A simple and general method for the synthesis of cyclic peptides using microwave irradiation is outlined. This procedure enables the synthesis of backbone cyclic peptides with a collection of different conformations while retaining the side chains and the pharmacophoric moieties., and therefore, allows to screen for the bioactive conformation.
प्रोटीन, प्रोटीन बातचीत (पीपीआई) लगभग सभी जैविक प्रक्रियाओं में अच्छी तरह से शामिल हैं और कई मानव रोगों से जुड़ी हैं। इसलिए, बुनियादी अनुसंधान के क्षेत्र में और दवा उद्योग में पीपीआई को लक्षित करने के लिए एक प्रमुख प्रयास है। प्रोटीन, प्रोटीन इंटरफेस फ्लैट, आमतौर पर बड़े हैं, और अक्सर ऐसी साइटों को लक्षित है कि छोटे अणुओं की खोज उलझी जेब की कमी है। एंटीबॉडी का उपयोग वैकल्पिक लक्ष्य-निर्धारण दृष्टिकोण गरीब मौखिक जैव उपलब्धता, कम सेल पारगम्यता, और उत्पादन अक्षमता के कारण सीमाएं हैं।
पल्स पोलियो टीकाकरण इंटरफेस को लक्षित करने के पेप्टाइड्स का प्रयोग कई फायदे हैं। पेप्टाइड्स उच्च गठनात्मक लचीलेपन में वृद्धि हुई, चयनात्मकता है, और आम तौर पर सस्ती कर रहे हैं। हालांकि, पेप्टाइड्स गरीब स्थिरता और अक्षमता को पार कोशिका झिल्ली सहित अपनी सीमाएं हैं। ऐसी सीमाओं को पार करने के लिए, पेप्टाइड चक्रगति किया जा सकता है। चक्रगति पेप्टाइड चयनात्मकता सुधार करने के लिए प्रदर्शन किया गया हैचयापचय स्थिरता, और जैव उपलब्धता। हालांकि, एक चक्रीय पेप्टाइड की बायोएक्टिव रचना की भविष्यवाणी तुच्छ नहीं है। इस चुनौती पर काबू पाने के लिए, एक आकर्षक दृष्टिकोण यह सब रीढ़ चक्रीय पेप्टाइड्स ही प्राथमिक अनुक्रम है, लेकिन इस तरह की अंगूठी के आकार और स्थिति के रूप में उनकी रचना को प्रभावित करने वाले मापदंडों में मतभेद है जिसमें स्क्रीन करने के लिए एक केंद्रित पुस्तकालय स्क्रीन करने के लिए।
हम विशिष्ट परजीवी पीपीआई को निशाना रीढ़ चक्रीय पेप्टाइड्स के एक पुस्तकालय synthesizing के लिए एक विस्तृत प्रोटोकॉल का वर्णन है। एक तर्कसंगत डिजाइन दृष्टिकोण का प्रयोग, हम सक्रिय सी-काइनेज (कमी) के लिए पाड़ प्रोटीन एल eishmania रिसेप्टर से निकाली गई पेप्टाइड्स विकसित की है। हम नहीं बल्कि स्तनधारी मेजबान homolog में, परजीवी में संरक्षित कर रहे हैं कि अभाव में दृश्यों, परजीवी 'व्यवहार्यता के लिए महत्वपूर्ण हैं कि प्रोटीन के लिए बातचीत साइटों का प्रतिनिधित्व कर सकते धारणा है कि। चक्रीय पेप्टाइड्स प्रतिक्रिया समय को कम करने और बढ़ाने के लिए माइक्रोवेव विकिरण का उपयोग कर संश्लेषित किया गयादक्षता। अलग अंगूठी के आकार के साथ रीढ़ चक्रीय पेप्टाइड्स के एक पुस्तकालय का विकास सबसे जैविक सक्रिय रचना के लिए एक व्यवस्थित स्क्रीन की सुविधा। इस विधि चक्रीय पेप्टाइड्स के संश्लेषण के लिए एक, सामान्य तेज, और सुगम बनाता है।
प्रोटीन, प्रोटीन बातचीत (पीपीआई) इंट्रासेल्युलर संकेत पारगमन से कोशिका मृत्यु के लिए 1, सबसे जैविक प्रक्रियाओं में एक निर्णायक भूमिका निभाते हैं। इसलिए, पीपीआई को निशाना बुनियादी अनुसंधान और चिकित्सीय अनुप्रयोगों के लिए मौलिक महत्व का है। पीपीआई विशिष्ट और स्थिर एंटीबॉडी द्वारा विनियमित है, लेकिन एंटीबॉडी के निर्माण और गरीब जैव उपलब्धता है करने के लिए महंगा है और मुश्किल होते जा सकता है। वैकल्पिक रूप से, पीपीआई छोटे अणुओं द्वारा निशाना बनाया जा सकता है। छोटे अणुओं एंटीबॉडी की तुलना के संश्लेषण के लिए आसान है और सस्ती कर रहे हैं; हालांकि, वे अपेक्षाकृत कम लचीले होते हैं और बड़े प्रोटीन, प्रोटीन इंटरफेस 2,3 करने के लिए की तुलना में छोटे cavities के लिए बेहतर फिट बैठते हैं। विभिन्न अध्ययनों सरल और सस्ता एंटीबॉडी की तुलना में और छोटे अणुओं की तुलना में अधिक लचीला कर रहे हैं, जो पेप्टाइड्स, प्रोटीन इंटरफेस बाँध और पीपीआई 4,5 नियंत्रित कर सकते हैं कि प्रदर्शन किया है। वैश्विक चिकित्सीय पेप्टाइड बाजार 2013 में पंद्रह अरब डॉलर के आसपास आंकी गई और 10.5% एन्नुआ बढ़ रहा हैlly 6। इसके अलावा, 50 से अधिक विपणन पेप्टाइड्स, नैदानिक परीक्षण के विभिन्न चरणों में करीब 270 पेप्टाइड्स, और उन्नत प्रीक्लीनिकल चरणों 7 में लगभग 400 पेप्टाइड्स देखते हैं। कई पेप्टाइड्स दवाओं के रूप में इस्तेमाल किया जा रहा है, पेप्टाइड्स अभी भी गरीब जैव उपलब्धता और स्थिरता, क्रासिंग कोशिका झिल्ली में अक्षमता, और गठनात्मक लचीलापन 8,9 सहित उनके बड़े पैमाने पर आवेदन की सीमा है कि कई चुनौतियां खड़ी। इन कमियों बढ़ना करने के लिए एक विकल्प ऐसे स्थानीय (डी अमीनो एसिड और एन alkylation) और ग्लोबल (चक्रगति) की कमी 8,10-12 के रूप में विभिन्न संशोधनों के लागू करने के लिए है। इन संशोधनों के भी स्वाभाविक रूप से पाए जाते हैं। उदाहरण के लिए, cyclosporin ए, एक प्रतिरक्षादमनकारी चक्रीय प्राकृतिक पेप्टाइड, एक भी डी-अमीनो एसिड होता है और एन alkylation संशोधनों 13,14 से होकर गुजरती है।
प्राकृतिक एमिनो एसिड का संशोधन अक्सर पेप्टाइड को प्रभावित करता है, इस तरह के डी और एन alkylation के रूप में स्थानीय बाधाओं, प्रेरित करने के लिए9 की जैविक गतिविधि। हालांकि, ब्याज के अनुक्रम में ही रहते सकते हैं, जिसमें चक्रगति, जैविक गतिविधि को बनाए रखने के लिए और अधिक होने की संभावना है। चक्रगति विभिन्न रचना के बीच संतुलन को कम करने से पेप्टाइड गठनात्मक अंतरिक्ष प्रतिबंधित करने के लिए एक बेहद आकर्षक तरीका है। यह आमतौर पर केवल एक ही समारोह में मध्यस्थता कि सक्रिय रचना करने के लिए पेप्टाइड सीमित द्वारा जैविक गतिविधि और चयनात्मकता बढ़ जाती है। चक्रगति भी कम अपमानजनक एंजाइमों द्वारा मान्यता प्राप्त है कि एक रचना में पेप्टाइड रखकर पेप्टाइड स्थिरता में सुधार। दरअसल, चक्रीय पेप्टाइड्स उनके रैखिक मुकाबले 15-17 की तुलना में चयापचय स्थिरता, जैव उपलब्धता, और चयनात्मकता सुधार हुआ है दिखाया गया।
हालांकि, चक्रगति कुछ मामलों में प्रतिबंध एक बायोएक्टिव रचना को प्राप्त करने से पेप्टाइड्स रोक सकता है के बाद से एक दोधारी तलवार हो सकता है। इस बाधा को दूर करने के लिए, एक केंद्रित पुस्तकालय जिसमें सभी पेप्टाइड्स ही प्राथमिक sequenc हैई और फलस्वरूप निरंतर pharmacophores संश्लेषित किया जा सकता है। पुस्तकालय में पेप्टाइड्स क्रम में बाद में सबसे बायोएक्टिव रचना 9,18 लिए स्क्रीन के लिए, इस तरह की अंगूठी के आकार और स्थिति के रूप में उनकी संरचना को प्रभावित करने वाले मापदंडों में मतभेद है।
पेप्टाइड्स समाधान में और अब अधिक प्रचलित पेप्टाइड संश्लेषण दृष्टिकोण है और आगे चर्चा की जाएगी जो एक ठोस चरण पेप्टाइड संश्लेषण (SPPS) दृष्टिकोण, दोनों के द्वारा संश्लेषित किया जा सकता है। SPPS रासायनिक परिवर्तनों सिंथेटिक यौगिकों 19 की एक विस्तृत श्रृंखला तैयार करने के लिए एक लिंकर के माध्यम से एक ठोस समर्थन पर प्रदर्शन कर रहे हैं जिसके द्वारा एक प्रक्रिया है। SPPS एन टर्मिनस के लिए, एक ठोस समर्थन से जुड़ा हुआ है जो सी टर्मिनस से एक stepwise तरीके से एमिनो एसिड की लगातार युग्मन द्वारा कोडांतरण पेप्टाइड्स सक्षम बनाता है। एन-α अमीनो एसिड पक्ष चेन सेंट प्रति एक एमिनो एसिड के अलावा यह सुनिश्चित करने के लिए पेप्टाइड बढ़ाव के दौरान इस्तेमाल प्रतिक्रिया की स्थिति में स्थिर रहे हैं कि समूहों की रक्षा के साथ नकाबपोश किया जाना चाहिएईपी। अंतिम चरण में, पेप्टाइड राल से जारी है और समूहों की रक्षा के पक्ष श्रृंखला समन्वित रूप से हटा रहे हैं। पेप्टाइड संश्लेषित किया जा रहा है, वहीं सभी घुलनशील अभिकर्मकों निस्पंदन द्वारा पेप्टाइड ठोस समर्थन मैट्रिक्स से हटा दिया है और प्रत्येक युग्मन चरण के अंत में दूर धोया जा सकता है। एक ऐसी प्रणाली के साथ, उच्च एकाग्रता में अभिकर्मकों की एक बड़ी अतिरिक्त पूरा करने के लिए युग्मन प्रतिक्रियाओं ड्राइव कर सकते हैं और सभी संश्लेषण कदम सामग्री 20 में से किसी के हस्तांतरण के बिना ही इस पोत में प्रदर्शन किया जा सकता है।
SPPS इस तरह की प्रतिक्रिया 21 की निगरानी अधूरा प्रतिक्रियाओं, ओर प्रतिक्रियाओं, अशुद्ध अभिकर्मकों, साथ ही कठिनाइयों के उत्पादन के रूप में कुछ सीमाएं हैं हालांकि, SPPS का लाभ यह पेप्टाइड संश्लेषण के लिए "सोने के मानक 'बना दिया है। ये लाभ में जिसके परिणामस्वरूप गैर प्राकृतिक एमिनो एसिड, स्वचालन, आसान शुद्धि को शामिल करने का विकल्प, कम से कम शारीरिक हानि, और अतिरिक्त अभिकर्मकों का उपयोग करते हैं, में शामिलउच्च पैदावार। SPPS मुश्किल दृश्यों 21,22, फ्लोरोसेंट संशोधनों 23, और पेप्टाइड पुस्तकालयों 24,25 के संश्लेषण में अत्यंत उपयोगी हो दिखाया गया है। SPPS भी इस तरह के oligonucleotides 26,27, oligosaccharides 28,29, और पेप्टाइड न्यूक्लिक एसिड 30,31 के रूप में अन्य पाली श्रृंखला विधानसभाओं के लिए बहुत उपयोगी है। दिलचस्प बात यह है कि कुछ मामलों में, SPPS पारंपरिक रूप से समाधान 32,33 में बना रहे हैं कि छोटे अणुओं synthesizing के लिए फायदेमंद होना दिखाया गया था। SPPS उद्योग 36-38 में अनुसंधान और शिक्षण 34,35 के लिए छोटे पैमाने के रूप में अच्छी तरह के रूप में बड़े पैमाने में दोनों का इस्तेमाल किया जाता है।
मुख्य रूप से पेप्टाइड्स के संश्लेषण के लिए SPPS पद्धति में उपयोग किया जाता है कि दो संश्लेषण रणनीतियों butyloxycarbonyl (बीओसी) और 9 fluorenylmethoxycarbonyl (Fmoc) कर रहे हैं। SPPS के लिए शुरू की मूल रणनीति आर से पेप्टाइड समूहों की रक्षा के पक्ष श्रृंखला हटाने और फोड़ना मजबूत एसिड की स्थिति की आवश्यकता है जो बीओसी, थाEsin। Fmoc आधारित पेप्टाइड संश्लेषण, हालांकि, मध्यम आधार शर्तों का इस्तेमाल करता है और एसिड अस्थिर Boc प्रोटोकॉल 39 को एक मामूली विकल्प है। Fmoc रणनीति एसिड की शर्तों के तहत राल से पेप्टाइड cleaving जबकि संश्लेषण के अंतिम चरण में निकाल दिया जाता है कि ओर्थोगोनल टी butyl (TBU) पक्ष श्रृंखला संरक्षण का इस्तेमाल करता है।
ठोस समर्थन पर पेप्टाइड संश्लेषण के लिए सामान्य सिद्धांत चित्र 1 में प्रस्तुत किया है। एन α टर्मिनस पर एक अस्थायी रक्षा के समूह द्वारा नकाबपोश प्रारंभिक अमीनो एसिड, सी टर्मिनस से राल पर भरी हुई है। (चित्रा 1, चरण 1) यदि आवश्यक हो तो पक्ष श्रृंखला मुखौटा करने के लिए एक अर्द्ध स्थायी रक्षा के समूह में भी प्रयोग किया जाता है। लक्ष्य पेप्टाइड संश्लेषण एन α-अस्थायी रक्षा के समूह की deprotection का दोहराव चक्र अगले संरक्षित एमिनो एसिड की (चित्रा 1, चरण 2) और युग्मन (चित्रा 1 से एन टर्मिनस के लिए सी टर्मिनस से इकट्ठा किया जाता है </str ओंग>, चरण 3)। पिछले अमीनो एसिड (चित्रा 1, चरण 4) लोड करने के बाद, पेप्टाइड राल समर्थन से चिपके रहते है और अर्द्ध स्थायी रक्षा के समूह (चित्रा 1, चरण 5) को हटा रहे हैं।
ठोस चरण पेप्टाइड संश्लेषण की चित्रा 1. सामान्य योजना। एन α-संरक्षित एमिनो एसिड राल (चरण 1) के लिए एक लिंकर के माध्यम से carboxyl समूह का उपयोग कर लंगर डाले है। वांछित पेप्टाइड एन α (चरण 2) और अमीनो एसिड युग्मन (चरण 3) से अस्थायी रक्षा के समूह (टीपीजी) की deprotection का दोहराव चक्र से एन टर्मिनस के लिए सी टर्मिनस से एक रैखिक फैशन में इकट्ठा किया है। संश्लेषण (चरण 4) को पूरा करने के बाद, अर्द्ध स्थायी रक्षा के समूह (एसपीजी) पेप्टाइड दरार (चरण 5) के दौरान deprotected कर रहे हैं।= "_blank" मिल> यह आंकड़ा का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।
यह चक्रगति (2A चित्रा) के लिए केवल एक ही विकल्प, (बी) चक्रगति प्रदान करता है के बाद से यह एक सुविधाजनक तरीका है, लेकिन सीमित – (ए) के सिर से पूंछ चक्रगति: पूरा पेप्टाइड श्रृंखला की विधानसभा के बाद, चक्रगति कई विकल्प द्वारा प्राप्त किया जा सकता बायोएक्टिव कार्य समूहों में होते हैं कि ब्याज के अनुक्रम से अमीनो एसिड का उपयोग कर – हालांकि, इन अमीनो एसिड के उपयोग के बिना परेशान अमीनो एसिड (या अन्य इमारत ब्लॉकों) जोड़कर जैविक गतिविधि (चित्रा 2 बी), और (सी) चक्रगति प्रभावित कर सकते हैं बायोएक्टिव अनुक्रम। यह ब्याज के अनुक्रम (चित्रा -2) में संशोधन के बिना ध्यान केंद्रित पुस्तकालयों के उत्पादन की अनुमति देता है के रूप में इन अणुओं का परिचय व्यापक है।
एफigure 2. वैकल्पिक पेप्टाइड चक्रगति रणनीतियों सी टर्मिनस और एन टर्मिनस के बीच एक पेप्टाइड बंधन के माध्यम से पूंछ चक्रगति के लिए (ए) सिर,। कार्य समूहों के बीच (बी) चक्रगति ऐसे / glutamic एसिड (2), या पक्ष श्रृंखला एन करने के लिए या सी टर्मिनस (3 aspartic को सिस्टीन अवशेषों (1), या लाइसिन की ओर चेन के बीच एक एमाइड बांड के बीच एक डाइसल्फाइड बॉन्ड के रूप में -4); (R0) पहले और (R7) बायोएक्टिव अनुक्रम के बाद, उदाहरण के लिए, अतिरिक्त अमीनो एसिड या एमिनो एसिड डेरिवेटिव या छोटे अणुओं को जोड़कर (सी) चक्रगति। यह आंकड़ा का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।
माइक्रोवेव की सहायता इस प्रकार कार्बनिक रसायन में तेजी, संश्लेषण प्रतिक्रियाओं गर्म करने के लिए माइक्रोवेव विकिरण का उपयोग करता 40,41 परिवर्तनों। माइक्रोवेव रसायन शास्त्र अवशोषित करने के लिए विलायक अभिकर्मक की क्षमता / पर आधारित हैमाइक्रोवेव ऊर्जा और इसे बदलने के 42 गर्म करने के लिए। प्रौद्योगिकी व्यापक हो गया इससे पहले, प्रमुख कमियां controllability और संश्लेषण प्रोटोकॉल के reproducibility और पर्याप्त तापमान और दबाव नियंत्रण 43,44 के लिए उपलब्ध सिस्टम की कमी सहित काबू पाने जा सकता था। माइक्रोवेव की सहायता पेप्टाइड संश्लेषण की पहली रिपोर्ट युग्मन दक्षता और शुद्धता 45 की महत्वपूर्ण सुधार के साथ कई लघु पेप्टाइड्स के संश्लेषण के लिए एक रसोई माइक्रोवेव (7-10 अमीनो एसिड) का उपयोग किया गया था। इसके अलावा, माइक्रोवेव ऊर्जा, चेन एकत्रीकरण में कमी की ओर प्रतिक्रियाओं को कम करने, racemization सीमा है, और सभी के लिए मुश्किल और लंबे दृश्यों 46-53 के लिए महत्वपूर्ण हैं जो युग्मन दरों में सुधार करने के लिए दिखाया गया था।
वर्तमान में एक ठोस समर्थन पर पेप्टाइड्स या संबंधित यौगिकों के संश्लेषण के लिए माइक्रोवेव विकिरण का उपयोग कार्बनिक विलायक 54 की बजाय पानी में (ए) संश्लेषण सहित व्यापक है; (बी) पेप्टाइड्स के संश्लेषण के साथऐसे जिसका संश्लेषण के कारण sterically रुकावट अमीनो एसिड डेरिवेटिव की कम युग्मन दक्षता के लिए आम तौर पर मुश्किल है glycopeptides 55-58 या phosphopeptides 59-61, के रूप में आम बाद translational संशोधनों; (सी) जिसका पक्ष श्रृंखला से जुड़ा है एक नाइट्रोजन परमाणु 62, या peptoids, साथ एक एमिनो एसिड अवशेषों की सी (α) के प्रतिस्थापन द्वारा गठित किया जा सकता है, जो इस तरह के azapeptides के रूप में रीढ़ की हड्डी में संशोधन के साथ पेप्टाइड्स, के संश्लेषण बल्कि Cα परमाणु 63,64 से एमाइड नाइट्रोजन; (डी) चक्रीय पेप्टाइड्स 65-71 के संश्लेषण; मिश्रित पुस्तकालयों 51,72 की और (ई) संश्लेषण। कई मामलों में, लेखकों उच्च दक्षता की सूचना दी और पारंपरिक प्रोटोकॉल की तुलना में माइक्रोवेव विकिरण का उपयोग कर संश्लेषण समय कम कर दिया।
एक तर्कसंगत डिजाइन 73-75 का उपयोग करना, हम के लिए पाड़ एल eishmania के रिसेप्टर से प्राप्त किए गए है कि विरोधी परजीवी पेप्टाइड्स विकसितआर सी-काइनेज (कमी) सक्रिय। अभाव Leishmania संक्रमण 76 के प्रारंभिक चरण में एक महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है। कमी की वजह से निचले स्तर व्यक्त परजीवियों कमी आवश्यक परजीवी संकेत प्रक्रियाओं और प्रोटीन संश्लेषण 78 में शामिल है के रूप में भी प्रतिरक्षा समझौता चूहों 77 परजीवी बनने का असफल। इसलिए, कमी एक प्रमुख पाड़ प्रोटीन 79 और एक मूल्यवान दवा लक्ष्य है। लेकिन नहीं मेजबान स्तनधारी homolog रैक में, परजीवी में संरक्षित कर रहे हैं कि अभाव में दृश्यों पर केंद्रित है, हम एक 8 अमीनो एसिड पेप्टाइड संस्कृति में Leishmania सपा। व्यवहार्यता में कमी आई कि (RNGQCQRK) की पहचान की।
यहाँ, हम ऊपर वर्णित कमी प्रोटीन अनुक्रम से निकाली गई रीढ़ चक्रीय पेप्टाइड्स के संश्लेषण के लिए एक प्रोटोकॉल का वर्णन है। पेप्टाइड्स Fmoc / TBU प्रोटोकॉल के साथ SPPS कार्यप्रणाली से माइक्रोवेव हीटिंग का उपयोग कर एक ठोस समर्थन पर संश्लेषित किया गया। पेप्टाइड्स एक एमाइड बांड के रूप में के माध्यम से एक बुनना 47-57 (YGRKKRRQRRR) वाहक पेप्टाइड संयुग्मित थेSPPS का हिस्सा है। कोशिकाओं में कार्गो की एक किस्म के जैसे आधारित परिवहन पर 15 साल के लिए किया गया है और subcellular अंगों में माल की डिलीवरी 80 पुष्टि की गई है। चार अलग अलग linkers, succinic और glutaric एनहाइड्राइड के साथ ही वसीय और pimelic एसिड, 2-5 कार्बन की कार्बोक्जिलिक एसिड linkers उत्पन्न करने के लिए चक्रगति प्रदर्शन करने के लिए इस्तेमाल किया गया। चक्रगति माइक्रोवेव ऊर्जा का उपयोग किया गया था, और अंतिम दरार और पक्ष श्रृंखला deprotection कदम माइक्रोवेव ऊर्जा के बिना मैन्युअल रूप से किया गया था। एक स्वचालित माइक्रोवेव सिंथेसाइज़र का उपयोग करते हैं, उत्पाद पवित्रता बेहतर उत्पाद उपज में वृद्धि हुई है, और संश्लेषण की अवधि कम कर दिया। यह सामान्य प्रोटोकॉल विट्रो और इन विवो में महत्वपूर्ण आणविक तंत्र को समझने और आगे मानव रोगों के लिए संभावित दवाओं को विकसित करने के लिए पेप्टाइड्स का उपयोग कि अन्य अध्ययन के लिए लागू किया जा सकता है।
एक पूरी तरह से स्वचालित माइक्रोवेव सिंथेसाइज़र का उपयोग Leishmania परजीवी की कमी प्रोटीन से निकाली गई रीढ़ चक्रीय पेप्टाइड्स के एक केंद्रित पुस्तकालय के संश्लेषण में वर्णित है। चक्रीय पेप्टाइड्स की एक…
The authors have nothing to disclose.
हम उपयोगी विचार विमर्श के लिए लॉरेन वान Wassenhove, Sunhee ह्वांग, और दारिया Mochly-रोजेन धन्यवाद। funders के अध्ययन डिजाइन, डेटा संग्रह और विश्लेषण, प्रकाशित करने का निर्णय, या पांडुलिपि की तैयारी में कोई भूमिका नहीं थी NQ के लिए काम स्वास्थ्य अनुदान एनआईएच RC4 TW008781-01 सी आइडिया (चिंगारी) के राष्ट्रीय संस्थान द्वारा समर्थित किया गया।
REAGENTS | |||
Solid support, Rink Amide AM resin ML | CBL | BR-1330 | loading: 0.49 mmol/g |
Fmoc-Ala-OH | Advanced Chemtech | FA2100 | |
Fmoc-Arg(Pbf)-OH | Advanced Chemtech | FR2136 | |
Fmoc-Asn(Trt)-OH | Advanced Chemtech | FN2152 | |
Fmoc-Asp(OBut)-OH | Advanced Chemtech | FD2192 | |
Fmoc-Cys(Trt)-OH | Advanced Chemtech | FC2214 | |
Fmoc-Gln(Trt)-OH | Advanced Chemtech | FQ2251 | |
Fmoc-Glu(OtBu)-OH | Advanced Chemtech | FE2237 | |
Fmoc-Gly-OH | Advanced Chemtech | FG2275 | |
Fmoc-His(Trt)-OH | Advanced Chemtech | FH2316 | |
Fmoc-Ile-OH | Advanced Chemtech | FI2326 | |
Fmoc-Leu-OH | Advanced Chemtech | FL2350 | |
Fmoc-Lys(Boc)-OH | Advanced Chemtech | FK2390 | |
Fmoc-Met-OH | Advanced Chemtech | FM2400 | |
Fmoc-Phe-OH | Advanced Chemtech | FF2425 | |
Fmoc-Pro-OH | Advanced Chemtech | FP2450 | |
Fmoc-Ser-(tBu)-OH | Advanced Chemtech | FS2476 | |
Fmoc-Thr(tBu)-OH | Advanced Chemtech | FT2518 | |
Fmoc-Trp(Boc)-OH | Advanced Chemtech | FW2527 | |
Fmoc-Tyr(But)-OH | Advanced Chemtech | FY2563 | |
Fmoc-Val-OH | Advanced Chemtech | FV2575 | |
1-Methyl-2-pyrrolidinone (NMP) | Sigma | 328634 | Caution Toxic/Highly flammable/Irritant. |
N,N-Dimethylformamide (DMF) | Alfa Aesar | 43465 | Caution Toxic |
Use high quality DMF to eliminate side reactions such as Fmoc removal as a result of the dimethylamine traces from DMF decomposition. | |||
Dichloromethane (DCM) | Sigma | D65100 | Caution Harmful |
Dibromomethane (DBM) | Sigma | D41868 | Caution Harmful |
Trifluoroacetic acid (TFA) | Sigma | T62200 | Caution Corrosive/Toxic |
Trifluoroacetic acid, HPLC grade (TFA) | Sigma | 91707 | Caution Corrosive/Toxic |
Diethylether | Sigma | 31690 | Caution Highly flammable/Harmful |
Triisopropylsilane (TIS) | Sigma | 233781 | Caution Irritant/Flammable |
Water, HPLC grade | Sigma | 270733 | |
Acetonitroile, HPLC grade (ACN) | Fisher Scientific | A998-4 | Caution Flammable/Irritant/Harmful |
N,N-Diisopropylethylamine (DIEA) | Sigma | 3440 | Caution Corrosive/Highly flammable |
Piperidine | Sigma | W290807 | Caution Toxic/Highly flammable |
Pyridine | Sigma | 270970 | Caution Highly flammable/Harmful |
Ethanol (EtOH) | Sigma | 459844 | Caution Highly flammable/Irritant |
1-Hydroxybenzotriazole hydrate (HOBt) | Sigma | 157260 | Caution Highly flammable/Irritant/Harmful |
O-(Benzotriazol-1-yl)-N,N,N′,N′-tetramethyluronium hexafluorophosphate (HBTU) | Sigma | 12804 | Caution Irritant/Harmful |
Benzotriazole-1-ly-oxy-tris-pyrrolidinophosphonium hexafluorphosphate (PyBOP) | Advanced Chemtech | RC8602 | Caution Irritant |
Ninhydrin | Sigma | 454044 | Caution Harmful |
Phenol | Sigma | P3653 | Caution Corrosive/Toxic |
Potassium cyanide (KCN) | Sigma | 11813 | Caution Very Toxic |
Potassium hydroxide (KOH) | Sigma | 221473 | Caution Toxic |
N,N’- | Sigma | 38370 | Caution Flammable/ Toxic |
Diisopropylcarbodiimide (DIC) | |||
4-Dimethylaminopyridine (DMAP) | Sigma | 522805 | Caution Toxic/Irritant |
Glutaric anhydride | Sigma | G3806 | Caution Flammable/Irritant/Harmful |
Succinic anhydride | Sigma | 239690 | Caution Irritant/Harmful |
Adipic acid | Sigma | A26357 | Caution Toxic/Irritant |
Pimelic acid | Sigma | P45001 | Caution Toxic/Irritant |
Chloranil | Sigma | 23290 | Caution Toxic/Irritant |
Acetaldehyde | Sigma | 402788 | Caution Flammable/ Toxic |
EQUIPMENT | |||
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Centrifuge | Beckman Coulter | Allegra 6R centrifuge | |
Lyophilizer | Labconco | freezone 4.5 | |
Vacuum pump | Franklin Electric | model 1101101416 with 3/4 HP | Alcatel pump with Franklin Motor |
Polypropylene cartridge 12 ml | Applied Separation | 2419 | |
Cap plug for 12 ml polypropylene cartridge | Applied Separation | 8157 | |
Polypropylene cartridge 3 ml | Applied Separation | 2413 | |
Cap plug for 3 ml polypropylene cartridge | Applied Separation | 8054 | |
Stop cocks PTFE | Applied Separation | 2406 | |
Tubes flat, 50 ml | VWR | 21008-240 | |
Extraction manifold, 20 pos, 16 x 100 mm tubes | Waters | WAT200609 | |
Shaker, BD adams™ nutator mixer | Fisher scientific | 22363152 | |
Nalgene HDPE narrow mouth IP2 bottles, 125 ml | Fisher scientific | 03-312-8 | |
Erlenmeyer flask | Fisher Scientific | FB-501, 500 ml | |
Heating block | Thermolyne | 1760 dri bath | |
Disposable borosilicate glass tubes with plain end | Fisher Scientific | 14-961-25 | |
Micropipettes and tips Finnpipette | Thermo | 20–200 and 100–1,000 μl | |
HPLC vials – micro vl pp 400 µl PK100 | VWR | 69400-124 | |
HPLC vial- Blue Snap-It Cap | VWR | 66030-600 | |
Analytical HPLC column | Peeke Scientific | U1-5C18Q-JJ | ultro 120 5 µm C18Q, 4.6 mm ID 150 mm |
Prep HPLC column, XBridge | Waters | OBD C18 5 µm column | 19 mm × 150 mm |
Mass spectrometer | Applied Biosystems | Voyager DE-RP |