ジャーナルを用いたヒト網膜手術標本のトランスクリプトーム解析
Summary
私たちは、網膜剥離のトランスクリプトーム解析のために網膜切除から網膜のサンプルを使用していました。我々は外科ブロックと実験室間のRNA保全を可能に手順を開発しました。我々は精製されたRNAはマイクロアレイ解析に適していることを保証するために、塩化セシウム遠心法によってRNAを精製するための標準化されたプロトコル。
Abstract
網膜剥離（RD）は、網膜色素上皮（RPE）から神経感覚網膜の分離を説明しています。 RPEは、光に敏感な神経細胞、光受容体の正常な機能に不可欠である。 RPEから網膜の剥離が細胞外液で満たされている物理的なギャップを作成します。 RDは、イオンと代謝物の生理的な交換がひどく乱されているので神経感覚網膜とRPEの両方に影響を与える細胞および分子有害事象を開始します。ビジョンのための結果は、ビジョン1の回復の2つの組織の結果を迅速にreapposition以来剥離の期間に関連しています。 RDの治療はもっぱら外科です。硝子体ゲル（硝子体）の除去は、網膜剥離を支持する戸建周辺網膜の除去、非本質的な部分が続いている。削除網膜標本は無主物 （1個）であり、その結果、通常は破棄。これらの手術標本からRNAを回復するには、我々は外科ブロックから実験室への転送時にRNAの保全を可能にする手順ジャーナルを開発しました。我々はまた、塩化セシウム遠心法によってRNAを精製するための標準化されたプロトコルは、精製されたRNAは全体的な遺伝子発現解析に適していることを保証する。 RNAの品質は、両方のRT-PCRおよびマイクロアレイ分析により検証した。データの分析は、RD間に炎症や変性体の同時関与を示しています。
Introduction
網膜剥離の主要な治療上の目的（RD）は、視細胞の損傷や網膜色素上皮細胞からの光受容体の分離から生じる網膜の炎症を制限する方法を見出すことである。 RDの間に、RPE細胞が活性化され、移行脱分化、及び合併症につながる収縮力を発揮し、網膜剥離の表面で増殖する。 RDのトランスクリプトーム解析は、RD、手術と組み合わせて最終的な視覚的な結果を改善することができ、したがって将来の治療用分子以下の修正式で標的遺伝子を同定するための方法です。デオキシリボ核酸（DNA）、遺伝学的研究のために広く使用され、後者であるのでこれはよく知られているリボ核酸（RNA）が安定していないが、その安定性は、古い30,000以上の年2の古生物学的サンプルからネアンデルタール人のゲノムのシーケンシングを可能にしていた。メッセンジャーRNAへのゲノムからの遺伝子のDNAの転写です主要な遺伝子発現のプロセス、およびmRNAが信号を構成するために不安定である。 RNAは信号を終端リボヌクレアーゼ酵素により急速に分解される。発現は研究室で研究される前に、組織が生物から分離されると、RNAは、非常に頻繁に分解される。分解されたRNAは、分析、遺伝子発現に適していない。研究室のスタッフは、手術に参加することはできませんので、我々は容易であり、唯一の外科医が適切なRNaseフリーソリューションに組織を回復することが必要手順を開発しました。組織のRNAが安定し、この溶液中、室温で72時間後の劣化の兆候なしに分析することができる。検体からRNAを実験室3に転送された後、塩化セシウム勾配超遠心分離を含む標準化された方法で精製されています。その後、RNAの品質はアガロースゲル電気泳動により及びRT-PCRによって評価される。 RNA精製プロトコルは有するDNAおよびRNAのために異なっており、RNA、遺伝子発現研究における人為信号を生成するDNA分子によって汚染されないことを保証し、その濃度に応じて分子を分離する利点。また、定量的に細胞内で最も豊富に存在するRNAであるトランスファーRNAは（たtRNA）は、リボソームRNA（rRNAs）とメッセンジャーRNA（mRNAの）、というこれら二つの最後のものから同じ物理的性質に応じて分離されている精製プロセスの生成を終了する。マイクロアレイ分析プロトコルのほとんどは逆転写酵素とtRNA 4-6によって阻害されるRNAポリメラーゼの使用が関与するので、調製からtRNAの除去に有用である。手術標本から精製されたRNAは、標準的なプロトコルを用いて標識し、マイクロアレイチップにハイブリダイズし、その結果、2つの相補的な方法が、偽発見率法を用いて、相互情報とvisualiに基づく新しい方法を用いて分析されているWebベースのサーバーRetinobase 7,8にアルファベットのゼット。
Protocol
Representative Results
Discussion
外科ブロックから組織回復のための手順の開発は、網膜剥離のトランスクリプトーム解析に不可欠となっています。ひとつは、手術のこのタイプは、緊急時にと眼科医がオペレーティング彼らが操作したときの生物学的な研究プログラムに参加するには少し時間を持っていることを実践されていることに気づくべきである。この網膜切除はまた、統計数値に到達するための簡単な方法は?…
Declarações
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
私たちは、RNA精製プロトコルを編集中で彼らの助けのためにサシャライヒマンとドミニクSantiard-男爵に感謝します。
Materials
| Name | Company | Catalogue number | Comments (optional) |
| Centrifuge | Beckman Coulter | Aventi J-E | |
| Rotor | Beckman Coulter | JS-5.3 | |
| Ultracentrifuge | Beckman Coulter | LE 80K | |
| Rotor | Beckman Coulter | SW41 | |
| Power supply | Biorad | Pac 3000 | |
| PolytronTM | Kinematica | PT 2100 | Supplied with PT-DA 2105:2 |
| Agarose gel electrophoresis device | Biorad | MiniGel Cell GT | |
| Imaging System | Biorad | GelDoc-It Imager | |
| 5 ml sterile polyethylene tube | Greiner | 115261 | |
| Sterile polyallomer centrifuge tube | Beckman Coulter | 331372 | |
| Chemical reagents | Sigma | Molecular biology grade (RNase and DNase free products) | |
| Cleaning Solution | VWR | RBS | |
| Microarray chip | Affymetrix | Human U133 plus 2 array |
Referências
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