מורפוגנזה של הצמח היא התפתחות צורתו ומבנהו של הצמח. תהליכים חופפים רבים וגורמים סביבתיים תורמים למורפוגנזה של הצמח בין התהליכים הללו ניתן למנות צמיחה, בידול תאים ותקשורת בין תא לתא. הצמיחה כוללת חלוקת תאים והתארכות.במהלך חלוקת תאים, הסימטריה, הקצב והמישור או כוון של החלוקה משפיעים מאוד על גורלו של התא. לדוגמה, תאי שמירה, השולטים על חילופי הגזים בצמחים, נוצרים בדרך כלל באמצעות חלוקה א-סימטרית ועל ידי שינוי במישור חלוקת התא. עם זאת, מרבית צמיחת הצומח נגרמת כתוצאה מהתארכות שהיא הגדלה קבועה של תאים מובחנים.תאי צמחים מתרחבים בעיקר על ידי נטילת מים. מרבית המים מאוחסנים בשקע מרכזי גדול. חלוקת תאים והגדלת התא קובעים את צורת הצמח ואת כיוון הצמיחה שלו.עם זאת, תהליכים אלה משתנים בין סוגים שונים של תאי צמחים. המפרט של תאים צמחיים לא בשלים לסוגי תאים מובחנים נקרא בידול תאים והוא גם מרכיב קריטי במורפוגנזה של הצמח. בידול תאים מונחה על ידי שינויים בביטוי גנים, המפעילים או לא-מפעילים גנים המקודדים חלבונים.תקשורת בין תא לתא מווסתת ככל הנראה את הביטוי של גנים המשפיעים על בידול התא. לדוגמא, אפידרמיס השורש של תודרנית לבנה מייצר תאי שיער ותאי אפידרמיס ללא שיער. תאי אפידרמיס לא בשלים הנוגעים בקשר לתא קליפה אחת מבדילים לתאים חסרי שיער, ואילו אלו המפנים לשני תאי קליפה מתפתחים לתאי שיער שורש.דפוס זה קשור לביטוי גנים דיפרנציאלי. גורמים סביבתיים כמו אור, טמפרטורה וזמינות מים וחומרים מזינים משפיעים מאוד על מורפולוגיית הצמח.