Bu makale, yani terroir kavramının, içgörü kazanmak için üzüm berry transkript ve metabolitleri hedefsiz metabolomik, transkriptomik ve çok değişkenli istatistiksel analiz uygulamasını açıklar, dut kalite özellikleri çevrenin etkisi.
Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.
Yöntem makalesi
Üzüm Berry metabolomik ve transkriptomik aracılığıyla yorumlanır Terroir Kavramı
* These authors contributed equally
Bu makalede
Özet
Özet
Terroir özellikle habitatlar ve yönetim uygulamalarına göre bu tür asma (Vitis vinifera) gibi ürünlerin özelliklerini etkileyen çevresel faktörlerin kombinasyonu ifade eder. Bu makale belli terroir imzalar çok değişkenli istatistiksel analiz kullanılarak asma çeşidi corvina'nın berry metabolome ve transcriptome tespit edilebilir gösterir. yöntemi ilk uygun bir örnekleme planı gerektirir. Bu olgu sunumunda, Corvina çeşidinde belirli bir klon genetik farklılıkları en aza indirmek için seçildi ve numuneler üç farklı yetiştirme mevsimi boyunca üç farklı makro bölgeleri temsil eden yedi üzüm bağları toplanmıştır. Bir hedefsiz LC-MS metabolomik yaklaşımı MZmine yazılım ve parçalanma ağaç analizine dayalı bir metaboliti kimlik strateji kullanarak verimli veri işleme eşliğinde yüksek duyarlılığı nedeniyle tavsiye edilmektedir. Kapsamlı transcriptome analizi mikrodizileri kullanılarak elde edilebiliriçeren probları farklı terroirs bağlamında tüm farklı ifade genlerin aynı anda analizini sağlayan, ~ tüm tahmin asma genlerinin% 99 kapsayan. Son olarak, projeksiyon yöntemlerine dayalı çok değişkenli veri analizi metabolomik ve transkriptomiks verileri entegre ve bilgilendirici korelasyon tespit ayrıntılı olarak analiz edilecek izin, güçlü bağ bozumu-spesifik etkisini aşmak için kullanılabilir.
Giriş
Bitkilerin genomları, transcriptomes, proteomlarda ve metabolomes dayalı büyük ölçekli veri analizi gibi asma bitkileri ve çevreleri arasındaki etkileşimleri yansıtan şarap terroir özellikleri gibi karmaşık sistemlerin, davranış içine görülmemiş fikir verir. aynı asma klonlar farklı bağlarında yetiştirilen bile bir şarap terroir farklı olabilir çünkü klonal genomları aynıdır, çünkü genomik analiz edilmesi bir fayda sağlamaz. Bunun yerine gen ifadesinin ve şarap kalitesi özelliklerini belirlemek çilek, metabolik özellikler arasındaki ilişkilere bakmak gerekir. mikrodiziler üzerinde immobilize problara hibridizasyon gibi olduğu genel özelliklerini kullanmak kantitatif ....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Protokol
1. Uygun Malzemeler seçip bir Örnekleme Planı Construct
- uygun örnekleme planı geliştirerek deney başlayın. yani bir vaka ile ayrı ayrı her bir plan değerlendirmek hiçbir genel ve evrensel bir yaklaşım vardır. örnekleme planı örnekleme yerleri, zamanları ve hassas örnekleme prosedürü devletler emin olun. Bu vaka çalışmasında kullanılan örnekleme planı için Bkz: Şekil 1.
NOT: Bu vaka çalışmasında, tek bir klon (. Vitis vinifera cv Corvina, klon 48) üzüm meyveleri Verona ilinde üç farklı makro bölgeleri (Garda Gölü, Valpolicella ve Soave) yedi ticari bağlarından toplanmıştır. Her bağ temel özellikleri Tablo 1'de
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Sonuçlar
Bu makalede açıklanan vaka çalışması nispeten 189 örnekleri arasında sayısal moleküler iyonlar artı kendi izotopları, adüktleri ve bazı parçaları da dahil olmak üzere 552 sinyalleri (m / z özellikleri), (7 bağları x 3 olgunlaşma aşamaları x 3 büyüyen mevsim x içeren bir son veri matrisi vermiştir 3 biyolojik çoğaltır). veri noktaları için toplam sayısı, bu nedenle 104,328 idi. Parçalanma ağacı analizi metabolitleri ayrıca adüktleri, izotoplar ve fragmanlarına karşılık gelen,
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Tartışma
Bu makalede, üzüm dut terroir kavramını yorumlamak için kullanılan metabolomik, transkriptomik ve istatistiksel analiz protokollerini açıklar. HPLC-ESI-MS ile metabolomik analiz aynı anda metabolitleri çok sayıda algılamak için yeterince duyarlı olmakla birlikte, göreceli kantitatif matris etkisi ve iyon bastırma / geliştirme etkilenir. Ancak, benzer bir yaklaşım zaten Corvina çilek olgunlaşmasını ve hasat sonrası soldurma tanımlamak için kullanılır olmuştur, ve matriks etkileri düzeltme sonuçları 5 üzerinde .......
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Açıklamalar
Yazarların açıklayacak hiçbir şeyi yoktur.
Teşekkürler
Bu çalışma, AB tarafından finanse edilen COST ACTION FA1106 "Domates ve asmada etli meyve kalitesini kontrol eden gelişimsel mekanizmaları belirlemek için entegre bir sistem yaklaşımı" kapsamında koordine edilen ağ oluşturma faaliyetlerinden yararlanmıştır. Bu çalışma, CARIVERONA Bank Vakfı tarafından finanse edilen 'Completamento del Centro di Genomica Funzionale Vegetale' projesi ve İtalya Tarım ve Orman Politikaları Bakanlığı tarafından finanse edilen 'Valorizzazione dei Principali Vitigni Autoctoni Italiani e dei loro Terroir (Vigneto)' projesi tarafından desteklenmiştir. SDS, İtalya Üniversite ve Araştırma Bakanlığı FIRB RBFR13GHC5 "Çevre Etkileşimlerine Göre Gen....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Malzemeler
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
|---|---|---|---|
| Değirmen Öğütücü | IKA | IKA A11 temel | |
| HPLC Otomatik Numune Alma | Cihazı Beckman Coulter | - | System Gold 508 Otomatik Numune Alma Cihazı |
| HPLC Sistemi | Beckman Coulter | - | System Gold 127 Solvent Modülü HPLC |
| C18 Koruma Kolonu | Grace | - | Alltima HP C18 (7,5 mm x 2,1 mm; 5 μ m) Koruma Kolonu |
| C18 Kolonu Grace | - | Alltima HP C18 (150 mm x 2,1 mm; 3 μ m) Kolon | |
| Kütle Spektometresi | Bruker Daltonics | - | Bruker Esquire 6000; Kütle spektometresi bir ESI kaynağı ile donatılmıştı ve analizör bir iyon tuzağıydı. |
| Ekstraksiyon çözücüleri ve HPLC tamponları | Sigma | 34966 | Metanol LC-MS sınıfı |
| Sigma | 94318 | Formik asit LC-MS sınıfı | |
| Sigma | 34967 | Asetonitril LC-MS sınıfı | |
| Sigma | 39253 | Su LC-MS sınıfı | |
| Minisart RC 4 Şırınga filtreleri (0.2 & mu; m) | Sartorius | 17764 | |
| Veri toplama (a) ve işleme (b) | Bruker Daltonics-Bruker | Daltonics Esquire 5.2 Kontrol (a); Esquire 3.2 Veri Analizi ve MzMine 2.2 yazılımları (b) | |
| Spektrum Bitki Toplam RNA kiti | Sigma-Aldrich | STRN250-1KT | Üzüm perikarplarından toplam RNA ekstraktino için |
| Nanodrop 1000 | Thermo Scientific | 1000 | |
| BioAnalyzer 2100 | Agilent Technologies | G2939A | |
| RNA 6000 Nano Reaktifler | Agilent Technologies | 5067-1511 | |
| RNA Çipleri | Agilent Technologies | 5067-1511 | |
| Agilent Gen Ekspresyonu Yıkama Tamponu 1 | Agilent Technologies | 5188-5325 | |
| Agilent Gen Ekspresyonu Yıkama Tamponu 2 | Agilent Technologies | 5188-5326 | |
| LowInput QuickAmp Etiketleme kiti Tek Renkli | Agilent Teknolojileri | 5190-2305 | |
| Kit RNA Spike In - Tek Renkli | Agilent Teknolojiler | 5188-5282 | |
| Gen Ekspresyonu Hibridizasyon Kiti | Agilent Technologies | 5188-5242 | |
| RNeasy Mini Kit (50) | Qiagen | 74104 | cRNA Saflaştırma için |
| Agilent SurePrint HD 4X44K 60-mer Mikrodizi | Agilent Technologies | G2514F-048771 | |
| eArray | Agilent Technologies | - | https://earray.chem.agilent.com/earray/ |
| Conta kızakları | Agilent Technologies | G2534-60012 | Agilent SurePrint Microarray 4 dizili Hibridizasyon |
| Termostatik banyosunu | Julabo-Hibridizasyon | ||
| Odası Agilent | Teknolojiler | G2534-60001 | |
| Mikroarray Hibridizasyon Fırını | Agilent Technologies | G2545A | |
| Hibridizasyon Fırını Döndürücü Raf | Agilent Technologies | G2530-60029 | |
| Döndürücü Raf Dönüştürme Çubuğu | Agilent Technologies | G2530-60030 | |
| Boyama kiti | Bio-Optica | 10-2000 | Slayt boyama kabı ve Sürgülü raf |
| Manyetik karıştırıcı cihazı | AREX Isıtmalı Manyetik Karıştırıcı | F20540163 | |
| Termostatik Fırın | Thermo Scientific | Heraeus - 6030 | |
| Agilent Mikroarray Tarayıcı | Agilent Technologies | G2565CA | |
| Tarayıcı Karuseli, 48 konumlu | Agilent Technologies | G2505-60502 | |
| Sürgü Tutucular | Agilent Technologies | G2505-60525 | |
| Özellik çıkarma yazılımı v11.5 | Agilent | Agilent Mikrodizi Tarayıcı G2565CA | |
| SIMCA + V13 Yazılım | Umetrics |
Kaynaklar
- Jessome, L. L., Volmer, D. A. Ion suppression: A major concern in mass spectrometry. Lc Gc N Am. 24 (5), 498-510 (2006).
- Kim, H. K., Choi, Y. H., Verpoorte, R. NMR-based plant metabolomics: where do we stand, where do we go? Trends Biotech. 29 (6), 267-275 (2011....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Yeniden basım ve izinler
