Journal
/
Cancer Research
/
Ruimtelijke profilering van eiwit- en RNA-expressie in weefsel: een benadering om virtuele microdissectie te verfijnen
JoVE Journal
Cancer Research
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Cancer Research
Spatial Profiling of Protein and RNA Expression in Tissue: An Approach to Fine-Tune Virtual Microdissection
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Ruimtelijke profilering van eiwit- en RNA-expressie in weefsel: een benadering om virtuele microdissectie te verfijnen

DOI:
10.3791/62651-v

•

09:19 min

•

July 06, 2022

•

, , , , ,
1Department of Pathology,Genentech, 2Department of Microchemistry, Proteomics, Lipidomics & Next Generation Sequencing (MPL-NGS),Genentech, 3NanoString Technologies

Chapters

  • 00:05Introduction
  • 00:44Automated Visualization Protocol for Spatial Proteomics Assays
  • 06:02Spatial Profiling Platform Protocol for Proteomics Assay
  • 06:47ROI Selection for Spatial Transcriptomics Assays
  • 07:10Results: Application of the Automated TSA Based Visualization Protocol in Combination with Spatial Proteomics Assays and Detection of Small ROIs in the Spatial Transcriptomics Protocol
  • 08:47Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Hier beschrijven we een protocol voor het verfijnen van interessante regio's (ROI's) voor Spatial Omics-technologieën om de micro-omgeving van de tumor beter te karakteriseren en specifieke celpopulaties te identificeren. Voor proteomics-assays kunnen geautomatiseerde aangepaste protocollen de ROI-selectie begeleiden, terwijl transcriptomics-assays kunnen worden verfijnd met behulp van ROI's zo klein als 50 μm.

Tags

Spatial ProfilingProtein ExpressionRNA ExpressionVirtual MicrodissectionProteomicsTranscriptomicsAutomated ProtocolRegion Of Interest (ROI) SelectionFluorescent Visualization AntibodiesAutostainerDeparaffinizationCell ConditioningAntibody IncubationHRP BlockerMultimer HRP ReagentAntibody Denaturation

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

check_url/62651?article_type=v&slug=spatial-profiling-protein-rna-expression-tissue-an-approach-to-fine

De<em> Drosophila</em> Imaginal Disc Tumor Model: visualisatie en kwantificering van genexpressie en Tumor Invasiviteit met behulp van genetische Mozaïeken
check_url/62651?article_type=v&slug=spatial-profiling-protein-rna-expression-tissue-an-approach-to-fine

Met behulp van RNA-sequencing te detecteren Novel Splice varianten Gerelateerd aan Drug Resistance in<em> In Vitro</em> Cancer Models
check_url/62651?article_type=v&slug=spatial-profiling-protein-rna-expression-tissue-an-approach-to-fine

Bepaling van eiwit expressie niveau in gekweekte cellen door immunocytochemie op cel paraffine-ingebedde blokken
check_url/62651?article_type=v&slug=spatial-profiling-protein-rna-expression-tissue-an-approach-to-fine

Ruimtelijke en temporele controle van muizen melanoom initiatie van mutant melanocyt stamcellen
check_url/62651?article_type=v&slug=spatial-profiling-protein-rna-expression-tissue-an-approach-to-fine

In vitro assay om tumor-macrofaag interactie te bestuderen
check_url/62651?article_type=v&slug=spatial-profiling-protein-rna-expression-tissue-an-approach-to-fine

High-Throughput cellulaire profilering van gerichte eiwitafbraakverbindingen met behulp van HiBiT CRISPR-cellijnen
check_url/62651?article_type=v&slug=spatial-profiling-protein-rna-expression-tissue-an-approach-to-fine

Drie differentiële expressieanalysemethoden voor RNA-sequencing: limma, EdgeR, DESeq2
check_url/62651?article_type=v&slug=spatial-profiling-protein-rna-expression-tissue-an-approach-to-fine

Profileringsgevoeligheid voor gerichte therapieën in EGFR-mutante NSCLC-patiënt-afgeleide organoïden
check_url/62651?article_type=v&slug=spatial-profiling-protein-rna-expression-tissue-an-approach-to-fine

Digitale ruimtelijke profilering voor karakterisering van de micro-omgeving in diffuus infiltrerend glioom van het volwassen type
check_url/62651?article_type=v&slug=spatial-profiling-protein-rna-expression-tissue-an-approach-to-fine

Het genereren en afbeelden van muis en menselijke epitheliale organoïden uit normaal en tumor borstweefsel zonder passaging

Read Article