ハイスループットその場でハイブリダイゼーション法
Summary
ここで、我々は、効率的な高スループットを記述<em>その場で</em>ハイブリダイゼーション（ISH）胎児マウスの前立腺組織切片を開発する際にmRNAの発現のパターンを可視化するための方法。方法は簡単に他のマウスの組織でまたは他の種から採取した組織中のmRNAの発現パターンを可視化するために適応させることができます。
Abstract
下部尿生殖路（LUT）の開発は複雑なプロセスです。この複雑さは、アンドロゲンシグナルと上皮-間葉相互作用の1,2に依存している胎児の男性の尿道から前立腺の形成の間に証明されています。前立腺の開発を担当する分子メカニズムを理解することは不適切にそのような良性前立腺肥大症や前立腺癌などの前立腺疾患を生じさせるために、その後の人生に呼び覚ますされている成長メカニズムを明らかにすることがあります。
開発LUTは、解剖学的に複雑です。出芽時の前立腺は16.5日後の構想（DPC）で始まることにより、多数の細胞タイプが存在する。血管系、神経や平滑筋は、間葉系間質3内に存在する。この基質は、多層上皮を囲み、アンドロゲン受容体依存性傍分泌シグナル4を介して胎児の前立腺を生じさせる。前立腺の開発とこれらの遺伝子に対応して前立腺管の上皮の形態は完全には理解されていないメカニズムのために必要な間質アンドロゲン受容体応答性遺伝子のアイデンティティ。正確に細胞の種類を識別し、それらの内の特定の因子の発現をローカライズする機能は、さらに前立腺の開発を理解することが不可欠です。in situハイブリダイゼーション （ISH）組織内のmRNAの局在化が可能になります。したがって、このメソッドは、それによって潜在的な前立腺の発達レギュレータの解明、シグナル分子とその受容体の発現のパターンとタイミングを識別するために使用することができます。
ここで、我々は、振動ミクロトームカットのセクションを使用して、胎児マウスのLUTでmRNAの発現パターンを識別するために、高スループットのISH法を説明します。このメソッドは、他のISHのプロトコルに比べていくつかの利点があります。スライドに付着した薄い切片上でISHを実行すると、技術的に困難であり、凍結切片やパラフィン切片の両方がしばしば弱い信号の解像度をもたらす間、凍結切片は、頻繁に悪い構造の品質を持っている。全体のマウント組織でISHを実行すると、プローブのトラッピングが発生する可能性があります。対照的に、私たちのハイスループット技術は、詳細な組織構造を明らかに分厚く切ったセクションを利用しています。修正されたマイクロチューブは、ISH手順の実行中にセクションを簡単に処理できます。 4 mRNAの転写産物の上限は、それによってコストと最大化効率を減少させる、一度の実行で検出された24のmRNA転写産物を最大で単一の17.5dpc LUTからスクリーニングすることができる。このメソッドは、それによってデータを解釈するための任意のバイアスを除去し、同じ単一のユニットとして処理される複数の治療群を可能にします。最も適切に前立腺の研究者のために、この方法では、前立腺管のネットワークを生じる胎児マウスの尿道が低く、高い多量のmRNA転写物の空間的、時間的な場所を提供します。
Protocol
Discussion
方法ここで説明を使用して、それは間葉系パッド、尿路上皮、平滑筋、前立腺芽、射精管、および膣を含む胎児の雄と雌のマウスのLUTの主要な細胞型と組織区分のすべてのmRNAを検出することが可能である。このプロトコルで使用さ50μmのセクションでは、組織のアーキテクチャ（例えば、血管など）を解決するために十分な厚さという利点を持っていますが、一般的にホールマウントISH中に?…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
著者らは、組織のバスケットの準備に技術支援のために博士が蘭李、ニュージャージー州のがん研究所を、感謝したいと思います。この作品は、健康補助金DK083425とDK070219の国民の協会によって資金を供給された。
Materials
| Name of the reagent | Company | Catalogue number |
|---|---|---|
| Anti-Digoxigenin antibody, Fab fragments | Roche Applied Science | 11214667001 |
| Blocking reagent | Roche Applied Science | 11096176001 |
| BM Purple AP substrate, precipitating | Roche Applied Science | 11442074001 |
| Bovine Serum Albumin | Fisher Scientific | BP1600-100 |
| Cell culture plate, 24 well | Corning | 3524 |
| Digoxigenin 11-UTP | Roche Applied Science | 1277073910 |
| dNTPs | Roche Applied Science | 11969064001 |
| Double-edged razor blade | Wilkinson Sword | Classic Model |
| Eliminase RNase remover | Decon Laboratories | 1102 |
| Formamide | Sigma | F5786-1L |
| Gel extraction kit | Qiagen | 28704 |
| Glutaraldehyde, 25% solution in H2O | Sigma | G6257-100ML |
| Heparin, sodium salt | Sigma | H3393 |
| Hydrogen peroxide, 30% solution in H2O | Fisher Scientific | BP2633-500 |
| Levamisole | Sigma | L9756 |
| Loctite 404 quick set instant adhesive | Henkel Corp. | 46551 |
| Magnesium chloride | Fisher Scientific | M33-500 |
| Maleic acid | Sigma | M0375-500G |
| Microcentrifuge tubes, 1.5mL | Biologix Research Company | BP337-100 |
| Millicell culture plate insert | Millipore | PICM01250 |
| Molecular grinding resin | G-Biosciences | 786-138PR |
| Paraformaldehyde, 4% solution in phosphate buffered saline | Affymetrix | 19943 |
| Phosphate buffered saline, without Ca & Mg | MP Biomedicals | ICN1760420 |
| Polyester mesh, 33 micron, 12” x 24” | Small Parts Inc | CMY-0033-D |
| Proteinase K solution, 20mg/ml | Amresco | E195-5ML |
| QIAshredder Columns | Qiagen | 79654 |
| Q solution | Qiagen | Provided with Taq DNA polymerase |
| RNase | Sigma | R6513 |
| RNase inhibitor | Roche Applied Science | 03335399001 |
| RNeasy mini kit | Qiagen | 74104 |
| RNEASY mini kit | Qiagen | 74104 |
| RQ1 RNase-free DNase | Promega | M6101 |
| SeaPlaque low-melt agarose | Lonza | 50101 |
| Sheep serum | Sigma | S2263-500mL |
| Stericup filter unit, 0.22μm, polyethersulfone, 500mL | Millipore | SCGPU05RE |
| Sodium azide, granular | Fisher Scientific | S227I-100 |
| Sodium chloride | Fisher Scientific | BP358-212 |
| Sodium dodecyl sulfate | Fisher Scientific | S529-500 |
| SSC, 20X solution | Research Products International | S24022-4000.0 |
| SuperScript III first-strand synthesis system | Invitrogen | 18080-051 |
| T7 RNA polymerase | Roche Applied Science | 10881767001 |
| Taq DNA polymerase | Qiagen | 201203 |
| Tris-HCl | Fisher Scientific | BP153-1 |
| Tween 20 | Fisher Scientific | BP337-100 |
| Vibrating microtome with deluxe specimen bath | Leica Microsystems | VT1000A |
| Yeast tRNA | Roche Applied Science | 109495 |
References
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