Petit volume (1-3L) filtration d'échantillons d'eau de mer côtière
Summary
Ce volume de documents vidéo de petite taille (~ 1 L) de la filtration de la biomasse microbienne de la colonne d'eau.
Abstract
Le flux de travail commence avec la collecte des eaux marines côtières pour la communauté microbienne en aval, des analyses des éléments nutritifs et de gaz de trace. Pour les échantillons de la manifestation d'aujourd'hui s ont été recueillies dans le pont de l'exploitation du HMS John Strickland dans l'inlet Saanich. Ce volume de documents vidéo de petite taille (~ 1 L) de la filtration de la biomasse microbienne de la colonne d'eau. Le protocole est une extension du protocole de grand volume d'échantillonnage décrit précédemment, avec une différence majeure: ici, il n'ya aucune étape de pré-filtration, alors toutes les classes de taille de la biomasse sont collectées vers le 0,22 um de coupure du filtre. Les échantillons recueillis de cette façon sont idéales pour l'analyse des acides nucléiques. Étapes de la mise en place, la filtration et de nettoyage prennent chacun environ 20-30 minutes. Si vous utilisez deux pompes péristaltiques simultanément, jusqu'à 8 échantillons peuvent être filtrés dans le même temps. Pour prévenir la formation de biofilm entre les voyages d'échantillonnage, tous les équipements de filtration doit être rincée avec de l'HCl dilué et de l'eau déminéralisée et autoclavées immédiatement après usage.
Protocol
Discussion
Il est impératif d'essuyer les bancs et les pompes avec une serviette humide après utilisation afin d'éliminer toute trace persistante d'eau salée qui, autrement, se corrodent équipement. Bien que la procédure est simple, l'exigence de temps peut être étendue en fonction de la concentration de la biomasse ou de débris dans l'échantillon filtré.
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Nous tenons à remercier la Fondation canadienne pour l'innovation, le Fonds de développement des connaissances en Colombie-Britannique et les sciences naturelles et en génie (CRSNG) du Canada pour soutenir les études en cours sur les régions pauvres en oxygène des eaux côtières et océaniques ouverts. DAW a été soutenu par des bourses du CRSNG, la Fondation Killam et TULA Centre a financé pour la diversité microbienne et évolution.
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| Peristaltic pump | Masterflex (Cole Palmer) | 77913-20, 77200-62, 77200-04 | ||
| Tygon LFL tubing | Masterflex (Cole Palmer) | 06429-24 | For filtration apparatus | |
| Hose clamps | Cole Palmer | 0683204 | For filtration apparatus | |
| 1/4” x 3/16” pipe adaptors | Cole Palmer | 31702-20 | For filtration apparatus | |
| Polypropylene prefilter housing | ADVANTEC | 501200 | For filtration apparatus | |
| Metal luer fitting (Hose end to Male luer lock) | Cole Palmer | 31507-27 | For filtration apparatus | |
| 2“ Magnets | For filtration apparatus | |||
| 3 port carboy caps | For filtration apparatus | |||
| GV 0.22 μm STERIVIX filters | Millipore | SVGV01R5 | ||
| 47 mm diameter 2.7 μm GF/D filters | Whatman | 1823047 | ||
| Lysis buffer | 0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3) | |||
| 0.1 % HCl | For post-filtration rinse | |||
| Autoclaved water | For post-filtration rinse |
