染色质免疫沉淀（ChIP）使用果蝇组织
Summary
最近高通量测序技术，大大提高了染色质免疫沉淀（ChIP）实验的灵敏度，并促使其使用纯化的细胞或解剖组织的申请。在这里，我们划定使用芯片技术与方法<em>果蝇</em>组织，可以解决在一个特点的生物系统的内源性染色质状态。
Abstract
表观遗传学仍然是一个发展迅速的领域，如何染色质状态差，在不同类型的细胞在不同发育阶段的基因表达的研究。表观遗传调控，有利于广泛的生物过程，包括细胞分化的胚胎发育过程中和在成年后的动态平衡。在表观遗传学研究的一个重要战略，是研究各种组蛋白修饰和染色质的因素，如何调节基因的表达。为了解决这个问题，染色质免疫沉淀（ChIP）被广泛使用，以获得与细胞DNA的特定因素的关联的快照。
芯片技术作为起始原料，可在获得丰度和均匀性产生重复性的数据，通常使用的细胞培养。然而，有几个注意事项：首先，在培养皿中生长的细胞环境是从体内不同，因此可能在一个活的有机体，不能反映内源性细胞的染色质状态。其次，并非所有类型的细胞可以体外培养。有只有一个细胞系的数量有限，从中人们可以得到足够的材料芯片检测。
在这里，我们描述的方法做芯片实验用果蝇组织。起始原料是从一个活生生的动物解剖组织，从而能准确反映内源性染色质状态。这种方法有许多不同类型的组织的适应性将允许研究人员解决了很多生物体内 1，2的表观遗传调控的有关问题。此方法结合高通量测序技术（ChIP-SEQ），将进一步使研究人员能够获得表观景观。
Protocol
Discussion
本议定书中所讨论的芯片分析的通用性，可用于在不同的组织，它提供了一个机会，在生物相关系统研究染色质状态。芯片实验中使用的细胞培养系统是方便执行，因为可以很容易地获得大量的细胞。然而，培养的细胞并不一定反映在多细胞环境中的细胞。通过使用活的动物解剖组织开发这一技术，我们可以解决许多问题，培养的细胞不能。
尽管本协议的有效性，有几个注?…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
笔者想感谢他们副科级赵博士的实验室研究院（NIH / NHLBI）的测序结果提供帮助。我们也想感谢UCSC基因组计划，基因组浏览器使用的可视化映射测序读取。
一直支持这项工作由R00HD055052 NIH的通路独立奖和从NICHD的，露西尔Parkard基金会，约翰·霍普金斯大学的启动资金到XC R01HD065816
Materials
| Name of the reagent | Company | Catalogue number | Comments |
| Complete Mini protease inhibitor cocktail | Roche | 11836153001 | |
| Formaldehyde (37%) | Supelco | 47083-U | |
| PMSF | Sigma | 78830 | |
| Kontes pellet pestle | Fischer Scientific | K749521-1590 | |
| PCR Purification Kit | Qiagen | 28104 | |
| Linear polyacrylamide | Sigma | 56575-1ML | |
| Glycogen | Qiagen | 158930 | |
| SYBR green/ROX qPCR Master Mix | Fermentas | K0223 | |
| Mini plate spinner | Labnet | Z723533 | |
| Real time PCR system | Applied Biosystem | 4351101 | |
| Small Volume Ultrasonic Processor | Misonix | HS-XL2000 | Model discontinued |
| Dynabeads, Protein A | Invitrogen | 100-01D | |
| Dynamag magnet | Invitrogen | 123-21D | |
| Phenol:Chlorofrom:IAA | Invitrogen | 15593-049 | |
| Epicentre DNA END-Repair Kit | Epicentre Biotechnologies | ER0720 | |
| MinElute Reaction Cleanup Kit | Qiagen | 28204 | |
| Klenow Fragment (3’→5′ exo–) | New England Biolabs | M0212S | |
| T4 DNA ligase | Promega Corporation | M1794 | |
| Adaptor oligonucleotides | Illumina | PE-400-1001 | |
| Paired-End Primer 1.0 and 2.0 | Illumina | 1001783 1001 784 |
|
| E-Gel Electorphoresis system | Invitrogen | G6512ST | |
| 2X Phusion HF Mastermix | Finnzymes | F-531 |
References
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