牛痘病毒感染及病毒基因表达的时空分析：第1部分
Summary
协议牛痘感染的HeLa细胞和宿主和病毒基因的表达分析。
Abstract
家庭<em> Poxviridae</em>由大型双链DNA含有病毒在感染细胞的细胞质中完全复制。成员<em>痘</em>属包括天花，人类的小痘病原体，猴痘，牛痘（VAC）的病毒家族的原型成员。在比较大（约200 KB）痘苗病毒基因组中，3类基因编码的早期，中期，和后期。维拉利编码RNA聚合酶转录虽然所有这三个类，每一类有一个病毒的生命周期中的不同功能。痘病毒利用调制主机在感染的细胞环境的多种策略。为了了解主机和病毒基因表达的调控，我们利用全基因组的方法，从病毒和宿主细胞的转录丰度分析。在这里，我们展示日久感染的HeLa细胞在几个时间点后感染牛痘病毒和采样RNA。主机和病毒总RNA分离和扩增为杂交微阵列基因表达分析。
Protocol
第1部分：设置感染 HeLa细胞生长在烧瓶，等到约80％融合的细胞。 准备足够的实验病毒的生长介质：含2％FBS的DMEM定期和不添加抗生素。 感染可以进行原油库存的牛痘病毒与已知的滴度，或蔗糖纯化与一个已知滴度的病毒，如果你对宿主基因表达有关。 如果您使用的是蔗糖纯化的病毒，请直接进入第2部分。 如果您使用的是一个粗略的牛痘病毒的股票，只是之前…
Discussion
关键步骤
第1部分和2
有几个关键步骤设置同步的牛痘感染，小心病毒（或trypzinizing）超声，以分解病毒颗粒。牛痘是极易发生聚合，重要的是确保即使感染细胞的病毒颗粒的破坏。为了实现一个同步的感染，高MOI（大于2）应使用，以确保每一个细胞都感染。受感染和未受感染的细胞的混合物，会导致感染，多轮异构混合物的时间点，和异步的病毒与宿主转录…
Acknowledgements
怀特黑德研究所的研究员基金
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| TRIzol Reagent | Reagent | Invitrogen | 15596-026 | Similar reagents, such as TriPure from Roche, will also work. |
| BCP Phase Separation Reagent | Reagent | Molecular Research Center | BP151 | |
| RNase-Free DNase Set | Reagent | Qiagen | 79254 | DNase treatment is an optional step. |
References
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Vaccinia Virus InfectionTemporal AnalysisVirus Gene ExpressionPoxviridaeOrthopox GenusVariolaSmall PoxMonkeypoxVaccinia (VAC)Virus FamilyVaccinia GenomeEarly GenesIntermediate GenesLate GenesVirally-encoded RNA PolymerasesHost Cellular Environment ModulationTranscript Abundance AnalysisTime Course InfectionsHeLa CellsRNA Isolation And AmplificationMicroarray AnalysisGene Expression Analysis
Cite This Article
Yen, J., Golan, R., Rubins, K. Vaccinia Virus Infection & Temporal Analysis of Virus Gene Expression: Part 1. J. Vis. Exp. (26), e1168, doi:10.3791/1168 (2009).