Üretimi C. elegans Recombineering yoluyla transgenlerin GalK Seçilebilir Marker
Summary
Için transgenlerin üretme yeteneği<em> Caenorhabditis elegans</em> Tüm yerli düzenleyici unsurların korunur fosmids tarafından yapılan genomik DNA kullanarak özellikle çekici. Transgenlerin üretimi için basit ve sağlam bir prosedür ile recombineering yoluyla. Açıklanan<em> GalK</em> Seçilebilir işaretleyici.
Abstract
Transgenik hayvanların yaratılması, yaygın olarak C. kullanılmaktadır elegans araştırma, düzenleme ve faiz veya tandem afinite arıtma nesil (TAP) belirli genlerin sürümlerini kendi arıtma kolaylaştırmak için etiketli genlerin ifade desen çalışma GFP füzyon proteinleri kullanımı da dahil olmak üzere . Genelde transgenlerin GFP muhabiri gen ya da ilgi cDNA yukarı organizatörü koyarak üretilir ve bu genellikle temsil eden bir ifade kalıbı üretmektedir. Ancak, gen regülasyonu, 3 'çevrilmemiş bölge ya da alternatif rehberleri kontrol elemanları gibi kritik unsurlar, bu yaklaşım tarafından kaçırılmış olabilir. Ayrıca sadece tek bir ek çeşidi genellikle bu yolla incelenebilir. Aksine, fosmid DNA klonları tarafından yapılan solucan genomik DNA muhtemelen içerir, en gerçek ifade desen ve zamanlama yakalamak için daha fazla yetenek izin in vivo gen regülasyonu ilgili tüm unsurlar değilse . Fosmid DNA kullanarak transgenlerin üretimi kolaylaştırmak için, E. tarif coli gen herhangi bir yere GFP, TAP-etiket veya ilgi diğer dizileri eklemek için recombineering prosedür. Bu prosedür, yüksek verimlilik ile istenilen değişiklik elde sonuçlar recombineering pozitif ve negatif seçim adımları hem galK gen seçim belirteci olarak kullanır . Ayrıca, yaygın olarak kullanılan GFP homoloji kolları ile çevrili ve füzyon genleri TAP galK genini içeren plazmid GFP veya TAP füzyon proteini oluştururken,% 50 oranında oligos maliyeti azaltmak mevcuttur . Bu plazmid geniş PCR ürün arıtma için ihtiyaç engellemektedir R6K çoğaltma kökenli kullanın. Nihayet, biz de unc-119 işaretleyici fosmid doğrudan enjekte veya transgenik hayvanlar üretmek için solucanlar içine bombardıman olanak sağlar fosmid omurgasına entegre bir teknik göstermektedir. Bu video bu yöntemi kullanarak recombineering üzeri transgen üreten yer alan usul göstermektedir.
Protocol
Discussion
Fosmids gelen transgenlerin nesil ana organizatörü elemanları, splice varyantları ve 3 'UTR düzenleyici elemanlar tüm istinat yararına sunmaktadır. Bu yerli ifade desen, ya da diğer yaklaşımlar başarısız 5 işlevsel bir transgen inşaat daha yansıtıcı bir transgen inşaat yol açabilir . Ortaya çıkan transgenlerin GFP veya TAP etiketi epitopu etiketleri de dahil olmak üzere çeşitli taşıyabilir.
Transgenlerin inşaatı tüm SW106 bakteriyel leke 15<…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Yazarlar Lindsey Nash tekniğin geliştirilmesi ile ilgili yardım için teşekkür etmek istiyorum. Bu çalışma, Pittsburgh Üniversitesi, Pittsburgh OAIC Üniversitesi (AG024827) ve tohum fonları bir pilot proje hibe ALF, Ulusal Sağlık Enstitüsü, hibe AG028977 tarafından finanse edildi.
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| FosmidMAX kit | Epicentre | FMAX046 | ||
| GoTaq | Promega | M7122 | ||
| MOPS Media | Teknova | M2120 | ||
| 0.132 M Potassium phosphate solution | Teknova | M2102 | ||
| D-galactose | Sigma | G0750 | ||
| 2-deoxygalactose | Sigma | D4407 | ||
| Biotin | Sigma | B4639 | ||
| Leucine | Sigma | L8000 | ||
| NH4Cl | Sigma | A9434 | ||
| Phusion DNA polymerase | NEB | F-530S | ||
| MacConkey agar base | Becton Dickinson | 281810 | ||
| Arabinose | Sigma | A3131 | ||
| Chloramphenicol | Sigma | C1919 | ||
| Sodium phosphate dibasic | Sigma | S5136 | ||
| Potassium phosphate monobasic | Sigma | P5655 | ||
| Sodium chloride | Sigma | S5886 | ||
| Glycerol | Sigma | G2025 | ||
| Bacto Agar | Becton Dickinson | 214010 |
References
- Mello, C., Fire, A. DNA transformation. Methods Cell Biol. 48, 451-482 (1995).
- Zhang, Y., Nash, L., Fisher, A. L. A simplified, robust, and streamlined procedure for the production of C. elegans transgenes via recombineering. BMC Dev Biol. 8, 119-119 (2008).
- Antebi, A., Yeh, W. H., Tait, D., Hedgecock, E. M., Riddle, D. L. daf-12 encodes a nuclear receptor that regulates the dauer diapause and developmental age in C. elegans. Genes and Development. 14, 1512-1527 (2000).
- Snow, M. I., Larsen, P. L. Structure and expression of daf-12: a nuclear hormone receptor with three isoforms that are involved in development and aging in Caenorhabditis elegans. Biochim. Biophys. Acta. 1494, 104-116 (2000).
- Fisher, A. L., Page, K. E., Lithgow, G. J., Nash, L. The Caenorhabditis elegans K10C2.4 Gene Encodes a Member of the Fumarylacetoacetate Hydrolase Family. A CAENORHABDITIS ELEGANS MODEL OF TYPE I TYROSINEMIA. J Biol.Chem. 283, 9127-9135 (2008).
- Wightman, B., Ha, I., Ruvkun, G. Posttranscriptional regulation of the heterochronic gene lin-14 by lin-4 mediates temporal pattern formation in C. elegans. Cell. 75, 855-862 (1993).
- Lehrbach, N. J. LIN-28 and the poly(U) polymerase PUP-2 regulate let-7 microRNA processing in Caenorhabditis elegans. Nat Struct Mol Biol. 16, 1016-1020 (2009).
- Tursun, B., Cochella, L., Carrera, I., Hobert, O. A toolkit and robust pipeline for the generation of fosmid-based reporter genes in C. elegans. PLoS One. 4, e4625-e4625 (2009).
- Bamps, S., Hope, I. A. Large-scale gene expression pattern analysis, in situ, in Caenorhabditis elegans. Brief. Funct. Genomic. Proteomic. , (2008).
- Dolphin, C. T., Hope, I. A. Caenorhabditis elegans reporter fusion genes generated by seamless modification of large genomic DNA clones. Nucleic Acids Res. 34, e72-e72 (2006).
- Sarov, M. A recombineering pipeline for functional genomics applied to Caenorhabditis elegans. Nat. Methods. 3, 839-844 (2006).
- Yang, X. W., Model, P., Heintz, N. Homologous recombination based modification in Escherichia coli and germline transmission in transgenic mice of a bacterial artificial chromosome. Nat Biotechnol. 15, 859-865 (1997).
- Court, D. L., Sawitzke, J. A., Thomason, L. C. Genetic engineering using homologous recombination. Annu.Rev.Genet. 36, 361-388 (2002).
- Westenberg, M., Bamps, S., Soedling, H., Hope, I. A., Dolphin, C. T. Escherichia coli MW005: lambda Red-mediated recombineering and copy-number induction of oriV-equipped constructs in a single host. BMC Biotechnol. 10, 27-27 (2010).
- Warming, S., Costantino, N., Court, D. L., Jenkins, N. A., Copeland, N. G. Simple and highly efficient BAC recombineering using galK selection. Nucleic Acids Res. 33, e36-e36 (2005).
- Penfold, R. J., Pemberton, J. M. An improved suicide vector for construction of chromosomal insertion mutations in bacteria. Gene. 118, 145-146 (1992).
- Praitis, V., Casey, E., Collar, D., Austin, J. Creation of low-copy integrated transgenic lines in Caenorhabditis elegans. Genetics. 157, 1217-1226 (2001).
- Puig, O. The tandem affinity purification (TAP) method: a general procedure of protein complex purification. Methods. 24, 218-229 (2001).
- Rigaut, G. A generic protein purification method for protein complex characterization and proteome exploration. Nat.Biotechnol. 17, 1030-1032 (1999).
- Achilleos, A., Wehman, A. M., Nance, J. PAR-3 mediates the initial clustering and apical localization of junction and polarity proteins during C. elegans intestinal epithelial cell polarization. Development. 137, 1833-1842 (2010).
- Maduro, M., Pilgrim, D. Identification and cloning of unc-119, a gene expressed in the Caenorhabditis elegans nervous system. Genetics. 141, 977-988 (1995).
