Journal
/
Biology
/
Een bioinformaticapijplijn voor het onderzoeken van moleculaire evolutie en genexpressie met behulp van RNA-seq
JoVE Journal
Biology
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Biology
A Bioinformatics Pipeline for Investigating Molecular Evolution and Gene Expression using RNA-seq
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Een bioinformaticapijplijn voor het onderzoeken van moleculaire evolutie en genexpressie met behulp van RNA-seq

DOI:
10.3791/61633-v

•

07:09 min

•

May 28, 2021

•

,
1Department of Developmental and Cell Biology,University of California, Irvine

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:44Obtain RNA-seq Reads and Reference Assembly
  • 01:57Identify Genes of Interest
  • 03:32Phylogenetic Trees
  • 04:21Results: Opsin Genes in Hydra vulgaris
  • 06:20Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Het doel van dit protocol is om de evolutie en expressie van kandidaatgenen te onderzoeken met behulp van RNA-sequencinggegevens.

Tags

Keywords: Bioinformatics PipelineMolecular EvolutionGene ExpressionRNA-seqSRA ToolkitNCBIFASTQReference GenomeGTFFASTAGene MappingGene ExpressionBLASTHomologous GenesGene AnnotationMEGA

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

check_url/61633?article_type=v

Moleculaire evolutie van de Tre recombinase
check_url/61633?article_type=v

De vervaardiging van primaire hematopoietische cellen culturen uit Murine Bone Marrow voor Elektroporatie
check_url/61633?article_type=v

Met behulp van de Gene Puiser MXcell Elektroporatie systeem om primaire cellen transfecteren met een hoog rendement
check_url/61633?article_type=v

Met behulp van een geautomatiseerde cel Counter aan Gene Expression Studies Vereenvoudigen: siRNA Knockdown van IL-4 Afhankelijk van genexpressie in cellen Namalwa
check_url/61633?article_type=v

Paraffine ingebedde en vriescoupes van Drosophila Adult Spieren
check_url/61633?article_type=v

In vitro reconstitutie van de Active T. castaneum Telomerase
check_url/61633?article_type=v

Een protocol voor Computer-Based Protein Structure en functie Voorspelling
check_url/61633?article_type=v

Analyse van Global RNA synthese in de Single Cell Level volgende Hypoxie
check_url/61633?article_type=v

Meting van Metabolic Rate in<em> Drosophila</em> Gebruik respirometrietest
check_url/61633?article_type=v

Een experimentele en Bioinformatica Protocol voor RNA-seq Analyses van Fotoperiodische diapause in de Aziatische tijgermug,<em> Aedes albopictus</em

Read Article