Journal
/
Biology
/
Биоинформатический конвейер для исследования молекулярной эволюции и экспрессии генов с использованием RNA-seq
JoVE Journal
Biology
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Biology
A Bioinformatics Pipeline for Investigating Molecular Evolution and Gene Expression using RNA-seq
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Биоинформатический конвейер для исследования молекулярной эволюции и экспрессии генов с использованием RNA-seq

DOI:
10.3791/61633-v

•

07:09 min

•

May 28, 2021

•

,
1Department of Developmental and Cell Biology,University of California, Irvine

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:44Obtain RNA-seq Reads and Reference Assembly
  • 01:57Identify Genes of Interest
  • 03:32Phylogenetic Trees
  • 04:21Results: Opsin Genes in Hydra vulgaris
  • 06:20Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Целью этого протокола является исследование эволюции и экспрессии генов-кандидатов с использованием данных секвенирования РНК.

Tags

Keywords: Bioinformatics PipelineMolecular EvolutionGene ExpressionRNA-seqSRA ToolkitNCBIFASTQReference GenomeGTFFASTAGene MappingGene ExpressionBLASTHomologous GenesGene AnnotationMEGA

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

check_url/61633?article_type=v

Молекулярная эволюция Tre рекомбиназы
check_url/61633?article_type=v

Подготовка первичных гемопоэтических клеточных культур из костного мозга мышей для Электропорация
check_url/61633?article_type=v

Использование генной Pulser MXcell Электропорация системы для трансфекции первичных элементов с высоким КПД
check_url/61633?article_type=v

Использование автоматизированных счетчиков сотовый для упрощения исследования экспрессии генов: миРНК Нокдаун ИЛ-4 зависимости экспрессии генов в клетках Namalwa
check_url/61633?article_type=v

Парафин и замороженные Разделы Drosophila Мышцы взрослых
check_url/61633?article_type=v

В пробирке восстановление активность Т. castaneum Теломераза
check_url/61633?article_type=v

Протокол для компьютерных Структура белка и функции прогнозирования
check_url/61633?article_type=v

Анализ глобальной РНК синтеза на уровне одной клетки следующем Гипоксия
check_url/61633?article_type=v

Измерение скорости обмена веществ в<em> Дрозофилы</em> С помощью респирометрии
check_url/61633?article_type=v

Экспериментальные и биоинформатика Протокол Секвенирование РНК Анализы ФОТОПЕРИОДИЧЕСКИХ диапаузы в Азиатско тигровый комар,<em> Кусака бело-пёстрый</em

Read Article