تحديد كمي على المستوى العالمي لتعديلات ما بعد الترجمة Histone في نموذج زراعة الخلايا 3D للأنسجة الكبدية
Summary
يوضح هذا البروتوكول كيف يمكن استخدام نظام زراعة الخلايا ثلاثي الأبعاد لنمذجة ومعالجة وتحليل تعديلات الكروماتين في حالة شبه فسيولوجية.
Abstract
تعتبر المزارع المسطحة لخلايا الثدييات نهجا يستخدم على نطاق واسع في المختبر لفهم فسيولوجيا الخلية ، ولكن هذا النظام محدود في نمذجة الأنسجة الصلبة بسبب تكاثر الخلايا السريع بشكل غير طبيعي. هذا أمر صعب بشكل خاص عند نمذجة الكروماتين الناضج ، حيث أن الخلايا سريعة التكرار تشارك في كثير من الأحيان في تكرار الحمض النووي ولها مجموعة متعددة الصبغيات غير متجانسة. فيما يلي سير عمل لنمذجة ومعالجة وتحليل تعديلات الكروماتين الهادئة باستخدام نظام زراعة الخلايا ثلاثي الأبعاد (3D). باستخدام هذا البروتوكول ، تزرع خطوط خلايا سرطان الخلايا الكبدية ككرويات 3D قابلة للتكرار في حاضنة توفر انتشارا نشطا للمغذيات وقوى قص منخفضة. أدى العلاج ببوتيرات الصوديوم وسكسينات الصوديوم إلى زيادة في أسيتيلات الهيستون والسكسينيلات، على التوالي. ترتبط الزيادات في مستويات أسيتيلات الهيستون والسكسينيال بحالة كروماتين أكثر انفتاحا. ثم يتم جمع الكرويات لعزل نوى الخلايا، والتي يتم استخراج بروتينات الهيستون منها لتحليل تعديلاتها بعد الانتقالية. يتم إجراء تحليل Histone عبر الكروماتوغرافيا السائلة إلى جانب قياس الطيف الكتلي الترادف عبر الإنترنت ، يليه خط أنابيب حسابي داخلي. وأخيرا ، يتم عرض أمثلة على تمثيل البيانات للتحقيق في تواتر وحدوث علامات الهستون التوافقية.
Introduction
منذ أواخرالقرن 19 ، تم استخدام أنظمة زراعة الخلايا كنموذج لدراسة نمو وتطور الخلايا خارج جسم الإنسان 1,2. كما تم توسيع استخدامها لدراسة كيفية عمل الأنسجة والأعضاء في كل من السياقات الصحية والمريضة 1,3. تنمو الخلايا المعلقة (مثل خلايا الدم) في أطباق بتري أو قوارير بسلاسة وتبادل لأنها لا تتجمع في هياكل ثلاثية الأبعاد (3D) في الجسم الحي. يمكن أن تنمو الخلايا المشتقة من الأعضاء الصلبة إما في أنظمة ثقافة ثنائية الأبعاد (2D) أو 3D. في ثقافة 2D ، تزرع الخلايا في طبقة أحادية تلتصق بسطح مستو 2,4. تتميز أنظمة زراعة الخلايا ثنائية الأبعاد بالنمو الأسي ووقت المضاعفة السريع ، وعادة ما يكون 24 ساعة إلى بضعة أيام5. تنمو الخلايا في أنظمة 3D لتشكيل تفاعلات معقدة بين الخلايا الخلوية ونمذجة التكتلات الشبيهة بالأنسجة بشكل أوثق ، وتتميز بقدرتها على الوصول إلى توازن ديناميكي حيث يمكن أن يصل وقت مضاعفتها إلى 1 شهر أو أكثر5.
تقدم في هذه الورقة منهجية مبتكرة لزراعة كرويات ثلاثية الأبعاد في أنظمة زراعة الخلايا الدوارة التي تحاكي انخفاض الجاذبية6. هذا هو مشتق مبسط من نظام زراعة الخلايا التي قدمتها ناسا في 1990s7. يقلل هذا النهج من قوى القص ، التي تحدث في الطرق الحالية مثل قوارير الغزل ، ويزيد من قابلية التكاثر الكروي6. بالإضافة إلى ذلك ، يزيد المفاعل الحيوي الدوار من انتشار المغذيات النشط ، مما يقلل من تكوين الميت الذي يحدث في أنظمة مثل زراعة الخلايا المتساقطة المعلقة حيث يكون تبادل الوسائط غير عملي6. بهذه الطريقة ، تنمو الخلايا في الغالب دون عائق ، مما يسمح بتكوين الخصائص الهيكلية والفسيولوجية المرتبطة بالخلايا التي تنمو في الأنسجة. خلايا الكبد C3A (HepG2 / C3A) المستزرعة بهذه الطريقة لم يكن لديها عضيات فوق هيكلية فحسب ، بل أنتجت أيضا كميات من ATP و adenylate kinase و urea و cholesterol مماثلة للمستويات التي لوحظت في الجسم الحي 1,2. بالإضافة إلى ذلك ، تظهر الخلايا المزروعة في أنظمة زراعة الخلايا 2D مقابل .3D أنماط مختلفة للتعبير الجيني8. أظهر تحليل التعبير الجيني لخلايا الكبد C3A المزروعة على شكل كرويات ثلاثية الأبعاد أن هذه الخلايا عبرت عن مجموعة واسعة من البروتينات الخاصة بالكبد ، بالإضافة إلى الجينات المشاركة في المسارات الرئيسية التي تنظم وظائف الكبد8. أظهرت المنشورات السابقة الاختلافات بين بروتينات الخلايا التي تنمو بشكل كبير في ثقافة 2D مقابل الخلايا في التوازن الديناميكي في الثقافات الكروية ثلاثية الأبعاد5. وتشمل هذه الاختلافات التمثيل الغذائي الخلوي ، والذي بدوره يؤثر على بنية ووظيفة وفسيولوجيا الخلية5. كان بروتين الخلايا المزروعة في ثقافة 2D أكثر ثراء في البروتينات المشاركة في تكرار الخلايا ، في حين أن بروتينات الكرويات ثلاثية الأبعاد كانت أكثر ثراء في وظائف الكبد5.
معدل النسخ المتماثل الأبطأ للخلايا المزروعة ككرويات 3D نماذج أكثر دقة لظواهر محددة مرتبطة بحالة الكروماتين والتعديلات (على سبيل المثال قص هيستون9). قص هيستون هو تعديل هيستون ما بعد الترجمة (PTM) لا رجعة فيه يسبب انقساما بروتينيا لجزء من ذيل هيستون N-terminal. في حين أن وظيفته البيولوجية لا تزال قيد المناقشة10،11،12،13 ، فمن الواضح أن وجوده في الخلايا الأولية وأنسجة الكبد تم تصميمه بواسطة خلايا HepG2 / C3A التي تنمو كروية ، ولكن ليس كخلايا مسطحة9. هذا أمر بالغ الأهمية ، حيث أن حالة الكروماتين والتعديلات تنظم قراءة الحمض النووي في الغالب عن طريق تعديل إمكانية الوصول إلى الجينات وبالتالي التعبير عنها14. تؤثر PTMs الهيستون إما على حالة الكروماتين بشكل مباشر من خلال التأثير على الشحنة الصافية للنيوكليوسومات حيث يتم تجميع الهيستونات ، أو بشكل غير مباشر عن طريق تجنيد كتاب الكروماتين والقراء والممحاة14. تم تحديد المئات من PTMs هيستون حتى الآن15 ، مما يعزز الفرضية القائلة بأن الكروماتين يستضيف “رمز هيستون” تستخدمه الخلية لتفسير الحمض النووي16. ومع ذلك ، فإن تحديد عدد لا يحصى من مجموعات PTM15 ، واكتشاف أن مجموعات من PTMs هيستون غالبا ما يكون لها وظائف بيولوجية مختلفة عن PTMs الموجودة في عزلة (مثل Fischle ، et al.17) ، يسلط الضوء على أن هناك حاجة إلى مزيد من العمل لفك تشفير “شفرة هيستون”.
في الوقت الحالي ، يعتمد تحليل PTM للهيستون إما على تقنيات تستخدم الأجسام المضادة (على سبيل المثال ، البقع الغربية ، أو التألق المناعي ، أو الترسيب المناعي للكروماتين متبوعا بالتسلسل [ChIP-seq]) أو قياس الطيف الكتلي (MS). تتمتع التقنيات القائمة على الأجسام المضادة بحساسية عالية ويمكن أن توفر معلومات مفصلة حول توطين علامات الهستون على نطاق الجينوم ولكنها غالبا ما تكون محدودة في دراسة PTMs النادرة أو PTMs الموجودة في مجموعات18،19،20. التصلب المتعدد هو أكثر ملاءمة لتحديد وقياس تعديلات البروتين المفردة والمتعايشة ذات الإنتاجية العالية وغير المتحيزة ، وخاصة بروتينات الهيستون18،19،20. لهذه الأسباب ، قام هذا المختبرات والعديد من المختبرات الأخرى بتحسين خط أنابيب MS لتحليل ببتيدات الهيستون (MS من أسفل إلى أعلى) ، وذيول الهيستون السليمة (MS من منتصف إلى أسفل) ، وبروتينات الهيستون كاملة الطول (MS من أعلى إلى أسفل) 21،22،23.
فيما يلي سير عمل لزراعة الكرويات HepG2 / C3A وإعدادها لتحليل ببتيد الهيستون (MS من أسفل إلى أعلى) عبر كروماتوغرافيا نانو سائلة ، مقترنة عبر الإنترنت بقياس الطيف الكتلي الترادف (NLC-MS / MS). نمت زراعة خلايا ثنائية الأبعاد وتم حصاد الخلايا ونقلها إلى مفاعل حيوي حيث ستبدأ في تكوين كرويات (الشكل 1). بعد 18 يوما في الثقافة، عولجت الكرويات ببوتيرات الصوديوم أو سكسينات الصوديوم لزيادة الوفرة النسبية لأسيتيلات الهيستون والسكسينيلات. والجدير بالذكر أن الثقافات 3D يمكن معالجتها بالمركبات السامة للوراثة تماما وكذلك نظيراتها من الثقافة المسطحة. في الواقع ، تسلط المنشورات الحديثة الضوء على أن استجابة علم السموم للخلايا في ثقافة 3D تشبه الأنسجة الأولية أكثر من تلك الموجودة في الثقافة المسطحة ثنائية الأبعاد24,25. ثم تم جمع الخلايا في نقاط زمنية محددة وتم إجراء العزل النووي. ثم تم استخراج الهيستونات واشتقاقها بأنهيدريد البروبيونيك قبل وبعد هضم التربسين وفقا لبروتوكول طوره غارسيا وآخرون لأول مرة.26. يولد هذا الإجراء ببتيدات ذات حجم مناسب للفصل عبر الإنترنت باستخدام كروماتوغرافيا الطور المعكوس (C18) والكشف عنها باستخدام MS. وأخيرا، تم تحديد ببتيدات الهيستون وتحديدها كميا، وتم تمثيل البيانات التي تم إنشاؤها بطرق متعددة من أجل تفسير بيولوجي أكثر اكتمالا.
Protocol
Representative Results
Discussion
يختلف تحليل PTMs الهيستون اختلافا جوهريا عن خط أنابيب تحليل البروتينات النموذجي. معظم PTMs هيستون لا يزال لها وظائف بيولوجية غامضة. ونتيجة لذلك، لا تتوفر التعليقات التوضيحية مثل أنطولوجيا الجينات أو قواعد بيانات المسارات. توجد العديد من الموارد التي تربط تعديلات الهيستون بالإنزيم المسؤول ع?…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
يعترف مختبر Sidoli بامتنان بمؤسسة أبحاث سرطان الدم (منحة Hollis Brownstein New Investigator Research Grant) ، و AFAR (جائزة Sagol Network GerOmics) ، و Deerfield (جائزة Xseed ) ، و Relay Therapeutics ، و Merck ، ومكتب مدير المعاهد الوطنية للصحة (1S10OD030286-01).
Materials
| 0.05% trypsin-EDTA solution | Gibco | 25300054 | |
| 0.5-20 µL pipet tips | BRAND | 13-889-172 (Fisher Scientific) | |
| 1.5 mL microcentrifuge tubes | Bio-Rad | 2239480 | |
| 10 µL multi-channel pipette | BRAND | BR7059000 (Millipore Sigma) | |
| 10 mL syringe | Henke Sass Wolf | 14-817-31 (Fisher Scientific) | Luer lock tip, graduated to 12 mL |
| 10, 20, 200, and 1000 µL single-channel pipettes | Eppendorf | 14-285-904 (Fisher Scientific) | |
| 1000 µL pipet tips | Rainin | 30389164 | |
| 18 G syringe needle | Air-Tite | 14-817-100 (Fisher Scientific) | 3" length, 0.05" diameter |
| 200 µL multi-channel pipette | Corning | 4082 | |
| 2-200 µL pipet tips | BRAND | Z740118 (Millipore Sigma) | |
| 24-well ultra-low attachment microplate | Corning | 07-200-602 | |
| 75 cm2 U-shaped cell culture flask | Corning | 461464U | Untreated, with vent cap |
| 96-well skirted plate | Axygen | PCR-96-FS-C (Corning) | |
| Acetone | Fisher Scientific | A949-1 | Acetone should be used cold |
| Ammonium bicarbonate (NH4HCO3) | Sigma-Aldrich | A6141-25G | |
| Ammonium hydroxide solution | Fisher Scientific | AC423300250 | |
| Cell culture grade water | Corning | 25-055-CV | |
| ClinoReactor | CelVivo | 10004-12 | Bioreactor for 3D cell culture |
| ClinoStar | CelVivo | N/A | Clinostat CO2 incubator for 3D cell culture |
| Control unit | CelVivo | N/A | Tablet for ClinoStar settings |
| Dulbecco's Modified Eagle's Medium (DMEM) | Corning | 17-205-CV | 1X solution with 4.5 g/L glucose and sodium pyruvate, without L-glutamine and phenol red |
| Fetal bovine serum (FBS) | Corning | 35-010-CV | |
| Formic acid | Thermo Scientific | 28905 | |
| Fume hood | Mott | N/A | Model 7121000 |
| Glass Pasteur pipette | Fisher Scientific | 13-678-8B | 9", cotton-plugged, borosilicate glass, non-sterile |
| Glutagro supplement | Corning | 25-015-CI | 200 mM L-ananyl-L-glutamine |
| Hank’s Balanced Salt Solution (HBSS) | Corning | 21-022-CV | 1X solution without calcium, magnesium, and phenol red |
| HPLC grade acetonitrile | Fisher Scientific | A955-4 | |
| HPLC grade water | Fisher Scientific | W6-1 | |
| Hydrochloric acid (HCl) | Fisher Scientific | A481-212 | |
| Ice | N/A | N/A | |
| MEM non-essential amino acids | Corning | 25-025-CI | 100X solution |
| Oasis HLB resin | Waters | 186007549 | Hydrophilic-Lipophilic-Balanced (HLB) Resin with 30µm particle size |
| Orbitrap Fusion Lumos Tribrid mass spectrometer | Thermo Fisher Scientific | IQLAAEGAAPFADBMBHQ | High resolution mass spectrometer |
| Oro-Flex I polypropylene filter plate | Orochem | OF1100 | 96-well polypropylene filter plate w/ 10 µM PE frit |
| Penicillin-Streptomycin | Corning | 30-002-CI | 100X solution |
| pH paper | Hydrion | Z111848 (Sigma-Aldrich) | 0-13 pH test paper |
| Pipette gun | Eppendorf | Z666467 (Millipore Sigma) | |
| Polymicro capillary | Molex | 50-110-7740 (Fisher Scientific) | Flexible fused silica capillary tubing with polymide coating, 75 µM ID x 363 µM OD |
| Polystyrene 10 mL serological pipets, sterile | Fisher Scientific | 1367549 | |
| Propionic anhydride | Sigma-Aldrich | 240311-50G | |
| Refrigerated centrifuge | Thermo Scientific | 75-217-420 | |
| Reprosil-Pur resin | MSWIL | R13.AQ.0003 | 120 Å pore size, C18-AQ phase, 3 µM bead size |
| Rotator | Clay Adams | 25477 (American Laboratory Trading) | Nutator Mixer 1105 |
| Sequencing grade modified trypsin | Promega | V5111 | |
| Sodium butyrate | Thermo Scientific | A11079 | |
| Sodium succinate dibasic | Sigma-Aldrich | 14160-100G | |
| SpeedVac vacuum concentrator (1.5 mL microcentrifuge tubes) | Savant | 20249 (American Laboratory Trading) | |
| SpeedVac vacuum concentrator (96-well) | Thermo Scientific | 15308325 | Savant SPD1010 |
| Sterile hood | Thermo Scientific | 1375 | Class II, Type A2 |
| Sulfuric acid (H2SO4) | Fisher Scientific | 02-004-375 | Baker Analyzed ACS reagent |
| Tissue-culture treated 100 mm x 20 mm dish | Fisher Scientific | 08-772-23 | |
| Trichloroacetic acid (TCA) | Thermo Scientific | AC421451000 | Resuspend 100% w/v in HPLC grade water |
| Trifluoroacetic acid (TFA) | Fisher Scientific | PI28904 | Sequencing grade |
| Vacuum manifold 96-well | Millipore | MAVM0960R | |
| Vortex | Sigma-Aldrich | Z258415 | |
| Water bath | Fisher Scientific | FSGPD10 | |
| Wide bore pipet tips 1000 µL | Axygen | 14-222-703 (Fisher Scientific) | |
| Wide bore pipet tips 200 µL | Axygen | 14-222-730 (Fisher Scientific) |
References
- Kapalczynska, M., et al. 2D and 3D cell cultures – a comparison of different types of cancer cell cultures. Archives of Medical Science. 14 (4), 910-919 (2018).
- Breslin, S., O’Driscoll, L. Three-dimensional cell culture: the missing link in drug discovery. Drug Discovery Today. 18 (5-6), 240-249 (2013).
- Kim, J. B. Three-dimensional tissue culture models in cancer biology. Seminars in Cancer Biology. 15 (5), 365-377 (2005).
- Duval, K., et al. Modeling physiological events in 2D vs. 3D cell culture. Physiology (Bethesda). 32 (4), 266-277 (2017).
- Wrzesinski, K., et al. The cultural divide: exponential growth in classical 2D and metabolic equilibrium in 3D environments. PLoS One. 9 (9), 106973 (2014).
- Wrzesinski, K., Fey, S. J. Metabolic reprogramming and the recovery of physiological functionality in 3D cultures in micro-bioreactors. Bioengineering (Basel). 5 (1), 22 (2018).
- Gonda, S. R., et al. Three-dimensional transgenic cell model to quantify genotoxic effects of space environment. Advances in Space Research. 27 (2), 421-430 (2001).
- Yamada, K. M., Cukierman, E. Modeling tissue morphogenesis and cancer in 3D. Cell. 130 (4), 601-610 (2007).
- Tvardovskiy, A., et al. Top-down and middle-down protein analysis reveals that intact and clipped human histones differ in post-translational modification patterns. Molecular and Cellular Proteomics. 14 (12), 3142-3153 (2015).
- Azad, G. K., et al. Modifying chromatin by histone tail clipping. Journal of Molecular Biology. 430 (18), 3051-3067 (2018).
- Kragesteen, B. K., Amit, I. Heads or tails: histone tail clipping regulates macrophage activity. Nature Immunology. 22 (6), 678-680 (2021).
- Dhaenens, M. Histone clipping: the punctuation in the histone code. EMBO Reports. 22 (8), 53440 (2021).
- Anderson, L. C., et al. Analyses of histone proteoforms using front-end electron transfer dissociation-enabled orbitrap instruments. Molecular and Cellular Proteomics. 15 (3), 975-988 (2016).
- Morgan, M. A. J., Shilatifard, A. Reevaluating the roles of histone-modifying enzymes and their associated chromatin modifications in transcriptional regulation. Nature Genetics. 52 (12), 1271-1281 (2020).
- Chan, J. C., Maze, I. Nothing is yet set in (hi)stone: novel post-translational modifications regulating chromatin function. Trends in Biochemical Sciences. 45 (10), 829-844 (2020).
- Jenuwein, T., Allis, C. D. Translating the histone code. Science. 293 (5532), 1074-1080 (2001).
- Fischle, W., et al. Molecular basis for the discrimination of repressive methyl-lysine marks in histone H3 by Polycomb and HP1 chromodomains. Genes and Development. 17 (15), 1870-1881 (2003).
- Onder, O., et al. Progress in epigenetic histone modification analysis by mass spectrometry for clinical investigations. Expert Review of Proteomics. 12 (5), 499-517 (2015).
- Sidoli, S., Cheng, L., Jensen, O. N. Proteomics in chromatin biology and epigenetics: Elucidation of post-translational modifications of histone proteins by mass spectrometry. Journal of Proteomics. 75 (12), 3419-3433 (2012).
- Egelhofer, T. A., et al. An assessment of histone-modification antibody quality. Nature Structural and Molecular Biology. 18 (1), 91-93 (2011).
- Moradian, A., et al. The top-down, middle-down, and bottom-up mass spectrometry approaches for characterization of histone variants and their post-translational modifications. Proteomics. 14 (4-5), 489-497 (2014).
- Zheng, Y., Huang, X., Kelleher, N. L. Epiproteomics: quantitative analysis of histone marks and codes by mass spectrometry. Current Opinion in Chemical Biology. 33, 142-150 (2016).
- Sidoli, S., Garcia, B. A. Middle-down proteomics: a still unexploited resource for chromatin biology. Expert Review of Proteomics. 14 (7), 617-626 (2017).
- Stampar, M., et al. Hepatocellular carcinoma (HepG2/C3A) cell-based 3D model for genotoxicity testing of chemicals. Science of the Total Environment. 755, 143255 (2021).
- Calitz, C., et al. Toxicity and anti-prolific properties of Xysmalobium undulatum water extract during short-term exposure to two-dimensional and three-dimensional spheroid cell cultures. Toxicology Mechanisms and Methods. 28 (9), 641-652 (2018).
- Garcia, B. A., et al. Chemical derivatization of histones for facilitated analysis by mass spectrometry. Nature Protocols. 2 (4), 933-938 (2007).
- Sidoli, S., et al. Sequential window acquisition of all theoretical mass spectra (SWATH) analysis for characterization and quantification of histone post-translational modifications. Molecular and Cellular Proteomics. 14 (9), 2420-2428 (2015).
- Sidoli, S., et al. Low resolution data-independent acquisition in an LTQ-orbitrap allows for simplified and fully untargeted analysis of histone modifications. Analytical Chemistry. 87 (22), 11448-11454 (2015).
- Karch, K. R., Sidoli, S., Garcia, B. A. Identification and quantification of histone PTMs using high-resolution mass spectrometry. Methods in Enzymology. 574, 3-29 (2016).
- Yuan, Z. F., et al. EpiProfile quantifies histone peptides with modifications by extracting retention time and intensity in high-resolution mass spectra. Molecular and Cellular Proteomics. 14 (6), 1696-1707 (2015).
- Yuan, Z. F., et al. EpiProfile 2.0: a computational platform for processing epi-proteomics mass spectrometry data. Journal of Proteome Research. 17 (7), 2533-2541 (2018).
- MacLean, B., et al. Skyline: an open source document editor for creating and analyzing targeted proteomics experiments. Bioinformatics. 26 (7), 966-968 (2010).
- Pino, L. K., et al. The Skyline ecosystem: Informatics for quantitative mass spectrometry proteomics. Mass Spectrometry Reviews. 39 (3), 229-244 (2020).
- Aguilan, J. T., Kulej, K., Sidoli, S. Guide for protein fold change and p-value calculation for non-experts in proteomics. Molecular Omics. 16 (6), 573-582 (2020).
- Lex, A., et al. UpSet: Visualization of intersecting sets. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 20 (12), 1983-1992 (2014).
- Shah, S. G., et al. HISTome2: a database of histone proteins, modifiers for multiple organisms and epidrugs. Epigenetics and Chromatin. 13 (1), 31 (2020).
- Xie, Z., et al. Lysine succinylation and lysine malonylation in histones. Molecular and Cellular Proteomics. 11 (5), 100-107 (2012).
- Liu, J., et al. Histone succinylation and its function on the nucleosome. Journal of Cellular and Molecular Medicine. 25 (15), 7101-7109 (2021).
- Howe, F. S., et al. Is H3K4me3 instructive for transcription activation. Bioessays. 39 (1), 1-12 (2017).
- Nicetto, D., Zaret, K. S. Role of H3K9me3 heterochromatin in cell identity establishment and maintenance. Current Opinion in Genetics and Development. 55, 1-10 (2019).
- Wojcik, J. B., et al. Histone H3K27 dimethyl loss is highly specific for malignant peripheral nerve sheath tumor and distinguishes true PRC2 loss from isolated H3K27 trimethyl loss. Modern Pathology. 32 (10), 1434-1446 (2019).
- Sellers, W. R., et al. Next-generation characterization of the cancer cell line encyclopedia. Nature. 569 (7757), 503-508 (2019).
- Zhang, D., et al. Metabolic regulation of gene expression by histone lactylation. Nature. 574 (7779), 575-580 (2019).
- Farrelly, L. A., et al. Histone serotonylation is a permissive modification that enhances TFIID binding to H3K4me3. Nature. 567 (7749), 535-539 (2019).
- Chen, Q., et al. ADP-ribosylation of histone variant H2AX promotes base excision repair. The EMBO Journal. 40 (2), 104542 (2021).
- Zheng, Q., et al. Reversible histone glycation is associated with disease-related changes in chromatin architecture. Nature Communications. 10 (1), 1289 (2019).
