Bruk fluorescens In Situ hybridisering (fisk) å overvåke tilstanden til Arm samhold i Prometaphase og Metaphase jeg Drosophila Oocytes
Summary
Dette manuskriptet presenterer en detaljert metode for å generere X-kromosom arm sonder og utføre fluorescens i situ hybridisering (fisk) å undersøke tilstanden til søster chromatid samhold i prometaphase og metaphase jeg arrestert Drosophila oocytes. Denne protokollen er egnet for å bestemme om meiotic arm samhold er intakt eller forstyrret i ulike genotyper.
Abstract
Hos mennesker er kromosom segregering feil i oocytes ansvarlig for fleste spontanaborter og fødselsskader. Videre, som kvinner alder, er risikoen for å bli gravid en aneuploid fosteret øker dramatisk og dette fenomenet kjent som mors alder effekten. En forutsetning for nøyaktig kromosom segregering under meiotic divisjonene er vedlikehold av søster chromatid samhold i utvidet prophase perioden som oocytes erfaring. Fargemaskin tyder både mennesker og modell organismer på at meiotic samhold forverres under den aldrende prosessen. I tillegg segregering feil i menneskelig oocytes er mest utbredte under meiose I samsvar med tidlig tap av armen samhold. Bruk av modell organismer er avgjørende for unraveling mekanismer underlie alder-avhengige tap av samhold. Drosophila melanogaster tilbyr flere fordeler for å studere regulering av meiotic samhold i oocytes. Men inntil nylig var bare genetiske testene tilgjengelig for analysen for tap av armen samhold i oocytes av ulike genotyper eller annen eksperimentelle forhold. Her er en detaljert protokoll forutsatt for å bruke fluorescens i situ hybridisering (fisk) direkte visualisere mangler i armen samhold i prometaphase jeg og metaphase jeg arrestert Drosophila oocytes. Ved å generere en fisk sonde som arten til den distale armen på X -kromosomet og samle AC confocal Z stabler, en forsker kan visualisere antall individuelle fisk signaler i tre dimensjoner og bestemme om søster chromatid armene er skilt. Du fremgangsmåten gjør det mulig å kvantifisere arm samhold defekter i hundrevis av Drosophila oocytes. Som sådan, gir denne metoden et viktig verktøy for å undersøke mekanismer som bidrar til samhold vedlikehold samt faktorene som fører til undergang under den aldrende prosessen.
Introduction
Riktig segregering av kromosomer under mitose og meiose krever at søster chromatid samhold etablert, opprettholdes, og utgitt i et koordinert Vis1,2. Samholdet er etablert i S fasen og er formidlet av cohesin komplekset, som er fysisk sammenhengene som holder søster chromatids sammen. Meiose, fungerer samhold distale overganger også for å holde rekombinant homologs sammen og denne fysiske foreningen bidrar til å sikre riktig retning av bivalent på metaphase jeg vri (figur 1)3,4, 5. Utgivelsen av armen samhold på anaphase jeg lar homologs å skille til motsatt spindel polakkene. Hvis arm samhold er vil tapt for tidlig, rekombinant homologs miste deres fysisk tilkobling og skille tilfeldig, noe som kan resultere i aneuploid gameter (figur 1).
I menneskelige oocytes, feil i kromosom segregering er den ledende årsaken til aborter og misdannelser, for eksempel Down syndrom6, og deres forekomsten øker eksponentielt med mors alder7. Søster chromatid samhold er etablert i fosterets oocytes og meiotic rekombinasjon fullføres før fødselen. Oocytes deretter ble arrestert i midten av prophase jeg før eggløsning og under denne arrestasjonen, fortsatte fysiske foreningen av rekombinant homologs avhengig søster chromatid samhold. Derfor nøyaktig segregering under meiose og normal graviditet resultater krever at samhold forbli intakt i opptil fem tiår.
Tidlig tap av samhold under langvarig meiotic arrestasjonen av menneskelig oocytes har blitt foreslått å bidra til mors alder effekten og flere tekstlinjer bevis støtter denne hypotesen8,9. Imidlertid gitt utfordringer studere meiotic samhold i menneskelige oocytes, mye av vår forståelse av dette fenomenet avhengig av bruk modell organismer5,10,11,12, 13,14,15.
Drosophila melanogaster oocytes tilbyr mange fordeler for studier av meiotic samhold og kromosom raseskille. En enkel genetisk analysen gjør det mulig å gjenopprette avkom fra aneuploid gameter og måle gjengivelsen av X-kromosom segregering på en stor skala11,16,17. Videre kan man også avgjøre om kromosom segregering feil oppstår fordi rekombinant homologs missegregate under meiose I en fenotypen som samsvarer med tidlig tap av armen samhold11,18, 19. direkte observasjon av meiotic samhold i Drosophila oocytes er også mulig å bruke fluorescens i situ hybridisering (fisk). Selv om fluorescerende oligonucleotides som hybridize i repeterende satellitt sekvenser er brukt for over et tiår for å overvåke pericentromeric samhold i eldre Drosophila oocytes4,20, analyse av arm samholdet er mye mer utfordrende. Visualisering av armen samhold krever en sonde som strekker seg over et stort område av enkeltutgave sekvenser og er lys nok til å føre synlig signaler for enkelte søster chromatids når armen samhold er fraværende. I tillegg må oocyte fiksering betingelsene og størrelsen på de merket DNAs rette penetrasjon21 i den store modne Drosophila oocyte (200 μm brede av 500 µm lang). Nylig en arm sonde var vellykket utnyttet visualisere Drosophila oocyte chromatids under anaphase jeg, men forfatterne uttalte at de ikke kunne oppdage et signal i prometaphase eller metaphase jeg arrestert oocytes22. Her vi gir en detaljert protokoll for generering av X-kromosom arm fisk prober og oocyte forberedelse forhold som har tillatt oss å analysen for tidlig tap av søster chromatid samhold i prometaphase jeg og metaphase jeg oocytes. Disse teknikkene, som har aktivert oss å identifisere genet produkter som er nødvendig for vedlikehold av meiotic samhold, lar andre analysen for søster chromatid samhold mangler i eldre Drosophila oocytes av ulike genotyper.
Protocol
Representative Results
Discussion
Bruk av fisk sonder for å vurdere arm samhold i prometaphase jeg og metaphase jeg Drosophila oocytes er en betydelig forfremmelse i feltet av Drosophila meiose. Historisk har Drosophila forskere vært begrenset til genetiske tester å antyde tidlig tap av armen samhold i eldre oocytes11,18,19. Nå, med metodene som presenteres her, delstaten arm samhold kan være assayed direkte med fisk. Muligheten t…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Dette arbeidet ble støttet av NIH Grant GM59354 til Sharon E. Bickel. Vi takker Huy Q. Nguyen for hjelp til å utvikle protokollen for å generere fluorescerende arm sonder, Ann Lavanway hjelp med AC confocal mikroskopi og J. Emiliano Reed for teknisk assistanse. Vi takker også mange kolleger i Drosophila samfunnet for nyttig diskusjoner og råd.
Materials
| Kits | |||
| Midi Prep kit | Qiagen | 12143 | Prep BAC clone DNA |
| GenomePlex Complete Whole Genome Amplification (WGA) Kit | Sigma | WGA2 | Amplify BAC clone DNA |
| ARES Alexa Fluor 647 DNA labeling kit | Invitrogen | A21676 | Label BAC clone DNA |
| PCR purification kit | Qiagen | 28104 | Remove non-conjugated dye following labeling of BAC clone DNA |
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Chemicals & Solutions | |||
| Note: All solutions are prepared using sterile ultrapure water and should be sterilized either by autoclave or filter sterilization. | |||
| Bovine serum albumin (BSA) | Fisher Scientific | BP1600-100 | Prepare 10% stock Freeze aliquots |
| Calcium chloride | Fisher Scientific | C75-500 | |
| DAPI (4’, 6-Diamidino-2-Phenylindole, Dihydrochloride) | Invitrogen | D1306 | Toxic: wear appropriate protection. Prepare 100µg/ml stock in 100% ethanol, store in aliquots at -20 °C. Prepare 1 µg/ml solution in 2X SSCT before use. |
| Dextran sulfate | Sigma | D-8906 | |
| Drierite | Drierite Company | 23001 | |
| Dithiothreitol (DTT) | Invitrogen | 15508-013 | Prepare 10 mM stock |
| dTTP (10 µmol, 100 µl) | Boehringer Mannheim | 1277049 | Prepare 1 mM stock |
| EDTA (Disodium ethylenediamine tetraacetic acid) | Fisher Scientific | S311-500 | Prepare 250 mM stock |
| 100% ethanol (molecular grade, 200 proof) | Decon Laboratories | 2716 | |
| Tris (Ultra Pure) | Invitrogen | 15504-020 | |
| EGTA (Ethylenebis(oxyethylenenitrilo)tetraacetic acid) | Sigma | E-3889 | |
| 16% formaldehyde | Ted Pella, Inc. | 18505 | Toxic: wear appropriate protection |
| Formamide | Invitrogen | AM9342 | Toxic: wear appropriate protection |
| Glucose | Fisher Scientific | D16-1 | |
| Glycogen | Roche | 901393 | |
| HEPES | Boehringer Mannheim | 737-151 | |
| Heptane | Fisher Scientific | H350-4 | Toxic: wear appropriate protection. |
| Hydrochloric acid | Millipore | HX0603-4 | Toxic: wear appropriate protection. |
| Hydroxylamine | Sigma | 438227 | Prepare 3 M stock |
| 4.9 M Magnesium chloride | Sigma | 104-20 | |
| Na2HPO4 Ÿ 7H2O | Fisher Scientific | S373-500 | |
| NaH2PO4 Ÿ 2H2O | Fisher Scientific | S369-500 | |
| Poly-L-lysine (0.1mg/ml) | Sigma | P8920-100 | |
| Potassium acetate | Fisher Scientific | BP364-500 | |
| Sodium acetate | Fisher Scientific | S209-500 | Prepare 3M stock |
| Sodium cacodylate | Polysciences, Inc. | 1131 | Toxic: wear appropriate protection. Prepare 400mM stock |
| Sodium citrate | Fisher Scientific | BP327-1 | |
| Sodium chloride | Fisher Scientific | S271-3 | Sodium chloride |
| Sucrose | Fisher Scientific | S5-500 | |
| 10% Tween 20 | Thermo Scientific | 28320 | Surfact-Amps |
| 10% Triton X-100 | Thermo Scientific | 28314 | Surfact-Amps |
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Solutions | |||
| Note: All solutions are prepared using sterile ultrapure water and should be sterilized either by autoclave or filter sterilization. | |||
| TE buffer | 10 mM Tris, 1 mM EDTA, pH = 8.0 | ||
| 20X SSC (Saline Sodium Citrate) | 3 M NaCl, 300 mM sodium citrate | ||
| 2X cacodylate fix solution | Toxic: wear appropriate protection. 200 mM sodium cacodylate, 200 mM sucrose, 80 mM sodium acetate, 20 mM EGTA | ||
| 1.1X Hybridization buffer | 3.3X SSC, 55% formamide, 11% dextran sulfate | ||
| Fix solution | Toxic: wear appropriate protection. 4% formaldehyde, 1X cacodylate fix solution | ||
| PBSBTx | 1X PBS, 0.5% BSA, 0.1% Trition X-100 | ||
| PBSTx | 1X PBS, 1% Trition X-100 | ||
| Extraction buffer (PBSTx + Rnase) | 1X PBS, 1% Trition X-100, 100 µg/mL RNase | ||
| 2X SSCT | 2X SSC, 0.1% Tween 20 | ||
| 2X SSCT + 20% formamide | Toxic: wear appropriate protection. 2X SSC, 0.1% Tween 20, 20% formamide | ||
| 2X SSCT + 40% formamide | Toxic: wear appropriate protection. 2X SSC, 0.1% Tween 20, 40% formamide | ||
| 2X SSCT + 50% formamide | Toxic: wear appropriate protection. 2X SSC, 0.1% Tween 20, 50% formamide | ||
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Enzymes | |||
| AluI | New England Biolabs | R0137S | |
| HaeIII | New England Biolabs | R0108S | |
| MseI | New England Biolabs | R0525S | |
| MspI | New England Biolabs | R0106S | |
| RsaI | New England Biolabs | R0167S | |
| BfuCI | New England Biolabs | R0636S | |
| 100X BSA | New England Biolabs | Comes with NEB enzymes | |
| 10X NEB buffer #2 | New England Biolabs | Restriction enzyme digestion buffer. Comes with NEB enzymes | |
| Terminal deoxynucleotidyl transferase (TdT) 400 U/µl | Roche/Sigma | 3333566001 | |
| TdT buffer | Roche/Sigma | Comes with TdT enzyme | |
| Cobalt chloride | Roche/Sigma | Toxic: wear appropriate protection. Comes with TdT enzyme | |
| RNase A (10 mg/mL) | Thermo-Scientific | EN0531 | |
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Cytology Tools etc. | |||
| Forceps | Dumont | #5 INOX, Biologie | |
| 9” Disposable glass Pasteur pipettes | Fisher | 13-678-20C | Autoclave to sterilize |
| Shallow glass dissecting dish | Custom made | ||
| Deep well dish (3 wells) | Pyrex | 7223-34 | |
| Fisherfinest Premium microscope slides | Fisher Scientific | 22-038-104 | Used to cover deep well dishes |
| Frosted glass slides, 25 x 75 mm | VWR Scientific | 48312-002 | |
| Glass slides, 3 x 1 in, 1 mm thick | Thermo-Scientific | 3051 | |
| Coverslips, 10 x 10 mm, No. 1.5 | Thermo-Scientific | 3405 | |
| Tungsten needle | homemade | ||
| Prolong GOLD mounting media | Molecular Probes | P36930 | |
| Compressed-air in can | Various | ||
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Equipment | |||
| PCR machine | Various | ||
| Nanodrop 2000, spectrophotometer | Thermo-Scientific | microvolume spectrophotometer | |
| Vortexer | Various | ||
| Table top microfuge at room temperature | Various | ||
| Table top microfuge at 4 °C | Various | ||
| Heat block | Various | ||
| Hybridization oven or incubator with rotator | Various | ||
| Nutator | Various | ||
| A1RSi laser scanning confoal | Nikon | 40X oil Plan Fluor DIC (NA 1.3) | |
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Consumables etc. | |||
| 50 mL conical tubes | Various | ||
| 15 mL conical tubes | Various | ||
| 1.5 mL microfuge tubes | Various | ||
| 500 µl microfuge tubes | Various | ||
| 200 µl PCR tubes | Various | ||
| Plastic container with tight fitting lid | Various | To hold Drierite | |
| Kimwipes | Various | disposable wipes | |
| Parafilm | Various | paraffin film | |
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Other | |||
| HPLC purified 5'-labeled oligonucleotides | Integrated DNA Technologies | Cy3-labeled probes that recognize the 359 bp satellite repeat of the X chromosome | |
| Volocity 3D Image Analysis Software | PerkinElmer | Version 6.3 |
References
- Peters, J. M., Nishiyama, T. Sister chromatid cohesion. CSH Perspect Biol. 4 (11), (2012).
- McNicoll, F., Stevense, M., Jessberger, R. Cohesin in gametogenesis. Curr Top Dev Biol. 102, 1-34 (2013).
- Buonomo, S. B., et al. Disjunction of homologous chromosomes in meiosis I depends on proteolytic cleavage of the meiotic cohesin Rec8 by separin. Cell. 103 (3), 387-398 (2000).
- Bickel, S. E., Orr-Weaver, T., Balicky, E. M. The sister-chromatid cohesion protein ORD is required for chiasma maintenance in Drosophila oocytes. Curr. Biol. 12 (11), 925-929 (2002).
- Hodges, C. A., Revenkova, E., Jessberger, R., Hassold, T. J., Hunt, P. A. SMC1beta-deficient female mice provide evidence that cohesins are a missing link in age-related nondisjunction. Nat Genet. 37 (12), 1351-1355 (2005).
- Freeman, S. B., et al. The National Down Syndrome Project: design and implementation. Public Health Rep. 122 (1), 62-72 (2007).
- Nagaoka, S. I., Hassold, T. J., Hunt, P. A. Human aneuploidy: mechanisms and new insights into an age-old problem. Nat Rev Genet. 13 (7), 493-504 (2012).
- Angell, R. R. First-meiotic-division nondisjunction in human oocytes. Am. J. Hum. Genet. 61, 23-32 (1997).
- Tsutsumi, M., et al. Age-related decrease of meiotic cohesins in human oocytes. PLoS One. 9 (5), e96710 (2014).
- Liu, L., Keefe, D. L. Defective cohesin is associated with age-dependent misaligned chromosomes in oocytes. Reprod Biomed Online. 16 (1), 103-112 (2008).
- Subramanian, V. V., Bickel, S. E. Aging predisposes oocytes to meiotic nondisjunction when the cohesin subunit SMC1 is reduced. PLoS Genet. 4 (11), e1000263 (2008).
- Chiang, T., Duncan, F. E., Schindler, K., Schultz, R. M., Lampson, M. A. Evidence that weakened centromere cohesion is a leading cause of age-related aneuploidy in oocytes. Curr. Biol. 20 (17), 1522-1528 (2010).
- Lister, L. M., et al. Age-related meiotic segregation errors in mammalian oocytes are preceded by depletion of cohesin and Sgo2. Curr. Biol. 20 (17), 1511-1521 (2010).
- Duncan, F. E., et al. Chromosome cohesion decreases in human eggs with advanced maternal age. Aging Cell. 11 (6), 1121-1124 (2012).
- Yun, Y., Lane, S. I., Jones, K. T. Premature dyad separation in meiosis II is the major segregation error with maternal age in mouse oocytes. Development. 141 (1), 199-208 (2014).
- Subramanian, V. V., Bickel, S. E. Heterochromatin-mediated association of achiasmate homologues declines with age when cohesion is compromised. Genetics. 181, 1207-1218 (2009).
- Jeffreys, C. A., Burrage, P. S., Bickel, S. E. A model system for increased meiotic nondisjunction in older oocytes. Curr. Biol. 13 (6), 498-503 (2003).
- Weng, K. A., Jeffreys, C. A., Bickel, S. E. Rejuvenation of Meiotic Cohesion in Oocytes during Prophase I Is Required for Chiasma Maintenance and Accurate Chromosome Segregation. PLoS Genetics. 10 (9), e1004607 (2014).
- Perkins, A. T., Das, T. M., Panzera, L. C., Bickel, S. E. Oxidative stress in oocytes during midprophase induces premature loss of cohesion and chromosome segregation errors. Proc Natl Acad Sci U S A. 113 (44), E6823-E6830 (2016).
- Dernburg, A. F., Sedat, J. W., Hawley, R. S. Direct evidence of a role for heterochromatin in meiotic chromosome segregation. Cell. 86, 135-146 (1996).
- Dernburg, A. F., Sedat, J. W. . Method Cell Biol. 53, 187-233 (1998).
- Guo, Z., Batiha, O., Bourouh, M., Fifield, E., Swan, A. Role of Securin, Separase and Cohesins in female meiosis and polar body formation in Drosophila. J Cell Sci. 129 (3), 531-542 (2016).
- Giauque, C. C., Bickel, S. E. Heterochromatin-Associated Proteins HP1a and Piwi Collaborate to Maintain the Association of Achiasmate Homologs in Drosophila Oocytes. Genetics. 203 (1), 173-189 (2016).
- Joyce, E. F., Apostolopoulos, N., Beliveau, B. J., Wu, C. T. Germline progenitors escape the widespread phenomenon of homolog pairing during Drosophila development. PLoS Genet. 9 (12), e1004013 (2013).
- Gilliland, W. D., Hughes, S. F., Vietti, D. R., Hawley, R. S. Congression of achiasmate chromosomes to the metaphase plate in Drosophila melanogaster oocytes. Dev Biol. 325 (1), 122-128 (2009).
- Gyuricza, M. R., et al. Dynamic and Stable Cohesins Regulate Synaptonemal Complex Assembly and Chromosome Segregation. Curr Biol. 26 (13), 1688-1698 (2016).
- Radford, S. J., McKim, K. S. Techniques for Imaging Prometaphase and Metaphase of Meiosis I in Fixed Drosophila Oocytes. J Vis Exp. (116), (2016).
