Klein volume (1-3L) Filtratie van Coastal Zeewater Monsters
Summary
Deze video documenten klein volume (~ 1 L) filtratie van microbiële biomassa uit de waterkolom.
Abstract
De workflow begint met het verzamelen van de kust mariene wateren voor de downstream microbiële gemeenschap, nutriënten-en trace gas analyses. Voor de demonstratie van vandaag en monsters werden verzameld vanaf het dek van de HMS John Strickland die actief zijn in Saanich Inlet. Deze video documenten klein volume (~ 1 L) filtratie van microbiële biomassa uit de waterkolom. Het protocol is een uitbreiding van het grote volume bemonsteringsprotocol eerder beschreven, met een groot verschil: hier is er geen pre-filtratie stap, zodat alle grootteklassen van biomassa worden verzameld beneden de 0,22 urn filter cut-off. Monsters op deze manier zijn ideaal voor het nucleïnezuur analyse. De set-up, filtratie en clean-up stappen ieder voor zich ongeveer 20-30 minuten. Als u twee peristaltische pompen tegelijk, maximaal 8 monsters kunnen worden gefilterd op hetzelfde moment. Om te voorkomen dat biofilmvorming tussen de monsterneming reizen, moeten alle filtratie-apparatuur worden gespoeld met verdund HCl en gedeïoniseerd water en geautoclaveerd onmiddellijk na gebruik.
Protocol
Discussion
Het is noodzakelijk om te vegen van banken en pompen met een vochtige handdoek na gebruik aan een slepende sporen van zout water die anders zouden aantasten apparatuur te verwijderen. Hoewel de procedure is eenvoudig, kan de benodigde tijd uitgebreid worden afhankelijk van de concentratie van biomassa of afval in het monster wordt gefilterd.
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
We willen graag de Canadese Stichting voor Innovatie, de British Columbia Kennis Ontwikkelingsfonds en de National Sciences and Engineering Research Council (NSERC) van Canada te bedanken voor de ondersteuning van lopende studies op een laag zuurstofgehalte regio's van kust-en open water van de oceaan. DAW werd ondersteund door beurzen uit NSERC, Killam en de TULA basis gefinancierd Centrum voor Microbiële diversiteit en evolutie.
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| Peristaltic pump | Masterflex (Cole Palmer) | 77913-20, 77200-62, 77200-04 | ||
| Tygon LFL tubing | Masterflex (Cole Palmer) | 06429-24 | For filtration apparatus | |
| Hose clamps | Cole Palmer | 0683204 | For filtration apparatus | |
| 1/4” x 3/16” pipe adaptors | Cole Palmer | 31702-20 | For filtration apparatus | |
| Polypropylene prefilter housing | ADVANTEC | 501200 | For filtration apparatus | |
| Metal luer fitting (Hose end to Male luer lock) | Cole Palmer | 31507-27 | For filtration apparatus | |
| 2“ Magnets | For filtration apparatus | |||
| 3 port carboy caps | For filtration apparatus | |||
| GV 0.22 μm STERIVIX filters | Millipore | SVGV01R5 | ||
| 47 mm diameter 2.7 μm GF/D filters | Whatman | 1823047 | ||
| Lysis buffer | 0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3) | |||
| 0.1 % HCl | For post-filtration rinse | |||
| Autoclaved water | For post-filtration rinse |
