Vaccino infezione da virus e analisi temporale di espressione genica del virus: Parte 1
Summary
Protocollo per vaccinia infezione di cellule HeLa e analisi di accoglienza e l'espressione genica virale. Parte 1 di 3.
Abstract
La famiglia<em> Poxviridae</em> È costituito da grandi DNA a doppia elica che contiene virus che si replicano esclusivamente nel citoplasma delle cellule infette. I membri del<em> Orthopox</em> Genere includono vaiolo, l'agente eziologico del vaiolo umano, vaiolo delle scimmie, e vaccinico (VAC), il membro prototipo della famiglia di virus. All'interno del relativamente grande (~ 200 kb) vaccinia genoma, tre classi di geni sono codificati: precoce, intermedio e in ritardo. Anche se tutte e tre le classi sono trascritte dai virale codifica RNA polimerasi, ogni classe svolge una funzione diversa nel ciclo di vita del virus. Poxvirus utilizzano strategie multiple di modulare l'ambiente host cellulare durante l'infezione. Per capire regolamentazione sia di accoglienza e di espressione genica del virus, abbiamo utilizzato tutto il genoma approcci per analizzare abbondanza trascrizione sia da virus e cellule ospiti. In questo studio dimostriamo infezioni corso a tempo di cellule HeLa con il virus vaccinico e RNA di campionamento in diversi momenti dopo l'infezione. Sia host e virale RNA totale è isolato e amplificato per l'ibridazione di microarray per l'analisi dell'espressione genica.
Protocol
Discussion
Passaggi critici
Part 1 & 2
Ci sono diversi passaggi critici della costituzione di una infezione sincrona vaccinia, il primo sonicazione facendo attenzione (o trypzinizing) del virus, in modo da disaggregare le particelle del virus. Vaccino è fortemente incline alla aggregazione e disgregazione di particelle del virus è importante per garantire anche l'infezione delle cellule. Al fine di ottenere una infezione sincrona, un alto MOI (maggiore di 2) deve esser…
Acknowledgements
Whitehead Institute Fellows Fondi
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| TRIzol Reagent | Reagent | Invitrogen | 15596-026 | Similar reagents, such as TriPure from Roche, will also work. |
| BCP Phase Separation Reagent | Reagent | Molecular Research Center | BP151 | |
| RNase-Free DNase Set | Reagent | Qiagen | 79254 | DNase treatment is an optional step. |
References
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