פרוטוקול Vaccinia זיהום של תאים הלה וניתוח של המארח ביטוי גנים ויראליים. חלק 2 מתוך 3.
Abstract
המשפחה<em> Poxviridae</em> מורכב גדילי הדנ"א הכפול גדולים המכילים וירוסים לשכפל אך ורק בציטופלסמה של תאים נגועים. חברי<em> Orthopox</em> הסוג כולל אבעבועות, הסוכן סיבתי של אבעבועות קטנות האדם, הקוף, ואת vaccinia (VAC), חבר prototypic משפחת וירוסים. בתוך גדולות יחסית (~ 200 kb) vaccinia הגנום, שלוש כיתות של גנים המקודדים: מוקדם, ביניים מאוחר. בעוד כל שלוש כיתות מתועתקים ידי virally בקידוד polymerases RNA, כל שיעור מהווה פונקציה שונה במחזור החיים של הנגיף. Poxviruses לנצל אסטרטגיות מרובים עבור אפנון של הסביבה המארחת הסלולר במהלך ההדבקה. כדי להבין את הרגולציה של המארח וגם גן ביטוי וירוס, יש לנו מנוצל הגנום כולו גישות לנתח שפע תמליל מנגיף וגם התאים המארחים. הנה, אנחנו מדגימים כמובן זמן זיהומים של תאים הלה בווירוס Vaccinia ו-RNA הדגימה במספר נקודות זמן לאחר הפגיעה. מארח שני ו-RNA ויראלי הכולל מופרד מוגבר של הכלאה כדי microarrays עבור ניתוח של ביטוי גנים.
Protocol
חלק 1: סינתזה cDNA מ-RNA לפני השימוש Ambion אמינו Allyl MessageAmp השנייה ערכה, מומלץ להוסיף נפח של אתנול 100% על מאגרים לשטוף. בתוך צינור התגובה PCR, להוסיף בין 100ng כדי 5μg של רנ"א 1μl הכולל של פריימר T7 (DT) אוליג?…
Discussion
קריטי שלבים
בסיבוב השני של הגברה לא מומלץ, היות הטיות נתונים מערך נצפו. ערבוב בזהירות בכל שלב האנזימטית (1 st ו – 2 nd סינתזת גדיל cDNA, IVT) הוא קריטי להשגת תשואות הגברה טובה, כמו דגירה של כל צעד האנזימטית בטמפרטורה המתאימה. Cycler …
Assarsson, E., Greenbaum, J. A., Sundström, M., Schaffer, L., Hammond, J. A., Pasquetto, V., Oseroff, C., Hendrickson, R. C., Lefkowitz, E. J., Tscharke, D. C., Sidney, J., Grey, H. M., Head, S. R., Peters, B., Sette, A. A. Reply to Satheshkumar and Moss: Poxvirus transcriptome analysis.Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105, E63-E64 (2008).
Yen, J., Golan, R., Rubins, K. Vaccinia Virus Infection & Temporal Analysis of Virus Gene Expression: Part 2. J. Vis. Exp. (26), e1169, doi:10.3791/1169 (2009).