Le flux de substrat mitochondrial est une caractéristique distinctive de chaque type de cellule, et des changements dans ses composants tels que les transporteurs, les canaux ou les enzymes sont impliqués dans la pathogenèse de plusieurs maladies. Le flux de substrat mitochondrial peut être étudié à l’aide de cellules intactes, de cellules perméabilisées ou de mitochondries isolées. L’étude de cellules intactes rencontre plusieurs problèmes dus à l’oxydation simultanée de différents substrats. En outre, plusieurs types de cellules contiennent des réserves internes de différents substrats qui compliquent l’interprétation des résultats. Les méthodes telles que l’isolement mitochondrial ou l’utilisation d’agents perméabilisants ne sont pas facilement reproductibles. Isoler des mitochondries pures avec des membranes intactes en quantité suffisante à partir de petits échantillons est problématique. L’utilisation de perméabilisateurs non sélectifs provoque divers degrés de dommages inévitables à la membrane mitochondriale. La perfringolysine O recombinante (FPSR) a été proposée comme perméabilisant plus approprié, grâce à sa capacité à perméabiliser sélectivement la membrane plasmique sans affecter l’intégrité mitochondriale. Lorsqu’il est utilisé en combinaison avec la microflamétrie, il permet de tester le flux de plusieurs substrats mitochondriaux avec suffisamment de répliques dans une expérience tout en utilisant un nombre minimal de cellules. Dans ce travail, le protocole décrit une méthode pour comparer le flux de substrat mitochondrial de deux phénotypes ou génotypes cellulaires différents et peut être personnalisé pour tester divers substrats ou inhibiteurs mitochondriaux.