无细胞DNA完整性分析尿样中
Summary
A method for analyzing DNA integrity in the cell-free supernatant fraction of urine samples is proposed. The method is suitable for early detection of urological malignancies and has proven accurate for the early diagnosis of bladder cancer.
Abstract
尽管在血浆或血清中的循环无细胞DNA的存在已被广泛证明是生物标记物的合适来源为许多类型的癌症，很少研究都集中在可能利用尿无细胞（UCF）的DNA。从正常凋亡细胞产生高度片段化DNA的假设和癌细胞开始释放更长的DNA，评价为能够患者前列腺或膀胱癌和健康个体之间进行区分的早期诊断标志物的UCF DNA完整性的潜在作用。
一个UCF DNA完整性分析，提出的超过250 bp的长四个序列四个实时定量PCR的基础上：C-MYC，BCAS1，HER2和AR。经常有在膀胱和前列腺癌的增加的DNA拷贝数序列被选择用于分析，但该方法是灵活的，这些基因可以与INTE的其他基因被取代休息。 UCF的DNA作为生物标志物的来源的潜在效用已被证实为泌尿系统恶性肿瘤，从而为在UCF DNA鉴定进一步研究的方式。在UCF DNA完整性测试具有作为非侵入性，快速，容易执行，以进行分析所需的尿只有几毫升的优点。
Introduction
无细胞的DNA可以在血液和尿液由于细胞死亡通过细胞凋亡或坏死的机制来检测。血液中的游离细胞DNA已被广泛地研究了在各种疾病的诊断和预后目的，尤其是癌症1。然而，较少有人知道尿无细胞（UCF）DNA的作用。 UCF DNA可以从血液穿过肾小球滤过系统或从直接来与该体液2（ 例如，上皮细胞或前列腺细胞）接触的细胞产生。作为生物标志物的来源，使用的UCF的DNA已经主要研究了肾，膀胱癌，和前列腺癌的早期诊断由于UCF的DNA直接从尿道细胞3,4-未来的高百分比。
鲜为人知的是，UCF DNA以及分离和鉴定的最佳方法。给定的假设肿瘤细胞释放比正常细胞较长的DNA片段，评价无细胞DNA完整性已被研究以试图阐明DNA的原点在血液循环中5。一些研究表明，在血液中的游离细胞DNA完整性表示用于多种癌症6良好的诊断测试，并且在同一假设已经关于拟尿7-9。
本文介绍了一个潜在的应用膀胱和前列腺癌检测DNA UCF完整性分析的新方法。特别是，UCF DNA的完整性片段长度大于250 bp的已知的4个区域测试，以在实体肿瘤，包括前列腺癌和膀胱癌增加的DNA拷贝数：C-MYC（8q24.21），HER2（17q12.1 ），BCAS1（20q13.2）和AR（Xq12）10-14。特定癌基因，而不是随机的序列，被选择来增加癌症患者的无细胞级分发现它们的概率。之一的主要优点这种方法是，它是柔性的，并且其他区域也可以被肿瘤的类型和特性的基础上选择的。
Protocol
Representative Results
Discussion
UCF DNA完整性分析是在尿评估DNA完整性一种新的，非侵入性的方法。它最近提出了膀胱9和前列腺癌7,8的早期诊断。有许多优点和UCF DNA完整性检测的缺点在这里讨论，未来的前景一起。
该方法的主要优点是，它提供了一种廉价的，非侵入性的方法和简单的协议来研究尿作为生物标志物的一个潜在来源，只需要的分子生物学技术的基本知识。该测试是快速执行，…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
The authors thank Gráinne Tierney and Silvia Bellissimo for their editorial assistance.
Materials
| QIAamp DNA Mini Kit |
Qiagen | 51304 | |
| iQ SYBR Green Supermix, 100 x 50 µl rxns, 2.5 ml (2 x 1.25 ml) | Biorad | 1708880 | |
| IDT custom DNA oligos | IDT | HPLC purification, 100nMole DNA oligo | |
| NanoDrop 1000 Spectrophotometer | Thermo Scientific | Other spectrophotometric methods could also be used to quantify DNA | |
| Rotor-Gene 6000 | Corbett | Another Real Time PCR instrument could also be used | |
| microcentrifuge | |||
| one centrifuge for 50 ml tubes | |||
| incubator | |||
| -80°C freezer | |||
| -20°C freezer | |||
| 10 ul pipette | |||
| 20 ul pipette | |||
| 200 ul pipette | |||
| 1000 ul pipette | |||
| pipette tips (10;20;200;1000) | |||
| 1,5 ml tubes | |||
| 50ml tubes | |||
| 15 ml tubes | |||
| Rotor-Disc 72 Rotor | Corbett | 9018899 | |
| Strip Tubes and Caps, 0.1 ml (250) | Qiagen | 981103 | |
| Collection Tubes (2 ml) | Qiagen | 19201 | |
| Buffer AL (264 ml) | Qiagen | 19075 | |
| Proteinase K (10ml) | Qiagen | 19133 |
References
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