Entwicklung eines Backbone zyklische Peptid-Bibliothek als potentielle Antiparasiten Therapeutics unter Mikrowellenbestrahlung
Summary
A simple and general method for the synthesis of cyclic peptides using microwave irradiation is outlined. This procedure enables the synthesis of backbone cyclic peptides with a collection of different conformations while retaining the side chains and the pharmacophoric moieties., and therefore, allows to screen for the bioactive conformation.
Abstract
Protein-Protein-Wechselwirkungen (PPIs) sind in fast allen biologischen Prozessen eng verbunden und werden in vielen menschlichen Krankheiten in Verbindung gebracht. Daher gibt es eine große Anstrengung, um die PPI in Grundlagenforschung und in der pharmazeutischen Industrie zu zielen. Protein-Protein-Schnittstellen sind in der Regel groß, flach und häufig nicht über Taschen, Verkomplizierung der Entdeckung kleiner Moleküle, die solche Stellen zielen. Alternative Targeting Ansätze unter Verwendung von Antikörpern weisen Beschränkungen aufgrund der schlechten oralen Bioverfügbarkeit, niedriger Zelldurchlässigkeit, und die Produktion Ineffizienz.
Verwendung von Peptiden zur PPI-Schnittstellen Ziel hat mehrere Vorteile. Peptide haben eine höhere Konformations Flexibilität, erhöhte Selektivität und sind in der Regel teuer. Allerdings haben Peptide ihre eigenen Grenzen einschließlich schlechte Stabilität und Ineffizienz Kreuzung Zellmembranen. Um diese Einschränkungen zu überwinden, kann Peptidcyclisierung durchgeführt werden. Zyklisierung wurde gezeigt, dass Peptid-Selektivität zu verbessernMetabolische Stabilität und Bioverfügbarkeit. Die Vorhersage der bioaktiven Konformation eines zyklischen Peptids ist jedoch nicht trivial. Um diese Herausforderung zu meistern, um einen attraktiven Ansatz es Bildschirm eine fokussierte Bibliothek-Bildschirm, in dem alle Backbone zyklischen Peptide haben den gleichen Primärsequenz, unterscheiden sich aber in Parameter, die ihre Konformation beeinflussen, wie zum Beispiel Ring Größe und Position.
Wir beschreiben ein detailliertes Protokoll zur Synthese einer Bibliothek von Backbone zyklischen Peptide auf bestimmte Parasiten EPI. Mit Hilfe eines rationalen Design-Ansatz entwickelten wir Peptide aus dem Gerüstprotein L eishmania Rezeptor für aktivierte C-Kinase (LACK) abgeleitet. Wir vermuten, dass Sequenzen in LACK in Parasiten konserviert sind, aber nicht in den Säugetierwirt homolog kann Interaktionsstellen für Proteine, die kritisch für den Parasiten Lebensfähigkeit darzustellen. Die zyklischen Peptide wurden unter Verwendung von Mikrowellenstrahlung, um die Reaktionszeiten zu reduzieren und die synthetisiertenEffizienz. Die Entwicklung einer Bibliothek von Backbone zyklischer Peptide mit unterschiedlichen Ringgrößen ermöglicht eine systematische Bildschirm für die meisten biologischen aktiven Konformation. Dieses Verfahren stellt eine allgemeine, schnelle und einfache Art und Weise die Synthese cyclischer Peptide.
Introduction
Protein-Protein-Wechselwirkungen (PPIs) spielen eine zentrale Rolle in den meisten biologischen Prozesse, von der intrazellulären Signaltransduktion, Zelltod 1. Daher Targeting PPI ist von grundlegender Bedeutung für die Grundlagenforschung und therapeutische Anwendungen. PPIs durch spezifische und stabile Antikörper reguliert werden, aber Antikörper sind teuer und schwierig herzustellen und haben eine schlechte Bioverfügbarkeit. Alternativ kann PPI durch kleine Moleküle ausgerichtet werden. Kleine Moleküle sind einfacher zu synthetisieren und preiswert im Vergleich zu Antikörpern; jedoch sind sie relativ weniger flexibel und passen besser, kleine Hohlräume als großes Protein-Protein-Grenzflächen 2,3. Diverse Untersuchungen haben gezeigt, dass Peptide, die einfacher und billiger als Antikörper und flexibler als die kleine Moleküle sind, können Protein-Grenzflächen zu binden und zu regulieren PPIs 4,5. Die globale therapeutische Peptidmarkt wurde um 15 Milliarden US-Dollar im Jahr 2013 geschätzt und wächst um 10,5% annually 6. Darüber hinaus gibt es mehr als 50 vertrieben Peptide, etwa 270-Peptide in verschiedenen Phasen der klinischen Prüfung, und etwa 400 Peptide in fortgeschrittenen präklinischen Phasen 7. Obwohl zahlreiche Peptide werden als Arzneimittel verwendet werden, Peptide stellen noch einige Herausforderungen, die ihre weitverbreitete Anwendung, einschließlich schlechte Bioverfügbarkeit und Stabilität, Ineffizienz im Kreuzungs Zellmembranen und Konformationsflexibilität 8,9 zu begrenzen. Eine Alternative, diese Nachteile zu überwinden, ist es, verschiedene Modifikationen wie lokale (D-Aminosäure und N-Alkylierung) oder global (Cyclisierung) 8,10-12 Einschränkungen gelten. Diese Modifikationen auch natürlich vorkommen. Beispielsweise Cyclosporin A, ein Immunsuppressivum cyclischen natürliches Peptid, enthält ein einzelnes D-Aminosäure und erfährt eine N-Alkylierung Modifikationen 13,14.
Modifikation der natürlichen Aminosäuren lokalen Beschränkungen, wie zum Beispiel D- und N-Alkylierung zu induzieren, oft auf die Peptid9; s biologische Aktivität. Jedoch Cyclisierung, bei der die Sequenz von Interesse gleich bleiben kann, wird eher die biologische Aktivität zu bewahren. Cyclisierung ist eine sehr attraktive Möglichkeit, Peptid Konformationsraum durch Verringerung das Gleichgewicht zwischen verschiedenen Konformationen zu beschränken. Sie erhöhen in der Regel der biologischen Aktivität und Selektivität durch die Beschränkung des Peptids an der aktiven Konformation, die nur eine Funktion vermittelt. Cyclisierung verbessert auch die Stabilität der Peptide, indem das Peptid in einer Konformation, die weniger durch abbauende Enzyme erkannt wird. Tatsächlich wurden zyklische Peptide gezeigt, metabolische Stabilität, Bioverfügbarkeit und die Selektivität verbessert werden im Vergleich zu ihren linearen Gegen 15-17 haben.
Jedoch kann die Cyclisierung ein zweischneidiges Schwert, da in einigen Fällen die Einschränkung können die Peptide von der Erreichung eines bioaktiven Konformation verhindern. Um diese Hürde zu überwinden, eine fokussierte Bibliothek, in der alle Peptide haben die gleiche Grund SequencE und demzufolge konstant Pharmakophore synthetisiert werden. Peptide in der Bibliothek unterschiedlich Parameter, deren Struktur zu beeinflussen, wie Ringgröße und der Position, um in der Folge Bildschirm für die meisten bioaktiven Konformation 9,18.
Peptide können in Lösung und durch eine Festphasen-Peptidsynthese (SPPS) Ansatz, der jetzt die häufiger Peptidsyntheseansatz und wird weiter diskutiert werden, synthetisiert werden. SPPS ist ein Prozess, durch den chemischen Umwandlungen sind auf einem festen Träger über einen Linker durchgeführt, um eine breite Palette von synthetischen Verbindungen 19 vorzubereiten. SPPS ermöglicht Zusammenbauen Peptiden durch aufeinanderfolgende Kopplung der Aminosäuren in einer stufenweise vom C-Terminus, die an einen festen Träger gebunden ist, an den N-Terminus. Die N-α-Aminosäure-Seitenketten sind mit Schutzgruppen, die in den während Peptidelongation verwendeten Reaktionsbedingungen stabil sind, die Zugabe einer Aminosäure pro st sicherzustellen maskierendenep. Im letzten Schritt wird das Peptid vom Harz gelöst und die Seitenketten-Schutzgruppen werden gleichzeitig entfernt. Während das Peptid, das synthetisiert wird, können alle löslichen Reagenzien aus dem Peptid-feste Trägermatrix durch Filtration entfernt und weg am Ende jedes Kopplungsschritt gewaschen werden. Mit einem solchen System kann ein großer Überschuß an Reagenzien in hoher Konzentration Kupplungsreaktionen zum Abschluss zu bringen und alle Syntheseschritte können in demselben Behälter ohne Übertragung von Material 20 durchgeführt werden.
Obwohl SPPS hat einige Einschränkungen, wie beispielsweise der Herstellung von unvollständigen Reaktionen, Nebenreaktionen, unreinen Reagenzien, sowie Schwierigkeiten Überwachung der Reaktion 21, haben die Vorteile der SPPS es der "Goldstandard" für die Peptidsynthese hergestellt. Zu diesen Vorteilen gehören die Möglichkeit, nicht-natürliche Aminosäuren, Automatisierung, einfache Reinigung zu integrieren, minimiert physikalische Verluste und die Verwendung von überschüssigen Reagenzien, was zuhohe Erträge. SPPS ist gezeigt worden, sehr nützlich bei der Synthese von schwierigen Sequenzen 21,22 fluoreszierenden Modifikationen 23 und Peptidbibliotheken 24,25 sein. SPPS ist auch sehr nützlich für andere poly-Kettenanordnungen wie Oligonukleotide 26,27, 28,29 Oligosaccharide und Peptidnucleinsäuren 30,31. Interessanterweise ist in einigen Fällen gezeigt wurde SPPS zur Synthese kleiner Moleküle, die traditionell in der Lösung 32,33 bestehen vorteilhaft. SPPS wird sowohl im kleinen Maßstab für Forschung und Lehre 34,35 als auch im großen Maßstab in der Industrie 36-38 verwendet.
Zwei Synthesestrategien, die hauptsächlich in SPPS Methodik für die Synthese von Peptiden verwendet werden, sind Butyloxycarbonyl (Boc) und 9-Fluorenylmethoxycarbonyl (Fmoc). Die für SPPS eingeführt ursprüngliche Strategie war Boc, die stark sauren Bedingungen erfordert, um Seitenketten aus dem R-Schutzgruppen zu entfernen und spalten das PeptidEsin. Fmoc-basierte Peptidsynthese verwendet jedoch mäßige Basiszustand und ist eine mildere Alternative zu dem säurelabilen Boc-Protokoll 39. Die Fmoc-Strategie nutzt orthogonalen t-Butyl (tBu) Seitenkettenschutz, der in der letzten Stufe der Synthese entfernt wird, während Abspaltung des Peptids vom Harz unter sauren Bedingungen.
Das allgemeine Prinzip für die Peptidsynthese am festen Träger ist in Figur 1 dargestellt. Die anfängliche Aminosäure, durch eine temporäre Schutzgruppe an dem N-α-Terminus maskiert wird an das Harz von dem C-Terminus geladen. Eine semi-permanente Schutzgruppe, um die Seitenkette zu maskieren ist auch, falls erforderlich (Figur 1, Schritt 1) verwendet wird. Die Synthese des Zielpeptides aus dem C-Terminus mit dem N-Terminus durch wiederholte Zyklen von Entschützen der N-α-temporären Schutzgruppe (1, Schritt 2) und Kopplung der nächsten geschützten Aminosäure (1 gebaut </str ong>, Schritt 3). Nach der letzten Aminosäure wird geladen (1, Schritt 4), wird das Peptid vom Harzträger abgespalten und die semi-permanente Schutzgruppen entfernt (Abbildung 1, Schritt 5).
Figur 1. Allgemeines Schema der Festphasenpeptidsynthese. Die N-α-geschützten Aminosäure unter Verwendung der Carboxylgruppe über einen Linker an dem Harz (Schritt 1) verankert ist. Das gewünschte Peptid in einer linearen Weise vom C-Terminus zum N-Terminus durch wiederholte Zyklen von Entschützen der temporären Schutzgruppe (TPG) von dem N-α (Schritt 2) und Aminosäurekupplung (Schritt 3) zusammengesetzt. Nach der Durchführung der Synthese (Schritt 4) werden die semi-permanenten Schutzgruppen (SPG) während der Peptidspaltung (Schritt 5) entschützt.bekommen = "_ blank"> Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Figur zu sehen.
Nach Montage der kompletten Peptidkette kann Cyclisierung durch mehrere Alternativen erreicht werden: (A) Kopf-Schwanz-Cyclisierung – dies ist ein bequemer Weg, aber begrenzt, da es nur eine Option für die Cyclisierung (2A), (B) Cyclisierung bietet Verwendung der Aminosäuren aus der Sequenz von Interesse, die biologisch aktive funktionelle Gruppen enthalten – jedoch die Verwendung dieser Aminosäuren können die biologische Aktivität (2B) und (C) die Cyclisierung durch Zusatz von Aminosäuren (oder anderen Bausteinen) ohne störenden Einfluss das bioaktive Sequenz. Einführung dieser Moleküle ist weit verbreitet, da es ermöglicht die Herstellung von konzentrierten Bibliotheken ohne Änderung der Sequenz von Interesse (2C).
FBBILDUNG 2. Alternative Peptidcyclisierung Strategien (A) Kopf-Schwanz-Cyclisierung, durch eine Peptidbindung zwischen dem C-Terminus und N-Terminus. (B) Cyclisierung zwischen funktionellen Gruppen, wie eine Disulfidbindung zwischen Cysteinresten (1) oder einer Amidbindung zwischen den Seitenketten von Lysin Asparaginsäure / Glutaminsäure (2) oder der Seitenkette in N- oder C-Terminus (3 -4); (C) Cyclisierung durch das Hinzufügen zusätzlicher Aminosäuren oder Aminosäurederivate oder kleine Moleküle, beispielsweise vor (R0) und nach (R7) die bioaktive Sequenz. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Figur zu sehen.
Mikrowellen-unterstützte Synthese nutzt Mikrowellenbestrahlung, um Reaktionen zu erwärmen, und beschleunigt so organische chemische Umwandlungen 40,41. Mikrowellenchemie basiert auf der Fähigkeit des Reagens / Lösemittel zum absorbieren basierendMikrowellenenergie und wandeln sie in Wärme um 42. Bevor die Technologie verbreitet wurde, hatte gravierende Nachteile zu überwinden, einschließlich der Steuerbarkeit und Reproduzierbarkeit der Syntheseprotokolle und der Mangel an geeigneter Systeme zur Temperatur- und Drucksteuerungen 43,44. Der erste Bericht über die mikrowellenunterstützte Peptidsynthese wurde unter Verwendung eines Küchenmikrowellen mehrere kurze Peptide zu synthetisieren (7-10 Aminosäuren) mit signifikanten Verbesserung der Kopplungseffizienz und die Reinheit 45 getan. Darüber hinaus wurde gezeigt, dass Mikrowellenenergie Kettenaggregation zu verringern, reduzieren Nebenreaktionen, Racemisierung zu beschränken, und zur Verbesserung der Kopplungsraten, die alle entscheidend für die schwierige und lange Sequenzen von 46 bis 53 sind.
Gegenwärtig ist die Verwendung von Mikrowellenstrahlung für die Synthese von Peptiden oder verwandten Verbindungen auf einem festen Träger ist umfangreich, einschließlich (A) Synthese in Wasser anstelle des organischen Lösungsmittels 54; (B) Synthese von Peptiden mitgemeinsame posttranslationale Modifikationen wie Glycopeptide 55-58 oder 59-61 Phosphopeptide, dessen Synthese ist in der Regel schwierig, aufgrund der geringen Kopplungseffizienz von sterisch gehinderten Aminosäurederivate; (C) Synthese von Peptiden mit einer Modifikation in der Hauptkette, wie Azapeptiden, die durch den Austausch der C (α) eines Aminosäurerests mit einem Stickstoffatom 62 oder Peptoide, dessen Seitenkette ist mit der gebildet werden kann, Amidstickstoff anstelle des C & alpha Atom 63,64; (D) Synthese von cyclischen Peptiden 65-71; und (E) Synthese von kombinatorischen Bibliotheken 51,72. In zahlreichen Fällen die Autoren berichteten höheren Wirkungsgrad und geringere Synthesezeit unter Mikrowellenbestrahlung im Vergleich mit dem herkömmlichen Protokoll.
Mit Hilfe eines rationalen Design 73-75, Anti-Parasiten-Peptide, die vom Gerüst L eishmania des Rezeptors fo abgeleitet wurden, entwickelten wirr aktiviert C-Kinase (LACK). LACK spielt eine wichtige Rolle in der frühen Phase der Infektion mit Leishmanien 76. Parasiten ausdrücken unteren Ebenen der LACK nicht einmal, auch immungeschwächten Mäusen parasitieren 77 als LACK ist in wesentlichen Parasiten Signalprozessen und Proteinsynthese 78 beteiligt. Daher ist LACK ein Schlüsselgerüstprotein 79 und ein wertvolles Medikament Ziel. Sich auf Sequenzen in LACK, die in den Parasiten konserviert sind, aber nicht in der Wirts Säugerhomolog RACK, identifizierten wir eine 8-Aminosäuren-Peptid (RNGQCQRK), welche Leishmania sp. Lebensfähigkeit in Kultur verringert.
Hier beschreiben wir ein Protokoll für die Synthese von cyclischem Gerüst Peptide aus dem oben beschriebenen LACK Proteinsequenz abgeleitet. Die Peptide wurden auf einem festen Träger unter Verwendung von Mikrowellenheizung durch SPPS Methodik mit Fmoc / tBu-Protokolls synthetisiert. Peptide wurden in einen TAT 47-57 (YGRKKRRQRRR) Trägerpeptid über eine Amidbindung als konjugiertesTeil der SPPS. TAT-basierten Transport einer Vielzahl von Ladungen in die Zellen ist seit über 15 Jahren verwendet, und die Lieferung der Ladung in subzellulären Organellen wurde bestätigt, 80. Vier verschiedenen Linkern, Bernstein- und Glutarsäureanhydrid sowie Adipin- und Pimelinsäure, wurden verwendet, um die Cyclisierung durchzuführen, um Carbonsäure-Linker von zwei bis fünf Kohlenstoffatomen zu erzeugen. Zyklisierung wurde unter Verwendung von Mikrowellenenergie durchgeführt, und die abschließende Abspaltung und Seitenketten-Gruppenoperationen manuell ohne Mikrowellenenergie erfolgt. Die Verwendung eines automatischen Mikrowellen-Synthesizer verbessert die Produktreinheit, erhöht die Produktausbeute und verringert die Dauer der Synthese. Dieses allgemeine Protokoll kann zu anderen Studien, die Peptide zu verwenden, um wichtige molekulare Mechanismus in vitro und in vivo zu verstehen und weiterzuentwickeln potentielle Arzneimittel für menschliche Krankheiten verwendet werden.
Protocol
Representative Results
Discussion
Die Synthese einer fokussierten Bibliothek Rückgrat aus dem Mangel Protein der Leishmania-Parasiten mit einem vollständig automatisierten Mikrowellen-Synthesizer abgeleitet cyclische Peptide beschrieben. Ein fokussierter Bibliothek zyklischer Peptide wurde mit konservierten Pharmakophore und verschiedene Linker entwickelt. Zugabe verschiedener Linker wie Glutarsäureanhydrid, Bernsteinsäureanhydrid, Adipinsäure, Pimelinsäure, Lysin, Ornithin und andere Bausteine verwendet werden, um die Vielfalt eine…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Wir danken Lauren Van Wassenhove, Sunhee Hwang und Daria Mochly-Rosen für hilfreiche Diskussionen. Die Arbeit wurde von den National Institutes of Health Grants NIH RC4 TW008781-01 C-IDEA (SPARK) unterstützt, um NQ Die Geldgeber hatten keine Rolle in Studiendesign, Datenerhebung und -analyse, Entscheidung zur Veröffentlichung oder Erstellung des Manuskripts.
Materials
| REAGENTS | |||
| Solid support, Rink Amide AM resin ML | CBL | BR-1330 | loading: 0.49 mmol/g |
| Fmoc-Ala-OH | Advanced Chemtech | FA2100 | |
| Fmoc-Arg(Pbf)-OH | Advanced Chemtech | FR2136 | |
| Fmoc-Asn(Trt)-OH | Advanced Chemtech | FN2152 | |
| Fmoc-Asp(OBut)-OH | Advanced Chemtech | FD2192 | |
| Fmoc-Cys(Trt)-OH | Advanced Chemtech | FC2214 | |
| Fmoc-Gln(Trt)-OH | Advanced Chemtech | FQ2251 | |
| Fmoc-Glu(OtBu)-OH | Advanced Chemtech | FE2237 | |
| Fmoc-Gly-OH | Advanced Chemtech | FG2275 | |
| Fmoc-His(Trt)-OH | Advanced Chemtech | FH2316 | |
| Fmoc-Ile-OH | Advanced Chemtech | FI2326 | |
| Fmoc-Leu-OH | Advanced Chemtech | FL2350 | |
| Fmoc-Lys(Boc)-OH | Advanced Chemtech | FK2390 | |
| Fmoc-Met-OH | Advanced Chemtech | FM2400 | |
| Fmoc-Phe-OH | Advanced Chemtech | FF2425 | |
| Fmoc-Pro-OH | Advanced Chemtech | FP2450 | |
| Fmoc-Ser-(tBu)-OH | Advanced Chemtech | FS2476 | |
| Fmoc-Thr(tBu)-OH | Advanced Chemtech | FT2518 | |
| Fmoc-Trp(Boc)-OH | Advanced Chemtech | FW2527 | |
| Fmoc-Tyr(But)-OH | Advanced Chemtech | FY2563 | |
| Fmoc-Val-OH | Advanced Chemtech | FV2575 | |
| 1-Methyl-2-pyrrolidinone (NMP) | Sigma | 328634 | Caution Toxic/Highly flammable/Irritant. |
| N,N-Dimethylformamide (DMF) | Alfa Aesar | 43465 | Caution Toxic |
| Use high quality DMF to eliminate side reactions such as Fmoc removal as a result of the dimethylamine traces from DMF decomposition. | |||
| Dichloromethane (DCM) | Sigma | D65100 | Caution Harmful |
| Dibromomethane (DBM) | Sigma | D41868 | Caution Harmful |
| Trifluoroacetic acid (TFA) | Sigma | T62200 | Caution Corrosive/Toxic |
| Trifluoroacetic acid, HPLC grade (TFA) | Sigma | 91707 | Caution Corrosive/Toxic |
| Diethylether | Sigma | 31690 | Caution Highly flammable/Harmful |
| Triisopropylsilane (TIS) | Sigma | 233781 | Caution Irritant/Flammable |
| Water, HPLC grade | Sigma | 270733 | |
| Acetonitroile, HPLC grade (ACN) | Fisher Scientific | A998-4 | Caution Flammable/Irritant/Harmful |
| N,N-Diisopropylethylamine (DIEA) | Sigma | 3440 | Caution Corrosive/Highly flammable |
| Piperidine | Sigma | W290807 | Caution Toxic/Highly flammable |
| Pyridine | Sigma | 270970 | Caution Highly flammable/Harmful |
| Ethanol (EtOH) | Sigma | 459844 | Caution Highly flammable/Irritant |
| 1-Hydroxybenzotriazole hydrate (HOBt) | Sigma | 157260 | Caution Highly flammable/Irritant/Harmful |
| O-(Benzotriazol-1-yl)-N,N,N′,N′-tetramethyluronium hexafluorophosphate (HBTU) | Sigma | 12804 | Caution Irritant/Harmful |
| Benzotriazole-1-ly-oxy-tris-pyrrolidinophosphonium hexafluorphosphate (PyBOP) | Advanced Chemtech | RC8602 | Caution Irritant |
| Ninhydrin | Sigma | 454044 | Caution Harmful |
| Phenol | Sigma | P3653 | Caution Corrosive/Toxic |
| Potassium cyanide (KCN) | Sigma | 11813 | Caution Very Toxic |
| Potassium hydroxide (KOH) | Sigma | 221473 | Caution Toxic |
| N,N’- | Sigma | 38370 | Caution Flammable/ Toxic |
| Diisopropylcarbodiimide (DIC) | |||
| 4-Dimethylaminopyridine (DMAP) | Sigma | 522805 | Caution Toxic/Irritant |
| Glutaric anhydride | Sigma | G3806 | Caution Flammable/Irritant/Harmful |
| Succinic anhydride | Sigma | 239690 | Caution Irritant/Harmful |
| Adipic acid | Sigma | A26357 | Caution Toxic/Irritant |
| Pimelic acid | Sigma | P45001 | Caution Toxic/Irritant |
| Chloranil | Sigma | 23290 | Caution Toxic/Irritant |
| Acetaldehyde | Sigma | 402788 | Caution Flammable/ Toxic |
| EQUIPMENT | |||
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Centrifuge | Beckman Coulter | Allegra 6R centrifuge | |
| Lyophilizer | Labconco | freezone 4.5 | |
| Vacuum pump | Franklin Electric | model 1101101416 with 3/4 HP | Alcatel pump with Franklin Motor |
| Polypropylene cartridge 12 ml | Applied Separation | 2419 | |
| Cap plug for 12 ml polypropylene cartridge | Applied Separation | 8157 | |
| Polypropylene cartridge 3 ml | Applied Separation | 2413 | |
| Cap plug for 3 ml polypropylene cartridge | Applied Separation | 8054 | |
| Stop cocks PTFE | Applied Separation | 2406 | |
| Tubes flat, 50 ml | VWR | 21008-240 | |
| Extraction manifold, 20 pos, 16 x 100 mm tubes | Waters | WAT200609 | |
| Shaker, BD adams™ nutator mixer | Fisher scientific | 22363152 | |
| Nalgene HDPE narrow mouth IP2 bottles, 125 ml | Fisher scientific | 03-312-8 | |
| Erlenmeyer flask | Fisher Scientific | FB-501, 500 ml | |
| Heating block | Thermolyne | 1760 dri bath | |
| Disposable borosilicate glass tubes with plain end | Fisher Scientific | 14-961-25 | |
| Micropipettes and tips Finnpipette | Thermo | 20–200 and 100–1,000 μl | |
| HPLC vials – micro vl pp 400 µl PK100 | VWR | 69400-124 | |
| HPLC vial- Blue Snap-It Cap | VWR | 66030-600 | |
| Analytical HPLC column | Peeke Scientific | U1-5C18Q-JJ | ultro 120 5 µm C18Q, 4.6 mm ID 150 mm |
| Prep HPLC column, XBridge | Waters | OBD C18 5 µm column | 19 mm × 150 mm |
| Mass spectrometer | Applied Biosystems | Voyager DE-RP |
References
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