As mitocôndrias são os principais fornecedores de ATP (trifosfato de adenosina) nos neurônios. A disfunção mitocondrial é um fenótipo comum em muitas doenças neurodegenerativas. Dada a arquitetura elaborada e o comprimento extremo de alguns axônios, não é surpreendente que as mitocôndrias nos axônios possam experimentar ambientes diferentes em comparação com suas contrapartes do corpo celular. Curiosamente, a disfunção das mitocôndrias axonais muitas vezes precede os efeitos no corpo celular. Para modelar a disfunção mitocondrial axonal in vitro, os dispositivos microfluídicos permitem o tratamento das mitocôndrias axonais sem afetar as mitocôndrias somais. O gradiente de pressão fluídica nessas câmaras impede a difusão de moléculas contra o gradiente, permitindo assim a análise das propriedades mitocondriais em resposta a desafios farmacológicos locais dentro dos axônios. O protocolo atual descreve a semeadura de neurônios hipocampais dissociados em dispositivos microfluídicos, coloração com um corante sensível ao potencial de membrana, tratamento com uma toxina mitocondrial e a subsequente análise microscópica. Este método versátil para estudar a biologia axonal pode ser aplicado a muitas perturbações farmacológicas e leituras de imagem, e é adequado para vários subtipos neuronais.