Abstract
O desenvolvimento embrionário é um processo de múltiplos passos que envolve a activação e de repressão de muitos genes. elementos intensificadores no genoma são conhecidos por contribuir para o tecido e tipo celular específico regulação da expressão do gene durante a diferenciação celular. Assim, a sua identificação e posterior investigação é importante, a fim de compreender como o destino celular é determinada. A integração de dados de expressão de genes (por exemplo, microarray ou ARN-SEQ) e os resultados de imunoprecipitação da cromatina (ChIP) -based estudos de todo o genoma (ChIP-SEQ) permite a identificação de grande escala dessas regiões reguladoras. No entanto, a validação funcional de potenciadores específicos do tipo de célula requer mais in vitro e em procedimentos experimentais in vivo. Aqui descrevemos como potenciadores activos podem ser identificados e validados experimentalmente. Este protocolo prevê um fluxo de trabalho passo-a-passo, que inclui: 1) identificação de regiões reguladoras por análise de dados do chip-seq, 2) clonagem e expervalidação imental de potencial regulador putativo das sequências genómicas identificados num ensaio de repórter, e 3) A determinação da actividade potenciadora in vivo através da medição do nível transcrito de ARN potenciador. O protocolo apresentado é detalhado o suficiente para ajudar alguém a criar esse fluxo de trabalho no laboratório. Importantemente, o protocolo pode ser facilmente adaptado e utilizado em qualquer sistema de modelo celular.
Protocol
1. Selecção Enhancer Com base na análise das microplacas-SEQ
- Baixe o arquivo fastq dados brutos RXR ChIP-seq (mm_ES_RXR_24h_ATRA.fastq.gz) a partir http://ngsdebftp.med.unideb.hu/bioinformatics/
- Faça o download e extraia o arquivo de índice BWA necessário para o alinhamento (no nosso caso: Mus_musculus_UCSC_mm10).(ftp://igenome:G3nom3s4u@ussd-ftp.illumina.com/Mus_musculus/UCSC/mm10/Mus_musculus_UCSC_mm10.tar.gz
NOTA: Visita à https://github.com/ahorvath/Bioinformatics_scripts para obter mais informações sobre as etapas de análise bioinformática e para baixar os scripts usados abaixo. - Alinhar o arquivo de exemplo fastq ao genoma MM10 (use o script: perform_alignment.sh). Isto irá criar uma pasta com um arquivo .bam e estatísticas do alinhamento. Alinhadas RXR dados Chip-seq (mm_ES_RXR_24h_ATRA.bam) e o arquivo de índice correspondente (.bai) estão disponíveis aqui:
http://ngsdebftp.med.unideb.hu/bioinformatics/
NOTA: BWA é um pacote de software que alinha relativamente sequências curtas (por exemplo, os resultados Chip-SEQ) para uma base de dados de sequência, tais como o genoma do rato de referência (por exemplo, MM10) 13. - Executar o script (callpeaks.sh) para o pico de chamadas e análise motivo de novo. Use o arquivo .bam como a entrada. O roteiro é baseado em Homer findPeaks 14.
NOTA: Os arquivos de saída nos dar informações sobre o número total de picos, o enriquecimento dos motivos, a percentagem do fundo, e as sequências alvo com motivos, etc. (Figura 1). Normalmente vários motivos são listados em ordem de importância. - Remapear o # 1 motivo classificado (NR metade `AGGTCA`) (use o script: remap_motif.sh)
NOTA: Como o resultado, o script gera um arquivo .bed que irá mostrar qual chip-picos estão cobrindo regiões genômicas que contêm o local de ligação canônica do factor de transcrição de interesse. - Faça o download e visualizar os resultados da lê RXR ChIP-seq alinhados (mm_ES_RXR_24h_ATRA.bam (também baixar o .bai)) e as ocorrências AGGTCA motivo (mm_ES_RXR_24h_ATRA_homerpeaks_motif1_mm10s_200_remaped_mbed.bed) por Integrative Genomics Viewer (IGV) 15 para identificar RAR putativo / sítios de ligação RXR (Figura 2 e Figura 3).
NOTA: Integração de vários dados Chip-seq ajudará a mais prever com precisão boas potenciadores candidatos 16,17. Estudos recentes revelaram que potenciadores activas são tipicamente enriquecido para P300 e correlacionar com H3K4me1 e H3K27ac, e estão localizados em regiões de cromatina abertas, exibindo, assim, ADNase-I hipersensibilidade também é recomendado 18-21. - Use "definir uma região de interesse" em IGV 15 para obter 200-400 pb de sequência da região genómica seleccionado e utilizar estas sequências para modelos de iniciadores subsequentes.
Ensaio 2. Reporter
NOTA: O sistema luciferina / luciferase é utilizadacomo um ensaio de repórter muito sensível para a regulação da transcrição. Dependendo da enzima luciferase actividade potenciadora é produzido que irá catalisar a oxidação da luciferina para oxiluciferina, resultando em bioluminescense, que pode ser detectado. Como um primeiro passo, sequências potenciadoras putativos identificados devem ser subclonada num vector repórter (eg, luciferase TK-22, ou pGL3 NanoLuc).
- projeto Primer
- Primers projeto de PCR para amplificação de 200-400 bp das regiões potenciador putativos por Primer3 (disponível aqui: http://bioinfo.ut.ee/primer3/) 23
- Copie e cole a sequência genómica de IGV que inclui o sítio de ligação putativo em Primer3 (veja o passo 1.7). Definir intervalo de tamanho de produto para 250-300 pb em Primer3.
- Validar os iniciadores de PCR usando o navegador UCSC Genome está em silico ferramenta de PCR (https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr) 24
NOTA: Este protocolo em uma etapa posterior usa HindIII e BamHI as enzimas de restrição para clonagem. Verificar se a sequência amplificada por PCR como previsto pela ferramenta de PCR UCSC in silico irá conter locais de restrição AAGCTT ou GGATCC (por exemplo, http://nc2.neb.com/NEBcutter2/). - Obter os iniciadores necessários de um fornecedor comercial.
- PCR A amplificação de Enhancer Sequência de DNA genômico
- Purifica-se o ADN genómico a partir de células primárias do modelo (por exemplo, fibroblastos embrionários primários). Use kit comercial para isolamento gDNA e siga as instruções do fabricante.
NOTA: alta qualidade de gDNA é essencial para a amplificação bem sucedida. clones BAC apropriados podem ser utilizados se a PCR não é fácil a partir de ADNg. - Preparar 50 uL da reacção de PCR contendo 100 ng de gDNA, 5 ul de tampão 10X, 3 uL MgSO4 (25 mM), dNTP 5 ul (2 mM de cada), 1,5 ul Fwd iniciador (10? M), 1,5 ul Rev iniciador (10? M) , polimerase de ADN de 1 ul
- Definir o ciclo de PCR (2 minutos a 95 ° C, (20 s 95 ° C, 10 s 58-65 ° C, 18 seg 70 ° C) x25 repetição, 2 min 70 ° C, sempre 4 ° C). Ajuste a temperatura de recozimento com a consideração do primer de valores previstos Tm.
- Purifica-se o produto de PCR com um kit de purificação de PCR comercial e seguir as instruções do fabricante.
- Introduzir os locais de restrição para clonagem, repetindo o PCR com os iniciadores, como utilizado acima, mas a adição de saliências nas suas extremidades 5 '(por exemplo, Enc: 5'-AAGCTT ATAT xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx-3' (HindIII), Rev: 5'-GGATCC TATA xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx -3 '(BamHI)).
- Executar 5 ul do produto de PCR em gel de agarose para verificar a existência de produtos de PCR não específicos.
NOTA: Se forem detectados mais bandas, executar todo o produto de PCR e purificar a banda apropriada por um kit de extracção de gel comercial. - Restrição
NOTA: Para clonar inserção a montante do promotor TK 22, o produto de PCR purificado e o vector (por exemplo, TK-Luc) deve ser digerido com HindIII e BamHI.- Prepara-se uma mistura reaccional de 50 ul contendo 1 ug de produto de PCR purificado, 1 ul HindIII (20 U / ul), 1 ul BamHI (20 U / ul) e 5 ul de tampão 10X.
- Preparar um vector contendo 250 ul de mistura de reacção 5 ug (TK Luc, ou vector repórter alternativa), 5 ul de HindIII (20 U / ul), 5 ul BamHI (20 U / ul), 5 ul termossensível de fosfatase alcalina (1 U / ul) e 25 ul de tampão 10X.
NOTA: AP tratamento do vector diminui grandemente a auto-ligação do vector de digeridos e, assim, o fundo. - Incubar as misturas de reacção durante 4 horas a 37 ° C, em seguida, purificar os produtos da PCR digerido e o vector com um kit de purificação de PCR comercial.
- Ligation
- Configurar a reação de ligação em tubos de PCR incluindo 2 ul 10x T4 tampão DNA ligase, 10 ng TK-Luc vector, inserção 50 ng (produto de PCR digerido), 1 ul DNA ligase de T4 (400 U / L) e livre de nuclease de água até 20 ul.
NOTA: Preparar um controlo negativo em que a reacção não contém inserção. - Misture suavemente a reação pipetando cima e para baixo, girar brevemente os tubos de PCR utilizando mini-centrífuga e, em seguida, incubar a RT durante 10 min.
- Inactivar pelo calor a 65 ° C durante 10 min, em seguida, em gelo e relaxar utilizar 5 uL do produto de transformação em 50 ul de células competentes (por exemplo, DH5a).
- Use procedimento de choque térmico padrão para transformar bactérias, pegar colônias e isolamento de DNA com um kit comercial. Validar todas as construções por sequenciação antes das próximas etapas.
- Configurar a reação de ligação em tubos de PCR incluindo 2 ul 10x T4 tampão DNA ligase, 10 ng TK-Luc vector, inserção 50 ng (produto de PCR digerido), 1 ul DNA ligase de T4 (400 U / L) e livre de nuclease de água até 20 ul.
- A transfecção de células ES
- Utilizar placas de 48 poços. Adicionar 200 ul de 0,1% de gelatina solutião / poço 30 min antes do plaqueamento de células.
- Placa estaminais embrionárias (ES), as células de um dia antes da transfecção. Utilização de células ES livre de alimentação e da placa a uma densidade de 3 x 10 4 culas por po em 250 uL meios ES / poço.
- Preparar as misturas de plasmídeos (cada mistura é calculado para 8 poços, 4 não tratado e 4 tratadas com ácido retinóico) Misturar 1:. 1250 ng TK-Luc vazio (controlo negativo), 950 ng β-Galactosidase codificar o vector de (βGal), mistura de dois : 1.250 ng TK-Luc Hoxa1 potenciador (controle positivo), 950 ng βGal, Mix 3: 1.250 ng TK-Luc PRMT8 potenciador (região de interesse), 950 ng βGal.
NOTA: células ES expressar os fatores de transcrição desejados (RAR / RXR). Deixar poços não transf ectadas para determinar os valores de base mais tarde durante a luciferase e a β-galactosidase medições. - Adicionar meio de soro reduzido de qualidade transfecção para cada plasmídeo misturar até 106 ul volume total (suficiente para 8 poços).
- Adicionar 4,5 mL transfecção qualidade ESreagente ion em seguida, misture com cuidado pipetando 15 vezes para cima e para baixo. Incubar a mistura de transfecção durante 10 min à TA.
- Adicionar 13 ul da mistura de transfecção às células por poço, homogeneiza-se por pipetagem. Colocar as células de volta na incubadora (37 ° C) O / N antes do tratamento ligando.
- Remova a mídia cuidadosamente por aspiração a partir de células e adicionar 250 ul fresco media / poço contendo 0,01 - 1 PM all-trans ácido retinóico (RA) como a concentração final ou DMSO como veículo. Incubar as células a 24 - 48 h.
NOTA: O ácido retinóico é sensível à luz.
- Preparação de Lisados celulares
- Diluir 5x Tampão de Lise (1,25 ml de Tris 0,5 M pH = 7,8, 1 ml de 1 M de ditiotreitol (DTT) (em H 2 O), 10 ml de EDTA 0,1 M pH = 8,0, 50 ml de glicerol, 5 mL de Triton X-100, estéril água até 100 mL) até 1x usando água estéril, adicionar 20 ul de DTT 1 M / 10 ml e equilibrar à temperatura ambiente antes de utilização. Preparar 10 ml de uma placa de 48 poços no dia do ensaio. Remova a mídia cuidadosamente por aspiração a partir de células. Lavar as células uma vez com PBS 1x. Adicionar 200 ul de 1x tampão de lise / poço directamente para as células.
- Agitar durante 2 h à RT (a lise química). Congelar os lisados celulares na placa à temperatura de -80 ° C (lise mecânica). Os lisados podem ser armazenados a -80 ° C durante vários dias.
- Descongelar os lisados. Após descongelação completa, transferir os lisados de células para uma placa de 96 poços utilizando uma pipeta multicanal electrónica. Transferir 80 uL de ligado de células a placas de 96 poços para ensaio claro β-galactosidase e 40 ul de lisado celular a uma placa de branco para a medição da luciferase. Evitar a formação de bolhas.
- β-galactosidase Ensaio
NOTA: galactosidase Beta ou segundo repórteres alternativos devem ser utilizados como um controlo interno para a conta de variações experimentais não-específicas.- Preparar tampão substrato β-galactosidase: 80,0 g de Na 2 HPO 4 • 7H 2 O,3,8 g NaH 2 PO 4 • H 2 O, 30,0 g de KCl, 1,0 g MgSO 4 • 7H 2 O, fazer até 1.000 ml com água estéril. Ajustar o pH para 7,4. Filtrar Esterilizar (0,2 micron) e armazenar a 4 ° C
- Misture tampão de substrato de 1 ml β-galactosidase com 4 mg de ONPG (o-nitrofenil-β-D-galactosidase). Adicionar 3,5 ul de 2-mercaptoetanol (βME) por 1 ml de tampão imediatamente antes da utilização. Adicionar 100 ul de tampão de substrato β-galactosidase de 80 ul lisado celular.
- Incubam-se as reacções a 37 ° C até que uma cor amarelo pálido foi desenvolvido. Ler a absorvância a OD 420 nm num leitor de placas e exportação de dados.
NOTA: O tempo varia dependendo da eficiência de transfecção, geralmente não mais do que 30 min.
- Ensaio de luciferase
- Prepare 50 ml de luciferina reagente substrato: 15,1 mg de sal D-luciferina, 82,7 mg de sal ATP, 185 mg MgSO4 • 7H 2 O, adicionar ao tubo de 50 ml de polipropileno,em seguida, adicionar 1,5 ml de tampão M HEPES 1, 48,5 ml ATP água livre, vortex, certifique-se todos os compostos dissolver completamente. Manter 5 - 10 mL de alíquotas a -80 ° C.
- Quente 5 ml de reagente de substrato de luciferina para a TA antes de iniciar. Pipeta reagente de substrato de 100 ul a cada poço da placa de branco contendo 40 ul de lisado celular e medir o sinal imediatamente utilizando uma máquina contador luminescente.
- Obter as actividades de pelo menos três experiências independentes em transfecções em triplicado.
- Calcular primeiro a actividade de luciferase normalizada base e valores normalizados β-galactosidase para cada poço de base, subtraindo os valores médios obtidos para as células não transf ectadas de cada valor medido. Em seguida, calcular a proporção da actividade de luciferase / β-galactosidase.
3. Caracterização de ARN Enhancer
NOTA: Um indicador mais direta da atividade potenciador emergiu recente genoma-wide estudos que identificaram muitas RNAs não-codificantes curtas, que variam em tamanho de 50 a 2000 nt, que são transcritas a partir de intensif icadores, e são denominados RNAs estimuladoras (Ernas) 16,25,26 (Figura 4). indução Erna altamente correlacionada com a indução de genes codificadores de exões adjacentes. Assim, a actividade intensif icador dependente de sinal pode ser quantificado in vivo por meio da comparação da produção Erna entre várias condições por RT-qPCR.
- Diretrizes para Primer design para detecção Erna por RT-qPCR
- Selecione regiões genômicas para medições Erna que são pelo menos 1,5-2 kb longe dos locais de início da transcrição anotados.
NOTA: É importante, elevados níveis de transcrição de ARNm através potenciadores intragênicos evitar a quantificação precisa de Erna na orientação com sentido, anti-sentido em Ernas intragênicos potenciadores são detectáveis e são semelhantes em nível de Ernas em extragênicos potenciadores. - Como regra geral, use regiões 200 - 1.000 bp from o centro do factor de transcrição sítio de interesse para o desenho de primers em qualquer sentido ou cadeia anti-sentido (Figura 4 e Figura 6) de ligação.
NOTA: Se GRO-SEQ, DNase-SEQ, H3K4me1, H3K4me3 ou dados H3K27ac ChIP-seq estão disponíveis a partir dos tipos de células desejadas e condições que podem ser utilizadas para a concepção de iniciadores mais preciso. Ernas são transcritos a partir de regiões potenciador putativos caracterizadas por altos níveis de H3K4me1 e me3. Expressão de Ernas correlaciona-se positivamente com o enriquecimento de activado marca potenciador histona H3K27ac. - Primers projeto PCR para medição de RT-qPCR de Ernas baseada em corante fluorescente por Primer3 (http://bioinfo.ut.ee/primer3/) 23 Gerar sequência anti-sense (complemento da cadeia sentido inverso) para desenho de primers como por: http://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html. Insira 200-300 bp de sentido ou anti-sentido sequência para o projeto primer.
- Selecione regiões genômicas para medições Erna que são pelo menos 1,5-2 kb longe dos locais de início da transcrição anotados.
- Medição de Erna Transcrição
- Isolar o ARN total a partir de células tratadas com fenol acídico comercial reagente de extracção / à base de clorofórmio de acordo com as recomendações do fabricante.
- Use ADNasel para tratar ARN isolado antes de os usar na reacção de transcrição reversa. Inativar DNase de acordo com a recomendação do fabricante antes da transcrição reversa.
- Medir a concentração de ARN após tratamento com DNase I e usar 1000 ng por reacção de RT. Use alta qualidade transcriptase reversa.
NOTA: Como grande número de Ernas não pode ser poliadenilado, a transcrição inversa requer a utilização de iniciadores aleatórios. - Detectar a transcrição reversa Erna por RT-qPCR utilizando um processo padronizado. Medir um ARNm não dependente de tratamento para a normalização (por exemplo, 36B4, Ppia, GAPDH, ACTB).
- Purifica-se o ADN genómico a partir de células primárias do modelo (por exemplo, fibroblastos embrionários primários). Use kit comercial para isolamento gDNA e siga as instruções do fabricante.
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Representative Results
Foi utilizado um anticorpo RXR pan-específico, a fim de identificar quais genes regulados por RA genome-wide tem enriquecimento receptor em sua proximidade. Análise bioinformática de dados do chip-SEQ RXR obtidos a partir de células ES tratadas com ácido retinóico revelaram o enriquecimento da metade sítio do receptor nuclear (AGGTCA) sob a RXR ocupada locais (Figura 1). Utilizando um algoritmo de bioinformática que mapeada para trás o resultado da pesquisa para o motivo do local de metade para os dados de RXR-ChIP seq (Figura 2). Esta análise nos ajudou a identificar com precisão aqueles picos de chip que foram sobrepostas com sítios de ligação canônicas do receptor nuclear. Visualização destes sites em IGV indicaram enriquecimento desses fatores de transcrição na proximidade de Hoxa1, um alvo RAR / RXR caracterizada anteriormente (Figura 2 e Figura 3). Também identificaram um gene novo alvo RA, ou seja, PRMT8 27. esta laregião tter contém uma repetição direta sem nucleotídeos espaçadoras entre os dois sites metade (AGGTCAAGGTCA) (Figura 3). Para validar funcionalmente que o elemento identificado por Hoxa1 pode de facto ligar RAR / RXR e regulada por RA nós construídos vectores repórter de luciferase TK-que continham ~ 300 pb região genómica, incluindo os elementos identificados. Nós também construídos vectores sem o elemento de resposta (Figura 5). As células ES foram transfectadas e a actividade da luciferase foi medida na ausência e na presença de ácido retinóico (Figura 5). Construções contendo o elemento de resposta do ácido retinóico (raro) mostrou aumento da luciferase intensidade do sinal em cima do tratamento da AR, enquanto que a construção sem a RARE não era inducible.
Estudamos também a actividade dependente de ácido retinóico do potenciador Hoxa1. Para verificar se a expressão sentido e anti-sentido Erna do potenciador Hoxa1 RAR / RXR-bound correlate com a expressão de mRNA do gene, também medido o nível de ARNm Hoxa1 (Figura 6). Estes resultados confirmaram que a actividade potenciadora é induzida por tratamento da AR a curto prazo (3 h), confirmando assim que o intensificador está provavelmente envolvido na regulação do intensif icador dependente de RA.
Figura 1. Homer D e Novo Motif Resultados. Uma saída HTML (homerResults.html) gerados por Homer para o exemplo RXR ChIP-seq é mostrado. Logotipos sequência correspondente ao topo motivos fator de transcrição enriquecidos identificadas pela descoberta de novo motivo de loci RXR-bound. 7463 RXR ocupada regiões genómicas foram utilizadas para a pesquisa motivo. 77.66% destas regiões contém motivo AGGTCA-like (classificada como # 1). Para uma descrição detalhada visita: (http://homer.salk.edu/ho mer / motivo /) Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 2. Encontrar Genomic regiões contendo motivo de interesse. Visualização do RXR ChIP-seq alinhados lê (mm_ES_RXR_24h_ATRA.bam e as ocorrências AGGTCA motivo (mm_ES_RXR_24h_ATRA_homerpeaks_motif1_mm10s_200_remaped_mbed.bed) por Integrative Genomics Viewer (IGV). Alinhamentos são coloridos por fio de leitura (lê na + linha de acção: vermelho, - domínio de acção:. blue) Genome usado para o alinhamento: MM10. por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
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Figura 3. Genomic Loci de Hoxa1 e PRMT8 potenciadores. IGV instantâneo de RXR sinais ChIP-seq obtidos a partir de (24 hr, 1 PM), as células-tronco embrionárias não tratados e RA-tratados 27 são mostrados. Identificado sequências de ligação são de cor vermelha. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
. Figura 4. desenho experimentais para testar Erna sequências de codificação Os intensificadores escolhidos para ARN intensificador de medição (Erna) deve estar localizado pelo menos 1,5-2 kb de distância em relação ao local de início da transcrição (TSS) do gene mais próximo. dados do chip-seq do factor de transcrio (TF) de interesse e a análise motivo pode ser utilizado para identificar locais de ligação directa à escala do genoma. Como a ligação de transcripcional coativador (por exemplo, P300) geralmente marca potenciadores distais, regiões enriquecidas tanto para o TF e P300 são bons candidatos Enhancer. Expressão de Ernas é correlacionar positivamente com o enriquecimento de activado marca potenciador histona H3K27ac. Regiões 200 -. 1.000 bp afastado em sentido ou sentido anti-sentido do centro do factor de transcrição de ligação é recomendado para o projeto Erna primário Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 5. luciferase Actividade do Repórter Indicada Constrói em células ES. regiões genómicas indicada do intensificador Hoxa1 foram clonados no vector TK-Luc e transfectado em células estaminais embrionárias. Construir 1 e 2 continha o elemento de resposta do ácido retinóico (RARE, ungressivamente revelado sequência). As células foram tratadas com RA (24 hr, 1 uM). βGal foi usada como um controlo interno para a normalização. As barras representam valores normalizados médios de quatro repetições biológicas. Sd ± *** P <0,005 Por favor, clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 6. níveis de ácido retinóico Induzida Enhancer de transcrição de ARN. HOXA1 ARNm e Erna como medido por RT-qPCR. O ARN total foi isolado a partir de células ES tratados durante 3 horas com ácido retinóico (RA) ou DMSO como veículo (Veh). primers para a frente para o sentido e detecção de Erna anti-sense e os amplicons de PCR são mostrados. Distância de regiões detectadas por RT-erna qPCR do centro do local de ligação de RXR é indicado. Os valores foram normalizados para a média de 36B4 mRN / D. Os dados representam a média ± SEM *** P <0,005 Por favor, clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
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Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| KOD DNA polymerase | Merck Millipore | 71085-3 | for PCR amplification of enhancer from gDNA |
| DNeasy Blood & Tissue kit | Qiagen | 69504 | for genomic DNA isolation |
| QIAquick PCR Purification kit | Qiagen | 28106 | for PCR product purification |
| Gel extraction kit | Qiagen | 28706 | for gel extraction if there are more PCR product |
| HindIII | NEB | R3104L | restriction enzyme |
| BamHI | NEB | R3136L | restriction enzyme |
| FastAP | Thermo Scientific | EF0651 | release of 5'- and 3'-phosphate groups from DNA |
| T4 DNA ligase | NEB | M0202 | for ligation |
| QIAprep Spin Miniprep kit | Qiagen | 27106 | for plasmid isolation |
| DMEM | Gibco | 31966-021 | ES media |
| FBS | Hyclone | SH30070.03 | ES media |
| MEM Non-Essential Amino Acid | Sigma | M7145 | ES media |
| Penicillin-Streptomycin | Sigma | P4333 | ES media |
| Beta Mercaptoethanol | Sigma | M6250 | ES media |
| FuGENE HD | Promega | E2311 | transfection reagent |
| Opti-MEM® I Reduced Serum Medium | Life Technologies | 31985-062 | for transfection |
| All-trans retinoic acid | Sigma | R2625 | ligand, for activation of RAR/RXR |
| 96-well clear plate | Greiner | 655101 | for Beta galactosidase assay |
| 96-well white plate | Greiner | 655075 | for Luciferase assay |
| D-luciferin, potassium salt | Goldbio.com | 115144-35-9 | for Luciferase assay |
| ATP salt | Sigma | A7699-1G | for Luciferase assay |
| MgSO4•7H2O | Sigma | 230391-25G | for Luciferase assay |
| HEPES | Sigma | H3375-25G | for Luciferase assay |
| Na2HPO4 •7H2O | Sigma | 431478-50G | for Beta galactosidase assay |
| NaH2PO4 •H2O | Sigma | S9638-25G | for Beta galactosidase assay |
| MgSO4•7H2O | Sigma | 230391-25G | for Beta galactosidase assay |
| KCl | Sigma | P9541-500G | for Beta galactosidase assay |
| ONPG (o-nitrophenyl-β-D-galactosidase) | Sigma | N1127-1G | for Beta galactosidase assay |
| TRIzol® | Life Technologies | 15596-026 | RNA isolation |
| High-Capacity cDNA Reverse Transcription Kit | Life Technologies | 4368814 | reverse transcription of eRNA |
| Rnase-free Dnase | Promega | M6101 | Dnase treatment |
| SsoFast Eva Green | BioRad | 750000105 | RT-qPCR mastermix |
| CFX384 Touch™ Real-Time PCR Detection System | BioRad | qPCR machine | |
| BioTek Synergy 4 microplate reader | BioTek | luminescent counter |
References
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