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RNA-seqを用いた分子進化と遺伝子発現を探るバイオインフォマティクスのパイプライン

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Biology

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A Bioinformatics Pipeline for Investigating Molecular Evolution and Gene Expression using RNA-seq

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RNA-seqを用いた分子進化と遺伝子発現を探るバイオインフォマティクスのパイプライン

DOI:

10.3791/61633-v

•

07:09 min

•

May 28, 2021

•

Aide Macias-Muñoz, Ali Mortazavi

¹Department of Developmental and Cell Biology,University of California, Irvine

Chapters

00:04Introduction
00:44Obtain RNA-seq Reads and Reference Assembly
01:57Identify Genes of Interest
03:32Phylogenetic Trees
04:21Results: Opsin Genes in Hydra vulgaris
06:20Conclusion

Summary

Automatic Translation

このプロトコルの目的は、RNAシーケンシングデータを用いて候補遺伝子の進化と発現を調べるものです。

Tags

Keywords: Bioinformatics Pipeline Molecular Evolution Gene Expression RNA-seq SRA Toolkit NCBI FASTQ Reference Genome GTF FASTA Gene Mapping Gene Expression BLAST Homologous Genes Gene Annotation MEGA

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