Summary

Construction de peptides cycliques à l’aide d’un centre de sulfonium sur attache

Published: September 28, 2022
doi:

Summary

Ce protocole présente la synthèse de peptides cycliques via la bisalkylation entre la cystéine et la méthionine et la réaction thiol-yne facile déclenchée par le centre propargylsulfonium.

Abstract

Ces dernières années, les peptides cycliques ont attiré une attention croissante dans le domaine de la découverte de médicaments en raison de leurs excellentes activités biologiques et, par conséquent, ils sont maintenant utilisés cliniquement. Il est donc essentiel de rechercher des stratégies efficaces pour synthétiser des peptides cycliques afin de promouvoir leur application dans le domaine de la découverte de médicaments. Cet article rapporte un protocole détaillé pour la synthèse efficace de peptides cycliques en utilisant la résine ou la bisalkylation intramoléculaire (intermoléculaire). En utilisant ce protocole, des peptides linéaires ont été synthétisés en tirant parti de la synthèse peptidique en phase solide avec cystéine (Cys) et méthionine (Met) couplées simultanément sur la résine. De plus, des peptides cycliques ont été synthétisés par bisalkylation entre Met et Cys à l’aide d’une attache accordable et d’un centre de sulfonium sur l’attache. L’ensemble de la voie synthétique peut être divisé en trois processus principaux: la déprotection de Cys sur la résine, le couplage de l’agent de liaison et la cyclisation entre Cys et Met dans une solution de clivage d’acide trifluoroacétique (TFA). De plus, inspiré par la réactivité du centre sulfonium, un groupe propargyle a été attaché au Met pour déclencher l’addition de thiol-yne et former un peptide cyclique. Après cela, les peptides bruts ont été séchés et dissous dans de l’acétonitrile, séparés, puis purifiés par chromatographie liquide à haute performance (HPLC). Le poids moléculaire du peptide cyclique a été confirmé par chromatographie liquide-spectrométrie de masse (LC-MS), et la stabilité de la combinaison peptidique cyclique avec le réducteur a été confirmée par HPLC. De plus, le décalage chimique dans le peptide cyclique a été analysé par des spectres de résonance magnétique nucléaire de 1H (RMN de 1H). Dans l’ensemble, ce protocole visait à établir une stratégie efficace de synthèse des peptides cycliques.

Introduction

Les interactions protéine-protéine (IPP)1 jouent un rôle central dans la recherche et le développement de médicaments. La construction de peptides stabilisés avec une conformation fixe par des moyens chimiques est l’une des méthodes les plus importantes pour développer des motifs mimétiques des IPP2. À ce jour, plusieurs peptides cycliques ciblant les IPP ont été développés pour un usage clinique3. La plupart des peptides sont contraints à une conformation en α-hélice pour diminuer l’entropie conformationnelle et améliorer la stabilité métabolique, l’affinité de liaison à la cible et la perméabilité cellulaire 4,5. Au cours des 2 dernières décennies, les chaînes latérales de Cys6,7, lysine8,9, tryptophane 10, arginine 11 et Met12,13 ont été insérées dans des acides aminés non naturels pour fixer le peptide dans une conformation cyclique. De tels peptides cycliques peuvent cibler un espace chimique unique ou des sites spéciaux, déclenchant ainsi une réaction covalente pour former une liaison covalente protéine-peptide14,15,16,17. Dans un rapport récent de Yu et al., un chloroacétamide a été ancré sur le domaine des ligands peptidiques, assurant une réaction de conjugaison covalente avec une excellente spécificité protéique18. De plus, des ogives électrophiles, telles que l’acrylamide et le fluorure d’arylsulfonyle (ArSO2F), ont été incorporées dans des peptides par Walensky et al.19 pour former des inhibiteurs covalents peptidiques stabilisés et améliorer l’effet antitumoral des inhibiteurs peptidiques. Par conséquent, il est très important d’introduire un groupe fonctionnel supplémentaire afin de modifier de manière covalente les ligands protéine-peptide20. Ces groupes réagissent non seulement avec les protéines de la chaîne latérale, mais stabilisent également la structure secondaire du peptide21. Cependant, l’application de protéines modifiées par covalence induites par des ligands peptidiques est limitée en raison de la voie synthétique compliquée et de la liaison non spécifique des groupes chimiques22,23. Des stratégies efficaces pour la synthèse de peptides cycliques sont donc nécessaires de toute urgence.

Inspiré par les multiples stratégies des peptides cycliques 2,24,25,26, ce protocole tente de développer une méthode simple et efficace pour stabiliser les peptides. De plus, nous avons noté que le groupe de chaînes latérales d’un peptide stable pouvait réagir de manière covalente avec une protéine cible lorsqu’elle était spatialement proche des ligands peptidiques. Le manque de Met chimiquement modifié a été comblé par le groupe Deming en 2013 en développant une nouvelle méthode de production de méthioninepeptidique 27 sélectivement modifiée. Sur la base de ce contexte, Shi et al. se sont concentrés sur le développement de la fermeture en anneau des chaînes latérales pour former un centre de sel de sulfonium. Lorsque le ligand peptidique se combine avec la protéine cible, le groupe sel de sulfonium réagit de manière covalente avec la protéine Cys spatialement proche. Ces dernières années, Shi et al. ont conçu une nouvelle méthode pour stabiliser le peptide cyclique28. Le sel de sulfonium sur le peptide cyclique a été réduit par un agent réducteur avec un groupe sulfhydryle qui a été réduit de manière réversible à Met. Cependant, la réaction avait une faible efficacité, ce qui était nocif pour les études d’application biologique ultérieures. Dans la présente étude, une réaction de fermeture de cycle Met-Cys et bromure de propargyle-Cys a été conçue, avec un seul sel de sulfonium restant sur la chaîne latérale du peptide cyclique. Le sel de sulfonium a agi comme une nouvelle ogive qui a réagi de manière covalente avec la protéine Cys à proximité spatiale. En bref, un peptide muté par Cys et Met a été cyclisé par alkylation intramoléculaire, ce qui a entraîné la génération d’un centre de sulfonium sur l’attache. Dans ce processus, la formation d’un pont de chaîne latérale était essentielle pour les peptides cycliques. Dans l’ensemble, ce protocole décrit une cyclisation détaillée des peptides à base de sulfonium qui est réalisée en utilisant des conditions de réaction et des opérations simples. L’objectif est de développer une méthode potentielle pour d’autres applications biologiques à grande échelle.

Protocol

1. Préparation de l’équipement ATTENTION : La morpholine, le N,N-diméthylformamide (DMF), le dichlorométhane (DCM), la N,N-diisopropyléthylamine (DIPEA), le TFA, la morpholine, la pipéridine, l’éther diéthylique et le méthanol sont toxiques, volatils et corrosifs. Ces réactifs peuvent nuire au corps humain par inhalation, ingestion ou contact cutané. Pour toutes les expériences chimiques, utilisez un équipement de protection, y compris des gants jetables, des ma…

Representative Results

Tous les peptides linéaires ont été synthétisés sur la résine Rink-amide MBHA par synthèse manuelle standard en phase solide Fmoc. Un hexapeptide cyclique modèle (Ac (cyclo-I)-WMAAAC-NH2) a été construit comme décrit à la figure 5A. Notamment, un nouveau centre chiral sur attache a été généré par l’alkylation Met, avec les deux épimères de peptide cyclique (Ia, Ib) confirmés par HPLC en phase inverse. De plus, la conversion et le rapport des épimères ont é…

Discussion

L’approche synthétique décrite dans cet article fournit une méthode de synthèse de peptides cycliques à l’aide de Cys et Met dans la séquence peptidique, dans laquelle les peptides linéaires de base sont construits par des techniques courantes de synthèse peptidique en phase solide. Pour la bisalkylation de peptides cycliques entre Cys et Met, l’ensemble de la voie synthétique peut être divisé en trois processus majeurs : la déprotection des Cys sur la résine, le couplage de l’agent de liaison, et la…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Nous reconnaissons le soutien financier du Programme national de R&D clé de la Chine (2021YFC2103900); les subventions de la Fondation chinoise des sciences naturelles (21778009 et 21977010); la Fondation des sciences naturelles de la province du Guangdong (2022A1515010996 et 2020A1515010521): le Comité de l’innovation scientifique et technologique de Shenzhen (RCJC20200714114433053, JCYJ201805081522131455 et JCYJ20200109140406047); et la subvention Shenzhen-Hong Kong Institute of Brain Science-Shenzhen Fundamental Research Institutions (2019SHIBS0004). Les auteurs remercient le soutien de la revue Chemical Science , The Royal Society of Chemistry pour la référence 30 et The Journal of Organic Chemistry, American Chemical Society, pour la référence 31.

Materials

1,3-bis(bromomethyl)-benzen Energy D0215
1,3-Dimethylbarbituric acid Energy A46873
1H NMR and HSQC Bruker  AVANCE-III 400
1-Hydroxybenzotriazole hydrate Energy E020543
2-(7-azabenzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate (HATU) Energy A1797
2-mercaptopyridine Energy Y31130
6-Aminocaproic acid Energy A010678
Acetic anhydride Energy A01021454
Acetonitrile Aldrich 9758
Ammonium carbonate Energy 12980
Dichloromethane (DCM) Energy W330229
Digital Heating Cooling Drybath  Thermo Scientific 88880029
Diisopropylethylamine (DIPEA) Energy W320014
Dimethyl formamide (DMF) Energy B020051
Dithiothreitol Energy A10027
Electrospray Ionization Mass SHIMADZU2020  LC-MS2020
Fmoc-Ala-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R30101
Fmoc-Arg(Pbf)-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R30201
Fmoc-Cys(Trt)-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R30501
Fmoc-Gln(Trt)-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R30601
Fmoc-Glu(OtBu)-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R30701
Fmoc-His(Boc)-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R30902
Fmoc-Ile-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R31001
Fmoc-Lys(Boc)-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R31201
Fmoc-Met-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R31301
Fmoc-Pro-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R31501
Fmoc-Ser(tBu)-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R31601
Fmoc-Thr(tBu)-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R31701
Fmoc-Trp(Boc)-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R31801
Fmoc-Tyr(tBu)-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R31901
Fmoc-Val-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R32001
Formic acid Energy W810042
High Performance Liquid
Chromatography
SHIMADZU LC-2030
Methanol Aldrich 9758
Morpholine Aldrich M109062
N,N'-Diisopropylcarbodiimide Energy B010023
Ninhydrin Reagent Energy N7285
Propargyl bromide Energy W320293
Rink Amide MBHA resin Nanjing Peptide Biotech Ltd.
Solid Phase Extraction (SPE) Sample Collection Plates  Thermo Scientific 60300-403
Tetrakis(triphenylphosphine) palladium Energy T1350
Three-way stopcocks Bio-Rad 7328107
Triethylamine Energy B010737
Trifluoroacetic acid (TFA) J&K 101398
Triisopropylsilane (TIS) Energy T1533

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Song, C., Hou, Z., Jiao, Z., Liu, Z., Lian, C., Zhang, M., Liang, W., Yin, F., Li, Z. Constructing Cyclic Peptides Using an On-Tether Sulfonium Center. J. Vis. Exp. (187), e64289, doi:10.3791/64289 (2022).

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