。
这种基于材料的筛选方法的一个关键优点是它对不同筛选格式的适应性。在其最基本的格式中,该材料可以通过将异质细胞集合封装在散装水凝胶中来用于筛选。然后观察细胞的所需表型,并去除感兴趣的单个细胞以进行基因组表征。在更复杂的格式中,材料还可以集成到芯片实验室设备中,以提供精确的细胞释放和从设备所需区域的检索。这里描述了这两种格式,并且都使最近的新型微生物筛选和选择应用成为可能17,18,19。该方法在这里用模式革兰氏阴性生物(大肠杆菌,根瘤菌)和革兰氏阳性生物(枯草芽孢杆菌)来证明,并且很容易扩展到各种其他细菌。
本手稿展示了使用光降解水凝胶进行细菌筛选和分离。该材料和方法能够以直接且经济高效的方式实现高通量培养,控制生长培养基和生长条件,以及清洁和精确的细胞提取。提取只需要荧光显微镜与图案化照明工具相结合,并且可以按顺序完成以分离多个细胞靶标。每次提取需要5-10分钟才能完成,并且从单个水凝胶中除去多达30个靶向菌落。该方法的一个关键优点是其对各种不同测定形式的适应性,正如这里从散装水凝胶和微孔阵列中筛选所证明的那样。两种形式的分离过程已成功用于分离在培养和显微观察后表现出下游基因分型独特生长行为的细菌,这是将细胞基因型连接到表型的关键能力。迄今为止,从这些界面中提取的细菌的基因组表征包括16S扩增子测序,以鉴定来自环境微生物组的细菌的多物种集合,产生紧急生长行为18,以及全基因组测序以成功鉴定导致突变文库中存在的细胞中罕见生长谱的基因突变19。
使用散装水凝胶进行细胞筛选和分离是最直接和最简单的格式。在透明玻璃盖玻片上混合前体后,大量可光降解水凝胶迅速形成(25分钟),以将细胞封装在3-D细胞培养基质中,该基质用标准直立或倒置荧光显微镜成像。因此,该方法有可能转化为没有微加工资源或专业知识的常见微生物实验室。这种格式的缺点是细胞在整个三维水凝胶中随机定向。因此,当使用更高放大倍率物镜进行成像时,细胞可能会出现在焦平面之外,如果细胞集落彼此定向太近或存在垂直叠加的菌落,则提取可能很困难。如上所述沉积薄水凝胶(<13μm)对于减轻此缺点至关重要。在这里,在破碎的交叉光模式中曝光(图4B)是优选的,因为这种模式导致没有水凝胶的细胞对紫外线的暴露最小,并且可以通过电镀轻松恢复。
相比之下,微孔阵列格式提供了一个控制更好的接口,因为细菌细胞被分成离散的微孔,作为小培养或共培养位点17,18,26。微孔尺寸、间距和密度均使用标准光刻技术精确制造。与散装水凝胶相比,可以从微孔阵列中提取细菌,具有更高的特异性和更低的交叉污染机会,因为细胞仅存在于预定义的位置,而不是随机分散在整个水凝胶中。播种溶液中细菌细胞的浓度和比例也可以改变,以通过播种过程来控制微孔接种物的数量和组成,这在先前的报告26中已经有所表征,使用户在筛选的实验设计中具有灵活性。使用微孔阵列形式进行筛选的主要缺点是微细加工所需的额外时间和专业知识。据估计,每个阵列的微孔制造成本约为10美元,其中包括材料成本和洁净室费用。此外,微孔阵列传统上由硅制成,由于基板不透明,这可能会导致成像困难。此外,来自硅表面的大量光散射会限制微孔内的成像,并且在使用来自图案化照明工具的UV光照射水凝胶期间会降低图案分辨率(如图8A,B所示)。在透明石英衬底上已经制造了类似的微孔,以解决这些类型的局限性27;然而,这种制造要困难得多。在这里,暴露于照亮孔周边的环形图案是优选的,以便从孔中释放游离细胞,同时最大限度地减少紫外线照射。
无论哪种形式,最常见的问题都是由于水凝胶膨胀,在培养过程中水凝胶从底层底物上脱落。如果这是散装水凝胶的问题,则应使用适当的表面表征技术(XPS,ATR-FTIR,AFM等)验证基团在基材玻璃盖玻片表面上的化学(MTPS)附着层中硫醇基团的存在,密度和均匀性。由于表面功能化效率低下而导致的表面硫醇基团密度低,可导致底物与水凝胶之间的弱相互作用。如果发生低水平的表面硫化,应检查MTPS溶液的稳定性。在初始清洁载玻片时应小心,以确保在MTPS处理之前表面清洁,并应注意确保在MTPS表面反应期间使用无水甲苯(协议第4节)。在微孔阵列的情况下,表面不被硫醇化,水凝胶而是通过水凝胶的部分填充附着在孔中,水凝胶将水凝胶锚定在硅衬底17上。如果水凝胶分离是该系统中的一个问题,则可以将更多的微孔或其他微尺度特征蚀刻到阵列中,以进一步将水凝胶锚定在基板上,以促进更强的附着力。
无论哪种形式,该技术的局限性都是水凝胶在细菌存在下的有限稳定性。已经注意到,一些细菌,如A. tumefaciens,可以在5-7天17,19的过程中降解水凝胶,这限制了实验时间。目前正在对细菌降解机制进行调查;假设来自二丙烯酸酯单体的酯基团受到细菌介导的水解和/或酶降解的影响,如其它系统17中所述。开发更稳定的水凝胶化学物质将延长细菌可以留在水凝胶中的时间,并将筛选扩展到生长速度较慢的微生物。第二个限制是,在这两种格式中,细胞回收和提取都发生在开放环境中,导致相对较高的提取量(30-100μL),这可能容易受到外部污染。因此,必须注意确保从靶菌落中存在足够的细胞,同时最大限度地减少提取溶液体积。为了获得足够的细胞用于电镀和回收或提取DNA材料,观察到在散装水凝胶中,细胞必须培养足够长的时间以达到至少10μm的集落直径。为了降低细胞提取所需的体积,观察到使用微升注射器和管子(图2)比移液更有效。管道允许更准确地从释放点抽取分离物,需要更少的溶液体积并降低污染的机会。
未来的工作涉及了解水凝胶力学性质对细胞生长的影响,因为通过选择适当的基于PEG的各种分子量的单体前体28,这些水凝胶的机械特征得到了很好的控制,并且机械相互作用可能在细菌行为中发挥重要作用29。由于水凝胶材料可以很容易地掺入各种不同的系统和设备中,因此进一步的发展也集中在将这种材料集成到微流体系统中。这将减少飞升的提取溶液到皮升的体积,而目前开放收集格式需要传统的30-100μL体积。较小的溶液体积将大大减少潜在的污染,并使方法转向单细胞分离和表征。
The authors have nothing to disclose.
这项研究得到了NSF职业奖#1944791的支持。
(3-Mercaptopropyl)triethoxysilane | Sigma-Aldrich | 175617-25G | > 95% |
Alconox detergent powder | Alconox | 1104 | |
Ammonium sulfate | Fisher Chemical | A702-500 | Certified ACS Granular |
Autoclave SK300C | Yamato Scientific | 18016 | |
Bacillus subtilis 1A1135 | Bacillus Genetic Stock Center | 1A1135 | |
Brightfield upright microscope | Olympus Corporation | BX51 | |
Calcium chloride, anhydrous | Fisher Chemical | C614-500 | For Desiccators Pellets, 4-20 Mesh |
Centrifuge 5702 | Eppendorf | 5702 | |
Citric acid monohydrate | Sigma-Aldrich | C1909-500G | ACS reagent, > 99.0% |
D-Glucose (Dextrose) | VWR Amresco Life Science | 0188-1KG | |
Dneasy Blood & Tissue Kit | Qiagen | 69504 | DNA purification kit |
DOWSIL 184 silicone elastomer base | Dow Silicones Corporation | Storage temperature: -30-60 °C | |
DOWSIL 184 silicone elastomer curing agent | Dow Silicones Corporation | Storage temperature: < 32 C | |
EPOCH2 microplate spectrophotometer | BioTek Instruments | EPOCH2 | |
Escherichia coli ATCC 25922 | Thermo Fisher Scientific | R19020 | |
Ethanol, anhydrous | Fisher Chemical | 459844 | |
Fisherbrand microscope cover glass | Fisher Scientific | 12540A | |
Fisherfinest premium microscope slides plain | Fisher Scientific | 12-544-4 | |
Hydrogen peroxide solution | Sigma-Aldrich | 216763-500ML | Contains inhibitor, 30 wt% in H2O |
Incu-Shaker Mini | Benchmark | E5-0014-01 | |
Isopropanol | Sigma-Aldrich | 190764 | |
Magnesium sulfate, 7-hydrate | Macron Fine Chemicals | 6066-04 | Avantor Performance Materials, Inc. |
Methanol | Sigma-Aldrich | 179337-4L | ACS reagent, > 99.8% |
NanoDrop One spectrophotometer | Thermo Scientific | ND-ONEC-W | |
Nitrogen, compressed | Matheson | UN1066 | |
Oxygen plasma cleaner | Harrick Plasma | PDC-001-HP | |
Pentaerythritol tetra(mercaptoethyl) polyoxyethylene (4 arm-PEG) | NOF America Corporation | PTE-100SH | Sunbright-PTE-100SH |
Phosphate buffered saline (PBS), 10X | VWR Amresco Life Science | K813-500ML | Store between 15 °C–30 °C |
Polydimethyl siloxane (PDMS) Slygard 184 | Dow Corning | 4019862 | |
Polygon400 | Mightex | DSI-D-000 | |
Premium microscope slides | Fisher Scientific | 12-544-4 | 25 x 75 x 1 mm |
Sodium chloride | Sigma Life Science | S5886-500G | Bioreagent, suitable for cell culture |
Sodium hydroxide | Sigma-Aldrich | S8045-500G | BioXtra, > 98%, pellets (anhydrous) |
Sodium phosphate monobasic dihydrate | Sigma-Aldrich | 71505-250G | BioUltra, for molecular biology, > 99.0% (T) |
Stainless steel thickness gage | Precision Brand Products | 77739 | |
Sulfuric acid | Sigma-Aldrich | 320501-2.5L | |
Toluene, anhydrous, 99.8% | Sigma-Aldrich | 244511-1L | Anhydrous, > 99.8% |
Trichloro (1H,1H,2H,2H perfluorooctyl) silane (TPS), 97% | Sigma-Aldrich | 448931-10G | |
Tryptic soy broth | Sigma-Aldrich | 22092-500G | For microbiology |
Ultrasonic sonicator | Fischer Scientific | FS-110H |