Summary

وصفها تسلسل معين من الأحماض النووية والبروتينات مع ميثيل والعامل المساعد النظائر

Published: November 22, 2014
doi:

Summary

وصفت DNA والبروتينات تسلسل تحديدا مع تقارب أو مجموعات مراسل الفلورسنت باستخدام الحمض النووي أو البروتين ميثيل ونظائرها العامل المساعد الاصطناعية. اعتمادا على خصوصية العامل المساعد للأنزيمات، aziridine أو مزدوجة نظائرها العامل المساعد تنشيط يعملون لواحد أو اثنين من خطوة وصفها.

Abstract

S -Adenosyl-L-ميثيونين (AdoMet أو SAM) ميثيل معتمد على (MTase) تحفز نقل مجموعة الميثيل تفعيلها من AdoMet إلى مواقع محددة في DNA، RNA والبروتينات والجزيئات الحيوية الصغيرة. يمكن توسيع هذا رد فعل مثيلة الطبيعي لمجموعة واسعة من ردود الفعل الألكلة باستخدام نظائرها العامل المساعد الاصطناعية. استبدال مركز sulfonium رد الفعل من AdoMet مع حلقة aziridine يؤدي إلى العوامل المساعدة التي يمكن أن يقترن مع الحمض النووي DNA من قبل MTases المختلفة. يمكن تجهيز هذه العوامل المساعدة aziridine مع جماعات مراسل في مواقع مختلفة من شاردة الأدينين واستخدامها لS M equence محددة ethyltransferase- I nduced جي L هابيل من الحمض النووي (DNA يبتسم). وكمثال نموذجي نعطي بروتوكول للbiotinylation من DNA البلازميد pBR322 في التسلسل 5'-ATCG A T-3 "مع DNA MTase M.BseCI والعامل المساعد aziridine 6BAz فيخطوة واحدة. تمديد مجموعة الميثيل تفعيلها مع غير المشبعة النتائج الألكيل في فئة أخرى من نظائرها AdoMet التي تستخدم لم الموجه ethyltransferase T ransfer من A roups G ctivated (mTAG). منذ يتم تنشيط الجانب سلاسل طويلة من قبل مركز sulfonium والسندات غير المشبعة، وتسمى هذه العوامل المساعدة نظائرها AdoMet تنشيط نقرا مزدوجا. هذه نظائرها وظيفة ليس فقط باعتبارها العوامل المساعدة لMTases DNA، مثل العوامل المساعدة aziridine، ولكن أيضا لRNA والبروتين وMTases جزيء صغير. وعادة ما يتم استخدامها لتعديل الأنزيمية من ركائز MTase مع المجموعات الوظيفية الفريدة التي وصفت مع جماعات مراسل في خطوة الكيميائية الثانية. ويتمثل هذا في بروتوكول لوضع العلامات مضان من البروتين هيستون H3. يتم نقل مجموعة propargyl صغيرة من SeAdoYn العامل المساعد التناظرية إلى البروتين بواسطة يسين هيستون H3 4 (H3K4) MTase Set7 / 9 تليها بنقرة وضع العلامات للalkynylated H3 هيستون مع طمرة أزيد. وضع العلامات MTase بوساطة مع نظائرها العامل المساعد هو عبارة عن تقنية تمكن للعديد من التطبيقات المثيرة بما في ذلك تحديد ودراسة وظيفية من ركائز MTase فضلا عن التنميط الجيني DNA وكشف الحامض.

Introduction

وضع العلامات معين من الأحماض النووية والبروتينات 1،2 3،4 هو من مصلحة كبيرة للالأوصاف الوظيفية، والتشخيص الطبي و(نانو) التكنولوجيا الحيوية. هنا نقدم طريقة وضع العلامات الأنزيمي لهذه البوليمرات الحيوية التي تقوم على أساس S -adenosyl-L-ميثيونين (AdoMet أو SAM) ميثيل معتمد على (MTases). هذه الفئة من الأنزيمات (EC 2.1.1.) تستهدف مواقع أليفة النواة الفردية (النيتروجين، والأكسجين والكبريت وذرات الكربون) داخل بقايا معينة من الأحماض النووية والبروتينات وبطبيعة الحال ينقل مجموعة الميثيل تفعيلها من AdoMet العامل المساعد (الشكل 1A) 5. وبالإضافة إلى ذلك، يمكن MTases الاستفادة من نظائرها العامل المساعد الاصطناعية لوضع العلامات المحددة مع بطاقة تقارب، fluorophores أو تسميات أخرى (الشكل 1B) 6. وقد وضعت فئتين من نظائرها AdoMet: العوامل المساعدة Aziridine لS equence محددة M ethyltransferase- I </strong> nduced L هابيل جي (يبتسم) 7 ومزدوجة نظائرها AdoMet تفعيلها للم الموجه ethyltransferase T ransfer من A ctivated roups G (mTAG) 8.

الشكل 1
الشكل 1: ردود الفعل يحفزه ميثيل (MTases) A. الميثيل نقل مجموعة من العامل المساعد الطبيعي AdoMet (SAM) إلى ركائز مختلفة بما في ذلك DNA، RNA والبروتينات والجزيئات الحيوية صغيرة B. وصفها / functionalization من الأحماض النووية والبروتينات (NNNNN =. أزواج قاعدة لDNA، RNA النيوكليوتيدات لوالأحماض الأمينية للبروتينات، XXXXX = تسلسل الاعتراف MTase مع بقايا الهدف باللون الأخضر) مع نظائرها العامل المساعد الاصطناعية. العوامل المساعدة Aziridine تحتوي على مجموعة مراسل (المجال الأزرق)تعلق على عصابة الأدينين هي تسلسل جانب تحديدا مع بقايا الهدف (يسار) ومزدوجة تنشيط نظائرها AdoMet تؤدي إلى نقل سلاسل ألكيل بمد يحمل مراسل الكيميائية Y (يمين) والتي يمكن أن توصف عن طريق النقر رد فعل bioorthogonal في الخطوة الثانية. الرجاء الضغط هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم.

العوامل المساعدة Aziridine تعمل بشكل أفضل مع MTases DNA. أنها تحتوي على حلقة membered ثلاثة مع ذرة النيتروجين 9 (أو N -mustard 10،11) بدلا من مركز sulfonium مجموعة رد الفعل كما. إضافة بروتون من هذا ذرة النيتروجين ينشط حلقة aziridine لهجوم أليف النواة من قبل النوكليوتيدات الهدف الذي يؤدي إلى اقتران التساهمية من العامل المساعد كله مع DNA. عن طريق ربط مجموعات المراسل إلى حلقة الأدينين والعوامل المساعدة aziridine يمكن استخدامها في تركيبة مع MTases DNA لتسمية DNA في خطوة واحدة ( <stron ز> الشكل 1B، يسار) 7،12. ويتجلى هذا في التفاصيل لbiotinylation من الحمض النووي مع 6BAz 13-15 (aziridine العامل المساعد مع البيوتين تعلق على موقف 6 من عصابة الأدينين) والأدينين محددة DNA MTase من عصوية دهنية أليفة الحرارة (M.BseCI) 16 (الشكل 2، انظر القسم بروتوكول 2: وضع العلامات خطوة واحدة من الحمض النووي عبر aziridine العوامل المساعدة). بالإضافة إلى M.BseCI ('تسلسل الاعتراف، وMTases DNA من مستحرة مائية (M.TaqI، 5'-TCG A -3 5'-ATCG A T-3)')، من المستدمية heamolyticus (M.HhaI، 5 "-G C GC-3 ') ومن Spiroplasma (M.SssI، وقد استخدمت 5'- C G-3') بنجاح لbiotinylate DNA مع 6BAz 17. وعلاوة على ذلك، العوامل المساعدة aziridine يمكن استخدام لخطوة واحدة وضع العلامات DNA مضان 18،19.

ontent "FO: المحافظة على together.within صفحة =" دائما "> الرقم 2
الشكل 2: تسلسل محدد من خطوة واحدة biotinylation من الحمض النووي مع M.BseCI و6BAz تعترف DNA MTase M.BseCI تسلسل الحمض النووي المزدوج تقطعت بهم السبل 5'-ATCG A T-3 "وبطبيعة الحال methylates المجموعة الأمينية من الأدينين الثاني بقايا (الأخضر) باستخدام AdoMet. مع العامل المساعد aziridine 6BAz يتم تغيير مسار رد الفعل وM.BseCI يؤدي إلى تسلسل الحمض النووي biotinylation معين عن طريق اقتران العامل المساعد كله بما في ذلك البيوتين (الأزرق) مع الأدينين الهدف. الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم.

مزدوجة نظائرها AdoMet تنشيط تحتوي على تمديد السلاسل الجانبية غير المشبعة بدلا من مجموعة الميثيل في مركز sulfonium (الشكل 1B </stronز>، أليس كذلك) 20. الرابطة المزدوجة أو الثلاثية غير المشبعة في β-موقف لمركز sulfonium يعوض إلكترونيا الآثار الفراغية غير المواتية داخل الدولة الانتقالية لتحقيق الاستقرار اقترانية. نظرا لأن كلا من مركز sulfonium والسندات غير المشبعة تفعيل الجانب سلسلة لنقل الأنزيمية، تم تسمية هذه العوامل المساعدة نظائرها AdoMet تنشيط نقرا مزدوجا. عادة، يتم استخدامها لنقل سلاسل جنب مع مجموعة فريدة الكيميائية (للصحفيين) الكيميائية، مثل مجموعات الأمينية، آلكاين وأزيد، لوضع العلامات الكيماوي انتقائية في الخطوة الثانية 8،21. بشكل عام، يمكن أن تتضاعف تنشيط نظائرها AdoMet ليس فقط وظيفة العوامل المساعدة لDNA MTases 8،20،21 ولكن أيضا لRNA MTases 22،23 وMTases البروتين 24 – 28 يسمح وضع العلامات إضافية من RNA والبروتينات. ومع ذلك، فإن السلاسل الجانبية الممتدة هي sterically أكثر تطلبا من مجموعة الميثيل وتوسيع المواقع المفعلة MTase بواسطة بروتين الهندسة هو الغفور الرحيمأون المطلوبة للحصول على معدلات نقل فعالة. حل آخر لهذه المشكلة هو استخدام التناظرية AdoMet مع مجموعة صغيرة propargyl (ثلاثة الكربونات) حيث يخدم آلكاين محطة وظيفتين: 1. لتحقيق الاستقرار في الحالة الانتقالية خلال نقل الأنزيمية و2. التعامل مع رد الفعل لمتابعة التعديلات الكيميائية نحاسية المحفزة أزيد آلكاين الإضافة الحلقية (CuAAC) انقر الكيمياء. واتضح أن الناتج propargylic AdoMet التناظرية 29 غير مستقر تماما في ظل ظروف محايدة أو الأساسية قليلا وفقط من الاستخدام المحدود. هذا العيب يمكن أن تكون ثابتة عن طريق استبدال ذرة الكبريت مع السيلينيوم. مما أدى العامل المساعد 5 '- [(سي) [(3 S) -3-الأمينية-3-carboxypropyl] دعامة-2-ynylselenonio] -5'-deoxyadenosine (SeAdoYn، الشكل 3) وقبلها البرية من نوع DNA، RNA وMTases بروتين 30-32 التي تلغي الحاجة للهندسة البروتين في كثير من الحالات. وهذا يتجسد من مضان الموالية وضع العلامات البروتين مع يسين هيستون H3 4 (H3K4) MTase Set7 / 9 33 (الشكل 3، انظر القسم بروتوكول 3: خطوتين وضع العلامات البروتين عن طريق تنشيط العوامل المساعدة مزدوجة).

الشكل (3)
الشكل (3): من خطوتين وضع العلامات مضان تسلسل محدد من هيستون H3 مع Set7 / 9، SeAdoYn وطمرة أزيد البروتين MTase Set7 / 9 طبيعيا methylates المجموعة الأمينية يسين 4 في H3 هيستون (H3K4 والأخضر) باستخدام AdoMet. مع العامل المساعد المزدوج تنشيط SeAdoYn في MTase نقل مجموعة propargyl صغيرة (أحمر) إلى بقايا يسين. ثم يتم تعديل رابطة ثلاثية محطة تعلق بشكل انتقائي في bioorthogonal نقرة رد فعل (المحفز النحاس وأزيد آلكاين الإضافة الحلقية، CuAAC) مع أزيد derivatized طمرة (tetramethylrhodamine والأزرق) fluorophore.تحميل / 52014 / 52014fig3highres.jpg "الهدف =" _ فارغة "> الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم.

Protocol

1. التعليمات العامة متجر aziridine العامل المساعد 6BAz (في DMSO) والبروتين MTase Set7 / 9 -80 ° C وجميع الكواشف الأخرى بما في ذلك العامل المساعد المزدوج تنشيط SeAdoYn وDNA MTase M.BseCI (في 50٪ الجلسرين) في -20 ° C. تحديد ترك?…

Representative Results

خطوة واحدة وصفها من الحمض النووي عبر Aziridine العوامل المساعدة ويتم هذا التفاعل سبيل المثال بها مع DNA MTase M.BseCI، الذي يعدل بقايا الأدينين الثانية ضمن 5'-ATCG A T-3 "تسلسل المزدوج تقطعت بهم السبل، ولها موقع اعتراف واحد على …

Discussion

وضع العلامات من خطوة واحدة من الحمض النووي DNA مع MTases والعوامل المساعدة aziridine (DNA يبتسم) هو وسيلة قوية ولكن ينبغي النظر في بعض الجوانب عند التخطيط للتجربة.

العامل المساعد Aziridine: وكان تركيز 6BAz لوضع العلامات DNA مع M.BseCI 60 ميكرومتر. ع?…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

The authors thank Kerstin Glensk for preparing the MTases M.BseCI and Set7/9 and gratefully acknowledge funding by the Excellence Initiative of the German Federal and State Governments and RWTH Aachen University. The authors are happy to provide 6BAz and SeAdoYn or other cofactor analogues for collaborative research.

Materials

Name of Reagent/ Equipment Company Catalog Number Comments/Description
6BAz Synthesized according to Weinhold et al., Patent number US 8,129,106, published March 6, 2012.
β-Mercaptoethanol Serva 28625
Acetic acid Fisher Scientific 10304980
Acrylamide/Bis Solution, 37.5:1 Serva 10688
UltraPure Agarose Invitrogen 16500100
Ammonium persulfate (APS) Serva 13375
Bis-Tris Gerbu 1304
Boric acid Gerbu 1115
Bromophenol blue Na salt Serva 15375
Copper(II) sulfate Aldrich C1297
Chloroform Fisher Scientific 10020090
Coomassie Brilliant Blue Serva 17525
EDTA disodium salt Gerbu 1034
Ethanol Merck 100983
GelRed (10000x in water) Biotium 41003
Glycerol (99.5%) Gerbu 2006
FastRuler Low Range DNA Ladder Thermo Scientific SM1103
Histone H3 Expressionplasmid obtained from Dr. Philipp Voigt and Prof. Danny Reinberg; expression and isolation according to T. J. Richmond et al., J. Mol. Biol. 1997, 272, 301-311.
M.BseCI Expressionplasmid obtained from Dr. Michael Kokkinidis; expression and isolation according to Kapetaniou et al., Acta Cryst. 2006, F63, 12-14.
Methanol Fisher Scientific 10675112
Magnesiumchloride  hexahydrate J.T. Baker 4003
MOPS Gerbu 1081
Sodium chloride Gerbu 1112
pH strip (Neutralit) Merck 1,095,330,001
pBR322 Thermo Scientific SD0041
R.TaqI (10u/µl) Thermo Scientific ER0671
SeAdoYn Synthesized according to Willnow et al., ChemBioChem 2012, 13, 1167-1173.
Set7/9 Expressionplasmid obtained from Prof. Danny Reinberg, expression and isolation according to D. Reinberg et al., Genes Dev.2002, 16, 479-489.
Streptavidin Gerbu 3058
(+)-Sodium L-ascorbate Sigma Life Science A7631
SDS Granular Gerbu 1833
di-Sodiumhydrogenphosphat Merck 106,586
TAMRA-azide
TaqI buffer (10x) Thermo Scientific B28
N,N,N',N'-Tetramethylethylenediamine (TEMED) Acros Organics 42058
Tris-HCl Gerbu 1028
Tris-X (TRIS-base) Gerbu 1018
Tris(3-hydroxypropyltriazolyl-methyl)amine (THPTA) Sigma-Aldrich 762342

References

  1. Gottfried, A., Weinhold, E. Sequence-specific covalent labelling of DNA. Biochem. Soc. Trans. 39, 623-628 (2011).
  2. Zohar, H., Muller, S. J. Labeling DNA for single-molecule experiments: methods of labeling internal specific sequences on double-stranded DNA. Nanoscale. 3, 3027-3039 (2011).
  3. Hinner, M. J., Johnsson, K. How to obtain labeled proteins and what to do with them. Curr. Opin. Biotechnol. 21, 766-776 (2010).
  4. Wua, Y. -. W., Goody, R. S. Probing protein function by chemical modification. J. Pept. Sci. 16, 514-523 (2010).
  5. Struck, A. -. W., Thompson, M. L., Wong, L. S., Micklefield, J. S-Adenosyl-methionine-dependent methyltransferases: Highly versatile enzymes in biocatalysis, biosynthesis and other biotechnological applications. ChemBioChem. 13, 2642-2655 (2012).
  6. Klimasauskas, S., Weinhold, E. A new tool for biotechnology: AdoMet-dependent methyltransferases. Trends Biotechnol. 25, 99-104 (2007).
  7. Pljevaljcic, G., Schmidt, F., Weinhold, E. Sequence-specific Methyltransferase-Induced Labeling of DNA (SMILing DNA). ChemBioChem. 5, 265-269 (2004).
  8. Lukinavicius, G., Lapiene, V., Stasevskij, Z., Dalhoff, C., Weinhold, E., Klimasauskas, S. Targeted labeling of DNA by methyltransferase-directed Transfer of Activated Groups (mTAG). J. Am. Chem. Soc. 129, 2758-2759 (1021).
  9. Pignot, M., Siethoff, C., Linscheid, M., Weinhold, E. Coupling of a nucleoside with DNA by a methyltransferase. Angew. Chem. Int. Ed. 37, 2888-2891 (1998).
  10. Weller, R. L., Rajski, S. R. Design, synthesis, and preliminary biological evaluation of a DNA methyltransferase-directed alkylating agent. ChemBioChem. 7, 243-245 (2006).
  11. Du, Y., Hendrick, C. E., Frye, K. S., Comstock, L. R. Fluorescent DNA Labeling by N-Mustard Analogues of S-adenosyl-l-methionine. ChemBioChem. 13, 2225-2233 (2012).
  12. Pljevaljcic, G., Schmidt, F., Scheidig, A. J., Lurz, R., Weinhold, E. Quantitative labeling of long plasmid DNA with nanometer precision. ChemBioChem. 8, 1516-1519 (1002).
  13. Wilkinson, S., et al. Molecular scale architecture: engineered three- and four-way junctions. Bioconjugate Chem. 19, 470-475 (2008).
  14. Braun, G., et al. Enzyme-directed positioning of nanoparticles on large DNA templates. Bioconjugate Chem. 19, 476-479 (2008).
  15. Kim, S., et al. Enzymatically incorporated genomic tags for optical mapping of DNA binding proteins. Chem. Int. Ed. 51, 3578-3581 (2012).
  16. Rina, M., Bouriotis, V. Cloning purification and characterization of the BseCI DNA methyltransferase from Bacillus stearothermophilus. Gene. 133, 91-94 (1993).
  17. Weinhold, E., Meier, T., Düfel, H., Markert-Hahn, C., Schmuck, R. Sequence-specific detection of methylation in biomolecules. US Patent. , (2012).
  18. Pljevaljcic, G., Pignot, M., Weinhold, E. Design of a new fluorescent cofactor for DNA methyltransferases and sequence-specific labeling of DNA. J. Am. Chem. Soc. 125, 3492-3410 (2003).
  19. Schmidt, F. H. -. G., Hüben, M., Gider, B., Renault, F., Teulade-Fichou, M. -. P., Weinhold, E. Sequence-specific Methyltransferase-Induced Labelling (SMILing) of plasmid DNA for studying cell transfection. Bioorg. Med. Chem. 16, 40-48 (2008).
  20. Dalhoff, C., Lukinavicius, G., Klimasauskas, S., Weinhold, E. Direct transfer of extended groups from synthetic cofactors by DNA methyltransferases. Nat. Chem. Biol. 2, 31-32 (2006).
  21. Lukinavicius, G., Tomkuviene, M., Masevicius, V., Klimasauskas, S. Enhanced chemical stability of AdoMet analogues for improved methyltransferase-directed labeling of DNA. ACS Chem. Biol. 8, 1134-1139 (2013).
  22. Motorin, Y., et al. Expanding the chemical scope of RNA:methyltransferases to site-specific alkynylation of RNA for click labeling. Nucleic Acids Res. 39, 1943-1952 (1943).
  23. Schulz, D., Holstein, J. M., Rentmeister, A. A chemo-enzymatic approach for site-specific modification of the RNA cap. Angew. Chem. Int. Ed. 52, 7874-7878 (2013).
  24. Peters, W., et al. Enzymatic site-specific functionalization of protein methyltransferase substrates with alkynes for click labeling. Angew. Chem. Int. Ed. 49, 5170-5173 (2010).
  25. Islam, K., Zheng, W., Yu, H., Deng, H., Luo, M. Expanding cofactor repertoire of protein lysine methyltransferase for substrate labeling. ACS Chem. Biol. 6, 679-684 (2011).
  26. Wang, R., Zheng, W., Yu, H., Deng, H., Luo, M. Labeling substrates of protein arginine methyltransferase with engineered enzymes and matched S-adenosyl-l-methionine analogues. J. Am. Chem. Soc. 133, 7648-7651 (2011).
  27. Islam, K., et al. Bioorthogonal profiling of protein methylation using azido derivative of S-adenosyl-l-methionine. J. Am. Chem. Soc. 134, 5909-5915 (2012).
  28. Islam, K., et al. Defining efficient enzyme-cofactor pairs for bioorthogonal profiling of protein methylation. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 110, 16778-16783 (2013).
  29. Binda, O., Boyce, M., Rush, J. S., Palaniappan, K. K., Bertozzi, C. R., Gozani, O. A chemical method for labeling lysine methyltransferase substrates. ChemBioChem. 12, 330-334 (2011).
  30. Willnow, S., Martin, M., Lüscher, B., Weinhold, E. A selenium-based click AdoMet analogue for versatile substrate labeling with wild-type protein methyltransferases. ChemBioChem. 13, 1167-1173 (2012).
  31. Bothwell, I. R., et al. Se-Adenosyl-l-selenomethionine cofactor analogue as a reporter of protein methylation. J. Am. Chem. Soc. 134, 14905-14912 (2012).
  32. Tomkuviene, M., Clouet-d’Orval, B., Cerniauskas, I., Weinhold, E., Klimasauskas, S. Programmable sequence-specific click-labeling of RNA using archaeal box C/D RNP methyltransferases. Nucleic Acids Res. 40, 6765-6773 (2012).
  33. Nishioka, K., et al. Set9, a novel histone H3 methyltransferase that facilitates transcription by precluding histone tail modifications required for heterochromatin formation. Genes Dev. 16, 479-489 (2002).
  34. Clark, P. M., et al. Direct in-gel fluorescence detection and cellular imaging of O-GlcNAc-modified proteins. J. Am. Chem. Soc. 130, (2008).
  35. Lukinavicius, G., Lapinaite, A., Urbanaviciute, G., Gerasimaite, R., Klimasauskas, S. Engineering the DNA cytosine-5 methyltransferase reaction for sequence-specific labeling of DNA. Nucleic Acids Res. 40, 11594-11602 (2012).
  36. Neely, R. K., Dedecker, P., Hotta, J., Urbanaviciute, G., Klimasauskas, S., Hofkens, J. DNA fluorocode: A single molecule, optical map of DNA with nanometre resolution. Chem. Sci. 1, 453-460 (2010).
  37. Roberts, R. J., Vincze, T., Posfai, J., Macelis, D. REBASE-a database for DNA restriction and modification: enzymes, genes and genomes. Nucleic Acids Res. 38, 234-236 (2010).
  38. Petrossian, T. C., Clarke, S. G. Uncovering the human methyltransferasome. Mol. Cell. Proteomics. 10, 1-12 (2011).
  39. Kriukiene, E., et al. DNA unmethylome profiling by covalent capture of CpG sites. Nat. Commun. 4, 2190 (2013).
  40. Wang, R., et al. Profiling genome-wide chromatin methylation with engineered posttranslation apparatus within living cells. J. Am. Chem. Soc. 135, 1048-1056 (2013).
  41. Zhang, C., Weller, R. L., Thorson, J. S., Rajski, S. R. Natural product diversification using a non-natural cofactor analogue of S-adenosyl-l-methionine. J. Am. Chem. Soc. 128, 2760-2761 (2006).
  42. Stecher, H., et al. Biocatalytic Fiedel-Crafts alkylation using non-natural cofactors. Angew. Chem. Int. Ed. 48, 9546-9548 (2009).
  43. Lee, B. W. K., Sun, H. G., Zang, T., Kim, B. J., Alfaro, J. F., Zhou, Z. S. Enzyme-catalyzed transfer of a ketone group from an S-adenosylmethionine analogue: A tool for the functional analysis of methyltransferases. J. Am. Chem. Soc. 132, 3642-3643 (2010).
  44. Winter, J. M., et al. Expanding the structural diversity of polyketides by exploring the cofactor tolerance of an inline methyltransferase domain. Org. Lett. 15, 3774-3777 (2013).
check_url/52014?article_type=t

Play Video

Cite This Article
Hanz, G. M., Jung, B., Giesbertz, A., Juhasz, M., Weinhold, E. Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues. J. Vis. Exp. (93), e52014, doi:10.3791/52014 (2014).

View Video