Journal
/
Biology
/
En bioinformatikpipeline för att undersöka molekylär evolution och genuttryck med RNA-seq
JoVE Journal
Biology
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Biology
A Bioinformatics Pipeline for Investigating Molecular Evolution and Gene Expression using RNA-seq
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

En bioinformatikpipeline för att undersöka molekylär evolution och genuttryck med RNA-seq

DOI:
10.3791/61633-v

•

07:09 min

•

May 28, 2021

•

,
1Department of Developmental and Cell Biology,University of California, Irvine

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:44Obtain RNA-seq Reads and Reference Assembly
  • 01:57Identify Genes of Interest
  • 03:32Phylogenetic Trees
  • 04:21Results: Opsin Genes in Hydra vulgaris
  • 06:20Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Syftet med detta protokoll är att undersöka utvecklingen och uttrycket av kandidatgener med hjälp av RNA-sekvenseringsdata.

Tags

Keywords: Bioinformatics PipelineMolecular EvolutionGene ExpressionRNA-seqSRA ToolkitNCBIFASTQReference GenomeGTFFASTAGene MappingGene ExpressionBLASTHomologous GenesGene AnnotationMEGA

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

check_url/61633?article_type=v

Molekylär evolution av Tre Recombinase
check_url/61633?article_type=v

Beredningen av primära hematopoietisk cell kulturer från Murine Bone Marrow för elektroporation
check_url/61633?article_type=v

Använda Gene Pulser MXcell elektroporation System till transfektera primärceller med hög verkningsgrad
check_url/61633?article_type=v

Hjälp av ett automatiserat celltalsräknare att förenkla Studier Gene Expression: siRNA Knockdown av IL-4 beroende genuttryck i Namalwa Cells
check_url/61633?article_type=v

Paraffininbäddade och frysta snitt av Drosophila Vuxen Muskler
check_url/61633?article_type=v

In vitro Beredning av Active T. castaneum Telomeras
check_url/61633?article_type=v

Ett protokoll för datorbaserad proteiners struktur och funktion förutsägelse
check_url/61633?article_type=v

Analys av global RNA syntes vid den inre cellnivå efter Hypoxi
check_url/61633?article_type=v

Mätning av ämnesomsättning i<em> Drosophila</em> Med respiration
check_url/61633?article_type=v

En experimentell och bioinformatik Protokoll för RNA-seq Analyser av fotoperiodisk diapaus i den asiatiska tigern Mosquito,<em> Asiatisk tigermygga</em

Read Article