Waiting
Traitement de la connexion…

Trial ends in Request Full Access Tell Your Colleague About Jove
Click here for the English version

Biochemistry

改进的小鼠骨骼肌染色质沉淀的协议

Published: November 6, 2017 doi: 10.3791/56504

Summary

本文介绍了一种新的制备成年小鼠骨骼肌染色质的方法, 该方法适合于用染色质沉淀研究肌纤维的基因调控。

Abstract

我们描述了一个有效的和可复制的协议, 从成年小鼠骨骼肌的染色质制备, 一个具有高含量结构蛋白的身体抗性组织。从成年小鼠身上解剖肢体肌肉被机械化, 或切碎和 douncing 的组合, 在低渗缓冲液中, 在甲醛固定的细胞裂解。固定核通过机械化或 douncing 的进一步循环纯化, 并连续过滤去除细胞碎片。纯化后的核可以立即声或在冷冻后的后期进行。染色质可以有效地声, 适用于染色质沉淀实验, 如为转录因子、RNA 聚合酶 II 和共价键组蛋白修饰所获得的剖面所示。使用本协议所制备的染色质检测到的绑定事件主要是在肌纤维核中发生的, 尽管其他纤维相关的卫星和内皮细胞存在染色质。因此, 本议定书适用于研究成年小鼠骨骼肌的基因调控。

Introduction

染色质沉淀 (芯片) 结合定量聚合酶链反应 (qPCR) 和高通量测序 (芯片序列) 已成为选择的方法研究转录和表观遗传调控的基因表达在各种组织和单元格类型1。这项技术允许基因组范围内共价染色质修饰, 蛋白的变体占用, 和转录因子绑定2,3

虽然从培养细胞中执行芯片是很好的建立, 从哺乳动物组织芯片仍然是更具挑战性。为芯片准备染色质涉及几个关键步骤, 需要优化每一个组织和细胞类型。染色质可以从细胞裂解培养细胞或在其细胞核纯化后制备。在哺乳动物组织的情况下, 有效的裂解, 甲醛固定和纯化的细胞核是至关重要的, 以确保最佳的恢复染色质。此外, 选择是否修复核之前或之后, 他们的纯化必须实验确定。尽管有这些障碍, 芯片已成功地从组织, 如肝脏, 睾丸, 或大脑4,5,6。在骨骼肌肉的情况下, 破坏这种身体上的抗性组织, 它表现出高含量的结构蛋白, 和孤立的细胞核是特别具有挑战性的。鉴于这种特异性, 为其他组织优化的协议不会给骨骼肌肉带来令人满意的结果。

在这里, 我们描述了一个协议, 隔离芯片级染色质从小鼠骨骼肌组织, 包括物理扰乱组织, 甲醛固定, 然后分离细胞核和超声。通过对各种转录因子、RNA 聚合酶 II 和共价组蛋白修饰的芯片 qPCR 和芯片序列进行了研究, 证明了该方法制备适合于该组织芯片的染色质的效率7

这种新的技术比以前报告的协议8要快得多, 包括长时间胶原酶消化步骤, 在此期间, 转录因子基因组本地化的变化和基因表达的改变可能会发生。原子核被隔绝和固定的快速, 使这里描述的方法特别有吸引力准备染色质更加忠实地捕获本机基因组占有状态。此外, 虽然其他方法的染色质分离或蛋白质提取从肌肉组织已被描述8,9,10 , 并用于芯片 qPCR 实验选定的基因, 没有芯片 seq已报告使用这些数据。所报告的方法适用于转录因子和组蛋白修饰芯片序列, 因此也应适用于 3/4 c 或细胞核染色质构象捕获应用。

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Protocol

根据国家动物保育指导方针 (欧洲委员会指令 86/609/中欧和东欧), 按照有关实验室动物的护理和使用的机构准则, 对老鼠进行了保存;法国法令 87-848)。所有程序均由法国国家伦理委员会批准.

1. 肌肉组织的分离

  1. 由颈椎脱位牺牲一成人6至8周大鼠。Sterlise 用70% 乙醇冲洗四肢, 用细点剪刀和镊子解剖后肢肌肉 (腓肠肌、胫骨前、四头肌).
    注意: 一只老鼠应该产生大约500毫克的组织.
  2. 将2毫升测试管中的肌肉剁碎, 其中含有1毫升的 ice-cold 低渗缓冲液, 以均匀制备小 (#60; 2-3 mm 3 ) 件使用细剪刀和离开管晃动在一个板凳顶部搅拌器在4和 #176; C 为 5-10 min.

2。组织裂解

注意: 对于所有的缓冲区组合, 请参阅 表 1

  1. 将匀浆转移到14毫升的圆底管和重5毫升的冷低渗缓冲液 (无 EDTA 蛋白酶抑制剂鸡尾酒和 PMSF).
    1. 使用松散的 dounce (3 分钟内 20-30 冲程) 或机械组织均质体在 15-三十年代的圆底14毫升管中必须碎肌肉组织.
      注: 在这个阶段, 可以通过光显微镜对裂解的效率进行评估, 如果需要, 还可以进行额外的干扰.
  2. 使用冷低渗缓冲将匀浆转移到15毫升管和填充体积到10毫升。在继续下一只鼠标之前, 按照下面的描述修复匀浆.

3。固定

  1. 将甲醛添加到1% 的最终浓度, 并在室温下摇动10分钟.
  2. 在每管中加入甘氨酸最终浓度为0.125 米, 以停止固定和摇动 #160; 5-10 分钟室温.

4。核准备工作

注意: 请参阅 表 1 中的所有缓冲区组合。

  1. 使用松散的 dounce (5-10 笔画) 必须固定的裂解产物.
    1. 传输到15毫升管和离心机在 1000 x g 5 分钟, 在4和 #176; C 获得细胞核和细胞碎片.
  2. 在新鲜的5毫升低渗缓冲器中移除上清和重颗粒。通过70和 #181 将裂解液过滤到50毫升的管中。重新过滤滤液通过40和 #181; m 细胞过滤器.
  3. 将滤液转移到15毫升管和离心机在 1000 x g 5 分钟, 在4和 #176; C 以获得核颗粒.
    注: 在这个阶段, 原子核可以立即声, 或在液氮中以干球的形式被冻结, 并储存在-80 和 #176; C.

5。超声

  1. 评估核颗粒的体积 (大约50和 #181; L 为机械和 dounce 化) 和重它在超声缓冲3到4倍包装的核容量和几种为 10-15 min 在4和 #176; C 使用 sonicator.
    注: 染色质可按以下描述立即分析 (6) 或冷冻保存在-80 和 #176; C.

6。评估超声的染色质碎片大小

注意: 请参阅 表 1 中的所有缓冲区组合。

  1. de-crosslink, 取30和 #181; 1.5 毫升试管中的染色质, 并添加20和 #181; l 5 M 氯化钠。完成卷到500和 #181; L 和孵育在65和 #176; C 过夜.
    1. 第二天, 使用1和 #181 进行处理; l 蛋白酶 K (20 毫克/毫升), 10 和 #181; l 2 米, pH 6.8, 10 和 #181; 0.5 米 EDTA 为1小时, 在42和 #176; c. 执行苯酚-氯仿/氯仿萃取, 并沉淀的 DNA 1 量的 acetat 钠e (3 M) 和2容量100% 乙醇为一 h 在-80 和 #176; c 或隔夜在-20 和 #176; c.
  2. 通过离心在 13500 x g 上进行15分钟的醒酒, 用冷70% 乙醇将颗粒彻底洗净, 再离心5分钟醒酒上清液并风干颗粒.
  3. 重原始卷 (30 和 #181; L) 中的颗粒。在 260 nm/280 纳米的光度法测定分光光度计中的 DNA 浓度。吸管 500-1000 ng dna 与 dna 大小梯在单独的车道上的1.5% 琼脂糖凝胶和执行电泳评估的片段大小染色质.
    注意: 碎片大小应介于 200-500 碱基对之间, 并且不应有可检测到的高分子量片段对应于或不完整的 DNA。如果需要, 染色质溶液 (步骤 5) 可以 re-sonicated 较长时间, 然后重新如上所述, 直到获得最佳尺寸.

7。染色质沉淀 (芯片)

注意: 请参阅 表 1 中的所有缓冲区组合。

  1. 在乙醇中通过 aliquoting 1 毫升的50% 浆块将蛋白 G 琼脂珠阻止。在台式离心机中离心 400 x g, 用1毫升的 TE 缓冲离心机在 400 x 克上进行颗粒化, 然后重复洗涤.
    1. 在第二次离心后, re-suspend 在1毫升的芯片稀释缓冲器中, 25 和 #181; BSA (库存20毫克/毫升) 和20和 #181; l 酵母 tRNA (库存10毫克/毫升)。在4和 #176 中, 用旋转 (40-60 rpm) 将珠子至少阻挡在2小时前; C.
    2. 稀释50和 #181; g 的染色质 (步骤 5) 8 至10次使用芯片稀释缓冲器。添加50和 #181; 在4和 #176 中, 在2° c 旋转 (40-60 rpm) 上, 将被阻挡的珠浆和孵育的 L. 在400和 #176 上离心, 在 4 x g 处获得名册染色质并将其转移到新鲜的试管中.
  2. 对于沉淀, 添加适当数量的主要抗体 (, 如 , 1-2 和 #181; g 每10和 #181; g), 并在夜间孵育4和 #176 的旋转; C.
    注: 最佳抗体量可以由供应商推荐, 也可以通过执行不同数量的抗体的 qPCR 来确定, 直到最佳的富集被观察到。此外, 蛋白质 G 琼脂可能被蛋白质琼脂所取代, 这取决于所使用抗体的亚型.
  3. 添加被阻止的珠子第二天和孵化1小时与旋转 (40-60 rpm) 在4和 #176; c. 离心机在 400 x g 为 20-三十年代, 以颗粒的珠子, 清除上清, 并开始切屑洗.
  4. 芯片洗涤: 执行以下洗涤与缓冲: 一次以低盐缓冲, 然后两次与高盐缓冲, 两次与氯化缓冲, 和最后两次与 TE 缓冲.
    1. 执行每洗10分钟的旋转 (40-60 rpm), 在4和 #176; C 和颗粒的珠之间的每个洗涤的离心在 400 x g 为 20-三十年代在一个台式离心机.
  5. 洗脱时, 删除最后的洗涤和重250和 #181 中的珠子; L 洗脱缓冲液 (新鲜准备) 在室温下15分钟, 在晃动时.
  6. 离心在 400 x g 和收集洗在一个新鲜的管。执行此步骤两次, 然后 de-crosslink 洗一夜20和 #181; l 氯化钠5米和1和 #181; 核糖核酸 A (10 毫克/毫升), 用蛋白酶 K 和苯酚-氯仿/氯仿机治疗如步骤6所示.
  7. 重在50和 #181 中, 根据标准的协议使用等分进行芯片 qPCR 15 检查芯片的质量.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Representative Results

为了分离细胞核, 我们在15或四十五年代, 在1.8万和 2.2万 rpm 进行了解剖和碎肌组织的机械均质化 (参见材料表)。在所有条件下, 细胞核可以与组织的碎片分离, 但产量是最好的使用较低的速度 (图 1A-b)。原子核也可以由 douncing 为 3-5 min (图 1A, 和数据没有显示), 但机械均匀化是选择的方法, 因为最理想的产量的原子核可以实现在尽可能少的十五年代, 使时间的重要增益, 特别是如果必须处理多个示例 (图 1B)。使用该协议, 多达 2.7 x 107核从500毫克的组织 (相当于1鼠标的组织) 可以隔离, 以产生100µg 染色质。

为了优化染色质碎片从固定核, 我们声5至20分钟。在设置 (请参阅材料表) 下, 10 分钟超声是最佳生成染色质, 平均片段大小为 250 bp (图 2)。在考虑到所使用的 sonicator 类型的情况下, 应该对这一步骤进行优化试验。

为了评估上述协议所制备的肌肉染色质的质量, 对转录因子、组蛋白修饰或 RNA 聚合酶 ii (ii) 进行了芯片 qPCR 和芯片-seq 实验。qPCR 对糖皮质激素受体 (gr) 的存在或缺乏地塞米松 (德克斯) 治疗显示, 强德克依赖性 gr 丰富的调控元素的Redd1Murf1基因, 已知是德克和 gr调节肌肉纤维11, 而在睾丸特定的Prm1启动子中没有出现信号, 用作负控制 (图 3A)。

qPCR 对乙酰赖氨酸27的组蛋白 H3 (H3K27ac), 在活性增强剂和促进剂中发现的共价修饰, 显示在肌纤维活性的蛋白 (Des) 启动子上的强富集, 与负基因控制区域 (图 3B)。H3K27ac 芯片-seq 在整个Des轨迹中显示了这个标记的高水平, 这是典型的 "super-enhancer" 调节组织识别基因12 (图 4A)。同样地, 在这个轨迹上, 二级芯片也显示出高水平的转录。

qPCR 转录因子 Tead4, 其中发挥重要作用, 在肌细胞分化13,7, 揭示了其丰富的前描述的绑定站点在Ccnd1Ifrd1基因 (图 3C)。重要的是, 在肌肉纤维 (Tead4skm-)7 (图 3C) 中, 利用小鼠的染色质制备了 Tead4, 从而减少了浓缩。对 Tead1 和 Tead4 的芯片序列数据的分析显示, 它们绑定到Kdm5a基因启动子中的一个站点, 使用来自野生型肌肉的染色质, 而 Tead4 信号, 但不是 Tead1, H3K27ac, 或第二号, 是失去了使用染色质从Tead4skm小鼠的肌肉 (图 4B)。类似地, Tead1 和 Tead4 绑定到Adssl1基因下游的调节元素, 从野生型肌肉中看到染色质, 而 Tead4 绑定则是选择性地从Tead4skm-/肌肉中使用染色质丢失 (图 4C)。这些观察表明, 在芯片 seq 数据中看到的 Tead4 信号来自于肌肉纤维的结合。

为了确定与肌纤维相关的其他细胞类型对芯片 seq 结果的贡献, 我们评估了在肌肉卫星细胞和Pecam1中活跃的Vcam1基因中的 H3K27ac 和 II 信号, 这是一个标记血管内皮细胞能灌溉肌肉。与在DesAdssl1基因中看到的高水平相比, 在Vcam1Pecam1基因中看到的 H3K27ac 和 II 型的水平要低得多 (图 4A图 4C)。与相关组织中表达的肌肉纤维表达基因的信号差异很大, 这表明, 使用上述协议制备的染色质芯片中的信号主要来源于肌肉纤维。

Figure 1
图 1: 从成年老鼠肌肉中提纯细胞核.(A)由机械化 (1.8万 rpm, 四十五年代) 和 dounce 均匀化 (30 strokes/3 分钟) 所获得的组织裂解, 用台盼蓝染色, 在数字显微镜下观察, 图像在20X 倍放大时被捕获。缩放条 = 100 µm. (B)在所述条件下制备的500毫克组织 (相当于1只老鼠) 获得的细胞核数, 1.8万和 2.2万 rpm 为15和四十五年代或3分钟的 douncing。误差线代表平均± S.E.M. 为 n = 3 只老鼠为机械均匀化, 并且 n = 3 只老鼠为 douncing。请单击此处查看此图的较大版本.

Figure 2
图 2: 染色质碎片大小的验证.被隔绝的核被声 5, 10, 15 或 20 min 如表明。在 de-crosslinking 和纯化后, 用琼脂糖凝胶电泳对溴溴化物进行了 DNA 片段大小的评估。M 是 DNA 大小标记。请单击此处查看此图的较大版本.

Figure 3
图 3: 用于芯片 qPCR 的染色质的使用.(A)小鼠受腹腔注射的车辆或地塞米松 (10 毫克/千克) 和1.5 小时后, 染色质是由后肢肌肉制备的。对 GR 靶基因的富集在芯片的Redd1Murf1,相比, 负控制鱼精蛋白启动子 (Prm1), 表示为输入沉淀的%。(B)芯片用于 H3K27ac 和 IgG 控制抗体, 并在蛋白启动子上进行分析, 并与基因负控制区进行比较。(C) Tead4 芯片是对从野生类型和肌肉特异性 Tead4 击倒小鼠 (Tead4skm-) 获得的肌肉染色质进行的, 并在Tead4Ccnd1启动子中的 Ifrd1 绑定站点上进行分析, 与控制基因区域。在所有的实验中, 3 只小鼠的染色质被汇集, 误差条代表了三技术复制的学生 T 检验中的平均±东南亚 M。P 值和 #60; 0.001 **, #60; 0.0001 **;NS, 显著。请单击此处查看此图的较大版本.

Figure 4
图 4: 肌纤维染色质的基因组图谱.(A)大学的截图加利福尼亚州的 y 在圣克鲁斯基因组浏览器的指示位点说明了高得多的 H3K27ac 和第二类蛋白基因, 高表达的肌肉纤维, 与Vcam1Pecam1基因表达的卫星细胞和内皮细胞, 分别。(B) UCSC 的屏幕截图, 表明 Tead1 和 Tead4 的结合, 以及 H3K27ac 和油料 II, 在染色质从野生型 (重量) 肌肉相比, 从 Tead4skm/- (MT) 肌肉, 选择性失去 Tead4 结合是观察.在 GEO 数据库中, 可作为 GSE82193 提供芯片 seq 数据。请单击此处查看此图的较大版本.

缓冲区名称 组成
低渗缓冲器 10毫米 HEPES-KOH (pH 7.3)
10毫米氯化钾
5 mM 氯化镁2
0.1% NP-40
0.1 毫米 PMSF (新鲜地增加)
蛋白酶抑制剂鸡尾酒 (PIC) 1x (新鲜添加)
超声缓冲区 1% SDS
10毫米 EDTA
20毫米三盐酸盐 pH 值8
150毫米氯化钠
0.1% 胆酸钠
1% 海卫 X-100
新鲜增加的0.1 毫米 PMSF
PIC 1x
芯片稀释缓冲器 0.01% SDS
1.1% 海卫 X-100
1.2 毫米 EDTA
16.7 毫米三盐酸 pH8
167毫米氯化钠
新鲜增加的0.1 毫米 PMSF
PIC 1x
低盐缓冲器 0.1% SDS
1% 海卫 X-100
500毫米 EDTA
20毫米三盐酸 pH8
150毫米氯化钠
高盐缓冲器 0.1% SDS
1% 海卫 X-100
500毫米 EDTA
20毫米三盐酸 pH8
500毫米氯化钠
氯化缓冲区 250毫米氯化
1% NP-40
1毫米 EDTA
10毫米三盐酸盐 pH 值8
洗脱缓冲器 1% SDS
100 mM NaHCO3
三 EDTA (TE) 缓冲器 50毫米三盐酸盐 pH 值8
1毫米 EDTA

表 1: 缓冲组合。

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

在这里, 我们描述了一个新的协议, 从成年小鼠骨骼肌肉制备染色质, 并表明, 这种染色质是适用于芯片实验, 检测转录因子结合和共价键组蛋白修饰肌纤维核。此协议涉及几个关键步骤。第一种是组织破坏, 可以通过 dounce 或机械剪切来进行。机械剪切速度快, 重现性好, 因此是选择的方法。不过, 如果没有合适的仪器, 也可以由 douncing, 在进行固定步骤之前, 建议在显微镜下对裂解效率进行评估。固定的全组织裂解, 而不是固定的孤立核, 允许更多的可再生超声在较小的体积和短期内。我们还选择在中断后修复裂解, 而不是在中断之前修复组织, 如托马斯et al.所描述的那样。10预修复组织导致化效率降低。该协议的基础上, 机械剪切也比其他建议的解决方案, 如胶原酶消化, 这涉及长期孵化的解剖组织在37° c8。在此期间, 基因表达和转录因子结合的变化可能发生。因此, 尽可能快地修复细胞核是更忠实地捕捉正常生理状态的关键。

第二个关键步骤是从固定的裂解液中提纯原子核。为此, 顺序过滤固定的裂解液, 首先通过70µm 细胞过滤器, 以消除较大的碎片, 然后通过一个40µm 细胞过滤器, 以消除罚款的碎片, 避免堵塞的滤器和最大的产量的核获得。经过滤纯化后, 细胞核声, de-crosslinking 后确定 DNA 片段大小。一个典型的准备从两个后肢的一只老鼠产生100µg 的染色质。将裂解从多达3只老鼠中收集起来, 可以通过减少制剂中的损失来提高产量。这一过程是有效的, 因为它允许恢复多达75% 的基因组 DNA 染色质 (数据没有显示)。

用于评估转录因子结合和后生修饰的芯片实验证明了该协议对于研究肌纤维细胞核基因调控的适用性。强大的和强健的芯片序列信号 ii 和 H3K27ac 是由染色质产生的, 允许识别肌肉纤维的身份基因由其独特的 H3K27ac 和政客 ii 配置文件7。与卫星或内皮细胞中表达的基因相比, 在纤维核中强烈表达的 H3K27ac 和 II. 类基因的含量更高, 这表明信号主要来自纤维核。这也证实了 Tead4 芯片信号的丢失使用染色质从老鼠那里它是特别地被灭活在肌肉纤维。然而, 对于诸如Vcam1Pax7 (未显示的数据) 等卫星单元标记, 较弱但明显高于背景信号的情况, 可以检测出这些细胞的染色质也存在。我们预计, 我们的协议应适用于其他技术, 使用甲醛固定染色质, 如3碳/4 c 和细胞核染色质构象捕获技术。使用我们的协议结合芯片序列的转录因子和染色质修饰与染色质构象捕获应该在未来允许详细了解的基因调控机制的肌肉纤维和如何调节这些可能或扰乱生理刺激, 如运动, 空腹, 高脂肪饮食, 失神经支配, 或在疾病中, 使用染色质制备的基因修饰小鼠复制疾病如 X 连锁中央肌病14

总之, 这种低成本和时间的协议允许隔离的肌肉纤维核, 可以立即声或冻结在-80 ° c, 为不可告人的使用。使用该协议制备的染色质提供了第一个基因组宽的芯片序列数据从肌肉纤维7 , 并将促进未来的研究, 基因调控在这个组织。

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Disclosures

作者声明他们没有竞争的金融利益。

Acknowledgments

我们感谢 IGBMC 高吞吐量测序设施的所有工作人员, 即 "法国 Génomique" 财团 (ANR10-INBS-09-08) 的成员和所有 IGBMC 一般事务人员, 特别是 IGBMC 动物设施的工作人员。这项工作得到了来自 CNRS、INSERM、AFM、甲国家组织勒癌症的赠款、法国全国基金在 Investissements 艾文莉标记 ANR-10-IDEX-0002-02、Labex INRT ANR-10-IDEX-0001-02 和ANR-AR2GR-16-CE11-009-01资助者在研究设计、数据收集和分析、决定出版或准备原稿方面没有作用。甲组织的支持下, 美国的 ANR-AR2GR-16-CE11-009-01, 和五, U 由 Ministère de Enseignement 等研究。ID 是一个 ' équipe labellisée ' 的甲国立组织勒癌症。

Materials

Name Company Catalog Number Comments
T 25 digital ULTRA-TURRAX T 18 ULTRA-TURRAX 0009022800
PMSF SIGMA-ALDRICH CHIMIE SARL P7626-25G
Protease Inhibitor Cocktail-EDTA Free Roche Diagnostics 11873580001
Protein G Sepharose beads SIGMA-ALDRICH CHIMIE P-3296
Proteinase K SIGMA-ALDRICH CHIMIE P-2308
Cell Strainers 70um Corning BV 431751
Cell Strainers 40um Corning BV 352340
Formaldehyde EM grade Euromedex 15710-S
Rnase A Fischer Scientific 12091039
Phenol:Chloroform:Isoamyl Alcohol 25:24:1 SIGMA-ALDRICH CHIMIE P3803
BSA SIGMA-ALDRICH CHIMIE B4287-25G
yeast tRNA SIGMA-ALDRICH CHIMIE R5636
Glycogen Blue AMIBION AM9516
Pol II ChIP Antibody Santa Cruz SC-9001
H3K27ac ChIP Antibody Active Motif 39133
Tead4 ChIP Antibody Aviva Systems Biology (ARP38276_P050)
IGEPAL SIGMA-ALDRICH CHIMIE I-3021
E220 Focused Ultrasonicator Covaris E220
Name Company Catalog Number Comments
Additional items
Scissors
Loose Dounce
15 ml and 50 ml falcon tubes
14 ml round bottom tubes
1.5 ml and 2 ml Eppendorf tubes
70 μm and 40 μm cell strainers (Corning)

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Johnson, D. S., Mortazavi, A., Myers, R. M., Wold, B. Genome-wide mapping of in vivo protein-DNA interactions. Science. 316 (5830), 1497-1502 (2007).
  2. Furey, T. S. ChIP-seq and beyond: new and improved methodologies to detect and characterize protein-DNA interactions. Nat Rev Genet. 13 (12), 840-852 (2012).
  3. Wade, J. T. Mapping Transcription Regulatory Networks with ChIP-seq and RNA-seq. Adv Exp Med Biol. 883, 119-134 (2015).
  4. Alpern, D., et al. TAF4, a subunit of transcription factor II D, directs promoter occupancy of nuclear receptor HNF4A during post-natal hepatocyte differentiation. Elife. 3, e03613 (2014).
  5. Martianov, I., et al. Cell-specific occupancy of an extended repertoire of CREM and CREB binding loci in male germ cells. BMC Genomics. 11, 530 (2010).
  6. Achour, M., et al. Neuronal identity genes regulated by super-enhancers are preferentially down-regulated in the striatum of Huntington's disease mice. Hum Mol Genet. 24 (12), 3481-3496 (2015).
  7. Joshi, S., et al. TEAD transcription factors are required for normal primary myoblast differentiation in vitro and muscle regeneration in vivo. PLoS Genet. 13 (2), e1006600 (2017).
  8. Ohkawa, Y., Mallappa, C., Dacwag-Vallaster, C. S., Imbalzano, A. N. Myogenesis: Methods and protocols. DiMario, J. 798, Springer Science+Business Media LLC. 517-531 (2012).
  9. Dimauro, I., Pearson, T., Caporossi, D., Jackson, M. J. A simple protocol for the subcellular fractionation of skeletal muscle cells and tissue. BMC Res Notes. 5, 513 (2012).
  10. Thomas, J. L., et al. PAK1 and CtBP1 Regulate the Coupling of Neuronal Activity to Muscle Chromatin and Gene Expression. Mol Cell Biol. 35 (24), 4110-4120 (2015).
  11. Kuo, T., et al. Genome-wide analysis of glucocorticoid receptor-binding sites in myotubes identifies gene networks modulating insulin signaling. Proc Natl Acad Sci U S A. 109 (28), 11160-11165 (2012).
  12. Whyte, W. A., et al. Master transcription factors and mediator establish super-enhancers at key cell identity genes. Cell. 153 (2), 307-319 (2013).
  13. Benhaddou, A., Keime, C., Ye, T., Morlon, A., Michel, I., Jost, B., Mengus, G., Davidson, I. Transcription factor TEAD4 regulates expression of myogenin and the unfolded protein response genes during C2C12 cell differentiation. Cell Death and Differentiation. 19 (2), 220-231 (2011).
  14. Cowling, B. S., et al. Reducing dynamin 2 expression rescues X-linked centronuclear myopathy. J Clin Invest. 124 (3), 1350-1363 (2014).
  15. Thermo Fisher Scientific. ChIP Analysis. , Available from: https://www.thermofisher.com/fr/fr/home/life-science/epigenetics-noncoding-rna-research/chromatin-remodeling/chromatin-immunoprecipitation-chip/chip-analysis.html (2017).

Tags

生物化学 问题 129 肌肉 染色质 染色质沉淀 机械化 dounce 过滤 RNA 聚合酶 II 糖皮质激素受体 Tead4 H3K27ac
改进的小鼠骨骼肌染色质沉淀的协议
Play Video
PDF DOI DOWNLOAD MATERIALS LIST

Cite this Article

Joshi, S., Ueberschlag-Pitiot, V.,More

Joshi, S., Ueberschlag-Pitiot, V., Metzger, D., Davidson, I. Improved Protocol for Chromatin Immunoprecipitation from Mouse Skeletal Muscle. J. Vis. Exp. (129), e56504, doi:10.3791/56504 (2017).

Less
Copy Citation Download Citation Reprints and Permissions
View Video

Get cutting-edge science videos from JoVE sent straight to your inbox every month.

Waiting X
Simple Hit Counter