Perfil em todo o genoma das interações de vinculação fator de transcrição-DNA em albicanos candida: um método abrangente CUT&amp;RUN e fluxo de trabalho de análise de dados

Mohammad N. Qasim; Ashley Valle Arevalo; Akshay D. Paropkari; Craig L. Ennis; Suzanne S. Sindi; Clarissa J. Nobile; Aaron D. Hernday

doi:10.3791/63655

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Artigo de método

Perfil em todo o genoma das interações de vinculação fator de transcrição-DNA em albicanos candida: um método abrangente CUT&RUN e fluxo de trabalho de análise de dados

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DOI:

10.3791/63655

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1 de abril de 2022

Mohammad N. Qasim^*¹^,² , Ashley Valle Arevalo^*¹^,² , Akshay D. Paropkari^*¹^,² , Craig L. Ennis¹^,²^,⁴ , Suzanne S. Sindi³ , Clarissa J. Nobile¹^,⁴ , Aaron D. Hernday¹^,⁴

¹Department of Molecular and Cell Biology, University of California, Merced, ²Quantitative and Systems Biology Graduate Program, University of California, Merced, ³Department of Applied Mathematics, University of California, Merced, ⁴Health Sciences Research Institute, University of California, Merced

^* These authors contributed equally

Neste artigo

Resumo

Este protocolo descreve um método experimental e um fluxo de trabalho de análise de dados para decote sob metas e liberação usando nuclease (CUT&RUN) no patógeno fúngico humano Candida albicans.

Resumo

Os fatores de transcrição regulatória controlam muitos processos biológicos importantes, incluindo diferenciação celular, respostas a perturbações e tensões ambientais e interações hospedeiro-patógeno. Determinar a vinculação em todo o genoma dos fatores de transcrição regulatória ao DNA é essencial para entender a função dos fatores de transcrição nesses processos biológicos muitas vezes complexos. O decote sob metas e liberação usando nuclease (CUT&RUN) é um método moderno para mapeamento em todo o genoma de interações de ligação proteína-DNA in vivo que é uma alternativa atraente para a imunoprecipitação de cromatina tradicional e amplamente utilizada seguida pelo método de sequenciamento (ChIP-seq). A CUT&RUN é agradável para uma configuração experimental de maior rendimento e tem um alcance dinâmico substancialmente maior com custos de sequenciamento por amostra mais baixos do que o ChIP-seq. Aqui, um protocolo abrangente da CUT&RUN e um fluxo de trabalho de análise de dados adaptado para análise em todo o genoma das interações de vinculação fator-DNA no patógeno fúngico humano Candida albicans são descritos . Este protocolo detalhado inclui todos os procedimentos experimentais necessários, desde a marcação de epítope de genes de codificação de fatores de transcrição até a preparação da biblioteca para sequenciamento; além disso, inclui um fluxo de trabalho computacional personalizado para análise de dados CUT&RUN.

Introdução

Candida albicans é um patógeno fúngico humano polimórfico clinicamente relevante que existe em uma variedade de diferentes modos de crescimento, como o modo de crescimento planctônico (livre flutuante) e como comunidades de células fortemente aderidas protegidas por uma matriz extracelular, conhecida como o modo de crescimento biofilm ^1,2,3. Semelhante a outros processos de desenvolvimento e celulares, o desenvolvimento de biofilmes é um importante traço de virulência de C. albicans que é conhecido por ser controlado no nível transcricional por fatores de tr....