在野生鸟类禽流感病毒快速诊断：使用便携式的RRT - PCR和在外地的冻干试剂
Summary
这项研究描述了在使用一台便携式的RRT – PCR系统的野生鸟类禽流感的诊断。该方法采用冻干试剂的屏幕野生鸟类在非实验室环境中，典型的爆发情况下的优势。利用分子工具提供了快速诊断的准确和灵敏的替代品。
Abstract
野生鸟类有牵连的H5N1亚型高致病性禽流感（HPAI）的蔓延，促使监控候鸟迁徙的飞行路线。野生鸟类禽流感病毒（AIV）的采样往往是在偏远地区进行，但结果往往是因为需要运输的样本，以分子检测实验室配备的延误。实时逆转录聚合酶链反应（RRT – PCR）是一种分子的技术，提供了最准确和最敏感的禽流感病毒的诊断方法之一。 RRT – PCR所需的协议以前严格的实验室目前正在适应的领域。冷冻干燥（冻干）的试剂，不需要冷链，湿试剂水平的灵敏度的发展带来了现场的远程测试，以一个实际的目标。
在这里，我们目前在使用单位RRT – PCR（加固高级病原鉴定设备或快速，爱达荷州技术，盐湖城，UT），采用冻干试剂（A型流感的目标1的TaqMan的野生鸟类禽流感病毒快速诊断方法; Asay的ASY – 0109，爱达荷州技术）。该试剂含有适当浓度的单管所有必要的组件进行测试：引物，探针，酶，缓冲液和内部阳性对照，消除与保管不当或处理湿试剂相关的错误。便携式装置执行针对矩阵基因产生的结果，并在2-3小时的屏幕为A型流感。遗传亚型H5和H7型引物也可能设置为目标的血凝素基因。
该系统是适合收集的野生鸟类，迁徙滨鸟种在这里展示了使用泄殖腔和口咽的样品，在北加州拍摄西部鹬（Calidrus马利） 。动物处理动物护理和使用委员会的美国地质调查局西部生态研究中心和美国地质调查局捆扎实验室鸟儿许可证批准的协议。这项技术的主要优势是加快野生鸟类的诊断，增加包含在偏远地区爆发的机会。现场诊断也将证明有用的鉴定和研究野生种群的感染者。收集主机生物学（免疫和生理反应，感染）和空间生态（受感染的鸟类的迁徙表现）信息的机会将提供野生鸟类在何种程度上可以作为禽流感病毒的载体，在长距离的见解。
Protocol
Discussion
这里介绍的快速诊断方法，有利于高效，准确的监测禽流感病毒的野鸟样本进行测试。要少得多严格的便携式RRT – PCR标本的存储需求，适合于远程的情况下，维持冷链可能是不切实际的的，如果不可用液氮货主或干冰。此外，我们发现，随着冻干试剂的样品分析，足够直接与实验室为基础的分子分析的最小的知识领域的生物学家。这项技术是时间效率和成本效益。一个经营者，这是可行的运行三?…
Divulgations
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
我们要感谢的技术支持和USGS西部生态研究中心提供资金（S. Schwarzbach）和援助（K. Spragens T.格雷厄姆）M. Scullion爱达荷州技术和R.酥。主持的创新技术中心 – 国防和国土安全部（www.idhs.org），国防部和美国空军研究实验室部支持下进行这项研究。动物处理动物护理和使用委员会的美国地质调查局西部生态研究中心和美国地质调查局捆扎实验室鸟儿许可证批准的协议。任何使用本出版物中的贸易，产品或公司名称仅是描述目的，并不意味着美国政府的认可。
Materials
| Name of the reagent | Company | Catalogue Number | Comments (optional) |
|---|---|---|---|
| RNeasy mini spin column | Qiagen | 74106 | Included in RNeasy Mini Kit |
| Collection tubes (1.5 & 2 mL) | Qiagen | 74106 | Included in RNeasy Mini Kit |
| Buffer RLT | Qiagen | 74106 | Included in RNeasy Mini Kit |
| Buffer RW1 | Qiagen | 74106 | Included in RNeasy Mini Kit |
| Buffer RPE | Qiagen | 74106 | Included in RNeasy Mini Kit |
| RNase-free water | Qiagen | 74106 | Included in RNeasy Mini Kit |
| 14.3 M β-mercaptoethanol solution | Fisher Scientific | BP176100 | |
| 100% ethanol | Fisher Scientific | NC9602322 | |
| Vortex Genie 2, 120V | Scientific Industries | SI-0236 | |
| Taqman Influenza A Target 1 (Hydrolysis Probe) | Idaho Technologies | ASAY-ASY-0109 | |
| Lightcycler 20ml capillary tubes | Roche Applied Science | 04929292001 | |
| Micro-centrifuge with rotator for 2 ml tubes | Idaho Technologies | Included in RAPID kit | |
| Ruggedized Advanced Pathogen Identification Device (RAPID) 7200 | Idaho Technologies | Included in RAPID kit | |
| Pentium-based laptop with Windows XP Professional | Idaho Technologies | Included in RAPID kit | |
| Lightcycler Data Analysis software | Idaho Technologies | Included in RAPID kit |
References
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