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Uma plataforma integrada para o mapeamento do genoma-larga de Estados da cromatina usando ChIP de alta produtividade-sequenciamento em tecidos de Tumor
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JoVE Journal Cancer Research
An Integrated Platform for Genome-wide Mapping of Chromatin States Using High-throughput ChIP-sequencing in Tumor Tissues

Uma plataforma integrada para o mapeamento do genoma-larga de Estados da cromatina usando ChIP de alta produtividade-sequenciamento em tecidos de Tumor

DOI:
10.3791/56972-v

•

10:41 min

•

April 05, 2018

•

, , , , , , ,
1Department of Genomic Medicine,University of Texas MD Anderson Cancer Center, 2The Jackson Laboratory for Genomic Medicine

Chapters

  • 00:04Title
  • 00:31Tissue/Cell Line Processing and Cross-linking
  • 01:57Tissue Lysis, Sonication, and Antibody Preparation
  • 02:52Chromatin Immunoprecipitation
  • 03:40Washing and Reverse Cross-linking of Immunoprecipitated DNA-protein Complexes
  • 04:43Purification and Quantification of Precipitated DNA
  • 06:00Library Generation Using the NEBNext Ultra II DNA Library Preparation Kit
  • 07:53Results: Immunoprecipitation of Tumor Tissues and Cells Using High-throughput ChIP-sequencing
  • 09:23Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Aqui, descrevemos um protocolo de ChIP-sequenciamento da elevado-produção otimizado e pipeline de análises computacionais para a determinação de padrões de estado todo o genoma da cromatina de tecidos de tumor congelado e linhas celulares.

Tags

Chromatin StatesChIP-sequencingCancer EpigeneticsHistone ModificationsChromatin FragmentsHistone AntibodiesProtein G Magnetic BeadsChIP Dilution Buffer

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