Summary

培養腸宿主微生物インターフェイスで合成細菌コンソーシアムの実行可能性を評価します。

Published: July 04, 2018
doi:

Summary

腸宿主微生物間相互作用は、合成経口コミュニティ、体外消化消化、および小腸上皮のモデルを組み合わせる手法を使用して評価されました。病原体と複数種バイオ フィルム細胞浸潤を評価したり、プロバイオティクス製剤の生存性をテストするために合わせることができる方法を提案します。

Abstract

ホストと細菌叢との間の相互作用を長い間認識されており、記載されています。口の中は、常駐細菌が発生し、外因性の細菌によって植民地化を防ぐことができます、消化管の他のセクションに似ています。確かに、600 種以上の細菌が口腔内にあるし、単一の個人はいつでも異なる 100 前後を運ぶことができます。口腔内細菌は、居住者の微生物のコミュニティおよび支持の成長そして存続の内で統合になって口腔生態系における様々 なニッチを遵守する能力を有する.しかし、腸内細菌のバランスを乱すに嚥下時に腸に細菌の流れが提案されています。実際には、 pの経口投与は回腸内細菌叢の細菌の組成をシフトしました。生存とシミュレートされた胃腸管内輸送条件を受ける口腔内細菌の生存率を明らかにするのに自然な口腔生態系の簡略表示として合成コミュニティを使用しました。14 種は選択体外唾液、胃、および腸の消化プロセスを受けるおよび腸粘膜上皮をシミュレートするカコ 2 と MTX HT29 細胞を含む細胞のマルチコンパートメント モデルを提示しました。このモデルは、腸肝循環に関与する細胞に飲み込んだ細菌の影響を解明するため提供しています。合成のコミュニティを使用して、制御性と再現性のことができます。したがって、この方法論は、病原体の生存率と関連付けられている炎症変化、プロバイオティック混合物の植民地化の能力を評価するために合わせることができる、最終的には、潜在的な細菌に広範囲 presystemic の循環に影響を与えます。

Introduction

人間は、細菌細胞の1と同じ数であると同居します。したがって、それは人間のマイクロバイの包括的な理解を得ることが重要重要なは。こうして様々 な細菌やそれらの別の場所でバイオ フィルムを含むいくつかの小さい生息地に分かれていることで口腔内はユニークな環境です。オープンなエコシステムをされて、口の中にいくつかの種は、一時的な訪問者にあります。ただし、特定の微生物を誕生とフォーム編成バイオ2後はすぐに植民地化します。これらは上記の歯肉溝、歯肉縁下の隙間、舌、粘膜表面と歯科補綴、充填3歯の表面で発見されます。細菌はフロックと歯管の内腔の浮遊性細胞壊死の歯髄組織と混合または流体相の中断として存在できます。

アクティブな連続的な宿主細胞と常駐微生物叢4間クロストークがあります。内および種の細菌間で通信し、他の細菌がこれらの主な植民にアタッチしながら、自然の植民の小さい割合だけが組織に付着することが。例えば、微生物間のセル セルの結合、口腔バイオ フィルム、二次植民に統合し、相互作用する微生物電池4の複雑なネットワークの構築にとって重要です。約唾サンプルの細菌の集合体の 70% は正体不明のバクテロイデス門Veillonella sp. Prevotellaの sp連鎖球菌sp.についての sp によって形成されます。F. nucleatumは、ポケット内のバイオ フィルムと歯周炎5に関与しているp、t. へTannerella レンギョウ、後半の植民と集計中間植民です。さらに、連鎖球菌可鍛鋳鉄 s. 血統s. gordonii3を植民地化ことを好む中粘膜と歯科の生息地を占めています。したがって、s. 血統にある下の切歯と犬歯、上部前歯6放線菌 naeslundiiが見つかったとき。

さらに、先住民マイクロバイは2人の健康を維持する上で役割を果たしています。免疫教育、病原体の膨張を防止する常駐微生物叢が参加しています。この植民地化の抵抗は、サーフェスにアタッチするのに適応しより効率的な成長のための利用可能な栄養素の代謝でのネイティブの細菌をより良い可能性があるために発生します。プロバイオティクス菌株は消化管の通過を生き残るため、アクティブのまま、消化管の上部の場所から飲み込んだ土着菌の永続性が完全に記載されていません。したがって、シミュレートされた胃腸管内輸送条件に人工コミュニティ、口腔生態系の代表を受けます。細菌の細胞の生存率は、腸上皮に似たマルチコンパートメント モデルを使用して評価されました。現在腸シミュレータは、内腔の微生物コミュニティ7の解析の観点から適切な再現性を提供しています。ただし、細菌の付着やホスト微生物間相互作用別に対処、微生物と細胞を組み合わせて、8に挑戦します。対照的に、腸内のインターフェイスで報告されるイベントの成功植民地化の潜在的な機械論的説明を提供するフレームワークを提案する.確かに、このモデル ホスト表面上の微生物の影響を評価する、共同で腸の静的モデルを使用できます。

Protocol

1. 系統文化条件と 注: 合成経口コミュニティ系統一般的経口マイクロバイ3に存在によって作曲されました。 アメリカのタイプ文化コレクション (ATCC) から次の菌株を取得:アグリゲイティバクター ・ アクチノミセテムコミタンス(ATCC 43718)、フゾバクテリウム nucleatum (ATCC 10953)による菌(33277) Prevotella interm…

Representative Results

このプロトコルは、生存とシミュレートされた胃腸管内輸送条件を受ける口腔内細菌の生存率の解明に適したモデルの生成に します。個々 の緊張からそのままなセルのカウントは約 108細胞 mL-1前合成のコミュニティでは、コミュニティ (確立中に実行可能なセルの 90% 以上含まれている多種間の縮図の作成図 1Aおよ?…

Discussion

口腔マイクロバイは、最近いくつか著者20,21によって報告された人間の健康の重要な要素です。前の調査結果は、大量の細菌を含む唾液の摂取が免疫のプライミングのためメインのサイトの 1 つである小腸の微生物の生態系に影響を与えることができますをお勧めします。ホスト上の微生物のコンポーネントの影響を解明して腸の上皮と粘液分泌細…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

作者は感謝してマルタ カラタユ アロヨ (FWO ポスドク ・ フェローシップ 12N2815N) フランダース研究財団から財政支援を認めます。エマ ・ ヘルナンデス サナブリアはフランダースの技術革新と起業家精神 (Agentschap フォール Innovatie ドア Wetenschap en テク、IWT) でサポートされている研究員。

Materials

STRAINS
Aggregatibacter actinomycetemcomitans American Type Culture Collection ATCC 43718
Fusobacterium nucleatum American Type Culture Collection ATCC 10953
Porphyromonas gingivalis American Type Culture Collection ATCC 33277
Prevotella intermedia American Type Culture Collection ATCC 25611
Streptococcus mutans American Type Culture Collection ATCC 25175
Streptococcus sobrinus American Type Culture Collection ATCC 33478
Actinomyces viscosus American Type Culture Collection ATCC 15987
Streptococcus salivarius  TOVE-R
Streptococcus mitis American Type Culture Collection ATCC 49456
Streptococcus sanguinis BCCM/LMG Bacteria Collection LMG 14657
Veillonella parvula Leibniz Institute DSMZ-German Collection of Microorganisms and Cell Cultures DSM 2007
Streptococcus gordonii American Type Culture Collection ATCC 49818
CELL LINES
Caco-2 cells European Collection of Authenticated Cell Cultures 86010202
HT29-MTX cells European Collection of Authenticated Cell Cultures 12040401
REAGENTS AND CONSUMABLES
Brain Heart Infusion (BHI) broth Oxoid CM1135
Blood Agar 2 Oxoid CM0055 Blood Agar medium
Menadione Sigma M9429
Hemin Sigma H9039
5% sterile defibrinated horse blood E&O Laboratories Ltd, P030
InnuPREP PCRpure Kit Analytik Jena 845-KS-5010250 PCR purification kit
Big Dye Applied Biosystems 4337454 Dye for sequencing
ABI Prism BigDye Terminator v3.1 cycle sequencing kit Applied Biosystems 4337456
SYBR Green I Invitrogen S7585
Propidium Iodide Invitrogen P1304MP
T25 culture flasks uncoated, cell-culture treated, vented, sterile VWR 734-2311
Trypsin-EDTA solution Sigma-Aldrich T3924-100ML
Trypan Blue solution
0.4%, liquid, sterile-filtered
Sigma-Aldrich T8154 
PBS Gibco 14190250
DMEM cell culture media, with GlutaMAX and Pyruvate Life technologies 31966-047
Corning Transwell polyester membrane cell culture inserts Sigma-Aldrich CLS3450-24EA
Mucin from porcine stomach Type II   Sigma-Aldrich M2378
Inactivated fetal bovine serum Greiner Bio One 758093
Antibiotic-Antimycotic (100X) Gibco 15240062
Triton X 100 for molecular biology Sigma-Aldrich T8787 
DPBS without calcium, magnesium Gibco 14190-250
Pierce LDH Cytotoxicity Assay Kit Thermo Fisher Scientific 88953
Corning HTS Transwell-24 well, pore size 0.4 µm Corning Costar Corp 3450
Nuclease-free water Serva Electrophoresis 28539010
EQUIPMENT
Neubauer counting chamber improved Carl Roth T729.1
BD Accuri C6 Flow cytometer BD Biosciences 653118
PowerLyzer 24 Homogenizer MoBio 13155
T100 Thermal Cycler BioRad 186-1096
Flush system Custom made
InnOva 4080 Incubator Shaker New Brunswick Scientific 8261-30-1007 Shaker for 2.10
Memmert CO2 incubator Memmert GmbH & Co. ICO150med
Millicell ERS (Electrical Resistance System) EMD Millipore, Merck KGaA MERS00002
Millipore Milli-Q academic, ultra pure water system Millipore, Merck KGaA
Shaker (ROCKER 3D basic) IKA 4000000 Shaker for 6.10

References

  1. Sender, R., Fuchs, S., Milo, R. Revised estimates for the number of human and bacteria cells in the body. PLoS Biology. 14, e1002533 (2016).
  2. Kelly, D., King, T., Aminov, R. Importance of microbial colonization of the gut in early life to the development of immunity. Mutation Research-Fundamental and Molecular Mechanisms of Mutagenesis. , 58-69 (2007).
  3. Aas, J. A., Paster, B. J., Stokes, L. N., Olsen, I., Dewhirst, F. E. Defining the normal bacterial flora of the oral cavity. Journal of Clinical Microbiology. 43, 5721-5732 (2005).
  4. Marsh, P. D., Head, D. A., Devine, D. A. Dental plaque as a biofilm and a microbial community-Implications for treatment. Journal of Oral Biosciences. 57, 185-191 (2015).
  5. Socransky, S. S., Haffajee, A. D., Cugini, M. A., Smith, C., Kent, R. L. Microbial complexes in subgingival plaque. Journal of Clinical Periodontology. 25, 134-144 (1998).
  6. Haffajee, A. D., et al. Subgingival microbiota in healthy, well-maintained elder and periodontitis subjects. Journal of Clinical Periodontology. 25, 346-353 (1998).
  7. Venema, K. Microbial metabolites produced by the colonic microbiota as drivers for immunomodulation in the host. The FASEB Journal. 27, (2013).
  8. Marzorati, M., et al. The HMI (TM) module: A new tool to study the Host-Microbiota Interaction in the human gastrointestinal tract in vitro. BMC Microbiology. 14, 133 (2014).
  9. Tanzer, J. M., Kurasz, A. B., Clive, J. Competitive displacement of mutans streptococci and inhibition of tooth-decay by Streptococcus-Salivarius Tove-R. Infection and Immunity. 48, 44-50 (1985).
  10. Slomka, V., et al. Nutritional stimulation of commensal oral bacteria suppresses pathogens: the prebiotic concept. Journal of Clinical Periodontology. 44, 344-352 (2017).
  11. Hernandez-Sanabria, E., et al. In vitro increased respiratory activity of selected oral bacteria may explain competitive and collaborative interactions in the oral microbiome. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 7, 235 (2017).
  12. Alvarez, G., Gonzalez, M., Isabal, S., Blanc, V., Leon, R. Method to quantify live and dead cells in multi-species oral biofilm by real-time PCR with propidium monoazide. AMB Express. 3, (2013).
  13. Ehsani, E., et al. Initial evenness determines diversity and cell density dynamics in synthetic microbial ecosystems. Scientific Reports. 8, 340 (2018).
  14. Hernandez-Sanabria, E., et al. Correlation of particular bacterial PCR-denaturing gradient gel electrophoresis patterns with bovine ruminal fermentation parameters and feed efficiency traits. Applied and Environmental Microbiology. 76, 6338-6350 (2010).
  15. Masters, J. R., Stacey, G. N. Changing medium and passaging cell lines. Nature Protocols. 2, 2276-2284 (2007).
  16. Calatayud, M., Velez, D., Devesa, V. Metabolism of inorganic arsenic in intestinal epithelial cell lines. Chemical Research in Toxicology. 25, 2402-2411 (2012).
  17. Minekus, M., et al. A standardised static in vitro digestion method suitable for food – an international consensus. Food & Function. 5, 1113-1124 (2014).
  18. Berney, M., Hammes, F., Bosshard, F., Weilenmann, H. U., Egli, T. Assessment and interpretation of bacterial viability by using the LIVE/DEAD BacLight kit in combination with flow cytometry. Applied and Environmental Microbiology. 73, 3283-3290 (2007).
  19. Props, R., Monsieurs, P., Mysara, M., Clement, L., Boon, N. Measuring the biodiversity of microbial communities by flow cytometry. Methods in Ecology and Evolution. 7, 1376-1385 (2016).
  20. Yamashita, Y., Takeshita, T. The oral microbiome and human health. Journal of Oral Science. 59, 201-206 (2017).
  21. Wade, W. G. The oral microbiome in health and disease. Pharmacological Research. 69, 137-143 (2013).
  22. Yu, M., et al. A resource for cell line authentication, annotation and quality control. Nature. 520, 307 (2015).
  23. Pelaseyed, T., et al. The mucus and mucins of the goblet cells and enterocytes provide the first defense line of the gastrointestinal tract and interact with the immune system. Immunological Reviews. 260, 8-20 (2014).
  24. Bengoa, A. A., et al. Simulated gastrointestinal conditions increase adhesion ability of Lactobacillus paracasei strains isolated from kefir to Caco-2 cells and mucin. Food Research International. 103, 462-467 (2018).
  25. Kleiveland, C. R., et al., Verhoeckx, K., et al. . The Impact of Food Bioactives on Health: in vitro and ex vivo models. , 197-205 (2015).
  26. Laparra, J. M., Sanz, Y. Comparison of in vitro models to study bacterial adhesion to the intestinal epithelium. Letters in Applied Microbiology. 49, 695-701 (2009).
  27. Gagnon, M., Berner, A. Z., Chervet, N., Chassard, C., Lacroix, C. Comparison of the Caco-2, HT-29 and the mucus-secreting HT29-MTX intestinal cell models to investigate Salmonella adhesion and invasion. Journal of Microbiological Methods. 94, 274-279 (2013).
  28. Großkopf, T., Soyer, O. S. Synthetic microbial communities. Current Opinion in Microbiology. 18, 72-77 (2014).
check_url/57699?article_type=t

Play Video

Cite This Article
Calatayud Arroyo, M., Van de Wiele, T., Hernandez-Sanabria, E. Assessing the Viability of a Synthetic Bacterial Consortium on the In Vitro Gut Host-microbe Interface. J. Vis. Exp. (137), e57699, doi:10.3791/57699 (2018).

View Video